# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.011 0.048 0.048 0.072 0.097 0.010 0.638 2 H 0.039 0.010 0.096 0.136 0.176 0.082 0.006 0.455 3 H 0.020 0.011 0.112 0.245 0.279 0.057 0.004 0.272 4 H 0.020 0.021 0.070 0.145 0.265 0.045 0.004 0.429 5 H 0.029 0.026 0.124 0.171 0.300 0.043 0.005 0.304 6 H 0.022 0.024 0.058 0.108 0.134 0.072 0.008 0.574 7 H 0.040 0.022 0.048 0.069 0.164 0.053 0.010 0.594 8 S 0.032 0.017 0.015 0.021 0.034 0.104 0.009 0.769 9 S 0.126 0.016 0.013 0.016 0.025 0.181 0.020 0.603 10 G 0.258 0.053 0.025 0.015 0.032 0.115 0.019 0.484 11 R 0.107 0.056 0.038 0.051 0.074 0.219 0.006 0.449 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 13 N 0.028 0.096 0.021 0.030 0.099 0.144 0.005 0.578 14 L 0.195 0.387 0.029 0.031 0.064 0.047 0.008 0.240 15 Y 0.044 0.526 0.068 0.099 0.109 0.027 0.006 0.122 16 F 0.052 0.423 0.053 0.116 0.153 0.025 0.017 0.160 17 Q 0.086 0.313 0.064 0.106 0.209 0.017 0.020 0.185 18 G 0.088 0.208 0.080 0.145 0.145 0.042 0.037 0.256 19 M 0.048 0.048 0.115 0.121 0.126 0.073 0.022 0.447 20 W 0.040 0.031 0.139 0.135 0.188 0.063 0.011 0.394 21 D 0.019 0.026 0.029 0.056 0.073 0.210 0.009 0.578 22 E 0.130 0.030 0.036 0.028 0.068 0.122 0.030 0.557 23 T 0.270 0.073 0.091 0.052 0.062 0.136 0.022 0.295 24 E 0.091 0.023 0.071 0.094 0.101 0.239 0.015 0.365 25 L 0.029 0.026 0.068 0.095 0.171 0.074 0.007 0.531 26 G 0.028 0.015 0.096 0.200 0.347 0.070 0.006 0.238 27 L 0.033 0.015 0.093 0.175 0.176 0.132 0.006 0.370 28 Y 0.009 0.015 0.151 0.267 0.358 0.025 0.003 0.172 29 K 0.010 0.012 0.187 0.268 0.380 0.025 0.002 0.116 30 V 0.007 0.020 0.171 0.235 0.341 0.032 0.003 0.193 31 N 0.002 0.006 0.209 0.283 0.460 0.007 0.001 0.032 32 E 0.008 0.034 0.081 0.187 0.332 0.045 0.007 0.305 33 Y 0.044 0.025 0.156 0.144 0.309 0.092 0.016 0.214 34 V 0.028 0.033 0.056 0.125 0.166 0.193 0.013 0.387 35 D 0.018 0.015 0.018 0.026 0.075 0.053 0.006 0.789 36 A 0.038 0.021 0.015 0.033 0.075 0.304 0.012 0.502 37 R 0.230 0.024 0.013 0.033 0.043 0.194 0.028 0.435 38 D 0.071 0.051 0.010 0.023 0.033 0.061 0.008 0.743 39 T 0.044 0.039 0.020 0.049 0.055 0.248 0.011 0.534 40 N 0.250 0.026 0.019 0.032 0.041 0.148 0.052 0.431 41 M 0.302 0.042 0.056 0.060 0.084 0.105 0.032 0.318 42 G 0.055 0.011 0.118 0.191 0.195 0.097 0.013 0.320 43 A 0.018 0.003 0.120 0.319 0.253 0.089 0.005 0.194 44 W 0.005 0.002 0.096 0.250 0.327 0.032 0.001 0.287 45 F 0.001 0.001 0.058 0.396 0.493 0.010 0.001 0.040 46 E 0.005 0.004 0.091 0.190 0.324 0.073 0.002 0.311 47 A 0.005 0.002 0.083 0.255 0.534 0.010 0.002 0.110 48 Q 0.004 0.001 0.069 0.387 0.466 0.021 0.002 0.050 49 V 0.007 0.003 0.043 0.262 0.344 0.033 0.003 0.305 50 V 0.002 0.001 0.049 0.333 0.578 0.007 0.001 0.029 51 R 0.007 0.011 0.025 0.154 0.244 0.059 0.003 0.496 52 V 0.015 0.011 0.085 0.163 0.454 0.041 0.004 0.225 53 T 0.014 0.019 0.046 0.210 0.331 0.112 0.006 0.262 54 R 0.030 0.022 0.017 0.048 0.109 0.047 0.011 0.717 55 R 0.043 0.033 0.030 0.058 0.103 0.251 0.013 0.469 56 T 0.070 0.032 0.018 0.037 0.052 0.305 0.017 0.468 57 A 0.058 0.109 0.023 0.036 0.120 0.106 0.010 0.538 58 R 0.026 0.088 0.011 0.027 0.055 0.204 0.008 0.581 59 E 0.101 0.114 0.014 0.035 0.054 0.175 0.019 0.488 60 L 0.110 0.368 0.016 0.038 0.053 0.055 0.014 0.346 61 Y 0.091 0.459 0.024 0.043 0.109 0.037 0.012 0.226 62 A 0.095 0.350 0.059 0.081 0.116 0.055 0.024 0.219 63 N 0.137 0.166 0.038 0.056 0.076 0.032 0.046 0.449 64 V 0.187 0.088 0.080 0.082 0.107 0.041 0.027 0.389 65 V 0.051 0.041 0.112 0.076 0.088 0.107 0.014 0.511 66 L 0.038 0.022 0.102 0.061 0.112 0.087 0.009 0.568 67 G 0.033 0.013 0.036 0.029 0.052 0.129 0.009 0.699 68 D 0.078 0.013 0.031 0.025 0.049 0.104 0.015 0.685 69 D 0.078 0.013 0.020 0.014 0.016 0.147 0.010 0.703 70 S 0.100 0.016 0.016 0.024 0.027 0.326 0.019 0.471 71 L 0.169 0.042 0.049 0.038 0.072 0.225 0.014 0.390 72 N 0.044 0.018 0.014 0.027 0.024 0.344 0.014 0.516 73 D 0.277 0.018 0.017 0.014 0.020 0.157 0.029 0.469 74 C 0.252 0.083 0.064 0.049 0.070 0.080 0.018 0.384 75 R 0.060 0.011 0.190 0.182 0.162 0.211 0.008 0.176 76 I 0.009 0.008 0.116 0.170 0.233 0.066 0.003 0.394 77 I 0.004 0.002 0.216 0.306 0.417 0.010 0.001 0.044 78 F 0.010 0.014 0.095 0.117 0.130 0.087 0.004 0.544 79 V 0.005 0.008 0.394 0.120 0.308 0.036 0.002 0.128 80 D 0.004 0.015 0.078 0.127 0.207 0.102 0.004 0.461 81 E 0.040 0.023 0.048 0.062 0.105 0.155 0.014 0.554 82 V 0.085 0.095 0.064 0.078 0.146 0.150 0.014 0.367 83 F 0.052 0.160 0.089 0.124 0.222 0.103 0.010 0.240 84 K 0.062 0.198 0.043 0.125 0.169 0.078 0.012 0.313 85 I 0.066 0.175 0.048 0.112 0.192 0.027 0.012 0.367 86 E 0.058 0.146 0.050 0.094 0.207 0.041 0.020 0.383 87 R 0.075 0.067 0.058 0.090 0.107 0.076 0.013 0.515 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 89 G 0.024 0.006 0.021 0.020 0.057 0.090 0.007 0.773 90 E 0.321 0.009 0.020 0.012 0.017 0.048 0.014 0.559