# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.033 0.180 0.523 0.005 0.051 0.009 0.004 0.023 0.017 0.019 0.015 0.029 0.001 0.003 0.024 2 H 0.055 0.061 0.221 0.596 0.005 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.010 0.010 0.001 0.001 0.004 3 H 0.005 0.016 0.068 0.837 0.008 0.040 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 4 H 0.006 0.039 0.063 0.816 0.014 0.037 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 5 H 0.008 0.024 0.046 0.818 0.010 0.047 0.002 0.015 0.002 0.002 0.012 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 6 H 0.004 0.065 0.039 0.389 0.029 0.380 0.004 0.014 0.010 0.009 0.013 0.021 0.015 0.001 0.001 0.006 7 H 0.010 0.044 0.012 0.080 0.063 0.351 0.008 0.013 0.005 0.003 0.354 0.017 0.033 0.002 0.002 0.004 8 S 0.006 0.132 0.022 0.038 0.040 0.063 0.023 0.042 0.004 0.005 0.302 0.261 0.031 0.020 0.007 0.004 9 S 0.018 0.202 0.059 0.071 0.002 0.037 0.012 0.069 0.041 0.005 0.045 0.129 0.075 0.003 0.193 0.039 10 G 0.040 0.031 0.219 0.096 0.001 0.008 0.009 0.002 0.054 0.018 0.024 0.031 0.113 0.001 0.006 0.347 11 R 0.206 0.014 0.237 0.058 0.022 0.201 0.039 0.002 0.002 0.002 0.010 0.040 0.149 0.010 0.001 0.007 12 E 0.008 0.050 0.137 0.085 0.008 0.102 0.006 0.042 0.001 0.001 0.384 0.019 0.141 0.003 0.012 0.003 13 N 0.003 0.217 0.020 0.227 0.003 0.056 0.003 0.006 0.044 0.008 0.020 0.262 0.103 0.002 0.004 0.024 14 L 0.069 0.013 0.068 0.285 0.002 0.019 0.013 0.002 0.005 0.002 0.057 0.044 0.397 0.002 0.004 0.018 15 Y 0.017 0.090 0.334 0.158 0.006 0.036 0.006 0.005 0.002 0.001 0.011 0.046 0.265 0.002 0.004 0.018 16 F 0.008 0.011 0.055 0.341 0.124 0.074 0.084 0.004 0.002 0.002 0.022 0.011 0.175 0.079 0.001 0.007 17 Q 0.012 0.073 0.153 0.292 0.011 0.026 0.011 0.113 0.004 0.001 0.023 0.022 0.098 0.003 0.148 0.010 18 G 0.007 0.024 0.039 0.334 0.028 0.063 0.011 0.008 0.061 0.101 0.019 0.030 0.098 0.006 0.004 0.169 19 M 0.272 0.053 0.100 0.199 0.026 0.097 0.012 0.017 0.009 0.004 0.038 0.029 0.107 0.009 0.007 0.021 20 W 0.017 0.072 0.104 0.117 0.009 0.255 0.016 0.016 0.007 0.006 0.151 0.070 0.131 0.007 0.011 0.010 21 D 0.015 0.426 0.036 0.101 0.001 0.090 0.002 0.013 0.007 0.003 0.049 0.118 0.112 0.001 0.007 0.019 22 E 0.042 0.083 0.106 0.307 0.007 0.034 0.038 0.002 0.019 0.004 0.075 0.059 0.142 0.010 0.004 0.066 23 T 0.044 0.030 0.586 0.132 0.004 0.018 0.008 0.007 0.001 0.001 0.014 0.042 0.087 0.001 0.017 0.008 24 E 0.003 0.015 0.069 0.117 0.386 0.066 0.103 0.004 0.002 0.004 0.009 0.011 0.028 0.173 0.001 0.007 25 L 0.023 0.053 0.040 0.294 0.008 0.019 0.006 0.330 0.004 0.001 0.033 0.006 0.021 0.001 0.159 0.002 26 G 0.005 0.051 0.050 0.300 0.005 0.061 0.007 0.004 0.199 0.124 0.008 0.020 0.029 0.001 0.001 0.137 27 L 0.510 0.030 0.073 0.346 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.004 0.011 0.001 0.001 0.004 28 Y 0.005 0.015 0.304 0.633 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 29 K 0.004 0.016 0.062 0.830 0.012 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 30 V 0.002 0.016 0.015 0.894 0.022 0.030 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 31 N 0.003 0.055 0.021 0.689 0.028 0.134 0.003 0.020 0.004 0.003 0.008 0.013 0.013 0.001 0.001 0.002 32 E 0.014 0.096 0.034 0.550 0.023 0.130 0.006 0.027 0.016 0.007 0.043 0.013 0.022 0.002 0.003 0.013 33 Y 0.026 0.114 0.114 0.464 0.011 0.075 0.008 0.016 0.016 0.012 0.058 0.035 0.027 0.002 0.006 0.015 34 V 0.017 0.080 0.112 0.168 0.010 0.418 0.010 0.010 0.008 0.006 0.028 0.046 0.064 0.003 0.007 0.012 35 D 0.012 0.062 0.040 0.074 0.012 0.256 0.008 0.009 0.003 0.002 0.377 0.030 0.093 0.004 0.005 0.014 36 A 0.016 0.411 0.068 0.104 0.005 0.019 0.011 0.008 0.006 0.001 0.105 0.166 0.043 0.008 0.008 0.022 37 R 0.023 0.072 0.279 0.179 0.003 0.050 0.023 0.009 0.010 0.004 0.014 0.107 0.157 0.004 0.033 0.033 38 D 0.012 0.014 0.100 0.027 0.020 0.373 0.031 0.005 0.003 0.003 0.059 0.018 0.295 0.015 0.006 0.020 39 T 0.016 0.062 0.010 0.017 0.011 0.028 0.005 0.021 0.002 0.001 0.642 0.061 0.105 0.006 0.009 0.005 40 N 0.006 0.076 0.025 0.028 0.033 0.022 0.096 0.012 0.011 0.006 0.037 0.359 0.060 0.199 0.016 0.014 41 M 0.022 0.029 0.178 0.037 0.001 0.008 0.010 0.053 0.012 0.002 0.011 0.012 0.110 0.001 0.475 0.041 42 G 0.027 0.016 0.258 0.090 0.001 0.011 0.007 0.001 0.039 0.026 0.006 0.007 0.062 0.001 0.001 0.448 43 A 0.553 0.010 0.193 0.135 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.038 0.001 0.001 0.002 44 W 0.002 0.140 0.287 0.489 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.021 0.001 0.001 0.003 45 F 0.003 0.022 0.020 0.769 0.001 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.033 0.001 0.001 0.001 46 E 0.004 0.082 0.073 0.741 0.001 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 0.043 0.001 0.001 0.003 47 A 0.004 0.008 0.035 0.849 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.034 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.004 0.033 0.079 0.714 0.004 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.081 0.001 0.001 0.003 49 V 0.002 0.017 0.026 0.541 0.021 0.185 0.004 0.003 0.001 0.001 0.035 0.009 0.151 0.003 0.001 0.002 50 V 0.003 0.203 0.033 0.512 0.002 0.032 0.001 0.011 0.002 0.001 0.015 0.036 0.140 0.001 0.003 0.007 51 R 0.006 0.031 0.036 0.496 0.004 0.109 0.007 0.001 0.009 0.003 0.009 0.015 0.218 0.002 0.001 0.053 52 V 0.036 0.047 0.305 0.236 0.013 0.060 0.016 0.005 0.001 0.001 0.054 0.019 0.180 0.010 0.006 0.012 53 T 0.007 0.102 0.073 0.222 0.005 0.283 0.008 0.016 0.004 0.002 0.019 0.066 0.158 0.006 0.015 0.014 54 R 0.017 0.090 0.057 0.145 0.006 0.136 0.009 0.005 0.009 0.003 0.160 0.028 0.255 0.007 0.009 0.065 55 R 0.050 0.124 0.138 0.177 0.004 0.032 0.011 0.007 0.005 0.001 0.068 0.177 0.158 0.009 0.011 0.028 56 T 0.015 0.041 0.133 0.090 0.004 0.315 0.015 0.007 0.004 0.001 0.022 0.069 0.253 0.005 0.011 0.016 57 A 0.011 0.063 0.061 0.102 0.008 0.084 0.013 0.006 0.003 0.002 0.281 0.032 0.295 0.009 0.007 0.023 58 R 0.020 0.108 0.039 0.131 0.003 0.042 0.005 0.012 0.007 0.002 0.038 0.316 0.249 0.004 0.015 0.011 59 E 0.013 0.028 0.098 0.125 0.007 0.042 0.024 0.003 0.007 0.003 0.036 0.041 0.512 0.014 0.007 0.040 60 L 0.032 0.039 0.118 0.146 0.010 0.065 0.014 0.018 0.003 0.001 0.044 0.044 0.411 0.013 0.024 0.018 61 Y 0.013 0.065 0.107 0.192 0.036 0.045 0.066 0.012 0.015 0.007 0.035 0.041 0.237 0.070 0.018 0.041 62 A 0.038 0.051 0.119 0.342 0.006 0.040 0.017 0.034 0.009 0.005 0.015 0.020 0.210 0.006 0.063 0.026 63 N 0.025 0.085 0.179 0.290 0.013 0.060 0.022 0.009 0.033 0.017 0.015 0.013 0.100 0.012 0.007 0.119 64 V 0.135 0.042 0.187 0.443 0.016 0.027 0.017 0.011 0.007 0.003 0.030 0.011 0.038 0.004 0.010 0.017 65 V 0.010 0.032 0.182 0.198 0.267 0.113 0.093 0.012 0.004 0.005 0.013 0.013 0.021 0.028 0.002 0.006 66 L 0.015 0.093 0.052 0.286 0.101 0.068 0.041 0.217 0.006 0.005 0.047 0.008 0.020 0.008 0.026 0.007 67 G 0.008 0.039 0.025 0.111 0.034 0.245 0.013 0.102 0.119 0.112 0.067 0.053 0.026 0.006 0.017 0.023 68 D 0.131 0.093 0.038 0.089 0.009 0.055 0.006 0.044 0.076 0.025 0.232 0.097 0.051 0.003 0.018 0.033 69 D 0.083 0.095 0.078 0.097 0.007 0.074 0.008 0.014 0.028 0.011 0.096 0.292 0.075 0.004 0.010 0.027 70 S 0.054 0.086 0.196 0.062 0.031 0.110 0.031 0.015 0.009 0.005 0.076 0.104 0.170 0.009 0.010 0.031 71 L 0.016 0.027 0.112 0.051 0.121 0.116 0.104 0.032 0.006 0.006 0.115 0.051 0.177 0.034 0.020 0.011 72 N 0.013 0.086 0.034 0.046 0.012 0.078 0.019 0.198 0.015 0.010 0.122 0.110 0.148 0.014 0.075 0.019 73 D 0.030 0.212 0.049 0.087 0.002 0.017 0.019 0.009 0.150 0.022 0.028 0.040 0.063 0.004 0.019 0.250 74 C 0.201 0.025 0.493 0.122 0.001 0.015 0.007 0.002 0.011 0.002 0.006 0.013 0.063 0.001 0.006 0.033 75 R 0.027 0.021 0.780 0.130 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.010 76 I 0.013 0.006 0.138 0.698 0.012 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.109 0.052 0.785 0.002 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.008 0.007 0.625 0.006 0.276 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.061 0.001 0.001 0.002 79 V 0.004 0.033 0.031 0.126 0.026 0.241 0.004 0.012 0.001 0.001 0.261 0.046 0.210 0.002 0.001 0.001 80 D 0.001 0.139 0.007 0.231 0.002 0.043 0.001 0.014 0.007 0.001 0.082 0.260 0.206 0.001 0.004 0.003 81 E 0.007 0.045 0.029 0.155 0.002 0.032 0.006 0.001 0.007 0.002 0.031 0.099 0.529 0.003 0.001 0.052 82 V 0.018 0.029 0.248 0.129 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.509 0.002 0.008 0.015 83 F 0.004 0.031 0.232 0.211 0.002 0.030 0.006 0.002 0.002 0.001 0.005 0.011 0.433 0.003 0.004 0.022 84 K 0.013 0.026 0.074 0.508 0.002 0.035 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 0.302 0.001 0.003 0.018 85 I 0.010 0.020 0.109 0.375 0.043 0.098 0.021 0.003 0.001 0.001 0.029 0.010 0.209 0.058 0.003 0.010 86 E 0.013 0.289 0.088 0.428 0.010 0.011 0.011 0.024 0.004 0.001 0.009 0.011 0.056 0.003 0.026 0.017 87 R 0.003 0.004 0.038 0.144 0.357 0.061 0.291 0.004 0.004 0.012 0.004 0.002 0.026 0.042 0.001 0.007 88 P 0.039 0.037 0.057 0.096 0.020 0.039 0.014 0.561 0.002 0.002 0.033 0.004 0.024 0.003 0.065 0.004 89 G 0.003 0.026 0.006 0.076 0.040 0.058 0.009 0.018 0.427 0.193 0.055 0.037 0.014 0.008 0.004 0.026 90 E 0.426 0.039 0.021 0.128 0.017 0.024 0.013 0.040 0.015 0.008 0.063 0.145 0.030 0.010 0.014 0.007