# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.007 0.070 0.068 0.092 0.006 0.052 0.028 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.066 0.027 0.163 0.061 0.113 0.225 0.001 2 H 0.004 0.005 0.037 0.040 0.121 0.008 0.102 0.032 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.039 0.033 0.125 0.081 0.126 0.233 0.001 3 H 0.003 0.003 0.064 0.060 0.064 0.005 0.055 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.049 0.025 0.176 0.067 0.160 0.241 0.001 4 H 0.002 0.003 0.034 0.032 0.110 0.007 0.100 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.029 0.145 0.080 0.152 0.244 0.001 5 H 0.002 0.002 0.059 0.048 0.058 0.007 0.061 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.024 0.169 0.075 0.141 0.287 0.001 6 H 0.001 0.002 0.026 0.022 0.099 0.005 0.089 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.031 0.183 0.104 0.163 0.213 0.001 7 H 0.001 0.002 0.049 0.037 0.042 0.004 0.068 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.020 0.149 0.096 0.167 0.283 0.001 8 S 0.001 0.001 0.028 0.022 0.053 0.006 0.064 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.224 0.078 0.166 0.272 0.001 9 S 0.001 0.001 0.013 0.012 0.022 0.007 0.201 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.407 0.050 0.071 0.156 0.001 10 G 0.001 0.001 0.009 0.006 0.034 0.008 0.481 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.050 0.221 0.049 0.092 0.001 11 R 0.001 0.001 0.105 0.029 0.021 0.001 0.021 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.017 0.152 0.069 0.234 0.287 0.001 12 E 0.001 0.003 0.019 0.016 0.136 0.008 0.064 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.025 0.292 0.059 0.077 0.202 0.001 13 N 0.002 0.003 0.048 0.033 0.048 0.009 0.214 0.130 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.040 0.024 0.122 0.077 0.106 0.132 0.001 14 L 0.004 0.005 0.045 0.033 0.068 0.005 0.086 0.152 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.041 0.026 0.181 0.104 0.113 0.122 0.001 15 Y 0.005 0.006 0.046 0.039 0.055 0.011 0.143 0.267 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.031 0.029 0.125 0.040 0.108 0.072 0.002 16 F 0.007 0.008 0.038 0.045 0.068 0.012 0.107 0.246 0.010 0.002 0.002 0.002 0.005 0.007 0.046 0.030 0.151 0.049 0.092 0.072 0.001 17 Q 0.006 0.006 0.036 0.040 0.064 0.011 0.131 0.192 0.008 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.039 0.016 0.286 0.034 0.050 0.063 0.001 18 G 0.004 0.009 0.028 0.041 0.070 0.016 0.214 0.214 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.029 0.026 0.094 0.077 0.063 0.096 0.001 19 M 0.007 0.008 0.044 0.043 0.101 0.009 0.095 0.178 0.007 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.035 0.029 0.167 0.095 0.074 0.089 0.002 20 W 0.008 0.010 0.087 0.053 0.079 0.018 0.086 0.176 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.044 0.021 0.181 0.038 0.085 0.092 0.002 21 D 0.007 0.009 0.026 0.044 0.149 0.015 0.177 0.088 0.011 0.004 0.001 0.002 0.004 0.005 0.029 0.029 0.170 0.073 0.074 0.079 0.001 22 E 0.005 0.005 0.070 0.061 0.058 0.005 0.080 0.042 0.014 0.008 0.002 0.002 0.003 0.003 0.047 0.018 0.152 0.045 0.201 0.180 0.001 23 T 0.002 0.004 0.022 0.023 0.082 0.011 0.124 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 0.035 0.332 0.072 0.061 0.159 0.001 24 E 0.004 0.007 0.050 0.048 0.055 0.010 0.286 0.017 0.006 0.006 0.002 0.002 0.003 0.004 0.034 0.031 0.153 0.104 0.069 0.108 0.002 25 L 0.010 0.021 0.042 0.034 0.243 0.003 0.112 0.011 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.005 0.023 0.077 0.054 0.067 0.097 0.181 0.002 26 G 0.026 0.046 0.268 0.193 0.077 0.003 0.025 0.015 0.001 0.001 0.006 0.006 0.016 0.009 0.089 0.014 0.035 0.045 0.039 0.076 0.011 27 L 0.053 0.063 0.016 0.019 0.546 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.019 0.011 0.022 0.012 0.017 0.116 0.015 0.014 0.033 0.009 0.015 28 Y 0.120 0.106 0.267 0.183 0.026 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.011 0.013 0.062 0.017 0.134 0.004 0.007 0.002 0.011 0.009 0.007 29 K 0.075 0.074 0.019 0.051 0.474 0.001 0.008 0.022 0.002 0.001 0.024 0.016 0.025 0.014 0.024 0.067 0.019 0.013 0.028 0.019 0.026 30 V 0.084 0.056 0.085 0.067 0.120 0.001 0.013 0.022 0.003 0.001 0.008 0.008 0.028 0.012 0.346 0.011 0.092 0.005 0.015 0.017 0.007 31 N 0.080 0.102 0.057 0.071 0.221 0.004 0.136 0.062 0.004 0.001 0.011 0.010 0.020 0.020 0.038 0.032 0.035 0.029 0.027 0.031 0.008 32 E 0.105 0.098 0.162 0.186 0.098 0.011 0.035 0.045 0.003 0.001 0.004 0.006 0.016 0.014 0.064 0.013 0.054 0.024 0.021 0.036 0.005 33 Y 0.081 0.089 0.037 0.066 0.277 0.006 0.066 0.047 0.004 0.002 0.010 0.013 0.034 0.029 0.041 0.035 0.065 0.027 0.040 0.021 0.009 34 V 0.055 0.057 0.144 0.198 0.062 0.004 0.033 0.036 0.002 0.001 0.009 0.011 0.025 0.035 0.132 0.017 0.033 0.020 0.050 0.068 0.007 35 D 0.018 0.024 0.028 0.064 0.309 0.004 0.024 0.054 0.007 0.001 0.009 0.008 0.015 0.024 0.030 0.079 0.054 0.051 0.089 0.101 0.007 36 A 0.011 0.012 0.090 0.049 0.079 0.006 0.035 0.077 0.007 0.001 0.005 0.003 0.006 0.010 0.130 0.029 0.286 0.035 0.062 0.063 0.003 37 R 0.010 0.012 0.032 0.037 0.109 0.021 0.201 0.112 0.009 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.042 0.026 0.236 0.042 0.035 0.057 0.001 38 D 0.010 0.013 0.043 0.054 0.085 0.013 0.223 0.066 0.007 0.006 0.002 0.003 0.004 0.008 0.051 0.033 0.106 0.069 0.100 0.102 0.002 39 T 0.012 0.014 0.073 0.068 0.085 0.009 0.079 0.046 0.007 0.004 0.003 0.002 0.005 0.006 0.044 0.021 0.285 0.084 0.056 0.095 0.001 40 N 0.015 0.020 0.055 0.067 0.117 0.011 0.140 0.043 0.011 0.009 0.003 0.003 0.005 0.007 0.027 0.034 0.179 0.065 0.064 0.125 0.002 41 M 0.017 0.035 0.049 0.072 0.176 0.005 0.119 0.035 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.004 0.029 0.029 0.154 0.058 0.056 0.141 0.002 42 G 0.047 0.089 0.114 0.087 0.159 0.007 0.080 0.069 0.003 0.001 0.006 0.004 0.012 0.006 0.040 0.021 0.091 0.074 0.032 0.052 0.005 43 A 0.141 0.222 0.079 0.102 0.157 0.003 0.023 0.049 0.002 0.001 0.010 0.012 0.030 0.011 0.020 0.024 0.035 0.014 0.035 0.017 0.012 44 W 0.262 0.286 0.074 0.062 0.141 0.001 0.008 0.036 0.002 0.001 0.009 0.012 0.029 0.007 0.020 0.007 0.017 0.005 0.010 0.004 0.008 45 F 0.263 0.354 0.073 0.093 0.052 0.002 0.008 0.042 0.002 0.001 0.006 0.009 0.023 0.007 0.026 0.005 0.014 0.003 0.004 0.005 0.008 46 E 0.247 0.392 0.026 0.097 0.068 0.001 0.008 0.024 0.002 0.001 0.009 0.014 0.039 0.011 0.018 0.004 0.013 0.002 0.004 0.005 0.015 47 A 0.262 0.459 0.024 0.035 0.092 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.009 0.010 0.031 0.009 0.013 0.006 0.004 0.003 0.003 0.004 0.008 48 Q 0.376 0.299 0.100 0.107 0.026 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.006 0.007 0.022 0.007 0.011 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 49 V 0.339 0.239 0.021 0.031 0.213 0.001 0.006 0.014 0.003 0.001 0.010 0.018 0.028 0.012 0.008 0.011 0.010 0.005 0.011 0.003 0.015 50 V 0.157 0.196 0.131 0.160 0.041 0.004 0.018 0.031 0.003 0.001 0.005 0.010 0.032 0.017 0.127 0.005 0.020 0.005 0.010 0.022 0.007 51 R 0.074 0.091 0.027 0.123 0.368 0.003 0.026 0.031 0.004 0.002 0.008 0.008 0.015 0.009 0.030 0.024 0.052 0.027 0.028 0.041 0.010 52 V 0.057 0.052 0.091 0.092 0.232 0.003 0.039 0.033 0.004 0.001 0.006 0.006 0.013 0.005 0.087 0.021 0.109 0.031 0.054 0.060 0.004 53 T 0.031 0.040 0.083 0.126 0.184 0.005 0.065 0.043 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.054 0.022 0.070 0.051 0.070 0.135 0.002 54 R 0.019 0.016 0.050 0.087 0.267 0.004 0.037 0.035 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.039 0.021 0.154 0.055 0.102 0.101 0.001 55 R 0.009 0.010 0.060 0.097 0.123 0.005 0.049 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.086 0.012 0.168 0.035 0.077 0.192 0.001 56 T 0.008 0.010 0.027 0.058 0.282 0.002 0.039 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.021 0.086 0.038 0.113 0.212 0.001 57 A 0.013 0.010 0.071 0.043 0.139 0.002 0.028 0.110 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.006 0.452 0.038 0.030 0.027 0.001 58 R 0.022 0.042 0.043 0.075 0.079 0.017 0.201 0.366 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.005 0.072 0.015 0.012 0.019 0.001 59 E 0.075 0.113 0.038 0.092 0.225 0.006 0.073 0.208 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.026 0.011 0.055 0.014 0.021 0.017 0.003 60 L 0.217 0.236 0.058 0.123 0.117 0.002 0.018 0.079 0.003 0.001 0.006 0.008 0.031 0.010 0.028 0.006 0.023 0.010 0.012 0.008 0.004 61 Y 0.270 0.281 0.052 0.076 0.080 0.002 0.014 0.047 0.002 0.001 0.011 0.015 0.030 0.031 0.033 0.009 0.016 0.005 0.007 0.005 0.013 62 A 0.262 0.307 0.036 0.071 0.052 0.002 0.009 0.027 0.003 0.001 0.011 0.023 0.057 0.060 0.034 0.007 0.009 0.003 0.006 0.003 0.018 63 N 0.255 0.267 0.047 0.061 0.060 0.002 0.011 0.017 0.004 0.001 0.018 0.024 0.061 0.066 0.044 0.010 0.010 0.005 0.007 0.006 0.025 64 V 0.207 0.205 0.057 0.092 0.056 0.002 0.010 0.007 0.003 0.001 0.028 0.025 0.061 0.096 0.060 0.011 0.009 0.005 0.010 0.009 0.045 65 V 0.128 0.159 0.029 0.066 0.100 0.002 0.013 0.003 0.003 0.002 0.020 0.033 0.073 0.140 0.070 0.065 0.016 0.016 0.024 0.012 0.026 66 L 0.070 0.063 0.099 0.104 0.066 0.002 0.019 0.003 0.002 0.001 0.019 0.019 0.046 0.080 0.123 0.045 0.040 0.024 0.063 0.102 0.010 67 G 0.006 0.007 0.020 0.019 0.141 0.002 0.021 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.043 0.131 0.038 0.079 0.085 0.378 0.003 68 D 0.002 0.002 0.052 0.013 0.041 0.001 0.028 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.113 0.028 0.367 0.069 0.092 0.174 0.001 69 D 0.003 0.004 0.051 0.032 0.038 0.023 0.226 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.030 0.023 0.174 0.094 0.093 0.172 0.001 70 S 0.003 0.004 0.030 0.018 0.094 0.014 0.173 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.039 0.124 0.124 0.160 0.160 0.001 71 L 0.005 0.006 0.059 0.029 0.054 0.004 0.054 0.041 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.050 0.015 0.357 0.098 0.111 0.100 0.001 72 N 0.008 0.009 0.054 0.038 0.048 0.025 0.222 0.084 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 0.052 0.024 0.228 0.027 0.044 0.111 0.002 73 D 0.016 0.023 0.028 0.055 0.106 0.009 0.327 0.031 0.006 0.003 0.004 0.006 0.014 0.015 0.035 0.047 0.079 0.059 0.079 0.053 0.005 74 C 0.046 0.043 0.092 0.046 0.152 0.003 0.107 0.039 0.003 0.001 0.015 0.017 0.028 0.020 0.046 0.066 0.046 0.058 0.101 0.061 0.011 75 R 0.077 0.056 0.282 0.123 0.056 0.005 0.015 0.043 0.002 0.001 0.008 0.012 0.026 0.029 0.107 0.019 0.043 0.022 0.025 0.034 0.017 76 I 0.079 0.091 0.015 0.037 0.304 0.003 0.013 0.021 0.002 0.001 0.011 0.022 0.059 0.099 0.042 0.135 0.013 0.009 0.021 0.009 0.014 77 I 0.135 0.104 0.183 0.218 0.019 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.013 0.019 0.078 0.068 0.110 0.004 0.008 0.003 0.008 0.008 0.006 78 F 0.083 0.077 0.020 0.074 0.312 0.002 0.007 0.033 0.003 0.001 0.020 0.028 0.033 0.062 0.016 0.116 0.020 0.020 0.031 0.025 0.019 79 V 0.046 0.034 0.072 0.047 0.073 0.002 0.017 0.074 0.006 0.001 0.006 0.007 0.017 0.025 0.284 0.014 0.241 0.008 0.009 0.014 0.003 80 D 0.035 0.067 0.029 0.044 0.139 0.014 0.173 0.316 0.007 0.003 0.003 0.004 0.008 0.012 0.035 0.020 0.046 0.017 0.010 0.017 0.002 81 E 0.061 0.079 0.099 0.126 0.057 0.014 0.042 0.302 0.008 0.004 0.002 0.003 0.009 0.008 0.058 0.010 0.063 0.019 0.013 0.020 0.002 82 V 0.119 0.108 0.038 0.059 0.193 0.004 0.039 0.179 0.009 0.003 0.009 0.015 0.021 0.013 0.019 0.016 0.091 0.015 0.027 0.014 0.006 83 F 0.103 0.174 0.080 0.122 0.098 0.008 0.070 0.134 0.005 0.003 0.003 0.009 0.017 0.016 0.052 0.012 0.042 0.016 0.011 0.021 0.002 84 K 0.068 0.124 0.057 0.193 0.177 0.013 0.045 0.103 0.007 0.002 0.006 0.006 0.016 0.011 0.037 0.014 0.048 0.022 0.015 0.031 0.006 85 I 0.078 0.055 0.069 0.088 0.294 0.004 0.022 0.046 0.009 0.001 0.008 0.009 0.013 0.006 0.053 0.015 0.091 0.021 0.071 0.037 0.008 86 E 0.042 0.036 0.064 0.084 0.272 0.003 0.045 0.019 0.006 0.001 0.003 0.003 0.009 0.003 0.102 0.019 0.115 0.032 0.044 0.098 0.002 87 R 0.010 0.008 0.067 0.109 0.087 0.002 0.020 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.037 0.013 0.034 0.037 0.179 0.375 0.002 88 P 0.002 0.002 0.016 0.019 0.162 0.002 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.418 0.057 0.080 0.175 0.001 89 G 0.003 0.005 0.051 0.049 0.062 0.011 0.260 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.014 0.079 0.093 0.098 0.209 0.001 90 E 0.006 0.007 0.066 0.070 0.111 0.004 0.035 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.020 0.121 0.074 0.185 0.246 0.002