# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4855 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.102 0.165 0.097 0.060 0.195 0.042 0.054 0.073 0.058 0.106 0.047 2 K 0.118 0.145 0.100 0.049 0.168 0.030 0.037 0.054 0.053 0.164 0.084 3 A 0.096 0.294 0.172 0.020 0.267 0.013 0.017 0.038 0.028 0.033 0.023 4 P 0.127 0.208 0.072 0.021 0.196 0.026 0.053 0.110 0.080 0.054 0.053 5 S 0.115 0.124 0.082 0.053 0.167 0.045 0.053 0.107 0.091 0.095 0.067 6 R 0.049 0.125 0.063 0.065 0.085 0.071 0.113 0.185 0.127 0.082 0.034 7 D 0.073 0.082 0.071 0.042 0.101 0.023 0.031 0.058 0.064 0.362 0.094 8 E 0.070 0.369 0.179 0.014 0.248 0.009 0.013 0.030 0.021 0.028 0.020 9 P 0.154 0.234 0.084 0.019 0.235 0.018 0.031 0.058 0.043 0.050 0.074 10 C 0.109 0.231 0.103 0.044 0.188 0.039 0.045 0.069 0.060 0.061 0.050 11 S 0.081 0.162 0.105 0.054 0.137 0.048 0.061 0.132 0.090 0.082 0.050 12 S 0.073 0.097 0.073 0.038 0.111 0.035 0.054 0.162 0.140 0.164 0.052 13 T 0.061 0.196 0.090 0.031 0.141 0.030 0.059 0.141 0.107 0.108 0.035 14 S 0.078 0.130 0.089 0.032 0.123 0.023 0.036 0.085 0.093 0.226 0.087 15 R 0.056 0.376 0.191 0.016 0.199 0.010 0.017 0.041 0.037 0.036 0.021 16 P 0.100 0.282 0.091 0.016 0.177 0.019 0.039 0.089 0.064 0.067 0.057 17 A 0.122 0.209 0.106 0.036 0.176 0.031 0.049 0.083 0.064 0.078 0.047 18 L 0.082 0.280 0.141 0.043 0.119 0.037 0.043 0.114 0.053 0.050 0.037 19 E 0.066 0.046 0.040 0.029 0.087 0.031 0.040 0.254 0.222 0.139 0.046 20 E 0.054 0.119 0.060 0.021 0.085 0.043 0.085 0.285 0.156 0.073 0.020 21 D 0.143 0.089 0.021 0.009 0.197 0.015 0.035 0.102 0.062 0.233 0.095 22 V 0.297 0.073 0.007 0.002 0.503 0.006 0.022 0.038 0.015 0.013 0.023 23 I 0.312 0.067 0.004 0.003 0.515 0.013 0.026 0.021 0.008 0.006 0.025 24 Y 0.190 0.089 0.009 0.003 0.669 0.008 0.012 0.003 0.002 0.004 0.012 25 H 0.339 0.029 0.002 0.002 0.588 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 26 V 0.275 0.121 0.015 0.002 0.538 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 27 K 0.267 0.150 0.016 0.005 0.476 0.007 0.010 0.003 0.001 0.005 0.060 28 Y 0.277 0.127 0.034 0.043 0.239 0.017 0.011 0.015 0.020 0.043 0.173 29 D 0.041 0.078 0.059 0.159 0.086 0.143 0.131 0.131 0.093 0.055 0.025 30 D 0.063 0.088 0.081 0.037 0.099 0.025 0.040 0.077 0.128 0.318 0.044 31 Y 0.141 0.282 0.100 0.010 0.349 0.010 0.009 0.034 0.023 0.021 0.020 32 P 0.073 0.173 0.131 0.019 0.100 0.032 0.064 0.183 0.141 0.049 0.035 33 E 0.057 0.038 0.040 0.032 0.049 0.054 0.302 0.178 0.123 0.082 0.044 34 N 0.054 0.331 0.164 0.104 0.101 0.051 0.041 0.021 0.022 0.077 0.035 35 G 0.065 0.084 0.058 0.128 0.080 0.054 0.054 0.043 0.043 0.265 0.126 36 V 0.250 0.122 0.011 0.003 0.554 0.002 0.006 0.013 0.010 0.010 0.020 37 V 0.145 0.117 0.009 0.002 0.668 0.010 0.011 0.013 0.007 0.004 0.014 38 Q 0.375 0.061 0.007 0.002 0.483 0.004 0.008 0.007 0.003 0.006 0.046 39 M 0.197 0.237 0.049 0.014 0.393 0.012 0.009 0.007 0.004 0.021 0.057 40 N 0.156 0.309 0.135 0.031 0.229 0.015 0.011 0.010 0.005 0.030 0.070 41 S 0.120 0.122 0.038 0.020 0.189 0.013 0.015 0.112 0.242 0.067 0.063 42 R 0.016 0.058 0.033 0.031 0.034 0.107 0.167 0.236 0.238 0.071 0.010 43 D 0.069 0.067 0.026 0.013 0.115 0.008 0.036 0.168 0.107 0.332 0.058 44 V 0.153 0.146 0.044 0.010 0.237 0.009 0.016 0.081 0.096 0.146 0.062 45 R 0.079 0.332 0.225 0.013 0.191 0.015 0.012 0.078 0.025 0.013 0.017 46 A 0.086 0.170 0.039 0.009 0.145 0.020 0.045 0.269 0.165 0.032 0.019 47 R 0.052 0.049 0.020 0.013 0.083 0.034 0.120 0.380 0.141 0.088 0.020 48 A 0.144 0.062 0.015 0.007 0.187 0.009 0.025 0.281 0.108 0.102 0.059 49 R 0.135 0.160 0.027 0.008 0.267 0.019 0.034 0.193 0.081 0.038 0.037 50 T 0.134 0.149 0.030 0.007 0.411 0.018 0.057 0.107 0.034 0.028 0.023 51 I 0.341 0.081 0.010 0.006 0.352 0.007 0.019 0.057 0.021 0.025 0.081 52 I 0.145 0.260 0.059 0.014 0.380 0.021 0.019 0.028 0.014 0.023 0.038 53 K 0.168 0.285 0.082 0.014 0.315 0.012 0.017 0.026 0.009 0.019 0.054 54 W 0.190 0.116 0.032 0.023 0.175 0.016 0.021 0.115 0.135 0.071 0.106 55 Q 0.028 0.123 0.072 0.051 0.086 0.135 0.143 0.185 0.113 0.045 0.018 56 D 0.159 0.066 0.018 0.010 0.199 0.008 0.020 0.086 0.069 0.300 0.067 57 L 0.217 0.171 0.044 0.009 0.338 0.015 0.013 0.065 0.056 0.041 0.032 58 E 0.141 0.152 0.222 0.022 0.269 0.047 0.036 0.056 0.017 0.017 0.022 59 V 0.077 0.172 0.039 0.025 0.086 0.031 0.151 0.210 0.158 0.030 0.020 60 G 0.049 0.044 0.049 0.084 0.052 0.053 0.038 0.103 0.062 0.361 0.105 61 Q 0.092 0.304 0.034 0.009 0.376 0.011 0.053 0.048 0.022 0.031 0.020 62 V 0.374 0.035 0.002 0.001 0.543 0.003 0.005 0.008 0.003 0.003 0.023 63 V 0.152 0.156 0.013 0.005 0.600 0.011 0.016 0.015 0.005 0.004 0.022 64 M 0.361 0.034 0.003 0.001 0.577 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.016 65 L 0.211 0.129 0.019 0.011 0.427 0.016 0.013 0.022 0.014 0.024 0.114 66 N 0.307 0.093 0.025 0.015 0.264 0.015 0.041 0.030 0.015 0.065 0.131 67 Y 0.060 0.263 0.174 0.038 0.174 0.034 0.041 0.030 0.037 0.118 0.030 68 N 0.102 0.321 0.132 0.004 0.411 0.001 0.001 0.007 0.005 0.005 0.010 69 P 0.013 0.023 0.004 0.002 0.021 0.007 0.033 0.493 0.382 0.015 0.007 70 D 0.011 0.028 0.020 0.011 0.023 0.019 0.101 0.505 0.186 0.085 0.010 71 N 0.058 0.111 0.048 0.009 0.087 0.006 0.015 0.394 0.106 0.126 0.041 72 P 0.041 0.037 0.011 0.006 0.058 0.012 0.028 0.554 0.164 0.067 0.021 73 K 0.019 0.091 0.041 0.008 0.038 0.022 0.064 0.512 0.161 0.035 0.008 74 E 0.057 0.027 0.028 0.015 0.060 0.029 0.095 0.320 0.097 0.205 0.066 75 R 0.030 0.445 0.160 0.043 0.104 0.026 0.066 0.057 0.025 0.030 0.012 76 G 0.062 0.045 0.043 0.089 0.043 0.038 0.024 0.060 0.041 0.325 0.231 77 F 0.070 0.321 0.095 0.020 0.273 0.012 0.021 0.069 0.036 0.053 0.031 78 W 0.299 0.116 0.017 0.005 0.434 0.009 0.011 0.042 0.017 0.017 0.034 79 Y 0.120 0.251 0.074 0.020 0.308 0.041 0.022 0.070 0.024 0.030 0.041 80 D 0.279 0.127 0.038 0.006 0.390 0.005 0.006 0.067 0.023 0.017 0.043 81 A 0.060 0.099 0.026 0.005 0.123 0.013 0.016 0.388 0.227 0.029 0.014 82 E 0.077 0.080 0.013 0.004 0.244 0.008 0.038 0.426 0.076 0.021 0.013 83 I 0.154 0.057 0.008 0.004 0.142 0.006 0.022 0.418 0.097 0.038 0.053 84 S 0.051 0.106 0.045 0.014 0.119 0.029 0.055 0.426 0.092 0.041 0.023 85 R 0.062 0.184 0.057 0.007 0.151 0.009 0.031 0.354 0.093 0.033 0.019 86 K 0.064 0.104 0.033 0.012 0.108 0.020 0.068 0.348 0.149 0.057 0.037 87 R 0.053 0.197 0.088 0.022 0.120 0.037 0.096 0.207 0.087 0.061 0.032 88 E 0.126 0.087 0.034 0.013 0.145 0.012 0.041 0.171 0.078 0.189 0.104 89 T 0.116 0.234 0.069 0.015 0.237 0.014 0.024 0.121 0.063 0.063 0.043 90 R 0.104 0.215 0.106 0.027 0.212 0.040 0.047 0.121 0.048 0.040 0.040