# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.70037 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.673 0.210 0.065 0.033 0.014 0.004 0.001 2 H 0.444 0.210 0.170 0.118 0.044 0.013 0.001 3 H 0.382 0.251 0.190 0.121 0.044 0.012 0.001 4 H 0.386 0.331 0.176 0.075 0.025 0.007 0.001 5 H 0.233 0.161 0.200 0.233 0.138 0.033 0.002 6 H 0.507 0.317 0.102 0.045 0.023 0.006 0.001 7 H 0.352 0.258 0.188 0.139 0.047 0.015 0.001 8 S 0.525 0.267 0.131 0.056 0.016 0.004 0.001 9 S 0.362 0.357 0.178 0.079 0.018 0.005 0.001 10 G 0.076 0.061 0.097 0.199 0.337 0.195 0.035 11 R 0.056 0.147 0.219 0.262 0.188 0.116 0.013 12 E 0.119 0.204 0.212 0.212 0.149 0.089 0.014 13 N 0.070 0.125 0.220 0.249 0.205 0.106 0.025 14 L 0.035 0.050 0.057 0.122 0.231 0.364 0.142 15 Y 0.051 0.064 0.122 0.217 0.236 0.218 0.093 16 F 0.063 0.150 0.216 0.265 0.178 0.107 0.021 17 Q 0.115 0.168 0.173 0.199 0.209 0.119 0.018 18 G 0.098 0.118 0.161 0.247 0.217 0.135 0.024 19 M 0.195 0.301 0.230 0.155 0.077 0.036 0.006 20 W 0.127 0.129 0.219 0.256 0.172 0.082 0.013 21 D 0.268 0.293 0.204 0.145 0.063 0.024 0.003 22 E 0.181 0.220 0.191 0.186 0.126 0.082 0.015 23 T 0.098 0.066 0.087 0.185 0.262 0.241 0.061 24 E 0.188 0.312 0.233 0.150 0.074 0.037 0.006 25 L 0.072 0.093 0.124 0.204 0.253 0.195 0.059 26 G 0.070 0.129 0.143 0.180 0.229 0.189 0.061 27 L 0.044 0.101 0.145 0.207 0.236 0.205 0.061 28 Y 0.043 0.084 0.141 0.202 0.244 0.211 0.075 29 K 0.044 0.081 0.128 0.188 0.243 0.223 0.093 30 V 0.009 0.012 0.017 0.039 0.117 0.414 0.393 31 N 0.023 0.043 0.070 0.128 0.239 0.341 0.155 32 E 0.068 0.172 0.252 0.244 0.150 0.092 0.022 33 Y 0.035 0.067 0.116 0.218 0.301 0.230 0.033 34 V 0.055 0.090 0.160 0.217 0.292 0.171 0.015 35 D 0.211 0.269 0.233 0.183 0.081 0.022 0.001 36 A 0.560 0.325 0.078 0.027 0.009 0.002 0.001 37 R 0.453 0.255 0.155 0.105 0.026 0.006 0.001 38 D 0.625 0.206 0.101 0.046 0.018 0.004 0.001 39 T 0.589 0.278 0.090 0.034 0.008 0.002 0.001 40 N 0.468 0.310 0.118 0.064 0.033 0.008 0.001 41 M 0.080 0.174 0.236 0.286 0.151 0.068 0.005 42 G 0.078 0.135 0.196 0.218 0.221 0.134 0.019 43 A 0.023 0.058 0.125 0.196 0.250 0.267 0.081 44 W 0.014 0.032 0.070 0.134 0.253 0.320 0.177 45 F 0.006 0.022 0.049 0.103 0.230 0.424 0.165 46 E 0.024 0.120 0.227 0.289 0.194 0.112 0.034 47 A 0.003 0.009 0.021 0.073 0.213 0.519 0.161 48 Q 0.010 0.073 0.169 0.304 0.286 0.142 0.015 49 V 0.006 0.020 0.040 0.109 0.294 0.469 0.063 50 V 0.024 0.124 0.244 0.301 0.241 0.064 0.002 51 R 0.129 0.338 0.263 0.173 0.076 0.021 0.001 52 V 0.071 0.138 0.299 0.317 0.148 0.026 0.001 53 T 0.353 0.286 0.205 0.116 0.034 0.005 0.001 54 R 0.573 0.258 0.111 0.044 0.011 0.002 0.001 55 R 0.715 0.228 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 56 T 0.615 0.297 0.061 0.021 0.005 0.001 0.001 57 A 0.325 0.255 0.214 0.145 0.052 0.009 0.001 58 R 0.373 0.290 0.203 0.098 0.030 0.005 0.001 59 E 0.453 0.332 0.148 0.051 0.013 0.002 0.001 60 L 0.184 0.253 0.223 0.209 0.105 0.024 0.001 61 Y 0.064 0.163 0.223 0.280 0.185 0.081 0.004 62 A 0.073 0.101 0.171 0.283 0.248 0.117 0.008 63 N 0.253 0.368 0.220 0.105 0.042 0.012 0.001 64 V 0.125 0.160 0.202 0.249 0.195 0.066 0.004 65 V 0.192 0.262 0.234 0.181 0.098 0.031 0.002 66 L 0.214 0.214 0.243 0.209 0.093 0.027 0.001 67 G 0.551 0.262 0.111 0.052 0.020 0.005 0.001 68 D 0.667 0.232 0.066 0.026 0.008 0.002 0.001 69 D 0.565 0.271 0.099 0.046 0.016 0.003 0.001 70 S 0.359 0.302 0.180 0.107 0.040 0.011 0.001 71 L 0.150 0.153 0.256 0.268 0.130 0.040 0.002 72 N 0.431 0.332 0.144 0.062 0.024 0.007 0.001 73 D 0.264 0.289 0.209 0.146 0.064 0.024 0.004 74 C 0.081 0.079 0.117 0.220 0.302 0.174 0.027 75 R 0.077 0.216 0.236 0.231 0.141 0.087 0.010 76 I 0.058 0.072 0.124 0.205 0.248 0.238 0.055 77 I 0.076 0.125 0.183 0.233 0.217 0.136 0.028 78 F 0.062 0.088 0.133 0.194 0.242 0.215 0.065 79 V 0.079 0.106 0.152 0.222 0.216 0.175 0.050 80 D 0.338 0.334 0.161 0.092 0.051 0.021 0.003 81 E 0.166 0.253 0.202 0.197 0.119 0.056 0.008 82 V 0.066 0.091 0.128 0.200 0.285 0.205 0.025 83 F 0.070 0.110 0.209 0.298 0.222 0.086 0.005 84 K 0.320 0.362 0.200 0.079 0.031 0.008 0.001 85 I 0.150 0.160 0.248 0.273 0.135 0.033 0.001 86 E 0.470 0.293 0.137 0.068 0.027 0.004 0.001 87 R 0.680 0.252 0.049 0.015 0.003 0.001 0.001 88 P 0.798 0.154 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 89 G 0.865 0.113 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 90 E 0.896 0.095 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001