# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.263 0.232 0.130 0.071 0.031 0.025 0.008 0.022 0.008 0.001 2 H 0.155 0.189 0.276 0.166 0.072 0.044 0.048 0.010 0.030 0.008 0.001 3 H 0.192 0.213 0.300 0.119 0.060 0.039 0.033 0.011 0.023 0.009 0.001 4 H 0.175 0.195 0.302 0.141 0.057 0.046 0.038 0.009 0.026 0.010 0.001 5 H 0.216 0.203 0.234 0.139 0.084 0.037 0.033 0.013 0.028 0.012 0.001 6 H 0.209 0.170 0.246 0.189 0.049 0.054 0.039 0.010 0.024 0.009 0.001 7 H 0.238 0.163 0.260 0.147 0.060 0.041 0.035 0.011 0.024 0.019 0.001 8 S 0.426 0.124 0.188 0.132 0.047 0.021 0.021 0.007 0.016 0.015 0.002 9 S 0.244 0.077 0.237 0.295 0.039 0.016 0.060 0.008 0.014 0.010 0.002 10 G 0.047 0.014 0.058 0.034 0.056 0.017 0.140 0.487 0.006 0.140 0.001 11 R 0.073 0.269 0.513 0.035 0.040 0.021 0.007 0.001 0.037 0.003 0.001 12 E 0.283 0.054 0.521 0.060 0.012 0.033 0.009 0.003 0.008 0.003 0.014 13 N 0.141 0.190 0.191 0.161 0.080 0.076 0.084 0.026 0.043 0.006 0.001 14 L 0.269 0.335 0.202 0.091 0.044 0.034 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 15 Y 0.280 0.281 0.199 0.097 0.069 0.038 0.012 0.002 0.017 0.005 0.001 16 F 0.291 0.211 0.164 0.130 0.081 0.058 0.024 0.005 0.028 0.008 0.001 17 Q 0.330 0.154 0.212 0.186 0.038 0.024 0.028 0.002 0.022 0.003 0.001 18 G 0.223 0.068 0.160 0.081 0.158 0.028 0.068 0.121 0.012 0.082 0.001 19 M 0.215 0.273 0.289 0.088 0.065 0.032 0.012 0.002 0.019 0.005 0.001 20 W 0.298 0.245 0.253 0.070 0.052 0.040 0.013 0.002 0.020 0.005 0.002 21 D 0.334 0.124 0.211 0.136 0.056 0.054 0.045 0.011 0.020 0.007 0.002 22 E 0.271 0.128 0.235 0.133 0.051 0.064 0.046 0.016 0.043 0.011 0.001 23 T 0.438 0.076 0.276 0.130 0.019 0.020 0.018 0.003 0.012 0.005 0.002 24 E 0.346 0.103 0.139 0.210 0.051 0.034 0.066 0.023 0.017 0.009 0.001 25 L 0.190 0.198 0.241 0.277 0.045 0.013 0.021 0.001 0.013 0.001 0.001 26 G 0.101 0.078 0.159 0.029 0.259 0.014 0.062 0.166 0.008 0.123 0.001 27 L 0.106 0.428 0.368 0.022 0.032 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 28 Y 0.042 0.682 0.158 0.017 0.049 0.033 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 29 K 0.084 0.421 0.343 0.025 0.048 0.051 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 30 V 0.185 0.416 0.233 0.054 0.032 0.040 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 31 N 0.226 0.106 0.198 0.196 0.058 0.086 0.065 0.013 0.046 0.005 0.002 32 E 0.403 0.173 0.140 0.124 0.072 0.026 0.036 0.012 0.009 0.004 0.001 33 Y 0.352 0.206 0.193 0.125 0.035 0.044 0.022 0.003 0.018 0.001 0.001 34 V 0.133 0.533 0.246 0.027 0.022 0.014 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 35 D 0.247 0.083 0.377 0.055 0.025 0.147 0.021 0.002 0.039 0.001 0.003 36 A 0.686 0.082 0.094 0.079 0.027 0.018 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 37 R 0.689 0.083 0.066 0.100 0.018 0.019 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 38 D 0.364 0.066 0.099 0.210 0.028 0.078 0.104 0.011 0.034 0.004 0.001 39 T 0.675 0.058 0.069 0.148 0.015 0.008 0.015 0.004 0.004 0.004 0.001 40 N 0.345 0.073 0.099 0.315 0.028 0.049 0.059 0.009 0.019 0.003 0.001 41 M 0.357 0.068 0.136 0.331 0.018 0.016 0.058 0.002 0.010 0.002 0.001 42 G 0.153 0.026 0.060 0.035 0.178 0.009 0.144 0.231 0.005 0.159 0.001 43 A 0.168 0.404 0.257 0.038 0.085 0.029 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 44 W 0.180 0.525 0.155 0.026 0.051 0.044 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 45 F 0.226 0.440 0.120 0.056 0.107 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 46 E 0.211 0.470 0.102 0.070 0.082 0.031 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 47 A 0.098 0.558 0.112 0.032 0.152 0.019 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 48 Q 0.062 0.758 0.098 0.010 0.044 0.019 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 49 V 0.095 0.493 0.209 0.019 0.021 0.123 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 50 V 0.141 0.521 0.113 0.053 0.072 0.046 0.009 0.001 0.043 0.001 0.001 51 R 0.144 0.252 0.228 0.076 0.067 0.115 0.058 0.005 0.054 0.001 0.001 52 V 0.126 0.311 0.287 0.098 0.026 0.101 0.011 0.001 0.037 0.001 0.001 53 T 0.181 0.257 0.290 0.129 0.061 0.038 0.012 0.001 0.026 0.004 0.001 54 R 0.315 0.101 0.215 0.160 0.091 0.042 0.040 0.006 0.017 0.011 0.002 55 R 0.207 0.123 0.243 0.207 0.075 0.051 0.038 0.014 0.025 0.016 0.001 56 T 0.170 0.204 0.379 0.092 0.068 0.032 0.008 0.001 0.035 0.009 0.001 57 A 0.736 0.024 0.161 0.033 0.010 0.013 0.007 0.001 0.003 0.002 0.011 58 R 0.628 0.083 0.076 0.105 0.030 0.016 0.039 0.011 0.008 0.002 0.001 59 E 0.268 0.290 0.215 0.113 0.044 0.027 0.015 0.002 0.025 0.001 0.001 60 L 0.144 0.421 0.308 0.058 0.015 0.032 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 61 Y 0.047 0.762 0.079 0.030 0.046 0.018 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 62 A 0.006 0.792 0.020 0.006 0.169 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 N 0.020 0.623 0.221 0.010 0.054 0.048 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 64 V 0.013 0.775 0.142 0.004 0.022 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 65 V 0.041 0.496 0.310 0.014 0.032 0.059 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 66 L 0.073 0.348 0.323 0.076 0.073 0.067 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 67 G 0.094 0.033 0.107 0.030 0.187 0.020 0.054 0.175 0.010 0.289 0.001 68 D 0.323 0.087 0.171 0.261 0.052 0.032 0.039 0.007 0.019 0.008 0.002 69 D 0.140 0.089 0.123 0.379 0.039 0.045 0.128 0.026 0.022 0.010 0.001 70 S 0.229 0.234 0.168 0.160 0.089 0.039 0.037 0.014 0.018 0.013 0.001 71 L 0.530 0.102 0.174 0.129 0.026 0.018 0.006 0.002 0.009 0.004 0.002 72 N 0.268 0.083 0.094 0.306 0.059 0.026 0.112 0.021 0.015 0.015 0.001 73 D 0.151 0.087 0.097 0.306 0.032 0.030 0.238 0.030 0.023 0.005 0.001 74 C 0.124 0.365 0.271 0.122 0.060 0.013 0.025 0.006 0.012 0.002 0.001 75 R 0.061 0.604 0.190 0.037 0.055 0.029 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 76 I 0.021 0.623 0.296 0.011 0.013 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 77 I 0.047 0.682 0.131 0.014 0.083 0.027 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 78 F 0.060 0.431 0.222 0.024 0.091 0.112 0.012 0.002 0.044 0.002 0.001 79 V 0.289 0.354 0.230 0.032 0.027 0.030 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 80 D 0.370 0.118 0.213 0.092 0.088 0.041 0.043 0.011 0.019 0.004 0.002 81 E 0.242 0.341 0.158 0.090 0.084 0.039 0.026 0.005 0.012 0.002 0.001 82 V 0.177 0.486 0.239 0.034 0.017 0.023 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 83 F 0.079 0.526 0.140 0.055 0.134 0.028 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 84 K 0.027 0.708 0.129 0.028 0.057 0.020 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 85 I 0.017 0.723 0.193 0.011 0.013 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 86 E 0.029 0.533 0.281 0.024 0.035 0.053 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 87 R 0.007 0.256 0.414 0.002 0.062 0.017 0.002 0.001 0.237 0.003 0.001 88 P 0.099 0.002 0.824 0.012 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 89 G 0.094 0.021 0.094 0.031 0.101 0.009 0.037 0.460 0.007 0.145 0.001 90 E 0.245 0.141 0.368 0.127 0.057 0.028 0.009 0.003 0.015 0.005 0.003