# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.087 0.009 0.070 0.743 2 H 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.002 0.031 0.920 3 H 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.002 0.037 0.888 4 H 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.062 0.004 0.060 0.822 5 H 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.045 0.004 0.052 0.836 6 H 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.035 0.004 0.087 0.812 7 H 0.079 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.070 0.749 8 S 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.005 0.153 0.719 9 S 0.040 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.007 0.132 0.770 10 G 0.187 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.031 0.145 0.550 11 R 0.402 0.023 0.025 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.200 0.287 12 E 0.015 0.025 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.090 0.784 13 N 0.051 0.048 0.005 0.002 0.024 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.015 0.120 0.582 14 L 0.197 0.094 0.008 0.001 0.001 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.011 0.088 0.419 15 Y 0.067 0.114 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.008 0.186 0.440 16 F 0.145 0.161 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.022 0.103 0.398 17 Q 0.135 0.184 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.019 0.093 0.427 18 G 0.149 0.095 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.076 0.028 0.126 0.498 19 M 0.217 0.137 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.085 0.021 0.100 0.386 20 W 0.115 0.132 0.015 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.006 0.004 0.003 0.002 0.091 0.015 0.111 0.490 21 D 0.090 0.108 0.009 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.009 0.010 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.079 0.016 0.099 0.554 22 E 0.104 0.122 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.013 0.123 0.524 23 T 0.095 0.125 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.021 0.195 0.477 24 E 0.185 0.138 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.049 0.229 0.307 25 L 0.303 0.104 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.065 0.132 0.278 26 G 0.177 0.056 0.041 0.008 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.044 0.167 0.262 27 L 0.041 0.038 0.067 0.005 0.006 0.006 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.166 0.007 0.136 0.506 28 Y 0.011 0.028 0.005 0.003 0.012 0.014 0.039 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.008 0.003 0.003 0.620 0.006 0.066 0.159 29 K 0.018 0.042 0.004 0.001 0.003 0.005 0.018 0.005 0.006 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.396 0.006 0.087 0.394 30 V 0.012 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.683 0.003 0.045 0.178 31 N 0.018 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.578 0.014 0.090 0.241 32 E 0.102 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.033 0.099 0.312 33 Y 0.171 0.027 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.275 0.023 0.144 0.308 34 V 0.034 0.039 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.002 0.634 0.008 0.070 0.180 35 D 0.020 0.051 0.005 0.002 0.043 0.006 0.014 0.004 0.004 0.005 0.017 0.004 0.017 0.020 0.015 0.010 0.177 0.014 0.123 0.448 36 A 0.024 0.048 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.011 0.009 0.006 0.002 0.017 0.012 0.011 0.007 0.467 0.010 0.047 0.313 37 R 0.024 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.011 0.003 0.007 0.003 0.002 0.002 0.243 0.010 0.372 0.226 38 D 0.102 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.012 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.134 0.053 0.289 0.290 39 T 0.178 0.064 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.043 0.104 0.452 40 N 0.047 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.563 0.267 41 M 0.122 0.028 0.024 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.049 0.207 0.457 42 G 0.071 0.053 0.013 0.006 0.008 0.008 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.031 0.224 0.217 43 A 0.086 0.032 0.042 0.003 0.008 0.011 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.472 0.015 0.128 0.180 44 W 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.002 0.044 0.076 45 F 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.001 0.015 0.029 46 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.001 0.015 0.027 47 A 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.871 0.003 0.020 0.089 48 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.002 0.011 0.035 49 V 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.804 0.001 0.029 0.148 50 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.003 0.919 0.002 0.012 0.041 51 R 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.018 0.006 0.486 0.003 0.040 0.410 52 V 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.014 0.024 0.027 0.010 0.606 0.008 0.045 0.228 53 T 0.022 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.008 0.005 0.011 0.015 0.007 0.004 0.475 0.013 0.081 0.325 54 R 0.020 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.023 0.006 0.016 0.012 0.007 0.003 0.167 0.014 0.129 0.565 55 R 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.014 0.143 0.665 56 T 0.044 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.015 0.217 0.616 57 A 0.053 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.019 0.078 0.771 58 R 0.034 0.024 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.015 0.308 0.496 59 E 0.273 0.019 0.008 0.001 0.011 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.051 0.207 0.337 60 L 0.065 0.046 0.004 0.001 0.005 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.010 0.029 0.124 61 Y 0.009 0.013 0.003 0.001 0.021 0.011 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.712 0.003 0.056 0.148 62 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.899 0.002 0.009 0.065 63 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.932 0.001 0.014 0.036 64 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.025 0.011 0.833 0.002 0.018 0.073 65 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.006 0.002 0.928 0.001 0.013 0.032 66 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.022 0.004 0.030 0.017 0.016 0.010 0.651 0.003 0.077 0.136 67 G 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.530 0.005 0.110 0.303 68 D 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.110 0.003 0.115 0.724 69 D 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.017 0.163 0.725 70 S 0.130 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.381 0.442 71 L 0.227 0.021 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.012 0.146 0.528 72 N 0.046 0.061 0.002 0.001 0.008 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.012 0.320 0.424 73 D 0.311 0.025 0.006 0.001 0.012 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.033 0.181 0.339 74 C 0.249 0.068 0.044 0.004 0.001 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.027 0.106 0.351 75 R 0.045 0.029 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.715 0.008 0.077 0.104 76 I 0.008 0.036 0.011 0.003 0.010 0.007 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.399 0.005 0.056 0.437 77 I 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.902 0.003 0.020 0.030 78 F 0.012 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.004 0.110 0.522 79 V 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.765 0.001 0.027 0.183 80 D 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.005 0.211 0.328 81 E 0.117 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.029 0.131 0.374 82 V 0.120 0.066 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.438 0.011 0.086 0.261 83 F 0.012 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.846 0.003 0.020 0.082 84 K 0.012 0.025 0.003 0.001 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.004 0.701 0.007 0.050 0.168 85 I 0.006 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.003 0.703 0.003 0.010 0.223 86 E 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.866 0.005 0.028 0.061 87 R 0.029 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.013 0.004 0.004 0.006 0.008 0.006 0.333 0.010 0.088 0.442 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.004 0.977 89 G 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.008 0.108 0.728 90 E 0.301 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.088 0.550