# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.088 0.013 0.004 0.023 0.018 0.027 0.100 0.001 0.001 0.003 0.722 2 K 0.031 0.003 0.002 0.013 0.006 0.013 0.034 0.001 0.001 0.001 0.896 3 A 0.126 0.007 0.006 0.034 0.035 0.042 0.095 0.001 0.001 0.003 0.650 4 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.974 5 S 0.035 0.003 0.002 0.045 0.050 0.110 0.093 0.001 0.001 0.001 0.661 6 R 0.140 0.009 0.003 0.038 0.025 0.051 0.098 0.001 0.001 0.009 0.626 7 D 0.116 0.014 0.007 0.036 0.024 0.066 0.149 0.001 0.001 0.013 0.574 8 E 0.181 0.007 0.008 0.038 0.036 0.049 0.144 0.001 0.001 0.008 0.527 9 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.979 10 C 0.025 0.004 0.002 0.040 0.039 0.085 0.101 0.001 0.001 0.002 0.701 11 S 0.090 0.014 0.002 0.043 0.034 0.054 0.125 0.001 0.001 0.006 0.629 12 S 0.105 0.040 0.004 0.049 0.053 0.079 0.103 0.002 0.001 0.006 0.560 13 T 0.092 0.031 0.008 0.043 0.045 0.080 0.143 0.002 0.001 0.012 0.543 14 S 0.112 0.020 0.010 0.025 0.019 0.046 0.176 0.002 0.001 0.019 0.571 15 R 0.142 0.019 0.008 0.028 0.045 0.047 0.221 0.002 0.001 0.010 0.478 16 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 17 A 0.027 0.009 0.005 0.026 0.049 0.105 0.135 0.001 0.001 0.003 0.641 18 L 0.112 0.019 0.004 0.013 0.025 0.038 0.132 0.001 0.001 0.010 0.645 19 E 0.148 0.064 0.011 0.019 0.057 0.099 0.088 0.002 0.001 0.011 0.501 20 E 0.091 0.022 0.006 0.018 0.044 0.080 0.105 0.001 0.001 0.012 0.622 21 D 0.191 0.015 0.004 0.026 0.069 0.077 0.160 0.001 0.001 0.008 0.449 22 V 0.223 0.044 0.014 0.057 0.237 0.198 0.045 0.002 0.001 0.003 0.178 23 I 0.006 0.018 0.003 0.085 0.325 0.453 0.030 0.001 0.001 0.001 0.080 24 Y 0.001 0.003 0.001 0.029 0.485 0.459 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 25 H 0.003 0.004 0.001 0.059 0.354 0.490 0.009 0.001 0.001 0.001 0.080 26 V 0.001 0.003 0.001 0.060 0.438 0.456 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 27 K 0.001 0.001 0.001 0.027 0.344 0.472 0.011 0.001 0.001 0.001 0.144 28 Y 0.001 0.002 0.001 0.046 0.241 0.569 0.021 0.001 0.001 0.001 0.119 29 D 0.015 0.005 0.002 0.058 0.133 0.357 0.070 0.001 0.001 0.009 0.350 30 D 0.040 0.003 0.004 0.033 0.021 0.059 0.132 0.001 0.001 0.016 0.692 31 Y 0.293 0.010 0.010 0.019 0.101 0.054 0.180 0.002 0.001 0.021 0.310 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 33 E 0.015 0.002 0.001 0.021 0.049 0.173 0.158 0.001 0.001 0.002 0.578 34 N 0.112 0.005 0.001 0.013 0.013 0.016 0.149 0.001 0.001 0.018 0.672 35 G 0.485 0.011 0.004 0.014 0.117 0.097 0.043 0.001 0.001 0.012 0.216 36 V 0.126 0.019 0.039 0.075 0.099 0.107 0.140 0.001 0.001 0.008 0.387 37 V 0.007 0.005 0.001 0.060 0.391 0.383 0.021 0.001 0.001 0.001 0.131 38 Q 0.004 0.004 0.001 0.051 0.230 0.433 0.020 0.001 0.001 0.001 0.256 39 M 0.008 0.007 0.001 0.146 0.239 0.462 0.019 0.001 0.001 0.002 0.116 40 N 0.011 0.005 0.001 0.076 0.159 0.243 0.116 0.001 0.001 0.002 0.388 41 S 0.026 0.005 0.003 0.063 0.079 0.178 0.052 0.001 0.001 0.004 0.587 42 R 0.041 0.011 0.003 0.059 0.089 0.151 0.225 0.001 0.001 0.015 0.405 43 D 0.136 0.006 0.002 0.013 0.018 0.029 0.261 0.001 0.001 0.016 0.519 44 V 0.324 0.061 0.028 0.054 0.042 0.064 0.129 0.003 0.001 0.012 0.283 45 R 0.023 0.057 0.007 0.032 0.100 0.106 0.380 0.002 0.001 0.004 0.291 46 A 0.003 0.007 0.001 0.005 0.007 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.939 47 R 0.030 0.067 0.004 0.034 0.072 0.202 0.191 0.001 0.001 0.008 0.392 48 A 0.261 0.210 0.007 0.022 0.034 0.048 0.184 0.003 0.001 0.010 0.221 49 R 0.056 0.564 0.011 0.027 0.040 0.065 0.052 0.005 0.001 0.002 0.177 50 T 0.044 0.460 0.015 0.039 0.111 0.105 0.050 0.009 0.001 0.002 0.165 51 I 0.061 0.410 0.007 0.029 0.046 0.093 0.021 0.008 0.001 0.001 0.325 52 I 0.038 0.258 0.011 0.096 0.170 0.204 0.038 0.012 0.001 0.002 0.171 53 K 0.036 0.132 0.011 0.035 0.125 0.179 0.047 0.011 0.001 0.002 0.422 54 W 0.049 0.156 0.030 0.055 0.090 0.207 0.036 0.008 0.001 0.003 0.366 55 Q 0.078 0.099 0.013 0.037 0.079 0.153 0.084 0.006 0.001 0.007 0.445 56 D 0.131 0.025 0.005 0.015 0.013 0.031 0.095 0.004 0.001 0.006 0.674 57 L 0.562 0.052 0.032 0.053 0.041 0.062 0.039 0.007 0.001 0.006 0.146 58 E 0.056 0.040 0.012 0.062 0.093 0.082 0.195 0.007 0.001 0.003 0.451 59 V 0.047 0.032 0.027 0.085 0.116 0.134 0.077 0.004 0.001 0.007 0.472 60 G 0.026 0.006 0.008 0.172 0.176 0.364 0.066 0.001 0.001 0.013 0.169 61 Q 0.045 0.002 0.002 0.198 0.198 0.182 0.160 0.001 0.001 0.006 0.206 62 V 0.010 0.003 0.001 0.267 0.136 0.203 0.063 0.001 0.001 0.001 0.316 63 V 0.002 0.001 0.001 0.480 0.168 0.278 0.020 0.001 0.001 0.001 0.049 64 M 0.002 0.002 0.001 0.244 0.257 0.345 0.022 0.001 0.001 0.001 0.127 65 L 0.001 0.002 0.001 0.282 0.272 0.291 0.025 0.001 0.001 0.001 0.126 66 N 0.002 0.002 0.001 0.235 0.210 0.344 0.043 0.001 0.001 0.002 0.161 67 Y 0.005 0.003 0.002 0.080 0.170 0.248 0.127 0.001 0.001 0.005 0.358 68 N 0.005 0.002 0.002 0.066 0.173 0.166 0.258 0.001 0.001 0.010 0.316 69 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.982 70 D 0.003 0.001 0.001 0.016 0.004 0.014 0.542 0.001 0.001 0.006 0.413 71 N 0.217 0.003 0.002 0.007 0.017 0.007 0.180 0.001 0.001 0.063 0.503 72 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 73 K 0.006 0.004 0.002 0.013 0.027 0.084 0.422 0.001 0.001 0.006 0.436 74 E 0.408 0.014 0.001 0.009 0.022 0.023 0.108 0.001 0.001 0.027 0.387 75 R 0.189 0.237 0.009 0.031 0.070 0.050 0.086 0.003 0.001 0.013 0.312 76 G 0.137 0.045 0.013 0.039 0.122 0.190 0.093 0.005 0.001 0.009 0.347 77 F 0.095 0.055 0.049 0.120 0.163 0.154 0.080 0.004 0.001 0.005 0.275 78 W 0.008 0.007 0.002 0.080 0.294 0.398 0.018 0.001 0.001 0.001 0.193 79 Y 0.003 0.004 0.001 0.069 0.425 0.332 0.030 0.001 0.001 0.001 0.133 80 D 0.013 0.015 0.004 0.091 0.245 0.351 0.045 0.001 0.001 0.004 0.230 81 A 0.011 0.021 0.003 0.091 0.185 0.366 0.099 0.001 0.001 0.006 0.219 82 E 0.010 0.014 0.001 0.057 0.087 0.170 0.446 0.001 0.001 0.003 0.213 83 I 0.041 0.059 0.004 0.077 0.153 0.235 0.160 0.001 0.001 0.008 0.263 84 S 0.019 0.147 0.006 0.044 0.251 0.286 0.084 0.002 0.001 0.003 0.156 85 R 0.020 0.209 0.006 0.024 0.136 0.171 0.065 0.003 0.001 0.003 0.362 86 K 0.056 0.181 0.004 0.022 0.140 0.283 0.033 0.005 0.001 0.003 0.274 87 R 0.091 0.148 0.005 0.018 0.126 0.233 0.068 0.008 0.001 0.004 0.299 88 E 0.134 0.160 0.013 0.014 0.046 0.076 0.090 0.010 0.001 0.006 0.451 89 T 0.170 0.120 0.033 0.022 0.050 0.092 0.075 0.011 0.001 0.008 0.419 90 R 0.137 0.095 0.020 0.019 0.046 0.066 0.095 0.009 0.001 0.006 0.507