# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.48049 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.056 0.230 0.102 0.056 0.135 0.041 0.084 0.115 0.084 0.070 0.028 2 K 0.090 0.096 0.084 0.056 0.106 0.028 0.048 0.073 0.075 0.258 0.087 3 A 0.074 0.330 0.190 0.028 0.213 0.010 0.019 0.032 0.031 0.039 0.035 4 P 0.088 0.301 0.146 0.032 0.181 0.021 0.041 0.062 0.051 0.040 0.038 5 S 0.108 0.210 0.102 0.028 0.197 0.027 0.043 0.073 0.080 0.075 0.057 6 R 0.095 0.185 0.054 0.021 0.212 0.026 0.061 0.113 0.113 0.085 0.034 7 D 0.118 0.112 0.070 0.035 0.152 0.030 0.057 0.082 0.082 0.196 0.066 8 E 0.084 0.308 0.171 0.026 0.247 0.011 0.015 0.034 0.026 0.036 0.041 9 P 0.125 0.239 0.079 0.020 0.227 0.017 0.033 0.092 0.066 0.056 0.046 10 C 0.092 0.219 0.090 0.022 0.204 0.025 0.050 0.099 0.078 0.070 0.051 11 S 0.131 0.193 0.075 0.020 0.238 0.019 0.036 0.094 0.064 0.076 0.054 12 S 0.115 0.126 0.057 0.024 0.167 0.031 0.047 0.133 0.122 0.120 0.057 13 T 0.085 0.171 0.068 0.032 0.179 0.036 0.068 0.126 0.103 0.092 0.040 14 S 0.102 0.123 0.065 0.038 0.134 0.028 0.055 0.084 0.091 0.213 0.066 15 R 0.068 0.348 0.193 0.029 0.219 0.008 0.014 0.029 0.029 0.032 0.032 16 P 0.091 0.261 0.106 0.021 0.186 0.015 0.040 0.097 0.086 0.054 0.042 17 A 0.076 0.216 0.125 0.025 0.162 0.021 0.058 0.108 0.081 0.082 0.045 18 L 0.070 0.279 0.129 0.040 0.153 0.026 0.050 0.098 0.062 0.065 0.028 19 E 0.127 0.094 0.059 0.031 0.152 0.026 0.035 0.160 0.163 0.099 0.053 20 E 0.037 0.083 0.041 0.031 0.079 0.055 0.106 0.245 0.228 0.071 0.023 21 D 0.119 0.057 0.030 0.020 0.118 0.027 0.077 0.110 0.066 0.297 0.079 22 V 0.230 0.148 0.009 0.003 0.499 0.006 0.008 0.020 0.012 0.032 0.033 23 I 0.315 0.074 0.006 0.003 0.547 0.008 0.008 0.010 0.004 0.005 0.020 24 Y 0.245 0.112 0.032 0.008 0.523 0.012 0.011 0.011 0.005 0.006 0.035 25 H 0.284 0.082 0.010 0.003 0.558 0.003 0.004 0.007 0.003 0.006 0.039 26 V 0.241 0.138 0.008 0.001 0.576 0.002 0.005 0.005 0.002 0.002 0.022 27 K 0.257 0.189 0.035 0.002 0.424 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.077 28 Y 0.234 0.169 0.047 0.023 0.291 0.035 0.018 0.052 0.033 0.026 0.073 29 D 0.110 0.105 0.043 0.052 0.143 0.054 0.077 0.234 0.103 0.054 0.025 30 D 0.069 0.131 0.056 0.020 0.147 0.027 0.096 0.184 0.057 0.166 0.047 31 Y 0.069 0.340 0.169 0.012 0.301 0.004 0.005 0.048 0.009 0.009 0.033 32 P 0.037 0.071 0.063 0.018 0.039 0.015 0.036 0.569 0.119 0.015 0.019 33 E 0.013 0.088 0.044 0.020 0.024 0.063 0.140 0.486 0.090 0.024 0.009 34 N 0.019 0.526 0.178 0.089 0.039 0.027 0.031 0.025 0.012 0.032 0.021 35 G 0.035 0.031 0.054 0.137 0.021 0.034 0.015 0.025 0.022 0.333 0.292 36 V 0.188 0.231 0.046 0.013 0.359 0.012 0.012 0.030 0.032 0.033 0.044 37 V 0.153 0.252 0.027 0.006 0.460 0.017 0.023 0.020 0.012 0.008 0.022 38 Q 0.341 0.114 0.029 0.002 0.424 0.003 0.006 0.008 0.005 0.010 0.058 39 M 0.160 0.252 0.043 0.010 0.384 0.019 0.016 0.027 0.013 0.026 0.052 40 N 0.123 0.291 0.159 0.009 0.321 0.006 0.006 0.013 0.008 0.011 0.052 41 S 0.129 0.100 0.017 0.008 0.151 0.010 0.015 0.198 0.275 0.064 0.034 42 R 0.013 0.058 0.035 0.018 0.028 0.055 0.101 0.345 0.276 0.057 0.013 43 D 0.076 0.062 0.026 0.010 0.099 0.011 0.056 0.244 0.094 0.269 0.053 44 V 0.102 0.271 0.051 0.015 0.163 0.012 0.023 0.139 0.053 0.129 0.044 45 R 0.062 0.340 0.132 0.019 0.216 0.010 0.009 0.139 0.035 0.011 0.027 46 A 0.016 0.031 0.013 0.006 0.025 0.010 0.027 0.693 0.162 0.012 0.006 47 R 0.018 0.018 0.010 0.007 0.016 0.011 0.068 0.628 0.127 0.086 0.011 48 A 0.052 0.042 0.009 0.004 0.080 0.008 0.014 0.535 0.155 0.083 0.019 49 R 0.055 0.046 0.011 0.009 0.108 0.018 0.038 0.528 0.145 0.026 0.016 50 T 0.088 0.087 0.029 0.011 0.180 0.015 0.105 0.354 0.073 0.037 0.021 51 I 0.371 0.055 0.009 0.004 0.254 0.004 0.027 0.131 0.032 0.065 0.048 52 I 0.091 0.272 0.048 0.009 0.363 0.021 0.037 0.082 0.027 0.017 0.032 53 K 0.249 0.161 0.044 0.004 0.329 0.005 0.014 0.068 0.022 0.025 0.079 54 W 0.123 0.071 0.011 0.005 0.165 0.009 0.011 0.207 0.300 0.063 0.033 55 Q 0.020 0.077 0.038 0.022 0.053 0.064 0.213 0.314 0.161 0.029 0.010 56 D 0.188 0.035 0.011 0.005 0.196 0.007 0.027 0.107 0.051 0.276 0.097 57 L 0.128 0.266 0.016 0.004 0.489 0.005 0.014 0.038 0.013 0.010 0.015 58 E 0.340 0.068 0.042 0.021 0.306 0.025 0.026 0.048 0.021 0.022 0.081 59 V 0.116 0.230 0.083 0.092 0.189 0.070 0.070 0.047 0.037 0.031 0.034 60 G 0.049 0.022 0.041 0.220 0.030 0.134 0.068 0.027 0.025 0.254 0.129 61 Q 0.108 0.323 0.039 0.009 0.368 0.015 0.021 0.016 0.012 0.041 0.046 62 V 0.222 0.091 0.002 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 63 V 0.206 0.083 0.006 0.001 0.684 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 64 M 0.345 0.065 0.014 0.002 0.525 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.039 65 L 0.270 0.093 0.020 0.020 0.333 0.052 0.048 0.033 0.020 0.033 0.078 66 N 0.252 0.141 0.041 0.011 0.386 0.010 0.015 0.014 0.008 0.031 0.090 67 Y 0.095 0.240 0.067 0.024 0.268 0.038 0.035 0.033 0.032 0.098 0.071 68 N 0.167 0.186 0.130 0.008 0.454 0.002 0.002 0.007 0.006 0.004 0.033 69 P 0.005 0.013 0.004 0.002 0.007 0.005 0.015 0.284 0.637 0.024 0.004 70 D 0.014 0.080 0.030 0.010 0.021 0.028 0.149 0.286 0.186 0.179 0.017 71 N 0.076 0.258 0.033 0.013 0.233 0.008 0.010 0.114 0.061 0.149 0.045 72 P 0.114 0.110 0.079 0.033 0.171 0.021 0.038 0.232 0.114 0.048 0.039 73 K 0.056 0.069 0.038 0.017 0.084 0.030 0.080 0.346 0.183 0.067 0.030 74 E 0.083 0.079 0.048 0.040 0.116 0.061 0.085 0.173 0.091 0.169 0.054 75 R 0.099 0.216 0.095 0.079 0.138 0.044 0.051 0.086 0.057 0.088 0.047 76 G 0.068 0.063 0.095 0.152 0.069 0.053 0.032 0.074 0.065 0.223 0.108 77 F 0.106 0.232 0.056 0.013 0.317 0.015 0.036 0.093 0.052 0.044 0.034 78 W 0.347 0.097 0.019 0.007 0.306 0.012 0.019 0.049 0.024 0.046 0.075 79 Y 0.076 0.359 0.091 0.021 0.278 0.029 0.030 0.047 0.018 0.015 0.035 80 D 0.303 0.085 0.019 0.007 0.429 0.006 0.006 0.044 0.018 0.028 0.056 81 A 0.158 0.152 0.009 0.004 0.524 0.007 0.014 0.075 0.035 0.008 0.013 82 E 0.277 0.099 0.037 0.006 0.356 0.009 0.045 0.094 0.017 0.014 0.049 83 I 0.312 0.084 0.014 0.009 0.270 0.008 0.014 0.118 0.043 0.050 0.079 84 S 0.082 0.147 0.042 0.037 0.189 0.056 0.076 0.217 0.082 0.040 0.033 85 R 0.155 0.131 0.059 0.013 0.214 0.014 0.038 0.180 0.065 0.064 0.067 86 K 0.124 0.167 0.035 0.013 0.222 0.015 0.036 0.205 0.089 0.053 0.042 87 R 0.081 0.148 0.055 0.024 0.170 0.038 0.069 0.223 0.105 0.048 0.039 88 E 0.151 0.089 0.034 0.016 0.151 0.018 0.063 0.205 0.091 0.121 0.062 89 T 0.099 0.187 0.068 0.027 0.182 0.026 0.047 0.146 0.069 0.095 0.052 90 R 0.100 0.209 0.090 0.033 0.173 0.030 0.037 0.147 0.073 0.058 0.050