# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.173 0.084 0.037 0.274 0.020 0.022 0.038 0.030 0.103 0.076 2 H 0.265 0.123 0.024 0.007 0.452 0.007 0.011 0.024 0.018 0.028 0.041 3 H 0.184 0.185 0.041 0.012 0.453 0.014 0.017 0.027 0.014 0.018 0.034 4 H 0.305 0.086 0.020 0.006 0.436 0.007 0.011 0.021 0.011 0.032 0.065 5 H 0.155 0.253 0.075 0.017 0.343 0.016 0.016 0.034 0.016 0.031 0.044 6 H 0.155 0.214 0.095 0.026 0.258 0.023 0.034 0.054 0.027 0.049 0.064 7 H 0.133 0.143 0.088 0.030 0.155 0.024 0.028 0.133 0.100 0.102 0.064 8 S 0.025 0.109 0.066 0.087 0.053 0.107 0.114 0.185 0.156 0.073 0.026 9 S 0.072 0.149 0.098 0.041 0.119 0.026 0.061 0.136 0.072 0.170 0.056 10 G 0.062 0.109 0.070 0.029 0.084 0.028 0.041 0.074 0.075 0.341 0.089 11 R 0.064 0.404 0.224 0.022 0.193 0.007 0.006 0.031 0.015 0.015 0.019 12 E 0.034 0.085 0.026 0.010 0.064 0.021 0.068 0.436 0.225 0.018 0.014 13 N 0.047 0.062 0.032 0.016 0.058 0.020 0.049 0.290 0.143 0.225 0.057 14 L 0.195 0.134 0.013 0.001 0.264 0.004 0.019 0.182 0.101 0.040 0.046 15 Y 0.127 0.065 0.017 0.010 0.199 0.033 0.084 0.301 0.073 0.044 0.047 16 F 0.160 0.133 0.034 0.012 0.256 0.022 0.044 0.180 0.058 0.062 0.039 17 Q 0.113 0.138 0.055 0.030 0.207 0.034 0.066 0.120 0.049 0.108 0.081 18 G 0.088 0.207 0.172 0.055 0.162 0.030 0.033 0.086 0.034 0.084 0.048 19 M 0.107 0.216 0.084 0.019 0.212 0.012 0.027 0.106 0.059 0.098 0.061 20 W 0.099 0.112 0.042 0.020 0.146 0.022 0.052 0.242 0.173 0.055 0.038 21 D 0.031 0.067 0.049 0.039 0.061 0.062 0.085 0.313 0.180 0.083 0.030 22 E 0.185 0.074 0.023 0.005 0.204 0.008 0.030 0.190 0.096 0.134 0.051 23 T 0.133 0.210 0.057 0.009 0.305 0.017 0.035 0.129 0.046 0.033 0.026 24 E 0.248 0.068 0.027 0.016 0.240 0.021 0.037 0.107 0.043 0.089 0.104 25 L 0.119 0.149 0.056 0.045 0.162 0.048 0.071 0.134 0.071 0.080 0.064 26 G 0.045 0.058 0.078 0.194 0.066 0.129 0.092 0.085 0.040 0.152 0.061 27 L 0.184 0.218 0.057 0.010 0.358 0.006 0.016 0.039 0.026 0.048 0.038 28 Y 0.211 0.107 0.007 0.002 0.631 0.004 0.010 0.013 0.007 0.003 0.007 29 K 0.269 0.070 0.004 0.001 0.625 0.002 0.004 0.007 0.002 0.003 0.012 30 V 0.391 0.059 0.005 0.002 0.446 0.005 0.006 0.015 0.006 0.010 0.055 31 N 0.215 0.106 0.026 0.024 0.352 0.038 0.044 0.059 0.026 0.026 0.083 32 E 0.254 0.067 0.024 0.012 0.281 0.012 0.022 0.055 0.025 0.138 0.111 33 Y 0.131 0.198 0.069 0.024 0.267 0.022 0.025 0.062 0.048 0.102 0.052 34 V 0.127 0.199 0.081 0.024 0.261 0.018 0.027 0.095 0.068 0.061 0.039 35 D 0.072 0.081 0.038 0.014 0.107 0.016 0.040 0.290 0.217 0.080 0.045 36 A 0.078 0.082 0.042 0.016 0.114 0.028 0.111 0.217 0.094 0.177 0.043 37 R 0.076 0.402 0.134 0.013 0.213 0.010 0.012 0.045 0.016 0.056 0.023 38 D 0.168 0.137 0.062 0.011 0.285 0.011 0.015 0.148 0.085 0.044 0.033 39 T 0.029 0.043 0.036 0.013 0.041 0.021 0.058 0.410 0.303 0.032 0.015 40 N 0.059 0.032 0.030 0.022 0.054 0.032 0.111 0.283 0.104 0.227 0.045 41 M 0.041 0.413 0.131 0.040 0.106 0.034 0.046 0.066 0.033 0.061 0.029 42 G 0.054 0.054 0.057 0.124 0.047 0.066 0.026 0.047 0.035 0.313 0.177 43 A 0.102 0.364 0.070 0.006 0.377 0.004 0.006 0.027 0.010 0.021 0.013 44 W 0.404 0.031 0.003 0.002 0.493 0.003 0.008 0.021 0.008 0.006 0.021 45 F 0.147 0.220 0.050 0.012 0.366 0.035 0.040 0.053 0.026 0.013 0.038 46 E 0.323 0.074 0.007 0.004 0.432 0.008 0.011 0.056 0.010 0.016 0.059 47 A 0.282 0.091 0.009 0.001 0.533 0.003 0.008 0.035 0.018 0.004 0.015 48 Q 0.201 0.163 0.005 0.001 0.471 0.005 0.009 0.084 0.008 0.021 0.031 49 V 0.456 0.053 0.003 0.001 0.269 0.003 0.010 0.086 0.032 0.015 0.071 50 V 0.078 0.095 0.020 0.027 0.184 0.096 0.122 0.274 0.058 0.021 0.025 51 R 0.209 0.102 0.021 0.006 0.319 0.007 0.015 0.196 0.031 0.059 0.034 52 V 0.127 0.082 0.018 0.005 0.200 0.009 0.037 0.278 0.119 0.075 0.050 53 T 0.065 0.130 0.057 0.034 0.123 0.047 0.070 0.282 0.093 0.061 0.037 54 R 0.093 0.098 0.035 0.012 0.127 0.011 0.026 0.348 0.092 0.114 0.044 55 R 0.055 0.087 0.038 0.016 0.092 0.019 0.047 0.361 0.137 0.113 0.034 56 T 0.057 0.203 0.083 0.016 0.123 0.015 0.029 0.308 0.076 0.059 0.031 57 A 0.064 0.051 0.014 0.004 0.072 0.009 0.028 0.480 0.141 0.105 0.033 58 R 0.055 0.077 0.024 0.011 0.089 0.015 0.035 0.459 0.144 0.067 0.025 59 E 0.046 0.057 0.025 0.013 0.070 0.020 0.054 0.450 0.179 0.065 0.021 60 L 0.063 0.101 0.025 0.004 0.106 0.007 0.049 0.400 0.129 0.091 0.026 61 Y 0.204 0.057 0.016 0.006 0.169 0.012 0.076 0.197 0.106 0.097 0.060 62 A 0.071 0.236 0.084 0.036 0.159 0.062 0.082 0.123 0.067 0.041 0.040 63 N 0.160 0.094 0.062 0.030 0.201 0.024 0.053 0.089 0.055 0.134 0.099 64 V 0.137 0.202 0.073 0.009 0.314 0.009 0.022 0.056 0.038 0.088 0.051 65 V 0.127 0.230 0.096 0.027 0.252 0.018 0.031 0.047 0.027 0.070 0.075 66 L 0.089 0.187 0.139 0.082 0.132 0.046 0.054 0.097 0.050 0.076 0.049 67 G 0.041 0.109 0.135 0.130 0.074 0.061 0.062 0.141 0.101 0.115 0.031 68 D 0.068 0.118 0.089 0.042 0.130 0.024 0.040 0.162 0.159 0.134 0.033 69 D 0.057 0.129 0.093 0.027 0.109 0.025 0.050 0.187 0.174 0.110 0.038 70 S 0.095 0.079 0.058 0.014 0.105 0.019 0.061 0.199 0.139 0.171 0.059 71 L 0.086 0.114 0.069 0.057 0.109 0.048 0.061 0.213 0.117 0.081 0.044 72 N 0.028 0.064 0.068 0.127 0.041 0.152 0.131 0.156 0.081 0.123 0.029 73 D 0.081 0.113 0.076 0.042 0.122 0.015 0.018 0.071 0.038 0.299 0.125 74 C 0.254 0.119 0.014 0.002 0.553 0.003 0.009 0.017 0.010 0.006 0.015 75 R 0.207 0.125 0.010 0.003 0.577 0.010 0.010 0.019 0.006 0.008 0.024 76 I 0.405 0.048 0.003 0.001 0.493 0.002 0.003 0.010 0.004 0.004 0.026 77 I 0.192 0.125 0.018 0.005 0.570 0.016 0.017 0.025 0.005 0.006 0.021 78 F 0.264 0.153 0.016 0.003 0.400 0.004 0.006 0.036 0.011 0.034 0.072 79 V 0.241 0.067 0.010 0.008 0.230 0.013 0.030 0.145 0.107 0.047 0.102 80 D 0.033 0.058 0.043 0.076 0.065 0.128 0.141 0.257 0.144 0.037 0.018 81 E 0.118 0.171 0.031 0.005 0.196 0.006 0.029 0.222 0.058 0.136 0.029 82 V 0.249 0.082 0.009 0.003 0.263 0.007 0.051 0.132 0.123 0.037 0.043 83 F 0.114 0.151 0.038 0.017 0.267 0.054 0.074 0.141 0.075 0.029 0.040 84 K 0.226 0.100 0.020 0.004 0.383 0.009 0.021 0.104 0.034 0.047 0.052 85 I 0.154 0.149 0.048 0.004 0.439 0.006 0.027 0.050 0.020 0.050 0.051 86 E 0.151 0.254 0.180 0.014 0.249 0.009 0.016 0.016 0.008 0.039 0.066 87 R 0.033 0.320 0.403 0.067 0.073 0.024 0.008 0.030 0.012 0.013 0.017 88 P 0.010 0.263 0.094 0.090 0.026 0.064 0.250 0.108 0.076 0.014 0.006 89 G 0.018 0.018 0.028 0.094 0.016 0.022 0.012 0.029 0.051 0.622 0.090 90 E 0.059 0.344 0.121 0.026 0.193 0.019 0.024 0.051 0.053 0.074 0.035