# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.160 0.085 0.052 0.206 0.040 0.046 0.081 0.057 0.090 0.063 2 H 0.121 0.163 0.115 0.057 0.199 0.040 0.045 0.076 0.049 0.079 0.055 3 H 0.110 0.139 0.086 0.046 0.171 0.037 0.056 0.103 0.077 0.116 0.059 4 H 0.105 0.178 0.118 0.048 0.188 0.032 0.038 0.085 0.061 0.094 0.051 5 H 0.076 0.152 0.102 0.044 0.144 0.036 0.051 0.140 0.103 0.100 0.052 6 H 0.079 0.156 0.084 0.033 0.153 0.034 0.053 0.140 0.089 0.134 0.044 7 H 0.079 0.171 0.116 0.028 0.118 0.020 0.044 0.173 0.094 0.105 0.053 8 S 0.047 0.077 0.084 0.054 0.076 0.054 0.070 0.247 0.123 0.113 0.054 9 S 0.020 0.303 0.145 0.084 0.053 0.048 0.084 0.128 0.069 0.051 0.015 10 G 0.033 0.035 0.054 0.056 0.030 0.020 0.018 0.056 0.041 0.511 0.146 11 R 0.074 0.362 0.173 0.015 0.222 0.007 0.009 0.054 0.029 0.032 0.024 12 E 0.062 0.221 0.089 0.029 0.124 0.065 0.057 0.161 0.091 0.056 0.044 13 N 0.123 0.147 0.098 0.042 0.178 0.019 0.036 0.126 0.067 0.103 0.060 14 L 0.105 0.115 0.041 0.014 0.184 0.018 0.028 0.248 0.124 0.078 0.045 15 Y 0.083 0.149 0.074 0.019 0.151 0.030 0.053 0.267 0.086 0.056 0.031 16 F 0.109 0.071 0.040 0.021 0.150 0.025 0.051 0.232 0.105 0.138 0.060 17 Q 0.063 0.207 0.111 0.061 0.136 0.047 0.055 0.142 0.070 0.077 0.033 18 G 0.089 0.128 0.093 0.051 0.129 0.033 0.043 0.122 0.069 0.171 0.073 19 M 0.116 0.159 0.067 0.023 0.193 0.015 0.029 0.139 0.083 0.113 0.063 20 W 0.087 0.168 0.063 0.028 0.182 0.031 0.041 0.192 0.097 0.070 0.040 21 D 0.060 0.148 0.082 0.038 0.111 0.041 0.069 0.198 0.108 0.106 0.039 22 E 0.143 0.133 0.096 0.031 0.227 0.024 0.024 0.103 0.079 0.096 0.044 23 T 0.049 0.175 0.120 0.025 0.100 0.045 0.073 0.207 0.132 0.054 0.020 24 E 0.110 0.056 0.048 0.024 0.096 0.025 0.097 0.143 0.082 0.225 0.095 25 L 0.063 0.402 0.135 0.030 0.168 0.019 0.026 0.038 0.036 0.053 0.029 26 G 0.076 0.165 0.060 0.088 0.167 0.060 0.075 0.077 0.057 0.098 0.077 27 L 0.333 0.077 0.010 0.005 0.473 0.003 0.007 0.022 0.015 0.020 0.035 28 Y 0.134 0.183 0.027 0.007 0.536 0.019 0.016 0.033 0.013 0.011 0.020 29 K 0.311 0.127 0.046 0.004 0.454 0.003 0.003 0.009 0.003 0.007 0.032 30 V 0.112 0.239 0.063 0.028 0.186 0.034 0.046 0.121 0.068 0.045 0.057 31 N 0.176 0.132 0.064 0.035 0.233 0.031 0.049 0.107 0.051 0.066 0.057 32 E 0.049 0.105 0.031 0.010 0.127 0.020 0.053 0.304 0.199 0.076 0.026 33 Y 0.260 0.074 0.012 0.005 0.389 0.009 0.022 0.121 0.031 0.033 0.042 34 V 0.129 0.288 0.031 0.006 0.450 0.011 0.013 0.026 0.007 0.012 0.026 35 D 0.241 0.135 0.058 0.020 0.259 0.021 0.025 0.043 0.011 0.043 0.146 36 A 0.133 0.135 0.054 0.022 0.178 0.015 0.020 0.215 0.119 0.061 0.050 37 R 0.031 0.113 0.046 0.039 0.067 0.088 0.127 0.289 0.103 0.074 0.023 38 D 0.135 0.094 0.061 0.025 0.261 0.021 0.022 0.119 0.071 0.144 0.048 39 T 0.057 0.100 0.048 0.017 0.088 0.032 0.055 0.322 0.184 0.070 0.028 40 N 0.110 0.052 0.058 0.033 0.093 0.046 0.064 0.154 0.071 0.234 0.086 41 M 0.062 0.392 0.111 0.043 0.174 0.026 0.041 0.054 0.035 0.044 0.017 42 G 0.103 0.063 0.051 0.125 0.074 0.062 0.032 0.101 0.071 0.179 0.140 43 A 0.104 0.245 0.069 0.016 0.349 0.014 0.027 0.083 0.036 0.035 0.024 44 W 0.379 0.083 0.011 0.006 0.344 0.013 0.018 0.054 0.024 0.020 0.048 45 F 0.201 0.130 0.032 0.011 0.432 0.025 0.021 0.068 0.025 0.019 0.036 46 E 0.288 0.086 0.011 0.008 0.375 0.019 0.052 0.071 0.024 0.021 0.044 47 A 0.260 0.137 0.022 0.004 0.512 0.004 0.005 0.013 0.005 0.007 0.030 48 Q 0.172 0.123 0.012 0.005 0.585 0.012 0.031 0.026 0.007 0.008 0.020 49 V 0.581 0.035 0.004 0.003 0.292 0.002 0.002 0.011 0.008 0.004 0.059 50 V 0.095 0.216 0.045 0.021 0.359 0.091 0.066 0.044 0.017 0.014 0.033 51 R 0.324 0.097 0.016 0.003 0.470 0.003 0.009 0.011 0.006 0.013 0.047 52 V 0.273 0.122 0.023 0.014 0.257 0.013 0.014 0.042 0.045 0.050 0.147 53 T 0.114 0.215 0.081 0.028 0.323 0.051 0.060 0.048 0.027 0.022 0.031 54 R 0.162 0.156 0.057 0.023 0.179 0.028 0.056 0.117 0.090 0.075 0.058 55 R 0.077 0.139 0.090 0.046 0.143 0.054 0.063 0.104 0.086 0.156 0.042 56 T 0.103 0.330 0.189 0.017 0.225 0.012 0.016 0.046 0.020 0.021 0.021 57 A 0.082 0.058 0.017 0.010 0.077 0.022 0.044 0.292 0.286 0.071 0.040 58 R 0.029 0.087 0.039 0.014 0.069 0.036 0.095 0.414 0.142 0.061 0.015 59 E 0.225 0.089 0.012 0.004 0.298 0.007 0.025 0.170 0.055 0.067 0.048 60 L 0.215 0.093 0.012 0.004 0.427 0.012 0.021 0.128 0.032 0.021 0.034 61 Y 0.304 0.059 0.009 0.007 0.331 0.019 0.046 0.127 0.032 0.020 0.047 62 A 0.225 0.129 0.023 0.005 0.491 0.009 0.012 0.046 0.016 0.013 0.030 63 N 0.206 0.101 0.010 0.005 0.546 0.008 0.034 0.033 0.011 0.016 0.030 64 V 0.324 0.092 0.015 0.003 0.462 0.003 0.006 0.018 0.011 0.011 0.055 65 V 0.233 0.118 0.044 0.024 0.309 0.041 0.082 0.042 0.012 0.025 0.069 66 L 0.086 0.230 0.109 0.124 0.131 0.059 0.099 0.043 0.027 0.045 0.047 67 G 0.027 0.063 0.140 0.447 0.031 0.072 0.022 0.024 0.020 0.110 0.041 68 D 0.037 0.097 0.077 0.081 0.094 0.039 0.047 0.134 0.170 0.175 0.048 69 D 0.059 0.092 0.089 0.031 0.074 0.051 0.063 0.126 0.135 0.234 0.046 70 S 0.105 0.157 0.092 0.023 0.129 0.019 0.045 0.127 0.068 0.173 0.062 71 L 0.120 0.137 0.067 0.070 0.149 0.042 0.042 0.100 0.113 0.095 0.065 72 N 0.025 0.062 0.091 0.214 0.039 0.170 0.106 0.122 0.092 0.059 0.020 73 D 0.106 0.048 0.027 0.039 0.077 0.015 0.037 0.084 0.066 0.360 0.142 74 C 0.178 0.244 0.050 0.007 0.404 0.007 0.008 0.027 0.017 0.027 0.030 75 R 0.149 0.183 0.017 0.006 0.504 0.019 0.033 0.039 0.013 0.014 0.022 76 I 0.504 0.048 0.005 0.003 0.338 0.003 0.003 0.011 0.006 0.007 0.072 77 I 0.136 0.191 0.072 0.020 0.375 0.066 0.046 0.035 0.012 0.017 0.029 78 F 0.371 0.114 0.030 0.006 0.389 0.003 0.004 0.014 0.005 0.015 0.048 79 V 0.215 0.078 0.013 0.022 0.239 0.025 0.022 0.132 0.126 0.050 0.079 80 D 0.068 0.059 0.036 0.060 0.083 0.161 0.200 0.161 0.084 0.063 0.025 81 E 0.122 0.116 0.036 0.019 0.352 0.019 0.063 0.087 0.047 0.110 0.027 82 V 0.544 0.028 0.003 0.002 0.332 0.003 0.005 0.018 0.011 0.008 0.046 83 F 0.119 0.211 0.037 0.007 0.512 0.025 0.033 0.020 0.010 0.008 0.017 84 K 0.280 0.069 0.006 0.001 0.609 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.024 85 I 0.343 0.121 0.012 0.006 0.357 0.004 0.005 0.008 0.006 0.018 0.121 86 E 0.166 0.138 0.085 0.045 0.293 0.064 0.076 0.020 0.009 0.033 0.071 87 R 0.132 0.180 0.242 0.084 0.209 0.032 0.029 0.025 0.019 0.018 0.029 88 P 0.048 0.125 0.070 0.230 0.065 0.115 0.097 0.058 0.060 0.096 0.036 89 G 0.043 0.077 0.150 0.290 0.059 0.053 0.029 0.027 0.034 0.181 0.055 90 E 0.083 0.173 0.116 0.053 0.180 0.026 0.031 0.101 0.092 0.086 0.058