# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.002 0.019 0.604 0.004 0.031 0.009 0.001 0.001 0.014 0.192 0.054 0.045 0.025 2 K 0.001 0.031 0.618 0.004 0.033 0.009 0.001 0.001 0.011 0.136 0.092 0.011 0.051 3 A 0.001 0.040 0.681 0.004 0.032 0.005 0.001 0.001 0.011 0.142 0.029 0.036 0.018 4 P 0.001 0.024 0.679 0.004 0.048 0.009 0.001 0.001 0.010 0.122 0.055 0.012 0.035 5 S 0.001 0.038 0.500 0.005 0.122 0.013 0.001 0.001 0.012 0.135 0.119 0.027 0.026 6 R 0.001 0.038 0.445 0.006 0.088 0.018 0.001 0.001 0.011 0.148 0.197 0.015 0.032 7 D 0.001 0.039 0.510 0.006 0.031 0.008 0.001 0.001 0.011 0.230 0.114 0.026 0.021 8 E 0.001 0.031 0.573 0.003 0.017 0.005 0.001 0.001 0.008 0.262 0.043 0.035 0.023 9 P 0.002 0.042 0.608 0.006 0.018 0.008 0.001 0.001 0.010 0.133 0.085 0.014 0.074 10 C 0.004 0.062 0.491 0.016 0.049 0.014 0.001 0.001 0.013 0.145 0.079 0.084 0.041 11 S 0.007 0.038 0.474 0.009 0.058 0.026 0.002 0.001 0.016 0.121 0.101 0.036 0.111 12 S 0.009 0.056 0.343 0.014 0.090 0.032 0.003 0.001 0.016 0.130 0.152 0.067 0.088 13 T 0.005 0.034 0.365 0.012 0.039 0.025 0.002 0.001 0.011 0.184 0.205 0.059 0.058 14 S 0.003 0.032 0.426 0.007 0.027 0.016 0.001 0.001 0.009 0.248 0.159 0.024 0.049 15 R 0.002 0.038 0.516 0.003 0.016 0.010 0.001 0.001 0.007 0.266 0.057 0.052 0.032 16 P 0.002 0.042 0.568 0.004 0.024 0.020 0.001 0.001 0.006 0.152 0.090 0.016 0.076 17 A 0.002 0.047 0.503 0.009 0.066 0.035 0.001 0.001 0.006 0.129 0.115 0.041 0.045 18 L 0.003 0.018 0.468 0.010 0.086 0.041 0.001 0.001 0.006 0.142 0.126 0.028 0.071 19 E 0.004 0.010 0.274 0.020 0.138 0.061 0.001 0.001 0.005 0.127 0.270 0.030 0.059 20 E 0.014 0.012 0.200 0.039 0.108 0.037 0.001 0.001 0.008 0.161 0.279 0.050 0.090 21 D 0.072 0.012 0.220 0.044 0.044 0.022 0.004 0.001 0.015 0.104 0.107 0.137 0.219 22 V 0.284 0.009 0.111 0.033 0.011 0.012 0.025 0.008 0.049 0.020 0.021 0.145 0.274 23 I 0.542 0.002 0.031 0.026 0.002 0.003 0.050 0.013 0.036 0.003 0.005 0.105 0.181 24 Y 0.614 0.001 0.013 0.030 0.001 0.002 0.079 0.013 0.025 0.003 0.002 0.137 0.081 25 H 0.643 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.115 0.018 0.026 0.002 0.001 0.075 0.092 26 V 0.607 0.002 0.011 0.012 0.001 0.001 0.092 0.025 0.035 0.003 0.001 0.072 0.140 27 K 0.404 0.004 0.056 0.012 0.001 0.003 0.040 0.029 0.106 0.008 0.002 0.221 0.114 28 Y 0.175 0.012 0.110 0.020 0.015 0.008 0.042 0.019 0.073 0.027 0.032 0.065 0.401 29 D 0.017 0.007 0.216 0.057 0.029 0.014 0.008 0.002 0.026 0.102 0.355 0.102 0.066 30 D 0.004 0.015 0.141 0.011 0.034 0.014 0.001 0.001 0.008 0.308 0.416 0.017 0.031 31 Y 0.002 0.022 0.511 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.004 0.310 0.034 0.049 0.041 32 P 0.001 0.016 0.470 0.009 0.040 0.023 0.001 0.001 0.004 0.145 0.223 0.009 0.061 33 E 0.003 0.008 0.082 0.011 0.060 0.014 0.001 0.001 0.002 0.131 0.652 0.027 0.009 34 N 0.010 0.008 0.171 0.021 0.034 0.009 0.001 0.001 0.003 0.272 0.404 0.009 0.059 35 G 0.033 0.013 0.297 0.018 0.019 0.015 0.005 0.001 0.008 0.157 0.168 0.200 0.067 36 V 0.263 0.014 0.126 0.010 0.007 0.009 0.032 0.007 0.038 0.013 0.011 0.046 0.424 37 V 0.365 0.008 0.033 0.015 0.003 0.008 0.047 0.007 0.017 0.006 0.004 0.378 0.110 38 Q 0.464 0.005 0.022 0.014 0.002 0.005 0.043 0.006 0.017 0.005 0.003 0.116 0.297 39 M 0.278 0.011 0.064 0.030 0.003 0.008 0.037 0.007 0.027 0.021 0.007 0.200 0.307 40 N 0.075 0.006 0.319 0.033 0.005 0.009 0.010 0.002 0.053 0.047 0.018 0.226 0.195 41 S 0.022 0.009 0.235 0.019 0.140 0.036 0.004 0.001 0.012 0.098 0.207 0.042 0.176 42 R 0.013 0.008 0.135 0.029 0.124 0.038 0.002 0.001 0.011 0.132 0.394 0.075 0.038 43 D 0.014 0.036 0.302 0.005 0.079 0.031 0.003 0.001 0.012 0.190 0.126 0.071 0.131 44 V 0.009 0.064 0.626 0.003 0.009 0.026 0.001 0.001 0.017 0.128 0.012 0.029 0.074 45 R 0.001 0.004 0.871 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.041 0.002 0.045 0.017 46 A 0.002 0.008 0.162 0.009 0.257 0.243 0.001 0.001 0.005 0.048 0.182 0.004 0.080 47 R 0.005 0.004 0.129 0.033 0.202 0.300 0.001 0.001 0.007 0.043 0.231 0.030 0.016 48 A 0.012 0.009 0.109 0.009 0.316 0.339 0.003 0.001 0.017 0.040 0.052 0.017 0.077 49 R 0.020 0.023 0.161 0.015 0.149 0.266 0.011 0.002 0.024 0.052 0.060 0.049 0.170 50 T 0.073 0.020 0.084 0.013 0.043 0.182 0.014 0.004 0.053 0.028 0.054 0.340 0.092 51 I 0.120 0.030 0.133 0.014 0.018 0.130 0.022 0.008 0.033 0.034 0.062 0.051 0.344 52 I 0.065 0.037 0.359 0.038 0.009 0.068 0.010 0.005 0.038 0.079 0.025 0.201 0.066 53 K 0.010 0.004 0.673 0.008 0.009 0.037 0.002 0.001 0.032 0.063 0.013 0.065 0.084 54 W 0.003 0.006 0.192 0.027 0.185 0.236 0.002 0.001 0.012 0.050 0.215 0.006 0.065 55 Q 0.006 0.006 0.154 0.032 0.237 0.193 0.002 0.001 0.014 0.087 0.183 0.071 0.014 56 D 0.026 0.028 0.172 0.005 0.216 0.149 0.006 0.004 0.033 0.080 0.059 0.023 0.199 57 L 0.021 0.078 0.432 0.008 0.037 0.050 0.006 0.007 0.053 0.078 0.028 0.085 0.117 58 E 0.018 0.020 0.459 0.027 0.024 0.040 0.005 0.003 0.031 0.083 0.062 0.165 0.063 59 V 0.016 0.010 0.131 0.055 0.063 0.024 0.002 0.003 0.032 0.100 0.462 0.015 0.087 60 G 0.015 0.002 0.204 0.167 0.014 0.009 0.002 0.001 0.022 0.141 0.376 0.023 0.022 61 Q 0.068 0.006 0.280 0.047 0.017 0.006 0.028 0.017 0.118 0.166 0.019 0.150 0.079 62 V 0.127 0.005 0.035 0.010 0.001 0.001 0.158 0.171 0.263 0.008 0.002 0.019 0.199 63 V 0.129 0.002 0.008 0.014 0.001 0.001 0.188 0.359 0.192 0.001 0.001 0.090 0.015 64 M 0.140 0.002 0.014 0.010 0.001 0.001 0.247 0.408 0.113 0.003 0.001 0.018 0.043 65 L 0.165 0.002 0.024 0.009 0.001 0.001 0.122 0.280 0.306 0.005 0.002 0.048 0.034 66 N 0.085 0.010 0.185 0.021 0.004 0.003 0.060 0.081 0.329 0.041 0.016 0.055 0.111 67 Y 0.016 0.021 0.534 0.019 0.008 0.004 0.008 0.011 0.098 0.184 0.022 0.039 0.036 68 N 0.001 0.004 0.836 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.016 0.089 0.009 0.012 0.023 69 P 0.001 0.003 0.144 0.002 0.087 0.025 0.001 0.001 0.003 0.091 0.631 0.001 0.011 70 D 0.001 0.023 0.086 0.003 0.080 0.030 0.001 0.001 0.002 0.227 0.538 0.007 0.004 71 N 0.001 0.024 0.496 0.001 0.070 0.012 0.001 0.001 0.002 0.309 0.029 0.013 0.042 72 P 0.001 0.010 0.408 0.004 0.071 0.065 0.001 0.001 0.002 0.071 0.321 0.005 0.041 73 K 0.001 0.019 0.178 0.011 0.250 0.074 0.001 0.001 0.004 0.101 0.322 0.024 0.015 74 E 0.008 0.013 0.203 0.010 0.094 0.048 0.001 0.001 0.005 0.239 0.289 0.027 0.061 75 R 0.012 0.014 0.222 0.015 0.027 0.016 0.001 0.001 0.005 0.217 0.373 0.051 0.047 76 G 0.024 0.017 0.320 0.016 0.012 0.018 0.002 0.001 0.006 0.165 0.278 0.074 0.069 77 F 0.182 0.019 0.258 0.010 0.009 0.021 0.010 0.003 0.017 0.049 0.044 0.125 0.253 78 W 0.440 0.011 0.070 0.014 0.004 0.017 0.015 0.003 0.009 0.016 0.012 0.165 0.225 79 Y 0.457 0.006 0.036 0.031 0.003 0.023 0.017 0.002 0.008 0.012 0.010 0.244 0.150 80 D 0.251 0.004 0.067 0.025 0.003 0.021 0.008 0.001 0.009 0.016 0.011 0.077 0.506 81 A 0.223 0.004 0.079 0.032 0.009 0.112 0.010 0.001 0.009 0.027 0.030 0.251 0.213 82 E 0.285 0.007 0.034 0.010 0.016 0.101 0.009 0.001 0.009 0.013 0.014 0.156 0.345 83 I 0.215 0.006 0.029 0.025 0.026 0.212 0.006 0.001 0.004 0.011 0.034 0.081 0.350 84 S 0.147 0.005 0.064 0.058 0.032 0.284 0.004 0.001 0.007 0.022 0.065 0.171 0.141 85 R 0.075 0.006 0.078 0.014 0.064 0.325 0.003 0.001 0.009 0.038 0.061 0.075 0.253 86 K 0.027 0.007 0.133 0.018 0.078 0.314 0.002 0.001 0.007 0.034 0.155 0.046 0.180 87 R 0.016 0.008 0.152 0.023 0.102 0.263 0.002 0.001 0.007 0.063 0.185 0.106 0.071 88 E 0.015 0.016 0.250 0.008 0.072 0.154 0.002 0.001 0.011 0.100 0.171 0.060 0.141 89 T 0.008 0.025 0.529 0.007 0.021 0.066 0.001 0.001 0.013 0.135 0.064 0.058 0.073 90 R 0.003 0.007 0.763 0.004 0.012 0.023 0.001 0.001 0.006 0.078 0.020 0.045 0.037