# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.178 0.168 0.072 0.219 0.048 0.117 0.070 0.030 0.053 0.001 2 H 0.064 0.447 0.333 0.049 0.044 0.036 0.006 0.001 0.017 0.001 0.002 3 H 0.085 0.549 0.214 0.042 0.050 0.032 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 4 H 0.059 0.534 0.203 0.036 0.087 0.044 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 5 H 0.072 0.522 0.198 0.046 0.082 0.039 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 6 H 0.073 0.297 0.337 0.056 0.070 0.102 0.019 0.002 0.039 0.003 0.001 7 H 0.305 0.220 0.255 0.085 0.056 0.031 0.012 0.002 0.026 0.005 0.003 8 S 0.619 0.082 0.107 0.105 0.027 0.018 0.018 0.003 0.015 0.005 0.001 9 S 0.222 0.070 0.150 0.405 0.032 0.023 0.071 0.007 0.014 0.005 0.001 10 G 0.111 0.067 0.244 0.133 0.057 0.040 0.126 0.144 0.015 0.061 0.001 11 R 0.053 0.300 0.494 0.014 0.020 0.023 0.008 0.001 0.080 0.005 0.001 12 E 0.605 0.006 0.329 0.025 0.003 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.017 13 N 0.400 0.046 0.085 0.262 0.066 0.032 0.038 0.049 0.011 0.011 0.001 14 L 0.313 0.208 0.289 0.097 0.037 0.021 0.011 0.002 0.020 0.001 0.001 15 Y 0.245 0.434 0.190 0.061 0.023 0.025 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 16 F 0.171 0.383 0.211 0.063 0.076 0.047 0.010 0.001 0.035 0.001 0.001 17 Q 0.165 0.339 0.258 0.120 0.045 0.024 0.016 0.001 0.030 0.001 0.001 18 G 0.078 0.115 0.175 0.061 0.246 0.042 0.077 0.102 0.018 0.087 0.001 19 M 0.102 0.452 0.272 0.061 0.040 0.044 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 20 W 0.271 0.214 0.326 0.063 0.037 0.051 0.011 0.001 0.022 0.003 0.001 21 D 0.559 0.087 0.103 0.122 0.045 0.029 0.030 0.003 0.014 0.006 0.001 22 E 0.385 0.089 0.104 0.249 0.059 0.028 0.052 0.008 0.021 0.004 0.001 23 T 0.276 0.321 0.173 0.146 0.030 0.014 0.016 0.003 0.019 0.002 0.001 24 E 0.113 0.320 0.308 0.059 0.058 0.062 0.030 0.002 0.043 0.003 0.002 25 L 0.102 0.392 0.324 0.095 0.028 0.017 0.016 0.001 0.021 0.001 0.002 26 G 0.038 0.096 0.136 0.028 0.263 0.017 0.049 0.198 0.010 0.163 0.001 27 L 0.066 0.430 0.337 0.040 0.082 0.025 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 28 Y 0.032 0.664 0.166 0.014 0.086 0.023 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 29 K 0.025 0.790 0.099 0.006 0.042 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 30 V 0.030 0.607 0.217 0.010 0.024 0.099 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 31 N 0.113 0.514 0.155 0.050 0.068 0.047 0.007 0.001 0.044 0.001 0.001 32 E 0.116 0.288 0.144 0.108 0.158 0.058 0.076 0.006 0.039 0.007 0.001 33 Y 0.117 0.354 0.151 0.183 0.078 0.047 0.033 0.005 0.027 0.004 0.001 34 V 0.146 0.323 0.264 0.084 0.057 0.043 0.024 0.004 0.045 0.009 0.002 35 D 0.377 0.085 0.307 0.097 0.029 0.047 0.020 0.001 0.026 0.004 0.006 36 A 0.357 0.094 0.220 0.219 0.027 0.043 0.017 0.003 0.015 0.003 0.003 37 R 0.122 0.301 0.342 0.063 0.037 0.042 0.013 0.002 0.073 0.004 0.001 38 D 0.214 0.043 0.594 0.035 0.008 0.064 0.008 0.001 0.018 0.002 0.013 39 T 0.686 0.029 0.132 0.105 0.012 0.013 0.008 0.002 0.007 0.005 0.002 40 N 0.483 0.049 0.094 0.218 0.025 0.032 0.064 0.010 0.014 0.009 0.001 41 M 0.085 0.065 0.137 0.567 0.016 0.010 0.097 0.005 0.015 0.002 0.001 42 G 0.018 0.031 0.072 0.013 0.059 0.007 0.107 0.531 0.003 0.158 0.001 43 A 0.039 0.469 0.360 0.025 0.054 0.038 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 44 W 0.052 0.650 0.195 0.024 0.032 0.030 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 45 F 0.060 0.608 0.146 0.023 0.115 0.021 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 46 E 0.080 0.403 0.290 0.033 0.081 0.075 0.014 0.001 0.022 0.001 0.002 47 A 0.087 0.604 0.140 0.028 0.106 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 48 Q 0.055 0.742 0.104 0.011 0.052 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 49 V 0.076 0.577 0.234 0.013 0.022 0.064 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 50 V 0.168 0.533 0.151 0.020 0.059 0.024 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 51 R 0.128 0.315 0.354 0.032 0.065 0.062 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 52 V 0.273 0.322 0.247 0.056 0.037 0.028 0.009 0.001 0.024 0.001 0.001 53 T 0.249 0.283 0.221 0.102 0.072 0.030 0.013 0.002 0.025 0.002 0.001 54 R 0.274 0.189 0.233 0.100 0.086 0.038 0.039 0.004 0.031 0.005 0.002 55 R 0.386 0.191 0.229 0.093 0.038 0.028 0.014 0.002 0.015 0.002 0.001 56 T 0.289 0.258 0.235 0.095 0.049 0.033 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 57 A 0.345 0.173 0.292 0.073 0.043 0.038 0.011 0.001 0.019 0.002 0.002 58 R 0.518 0.172 0.153 0.080 0.030 0.021 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 59 E 0.613 0.094 0.158 0.050 0.036 0.016 0.010 0.002 0.018 0.003 0.001 60 L 0.619 0.088 0.140 0.091 0.019 0.019 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 61 Y 0.339 0.189 0.137 0.225 0.035 0.020 0.021 0.003 0.028 0.002 0.001 62 A 0.281 0.162 0.212 0.131 0.083 0.020 0.068 0.013 0.018 0.011 0.001 63 N 0.175 0.183 0.195 0.173 0.106 0.045 0.067 0.017 0.024 0.013 0.001 64 V 0.180 0.365 0.252 0.091 0.051 0.026 0.007 0.002 0.024 0.002 0.001 65 V 0.145 0.373 0.283 0.059 0.039 0.052 0.007 0.001 0.038 0.002 0.001 66 L 0.098 0.295 0.363 0.103 0.040 0.047 0.024 0.001 0.026 0.001 0.002 67 G 0.083 0.053 0.109 0.065 0.138 0.032 0.070 0.231 0.013 0.205 0.001 68 D 0.236 0.147 0.234 0.194 0.078 0.035 0.031 0.008 0.025 0.012 0.001 69 D 0.239 0.147 0.203 0.196 0.072 0.037 0.044 0.013 0.028 0.019 0.001 70 S 0.285 0.211 0.234 0.134 0.046 0.037 0.019 0.005 0.022 0.006 0.002 71 L 0.340 0.234 0.192 0.135 0.029 0.026 0.013 0.002 0.023 0.002 0.003 72 N 0.243 0.105 0.186 0.206 0.061 0.032 0.108 0.020 0.016 0.021 0.001 73 D 0.132 0.084 0.126 0.259 0.082 0.043 0.184 0.054 0.021 0.014 0.001 74 C 0.084 0.485 0.246 0.085 0.053 0.013 0.015 0.003 0.015 0.001 0.001 75 R 0.049 0.600 0.223 0.017 0.053 0.031 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 76 I 0.024 0.639 0.249 0.009 0.022 0.047 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 I 0.032 0.791 0.095 0.007 0.038 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 78 F 0.051 0.393 0.322 0.014 0.076 0.115 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 79 V 0.363 0.311 0.169 0.043 0.048 0.030 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 80 D 0.521 0.131 0.116 0.068 0.097 0.023 0.022 0.003 0.015 0.004 0.001 81 E 0.531 0.164 0.084 0.102 0.061 0.019 0.017 0.003 0.016 0.002 0.001 82 V 0.566 0.256 0.080 0.053 0.021 0.010 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 83 F 0.465 0.247 0.106 0.069 0.074 0.015 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 84 K 0.298 0.287 0.208 0.086 0.051 0.032 0.012 0.001 0.024 0.001 0.001 85 I 0.220 0.351 0.243 0.094 0.028 0.029 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 86 E 0.210 0.245 0.360 0.075 0.032 0.041 0.011 0.002 0.020 0.002 0.002 87 R 0.015 0.339 0.393 0.006 0.020 0.025 0.006 0.001 0.194 0.002 0.001 88 P 0.161 0.003 0.753 0.019 0.002 0.011 0.004 0.001 0.002 0.002 0.042 89 G 0.023 0.007 0.034 0.029 0.035 0.010 0.031 0.738 0.002 0.092 0.001 90 E 0.166 0.192 0.441 0.099 0.047 0.021 0.009 0.003 0.015 0.005 0.002