# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.022 0.837 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 0.059 0.005 0.030 0.018 2 H 0.001 0.019 0.847 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 0.058 0.012 0.007 0.030 3 H 0.001 0.027 0.583 0.003 0.022 0.012 0.001 0.001 0.018 0.194 0.110 0.014 0.013 4 H 0.001 0.027 0.631 0.003 0.040 0.016 0.001 0.001 0.017 0.145 0.087 0.010 0.021 5 H 0.001 0.028 0.489 0.002 0.036 0.014 0.001 0.002 0.014 0.228 0.150 0.020 0.015 6 H 0.002 0.054 0.555 0.002 0.044 0.017 0.001 0.001 0.009 0.133 0.147 0.008 0.028 7 H 0.001 0.039 0.433 0.002 0.041 0.014 0.001 0.001 0.004 0.221 0.219 0.012 0.011 8 S 0.001 0.017 0.419 0.003 0.044 0.013 0.001 0.001 0.002 0.219 0.257 0.010 0.015 9 S 0.001 0.015 0.161 0.002 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.160 0.593 0.006 0.007 10 G 0.001 0.024 0.275 0.002 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.342 0.315 0.008 0.007 11 R 0.002 0.039 0.679 0.002 0.018 0.018 0.001 0.001 0.003 0.171 0.029 0.021 0.018 12 E 0.003 0.055 0.416 0.005 0.076 0.076 0.001 0.001 0.004 0.123 0.166 0.015 0.059 13 N 0.005 0.043 0.370 0.013 0.090 0.083 0.001 0.001 0.004 0.136 0.186 0.040 0.027 14 L 0.009 0.035 0.405 0.012 0.100 0.123 0.002 0.001 0.007 0.099 0.092 0.030 0.084 15 Y 0.013 0.046 0.349 0.012 0.091 0.125 0.003 0.001 0.009 0.094 0.124 0.067 0.065 16 F 0.012 0.027 0.283 0.012 0.127 0.203 0.002 0.001 0.011 0.094 0.114 0.031 0.082 17 Q 0.009 0.016 0.225 0.017 0.108 0.204 0.002 0.001 0.009 0.128 0.202 0.038 0.043 18 G 0.009 0.017 0.293 0.008 0.100 0.154 0.002 0.001 0.009 0.125 0.190 0.036 0.056 19 M 0.012 0.021 0.370 0.007 0.084 0.183 0.002 0.001 0.013 0.103 0.092 0.049 0.063 20 W 0.014 0.033 0.293 0.006 0.064 0.195 0.003 0.002 0.014 0.125 0.115 0.054 0.081 21 D 0.009 0.033 0.368 0.008 0.049 0.127 0.002 0.001 0.007 0.129 0.170 0.038 0.059 22 E 0.005 0.017 0.390 0.012 0.061 0.113 0.001 0.001 0.005 0.143 0.176 0.028 0.048 23 T 0.004 0.010 0.217 0.014 0.096 0.124 0.001 0.001 0.003 0.146 0.343 0.015 0.027 24 E 0.010 0.012 0.226 0.011 0.082 0.090 0.001 0.001 0.006 0.161 0.288 0.055 0.059 25 L 0.035 0.013 0.312 0.020 0.054 0.084 0.005 0.002 0.012 0.132 0.118 0.036 0.177 26 G 0.050 0.012 0.189 0.040 0.016 0.051 0.006 0.002 0.016 0.163 0.067 0.342 0.048 27 L 0.121 0.010 0.108 0.010 0.015 0.063 0.018 0.004 0.022 0.022 0.030 0.033 0.545 28 Y 0.224 0.012 0.121 0.056 0.019 0.051 0.038 0.010 0.030 0.022 0.022 0.299 0.098 29 K 0.211 0.013 0.099 0.029 0.017 0.060 0.041 0.007 0.038 0.022 0.025 0.180 0.258 30 V 0.098 0.015 0.214 0.038 0.023 0.048 0.017 0.006 0.059 0.038 0.051 0.113 0.280 31 N 0.046 0.005 0.288 0.213 0.021 0.022 0.009 0.004 0.029 0.110 0.074 0.093 0.086 32 E 0.058 0.008 0.166 0.025 0.037 0.051 0.013 0.007 0.082 0.134 0.111 0.184 0.125 33 Y 0.084 0.023 0.130 0.014 0.034 0.049 0.027 0.021 0.082 0.060 0.075 0.038 0.363 34 V 0.094 0.026 0.157 0.013 0.017 0.032 0.031 0.032 0.131 0.051 0.016 0.328 0.072 35 D 0.022 0.029 0.354 0.009 0.010 0.028 0.008 0.013 0.095 0.089 0.020 0.049 0.274 36 A 0.018 0.034 0.338 0.016 0.053 0.160 0.007 0.008 0.032 0.119 0.120 0.034 0.062 37 R 0.009 0.018 0.209 0.020 0.084 0.116 0.003 0.004 0.017 0.137 0.325 0.031 0.026 38 D 0.008 0.014 0.280 0.004 0.111 0.102 0.002 0.002 0.006 0.165 0.204 0.013 0.091 39 T 0.008 0.010 0.166 0.007 0.108 0.072 0.001 0.001 0.003 0.203 0.366 0.032 0.024 40 N 0.027 0.012 0.165 0.014 0.125 0.061 0.001 0.001 0.003 0.186 0.311 0.027 0.067 41 M 0.032 0.006 0.095 0.027 0.090 0.064 0.002 0.001 0.002 0.189 0.395 0.026 0.071 42 G 0.089 0.005 0.125 0.026 0.016 0.033 0.004 0.001 0.002 0.206 0.298 0.099 0.098 43 A 0.300 0.003 0.065 0.005 0.002 0.008 0.005 0.001 0.002 0.016 0.009 0.243 0.342 44 W 0.627 0.001 0.010 0.008 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.110 0.227 45 F 0.734 0.001 0.003 0.020 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.048 46 E 0.733 0.001 0.003 0.025 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.190 47 A 0.792 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.096 48 Q 0.721 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.079 49 V 0.617 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.093 0.268 50 V 0.407 0.001 0.014 0.260 0.005 0.006 0.015 0.001 0.006 0.005 0.006 0.182 0.093 51 R 0.190 0.004 0.055 0.023 0.010 0.019 0.011 0.001 0.018 0.032 0.052 0.266 0.319 52 V 0.095 0.004 0.102 0.020 0.015 0.009 0.007 0.001 0.008 0.024 0.031 0.067 0.616 53 T 0.041 0.005 0.107 0.007 0.006 0.006 0.005 0.001 0.019 0.035 0.018 0.690 0.058 54 R 0.013 0.042 0.275 0.003 0.009 0.009 0.003 0.001 0.031 0.051 0.034 0.023 0.504 55 R 0.004 0.035 0.660 0.007 0.003 0.009 0.001 0.001 0.026 0.063 0.004 0.164 0.024 56 T 0.001 0.007 0.772 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.011 0.073 0.009 0.010 0.105 57 A 0.004 0.010 0.264 0.020 0.114 0.282 0.001 0.001 0.009 0.109 0.108 0.019 0.058 58 R 0.014 0.007 0.119 0.057 0.174 0.254 0.003 0.002 0.013 0.066 0.144 0.101 0.047 59 E 0.070 0.006 0.120 0.013 0.103 0.116 0.009 0.005 0.028 0.029 0.037 0.047 0.418 60 L 0.184 0.006 0.139 0.100 0.021 0.061 0.014 0.007 0.055 0.032 0.017 0.206 0.160 61 Y 0.477 0.002 0.049 0.072 0.007 0.022 0.038 0.005 0.021 0.014 0.015 0.070 0.209 62 A 0.556 0.001 0.019 0.030 0.003 0.012 0.059 0.015 0.032 0.006 0.006 0.136 0.126 63 N 0.659 0.001 0.014 0.022 0.001 0.010 0.067 0.027 0.018 0.004 0.003 0.068 0.105 64 V 0.573 0.001 0.010 0.004 0.001 0.007 0.100 0.037 0.051 0.002 0.001 0.134 0.080 65 V 0.445 0.005 0.039 0.029 0.002 0.013 0.096 0.058 0.088 0.008 0.010 0.085 0.121 66 L 0.174 0.021 0.208 0.015 0.006 0.014 0.031 0.024 0.080 0.086 0.044 0.127 0.168 67 G 0.012 0.008 0.427 0.007 0.004 0.006 0.003 0.002 0.043 0.267 0.101 0.057 0.063 68 D 0.005 0.014 0.272 0.003 0.047 0.018 0.001 0.001 0.006 0.262 0.303 0.009 0.059 69 D 0.002 0.015 0.190 0.004 0.075 0.015 0.001 0.001 0.004 0.318 0.346 0.022 0.008 70 S 0.003 0.028 0.427 0.003 0.115 0.025 0.001 0.001 0.003 0.228 0.117 0.010 0.040 71 L 0.005 0.028 0.299 0.008 0.194 0.061 0.002 0.001 0.004 0.170 0.193 0.011 0.023 72 N 0.004 0.016 0.169 0.023 0.131 0.075 0.001 0.001 0.003 0.200 0.356 0.014 0.007 73 D 0.007 0.018 0.254 0.017 0.112 0.065 0.002 0.001 0.007 0.145 0.318 0.013 0.041 74 C 0.027 0.015 0.483 0.027 0.036 0.037 0.005 0.004 0.022 0.141 0.060 0.052 0.091 75 R 0.064 0.012 0.238 0.029 0.011 0.026 0.017 0.008 0.054 0.096 0.019 0.334 0.094 76 I 0.144 0.009 0.041 0.008 0.008 0.022 0.062 0.032 0.092 0.013 0.010 0.028 0.532 77 I 0.215 0.009 0.044 0.152 0.008 0.026 0.047 0.045 0.053 0.031 0.009 0.313 0.047 78 F 0.149 0.005 0.062 0.011 0.005 0.026 0.039 0.025 0.075 0.023 0.011 0.049 0.520 79 V 0.175 0.005 0.150 0.083 0.022 0.081 0.024 0.014 0.040 0.037 0.032 0.147 0.191 80 D 0.238 0.002 0.112 0.108 0.043 0.111 0.018 0.005 0.018 0.037 0.058 0.114 0.136 81 E 0.260 0.002 0.054 0.030 0.037 0.113 0.013 0.003 0.015 0.029 0.032 0.247 0.166 82 V 0.486 0.002 0.026 0.025 0.018 0.068 0.015 0.002 0.006 0.006 0.013 0.036 0.295 83 F 0.530 0.001 0.020 0.025 0.005 0.021 0.011 0.001 0.005 0.006 0.005 0.325 0.046 84 K 0.476 0.002 0.020 0.010 0.004 0.017 0.012 0.001 0.004 0.003 0.010 0.044 0.398 85 I 0.358 0.005 0.084 0.008 0.004 0.016 0.008 0.001 0.005 0.010 0.014 0.354 0.133 86 E 0.198 0.010 0.176 0.016 0.009 0.019 0.014 0.001 0.014 0.031 0.029 0.117 0.365 87 R 0.031 0.008 0.419 0.006 0.005 0.007 0.002 0.001 0.010 0.084 0.027 0.283 0.119 88 P 0.005 0.008 0.366 0.012 0.012 0.008 0.001 0.001 0.006 0.148 0.341 0.019 0.072 89 G 0.002 0.013 0.338 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.004 0.301 0.274 0.035 0.013 90 E 0.003 0.025 0.666 0.002 0.013 0.007 0.001 0.001 0.007 0.174 0.032 0.019 0.051