# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.073 0.153 0.263 0.040 0.103 0.035 0.028 0.013 0.015 0.055 0.029 0.049 0.008 0.010 0.018 2 H 0.033 0.121 0.100 0.268 0.030 0.147 0.017 0.035 0.025 0.015 0.060 0.075 0.037 0.007 0.011 0.017 3 H 0.041 0.099 0.129 0.307 0.034 0.070 0.023 0.024 0.029 0.016 0.073 0.065 0.045 0.009 0.012 0.024 4 H 0.044 0.090 0.165 0.271 0.024 0.121 0.026 0.023 0.018 0.014 0.035 0.076 0.052 0.006 0.013 0.021 5 H 0.036 0.110 0.157 0.274 0.019 0.102 0.019 0.025 0.020 0.013 0.072 0.044 0.061 0.006 0.013 0.030 6 H 0.043 0.102 0.120 0.274 0.019 0.133 0.016 0.023 0.020 0.012 0.060 0.079 0.059 0.006 0.013 0.023 7 H 0.037 0.083 0.127 0.137 0.021 0.220 0.013 0.017 0.012 0.013 0.099 0.077 0.112 0.004 0.009 0.017 8 S 0.021 0.051 0.060 0.060 0.147 0.073 0.119 0.011 0.008 0.007 0.169 0.080 0.058 0.119 0.005 0.012 9 S 0.012 0.133 0.090 0.097 0.004 0.029 0.009 0.156 0.008 0.002 0.030 0.081 0.057 0.003 0.279 0.012 10 G 0.015 0.042 0.128 0.126 0.002 0.028 0.006 0.005 0.123 0.074 0.022 0.031 0.092 0.002 0.007 0.297 11 R 0.427 0.018 0.091 0.086 0.020 0.113 0.027 0.003 0.003 0.003 0.054 0.038 0.100 0.006 0.002 0.009 12 E 0.013 0.158 0.255 0.194 0.004 0.061 0.004 0.057 0.002 0.002 0.086 0.058 0.085 0.003 0.013 0.006 13 N 0.006 0.049 0.034 0.217 0.012 0.310 0.009 0.006 0.028 0.015 0.026 0.115 0.148 0.004 0.004 0.018 14 L 0.023 0.044 0.082 0.133 0.011 0.050 0.015 0.011 0.003 0.002 0.289 0.035 0.283 0.004 0.006 0.010 15 Y 0.009 0.078 0.097 0.137 0.007 0.081 0.007 0.018 0.006 0.004 0.026 0.281 0.222 0.005 0.010 0.014 16 F 0.015 0.015 0.058 0.072 0.071 0.076 0.082 0.009 0.006 0.006 0.075 0.025 0.322 0.127 0.009 0.031 17 Q 0.013 0.064 0.108 0.091 0.005 0.027 0.015 0.102 0.004 0.002 0.068 0.051 0.247 0.008 0.182 0.015 18 G 0.016 0.026 0.066 0.098 0.005 0.041 0.013 0.012 0.055 0.047 0.036 0.055 0.299 0.012 0.011 0.206 19 M 0.224 0.041 0.082 0.103 0.010 0.053 0.027 0.007 0.006 0.003 0.066 0.051 0.271 0.015 0.012 0.028 20 W 0.015 0.059 0.202 0.097 0.015 0.110 0.044 0.020 0.004 0.003 0.057 0.064 0.254 0.016 0.018 0.023 21 D 0.015 0.163 0.106 0.172 0.007 0.069 0.012 0.028 0.013 0.005 0.052 0.066 0.223 0.005 0.029 0.035 22 E 0.039 0.049 0.101 0.148 0.033 0.085 0.066 0.006 0.021 0.013 0.072 0.050 0.205 0.043 0.008 0.061 23 T 0.034 0.077 0.200 0.074 0.007 0.140 0.017 0.033 0.003 0.002 0.072 0.070 0.194 0.002 0.063 0.010 24 E 0.016 0.154 0.100 0.082 0.035 0.036 0.059 0.007 0.036 0.009 0.058 0.037 0.065 0.134 0.005 0.168 25 L 0.111 0.084 0.220 0.323 0.001 0.011 0.006 0.043 0.006 0.001 0.008 0.027 0.043 0.001 0.106 0.010 26 G 0.017 0.021 0.411 0.157 0.003 0.107 0.010 0.003 0.032 0.040 0.013 0.009 0.066 0.002 0.002 0.108 27 L 0.166 0.088 0.092 0.524 0.004 0.023 0.003 0.004 0.002 0.001 0.050 0.010 0.026 0.001 0.001 0.007 28 Y 0.004 0.030 0.184 0.722 0.006 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.010 0.001 0.001 0.002 29 K 0.005 0.012 0.043 0.259 0.333 0.264 0.029 0.004 0.001 0.005 0.007 0.003 0.024 0.007 0.001 0.003 30 V 0.003 0.069 0.015 0.130 0.018 0.255 0.004 0.219 0.002 0.002 0.227 0.011 0.027 0.003 0.013 0.002 31 N 0.004 0.323 0.017 0.092 0.004 0.048 0.007 0.016 0.124 0.037 0.038 0.231 0.026 0.003 0.009 0.020 32 E 0.235 0.039 0.093 0.177 0.002 0.041 0.009 0.011 0.022 0.007 0.092 0.081 0.123 0.002 0.019 0.045 33 Y 0.029 0.053 0.650 0.063 0.005 0.022 0.021 0.001 0.005 0.001 0.013 0.026 0.047 0.006 0.002 0.055 34 V 0.025 0.074 0.311 0.479 0.002 0.019 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 0.011 0.039 0.001 0.007 0.010 35 D 0.005 0.018 0.069 0.145 0.013 0.654 0.009 0.003 0.004 0.009 0.007 0.010 0.045 0.001 0.001 0.007 36 A 0.008 0.043 0.017 0.071 0.019 0.094 0.007 0.015 0.001 0.001 0.648 0.011 0.058 0.003 0.001 0.002 37 R 0.003 0.174 0.024 0.070 0.005 0.031 0.005 0.021 0.013 0.003 0.054 0.529 0.048 0.006 0.009 0.006 38 D 0.016 0.024 0.072 0.045 0.023 0.099 0.078 0.007 0.019 0.010 0.035 0.085 0.377 0.019 0.029 0.062 39 T 0.033 0.053 0.173 0.032 0.006 0.034 0.014 0.035 0.005 0.004 0.195 0.044 0.282 0.004 0.041 0.044 40 N 0.043 0.039 0.064 0.022 0.080 0.053 0.125 0.006 0.020 0.013 0.039 0.123 0.113 0.184 0.007 0.069 41 M 0.052 0.033 0.095 0.048 0.002 0.030 0.008 0.183 0.005 0.002 0.086 0.034 0.212 0.002 0.193 0.014 42 G 0.011 0.136 0.134 0.082 0.001 0.021 0.005 0.002 0.137 0.026 0.012 0.064 0.162 0.001 0.003 0.202 43 A 0.370 0.010 0.065 0.203 0.001 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 0.030 0.198 0.001 0.001 0.005 44 W 0.004 0.116 0.505 0.268 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.054 0.001 0.001 0.004 45 F 0.003 0.007 0.029 0.681 0.001 0.141 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 0.110 0.001 0.001 0.001 46 E 0.002 0.215 0.125 0.515 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.090 0.001 0.001 0.004 47 A 0.002 0.004 0.012 0.917 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.003 0.059 0.141 0.578 0.005 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.091 0.001 0.001 0.009 49 V 0.005 0.012 0.009 0.452 0.012 0.357 0.003 0.002 0.001 0.001 0.037 0.004 0.102 0.002 0.001 0.001 50 V 0.001 0.447 0.051 0.305 0.006 0.038 0.006 0.008 0.001 0.001 0.021 0.036 0.072 0.002 0.004 0.003 51 R 0.005 0.026 0.021 0.664 0.006 0.049 0.006 0.009 0.009 0.003 0.017 0.013 0.131 0.005 0.007 0.030 52 V 0.027 0.068 0.375 0.279 0.012 0.019 0.031 0.003 0.005 0.003 0.016 0.009 0.083 0.010 0.006 0.055 53 T 0.028 0.062 0.161 0.323 0.033 0.155 0.053 0.013 0.003 0.005 0.011 0.025 0.091 0.010 0.010 0.017 54 R 0.016 0.110 0.084 0.222 0.022 0.249 0.011 0.034 0.010 0.008 0.107 0.012 0.076 0.004 0.010 0.025 55 R 0.036 0.286 0.057 0.238 0.012 0.046 0.007 0.015 0.025 0.017 0.092 0.088 0.047 0.004 0.003 0.026 56 T 0.031 0.028 0.046 0.043 0.017 0.463 0.020 0.011 0.005 0.008 0.065 0.144 0.105 0.004 0.005 0.004 57 A 0.006 0.077 0.059 0.037 0.001 0.060 0.003 0.037 0.005 0.002 0.506 0.058 0.130 0.001 0.010 0.008 58 R 0.014 0.152 0.052 0.205 0.001 0.011 0.001 0.003 0.026 0.002 0.026 0.391 0.093 0.001 0.003 0.019 59 E 0.069 0.021 0.355 0.328 0.001 0.024 0.006 0.001 0.004 0.001 0.004 0.009 0.153 0.001 0.001 0.021 60 L 0.004 0.057 0.458 0.372 0.001 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.048 0.001 0.001 0.002 61 Y 0.001 0.061 0.057 0.868 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.002 0.026 0.961 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 63 N 0.001 0.006 0.065 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 64 V 0.001 0.001 0.005 0.985 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.011 0.011 0.714 0.226 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 L 0.001 0.040 0.003 0.768 0.062 0.094 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.120 0.010 0.244 0.085 0.312 0.006 0.054 0.034 0.076 0.044 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 68 D 0.053 0.251 0.017 0.146 0.017 0.140 0.005 0.070 0.042 0.021 0.179 0.043 0.006 0.002 0.004 0.004 69 D 0.028 0.260 0.117 0.133 0.006 0.053 0.004 0.024 0.042 0.017 0.094 0.183 0.014 0.001 0.011 0.012 70 S 0.057 0.045 0.125 0.070 0.048 0.245 0.025 0.011 0.015 0.013 0.100 0.136 0.074 0.009 0.007 0.021 71 L 0.022 0.062 0.081 0.039 0.086 0.110 0.064 0.032 0.004 0.003 0.268 0.089 0.086 0.035 0.012 0.007 72 N 0.010 0.145 0.047 0.072 0.010 0.031 0.028 0.152 0.030 0.012 0.054 0.190 0.075 0.013 0.105 0.027 73 D 0.051 0.088 0.114 0.128 0.001 0.011 0.013 0.010 0.165 0.020 0.010 0.028 0.084 0.003 0.039 0.237 74 C 0.289 0.013 0.412 0.122 0.001 0.034 0.007 0.002 0.007 0.005 0.012 0.011 0.049 0.001 0.003 0.032 75 R 0.051 0.127 0.497 0.267 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.015 0.001 0.001 0.009 76 I 0.013 0.005 0.085 0.745 0.005 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.017 0.001 0.001 0.003 77 I 0.002 0.138 0.148 0.681 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.010 0.006 0.362 0.025 0.555 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 79 V 0.002 0.045 0.031 0.083 0.008 0.285 0.002 0.030 0.001 0.001 0.448 0.010 0.050 0.001 0.001 0.001 80 D 0.002 0.355 0.011 0.144 0.001 0.034 0.002 0.009 0.015 0.003 0.040 0.331 0.046 0.001 0.003 0.004 81 E 0.033 0.043 0.080 0.337 0.003 0.050 0.010 0.003 0.012 0.002 0.050 0.051 0.255 0.005 0.008 0.057 82 V 0.022 0.043 0.602 0.131 0.003 0.019 0.017 0.002 0.002 0.001 0.006 0.011 0.104 0.005 0.005 0.025 83 F 0.010 0.086 0.239 0.534 0.001 0.027 0.005 0.006 0.002 0.001 0.005 0.005 0.058 0.002 0.006 0.013 84 K 0.010 0.018 0.103 0.773 0.004 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 0.008 0.002 0.029 0.002 0.001 0.013 85 I 0.016 0.028 0.144 0.704 0.011 0.036 0.006 0.002 0.002 0.001 0.010 0.004 0.024 0.002 0.001 0.008 86 E 0.004 0.056 0.087 0.805 0.011 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 87 R 0.003 0.010 0.018 0.179 0.522 0.196 0.046 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 88 P 0.003 0.235 0.033 0.220 0.009 0.030 0.001 0.386 0.003 0.002 0.051 0.003 0.004 0.001 0.017 0.002 89 G 0.005 0.026 0.010 0.080 0.060 0.177 0.014 0.007 0.225 0.280 0.024 0.068 0.007 0.003 0.001 0.013 90 E 0.189 0.135 0.057 0.079 0.024 0.037 0.016 0.077 0.005 0.003 0.279 0.051 0.025 0.004 0.015 0.004