# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.263 0.177 0.234 0.151 0.066 0.022 0.044 0.010 0.020 0.009 0.004 2 K 0.144 0.155 0.277 0.181 0.039 0.063 0.087 0.016 0.027 0.006 0.004 3 A 0.060 0.280 0.456 0.013 0.062 0.020 0.010 0.001 0.090 0.007 0.001 4 P 0.258 0.017 0.626 0.021 0.005 0.026 0.004 0.001 0.003 0.006 0.033 5 S 0.269 0.192 0.210 0.144 0.064 0.031 0.027 0.024 0.031 0.006 0.002 6 R 0.267 0.259 0.295 0.098 0.030 0.016 0.012 0.002 0.016 0.002 0.003 7 D 0.145 0.175 0.216 0.280 0.049 0.051 0.043 0.013 0.020 0.004 0.004 8 E 0.015 0.333 0.372 0.008 0.100 0.012 0.006 0.001 0.150 0.003 0.001 9 P 0.218 0.014 0.666 0.016 0.005 0.026 0.002 0.001 0.003 0.004 0.046 10 C 0.230 0.254 0.250 0.121 0.073 0.024 0.015 0.009 0.022 0.002 0.001 11 S 0.223 0.244 0.290 0.095 0.060 0.032 0.017 0.006 0.025 0.005 0.003 12 S 0.301 0.260 0.187 0.126 0.054 0.026 0.013 0.005 0.022 0.004 0.002 13 T 0.260 0.222 0.177 0.223 0.037 0.025 0.030 0.003 0.017 0.002 0.003 14 S 0.154 0.183 0.183 0.252 0.059 0.042 0.082 0.016 0.023 0.003 0.003 15 R 0.026 0.382 0.399 0.010 0.068 0.014 0.009 0.001 0.088 0.003 0.001 16 P 0.142 0.019 0.747 0.015 0.005 0.033 0.003 0.001 0.004 0.004 0.027 17 A 0.262 0.202 0.346 0.073 0.039 0.030 0.012 0.005 0.027 0.003 0.002 18 L 0.367 0.146 0.336 0.070 0.016 0.027 0.013 0.002 0.018 0.002 0.002 19 E 0.381 0.183 0.239 0.098 0.020 0.028 0.024 0.003 0.019 0.002 0.001 20 E 0.495 0.125 0.214 0.117 0.015 0.011 0.014 0.002 0.006 0.001 0.001 21 D 0.124 0.172 0.142 0.388 0.040 0.050 0.066 0.007 0.009 0.001 0.001 22 V 0.022 0.602 0.269 0.029 0.040 0.024 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 23 I 0.050 0.660 0.200 0.032 0.027 0.019 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 24 Y 0.003 0.709 0.062 0.010 0.196 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 H 0.002 0.815 0.058 0.001 0.094 0.014 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 26 V 0.002 0.836 0.110 0.001 0.016 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 27 K 0.019 0.487 0.318 0.006 0.028 0.114 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 28 Y 0.067 0.419 0.276 0.056 0.079 0.051 0.008 0.001 0.039 0.004 0.002 29 D 0.280 0.216 0.181 0.109 0.065 0.044 0.053 0.010 0.024 0.013 0.006 30 D 0.140 0.076 0.073 0.599 0.038 0.024 0.031 0.005 0.011 0.002 0.002 31 Y 0.020 0.224 0.343 0.010 0.058 0.023 0.016 0.001 0.299 0.005 0.001 32 P 0.170 0.006 0.749 0.009 0.004 0.014 0.001 0.001 0.004 0.006 0.037 33 E 0.806 0.026 0.083 0.067 0.003 0.005 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 34 N 0.034 0.011 0.022 0.831 0.010 0.005 0.075 0.007 0.003 0.001 0.001 35 G 0.012 0.015 0.043 0.010 0.111 0.004 0.138 0.580 0.004 0.081 0.001 36 V 0.044 0.458 0.414 0.031 0.013 0.027 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 37 V 0.025 0.719 0.175 0.019 0.032 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 38 Q 0.015 0.651 0.168 0.012 0.084 0.044 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 39 M 0.018 0.728 0.140 0.012 0.065 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 40 N 0.045 0.192 0.421 0.027 0.067 0.147 0.025 0.003 0.056 0.012 0.004 41 S 0.366 0.139 0.246 0.094 0.076 0.027 0.019 0.004 0.020 0.007 0.003 42 R 0.509 0.167 0.113 0.138 0.031 0.010 0.016 0.004 0.010 0.003 0.001 43 D 0.184 0.110 0.159 0.306 0.064 0.069 0.079 0.010 0.015 0.002 0.002 44 V 0.182 0.453 0.222 0.059 0.024 0.027 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 45 R 0.067 0.316 0.393 0.003 0.012 0.058 0.009 0.001 0.139 0.002 0.001 46 A 0.457 0.003 0.471 0.017 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 47 R 0.379 0.103 0.077 0.298 0.054 0.018 0.027 0.013 0.028 0.002 0.001 48 A 0.507 0.094 0.227 0.068 0.056 0.015 0.010 0.005 0.011 0.006 0.001 49 R 0.727 0.124 0.060 0.050 0.015 0.007 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 50 T 0.237 0.488 0.099 0.039 0.109 0.006 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 51 I 0.341 0.464 0.105 0.027 0.022 0.022 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 52 I 0.063 0.723 0.110 0.017 0.051 0.012 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 53 K 0.090 0.443 0.255 0.020 0.042 0.082 0.014 0.001 0.049 0.001 0.001 54 W 0.352 0.192 0.274 0.086 0.029 0.037 0.006 0.001 0.019 0.002 0.002 55 Q 0.462 0.100 0.063 0.305 0.016 0.011 0.027 0.002 0.011 0.001 0.001 56 D 0.146 0.103 0.076 0.272 0.041 0.035 0.297 0.013 0.015 0.001 0.001 57 L 0.035 0.470 0.308 0.049 0.066 0.023 0.031 0.002 0.014 0.001 0.001 58 E 0.019 0.246 0.536 0.012 0.014 0.137 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 59 V 0.060 0.394 0.380 0.075 0.008 0.048 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 60 G 0.032 0.050 0.069 0.023 0.328 0.026 0.067 0.268 0.005 0.131 0.001 61 Q 0.012 0.596 0.210 0.010 0.136 0.014 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 62 V 0.012 0.619 0.241 0.002 0.007 0.103 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 63 V 0.034 0.705 0.165 0.009 0.024 0.048 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 64 M 0.027 0.558 0.224 0.018 0.063 0.079 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 65 L 0.041 0.575 0.136 0.026 0.162 0.039 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 66 N 0.031 0.218 0.317 0.052 0.078 0.191 0.053 0.004 0.046 0.005 0.006 67 Y 0.141 0.233 0.248 0.163 0.112 0.046 0.010 0.006 0.030 0.008 0.003 68 N 0.021 0.158 0.337 0.010 0.034 0.037 0.018 0.001 0.376 0.008 0.001 69 P 0.813 0.002 0.135 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 70 D 0.293 0.026 0.046 0.602 0.005 0.008 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 71 N 0.039 0.129 0.297 0.016 0.051 0.012 0.026 0.001 0.425 0.004 0.001 72 P 0.518 0.002 0.420 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 73 K 0.616 0.080 0.153 0.085 0.014 0.010 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 74 E 0.298 0.217 0.216 0.188 0.021 0.027 0.009 0.002 0.021 0.001 0.001 75 R 0.142 0.267 0.203 0.274 0.042 0.010 0.033 0.002 0.024 0.001 0.001 76 G 0.046 0.049 0.084 0.025 0.236 0.020 0.097 0.300 0.008 0.133 0.002 77 F 0.058 0.513 0.249 0.039 0.096 0.021 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 78 W 0.075 0.407 0.302 0.037 0.084 0.060 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 79 Y 0.149 0.529 0.143 0.031 0.090 0.024 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 80 D 0.245 0.224 0.261 0.074 0.040 0.089 0.034 0.002 0.028 0.002 0.002 81 A 0.361 0.239 0.148 0.043 0.164 0.020 0.010 0.004 0.008 0.003 0.001 82 E 0.497 0.386 0.053 0.004 0.006 0.028 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 83 I 0.391 0.332 0.173 0.011 0.008 0.062 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 84 S 0.525 0.112 0.095 0.186 0.035 0.025 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 85 R 0.465 0.143 0.105 0.144 0.057 0.022 0.025 0.004 0.032 0.003 0.001 86 K 0.584 0.129 0.119 0.106 0.012 0.022 0.015 0.001 0.010 0.001 0.001 87 R 0.498 0.114 0.121 0.168 0.037 0.011 0.031 0.006 0.010 0.003 0.001 88 E 0.324 0.195 0.191 0.127 0.043 0.032 0.055 0.009 0.020 0.003 0.001 89 T 0.154 0.305 0.232 0.203 0.040 0.032 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 90 R 0.123 0.357 0.272 0.068 0.072 0.033 0.030 0.006 0.032 0.006 0.001