# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.009 0.020 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.027 0.133 0.681 2 H 0.024 0.005 0.018 0.002 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.008 0.087 0.718 3 H 0.013 0.004 0.002 0.003 0.103 0.142 0.053 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.317 0.004 0.050 0.287 4 H 0.012 0.004 0.002 0.001 0.025 0.045 0.043 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.014 0.012 0.169 0.003 0.065 0.568 5 H 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.010 0.002 0.001 0.006 0.005 0.026 0.040 0.012 0.005 0.556 0.004 0.040 0.255 6 H 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.023 0.002 0.019 0.004 0.003 0.002 0.162 0.003 0.060 0.686 7 H 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.028 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.222 0.005 0.064 0.613 8 S 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.006 0.196 0.624 9 S 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 0.122 0.751 10 G 0.188 0.031 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.057 0.141 0.487 11 R 0.116 0.038 0.020 0.004 0.005 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.017 0.316 0.329 12 E 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.968 13 N 0.037 0.038 0.004 0.001 0.035 0.091 0.055 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.011 0.115 0.384 14 L 0.158 0.067 0.006 0.001 0.002 0.004 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.018 0.073 0.377 15 Y 0.071 0.095 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.644 0.010 0.031 0.121 16 F 0.029 0.114 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.439 0.009 0.041 0.340 17 Q 0.041 0.110 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.009 0.005 0.003 0.575 0.012 0.030 0.193 18 G 0.057 0.096 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.007 0.004 0.003 0.002 0.332 0.022 0.059 0.393 19 M 0.091 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.004 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.246 0.035 0.089 0.412 20 W 0.061 0.048 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.170 0.014 0.061 0.589 21 D 0.038 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.103 0.016 0.186 0.590 22 E 0.091 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 0.031 0.093 0.703 23 T 0.167 0.059 0.017 0.008 0.003 0.003 0.004 0.002 0.008 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.162 0.026 0.211 0.309 24 E 0.069 0.038 0.007 0.002 0.004 0.004 0.005 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.013 0.195 0.466 25 L 0.050 0.105 0.009 0.001 0.006 0.009 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.012 0.131 0.534 26 G 0.069 0.046 0.011 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.028 0.128 0.409 27 L 0.085 0.049 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.013 0.276 0.242 28 Y 0.050 0.076 0.015 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.476 0.010 0.065 0.293 29 K 0.013 0.043 0.002 0.001 0.007 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.798 0.004 0.025 0.083 30 V 0.019 0.068 0.004 0.001 0.003 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.583 0.007 0.046 0.247 31 N 0.013 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.756 0.006 0.027 0.127 32 E 0.023 0.068 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.005 0.369 0.014 0.081 0.414 33 Y 0.059 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.236 0.015 0.123 0.504 34 V 0.086 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.007 0.005 0.003 0.170 0.017 0.147 0.481 35 D 0.049 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.076 0.012 0.094 0.705 36 A 0.049 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.040 0.018 0.241 0.574 37 R 0.231 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 0.237 0.407 38 D 0.036 0.072 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.034 0.838 39 T 0.044 0.110 0.013 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.306 0.459 40 N 0.308 0.081 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.063 0.126 0.383 41 M 0.316 0.207 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.057 0.032 0.343 42 G 0.261 0.056 0.064 0.004 0.008 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.063 0.067 0.333 43 A 0.079 0.015 0.084 0.005 0.004 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.010 0.122 0.366 44 W 0.024 0.017 0.010 0.004 0.008 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.005 0.041 0.375 45 F 0.029 0.019 0.004 0.002 0.007 0.011 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.725 0.004 0.043 0.135 46 E 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.002 0.039 0.168 47 A 0.014 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.004 0.025 0.145 48 Q 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.836 0.003 0.039 0.077 49 V 0.018 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.596 0.004 0.052 0.255 50 V 0.014 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.005 0.002 0.795 0.006 0.017 0.084 51 R 0.031 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.008 0.004 0.003 0.003 0.357 0.012 0.046 0.449 52 V 0.057 0.073 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.004 0.380 0.019 0.040 0.377 53 T 0.037 0.077 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.004 0.005 0.008 0.005 0.001 0.209 0.017 0.124 0.491 54 R 0.067 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.070 0.034 0.073 0.678 55 R 0.065 0.070 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.028 0.151 0.569 56 T 0.051 0.060 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.020 0.183 0.621 57 A 0.056 0.074 0.006 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.017 0.070 0.713 58 R 0.050 0.091 0.011 0.001 0.004 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.020 0.161 0.580 59 E 0.117 0.090 0.017 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.027 0.175 0.510 60 L 0.082 0.202 0.007 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.014 0.078 0.536 61 Y 0.131 0.185 0.013 0.002 0.014 0.008 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.031 0.049 0.310 62 A 0.168 0.148 0.015 0.003 0.002 0.005 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.303 0.028 0.048 0.250 63 N 0.102 0.096 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.207 0.026 0.041 0.499 64 V 0.111 0.068 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.005 0.008 0.004 0.270 0.027 0.043 0.425 65 V 0.033 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.315 0.008 0.107 0.469 66 L 0.032 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.213 0.011 0.176 0.487 67 G 0.038 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.154 0.012 0.202 0.557 68 D 0.059 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.004 0.004 0.001 0.063 0.018 0.223 0.595 69 D 0.203 0.010 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.027 0.020 0.183 0.521 70 S 0.068 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.411 0.425 71 L 0.169 0.058 0.019 0.005 0.015 0.004 0.005 0.003 0.048 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.024 0.162 0.353 72 N 0.089 0.077 0.006 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.010 0.289 0.441 73 D 0.117 0.043 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.134 0.640 74 C 0.396 0.060 0.030 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.050 0.053 0.337 75 R 0.105 0.014 0.011 0.003 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.669 0.010 0.099 0.071 76 I 0.020 0.029 0.014 0.001 0.009 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.003 0.091 0.494 77 I 0.008 0.019 0.002 0.002 0.013 0.025 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.003 0.012 0.058 78 F 0.013 0.051 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.005 0.103 0.421 79 V 0.010 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.005 0.034 0.170 80 D 0.010 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.006 0.125 0.514 81 E 0.072 0.094 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.010 0.280 0.440 82 V 0.110 0.381 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.014 0.055 0.300 83 F 0.095 0.507 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.013 0.032 0.122 84 K 0.122 0.435 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.123 0.024 0.038 0.239 85 I 0.113 0.395 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.005 0.004 0.109 0.026 0.023 0.291 86 E 0.054 0.400 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 0.026 0.053 0.325 87 R 0.082 0.185 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.012 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.126 0.026 0.077 0.437 88 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 89 G 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.009 0.094 0.813 90 E 0.335 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.028 0.042 0.561