# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.027 0.143 0.740 2 K 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.039 0.112 0.720 3 A 0.102 0.011 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.096 0.122 0.581 4 P 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.109 0.061 0.108 0.649 5 S 0.079 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.069 0.066 0.117 0.652 6 R 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.036 0.132 0.674 7 D 0.081 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.070 0.110 0.649 8 E 0.057 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.135 0.126 0.534 9 P 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.065 0.128 0.696 10 C 0.049 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.115 0.122 0.571 11 S 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.059 0.116 0.639 12 S 0.148 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.067 0.109 0.598 13 T 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.037 0.155 0.715 14 S 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.043 0.132 0.720 15 R 0.181 0.040 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.096 0.103 0.523 16 P 0.059 0.018 0.006 0.001 0.012 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.050 0.142 0.666 17 A 0.035 0.005 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.030 0.113 0.756 18 L 0.353 0.011 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.077 0.066 0.434 19 E 0.136 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.037 0.128 0.639 20 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.019 0.148 0.615 21 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.549 0.053 0.091 0.269 22 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.781 0.040 0.026 0.122 23 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.003 0.767 0.021 0.022 0.156 24 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.918 0.009 0.007 0.047 25 H 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.831 0.032 0.017 0.104 26 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.804 0.027 0.027 0.110 27 K 0.023 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.684 0.059 0.036 0.154 28 Y 0.144 0.010 0.001 0.001 0.005 0.016 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.103 0.080 0.384 29 D 0.014 0.009 0.001 0.001 0.003 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.061 0.113 0.707 30 D 0.020 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.045 0.101 0.783 31 Y 0.118 0.017 0.015 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.162 0.095 0.541 32 P 0.243 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.057 0.067 0.593 33 E 0.071 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.036 0.100 0.741 34 N 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.055 0.038 0.161 0.704 35 G 0.031 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.020 0.034 0.009 0.006 0.008 0.010 0.007 0.306 0.135 0.079 0.321 36 V 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.015 0.006 0.011 0.014 0.014 0.010 0.198 0.117 0.091 0.474 37 V 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.025 0.025 0.007 0.671 0.033 0.033 0.178 38 Q 0.011 0.010 0.001 0.001 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.019 0.010 0.477 0.056 0.058 0.306 39 M 0.009 0.003 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.556 0.048 0.064 0.300 40 N 0.211 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.093 0.072 0.360 41 S 0.176 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.081 0.103 0.496 42 R 0.014 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.035 0.127 0.614 43 D 0.014 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.077 0.091 0.448 44 V 0.019 0.332 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.050 0.075 0.416 45 R 0.077 0.661 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.062 0.053 0.024 0.106 46 A 0.029 0.175 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.039 0.453 0.041 0.249 47 R 0.032 0.332 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.113 0.304 0.044 0.158 48 A 0.166 0.479 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.051 0.039 0.211 49 R 0.098 0.234 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.083 0.052 0.411 50 T 0.099 0.299 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.050 0.064 0.355 51 I 0.038 0.090 0.009 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.043 0.115 0.614 52 I 0.024 0.031 0.030 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.053 0.151 0.492 53 K 0.392 0.143 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.061 0.058 0.271 54 W 0.390 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.084 0.071 0.344 55 Q 0.045 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.037 0.144 0.651 56 D 0.018 0.011 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.032 0.126 0.628 57 L 0.022 0.010 0.007 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.067 0.170 0.468 58 E 0.100 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.403 0.073 0.093 0.277 59 V 0.027 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.171 0.058 0.162 0.546 60 G 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.476 0.043 0.116 0.339 61 Q 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.051 0.052 0.139 62 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.755 0.061 0.032 0.130 63 V 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.904 0.024 0.011 0.041 64 M 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.817 0.055 0.017 0.079 65 L 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.764 0.022 0.025 0.160 66 N 0.022 0.010 0.002 0.001 0.020 0.048 0.060 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.086 0.074 0.199 67 Y 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.027 0.139 0.484 68 N 0.567 0.040 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.125 0.041 0.161 69 P 0.027 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.050 0.174 0.680 70 D 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.073 0.860 71 N 0.196 0.077 0.017 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.022 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.092 0.088 0.472 72 P 0.224 0.041 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.146 0.081 0.433 73 K 0.233 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.073 0.610 74 E 0.070 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.023 0.021 0.086 0.773 75 R 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.073 0.030 0.158 0.703 76 G 0.022 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.003 0.004 0.007 0.015 0.013 0.210 0.093 0.091 0.468 77 F 0.032 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.002 0.003 0.005 0.006 0.009 0.410 0.094 0.063 0.288 78 W 0.007 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.441 0.065 0.069 0.350 79 Y 0.021 0.162 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.454 0.057 0.048 0.238 80 D 0.063 0.157 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.311 0.065 0.240 81 A 0.024 0.262 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.161 0.067 0.307 82 E 0.066 0.445 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.054 0.051 0.200 83 I 0.041 0.329 0.011 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.071 0.063 0.351 84 S 0.062 0.259 0.014 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.120 0.058 0.305 85 R 0.131 0.065 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.275 0.067 0.379 86 K 0.082 0.068 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.229 0.085 0.440 87 R 0.163 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.086 0.089 0.541 88 E 0.056 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.042 0.105 0.711 89 T 0.033 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.034 0.124 0.744 90 R 0.051 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.068 0.126 0.639