# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.730 0.211 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 2 H 0.742 0.206 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 3 H 0.621 0.229 0.114 0.032 0.004 0.001 0.001 4 H 0.692 0.208 0.079 0.019 0.002 0.001 0.001 5 H 0.744 0.194 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 6 H 0.754 0.195 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 7 H 0.700 0.233 0.049 0.015 0.003 0.001 0.001 8 S 0.729 0.222 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 9 S 0.690 0.224 0.066 0.017 0.003 0.001 0.001 10 G 0.576 0.233 0.133 0.046 0.011 0.001 0.001 11 R 0.538 0.236 0.152 0.059 0.013 0.002 0.001 12 E 0.622 0.254 0.082 0.031 0.009 0.002 0.001 13 N 0.487 0.315 0.122 0.055 0.017 0.004 0.001 14 L 0.195 0.163 0.231 0.241 0.129 0.040 0.002 15 Y 0.345 0.285 0.198 0.106 0.049 0.016 0.001 16 F 0.281 0.220 0.199 0.167 0.096 0.034 0.003 17 Q 0.376 0.265 0.167 0.112 0.057 0.021 0.002 18 G 0.379 0.261 0.157 0.114 0.060 0.026 0.003 19 M 0.244 0.199 0.191 0.181 0.117 0.059 0.008 20 W 0.197 0.158 0.205 0.204 0.146 0.079 0.010 21 D 0.316 0.260 0.187 0.133 0.069 0.031 0.004 22 E 0.389 0.249 0.155 0.109 0.065 0.028 0.005 23 T 0.338 0.228 0.158 0.138 0.089 0.040 0.008 24 E 0.302 0.279 0.186 0.124 0.067 0.034 0.007 25 L 0.129 0.157 0.202 0.234 0.160 0.097 0.021 26 G 0.066 0.107 0.139 0.189 0.231 0.216 0.052 27 L 0.031 0.049 0.082 0.143 0.204 0.336 0.155 28 Y 0.025 0.034 0.060 0.145 0.219 0.341 0.176 29 K 0.043 0.101 0.183 0.237 0.212 0.165 0.059 30 V 0.024 0.049 0.072 0.141 0.251 0.342 0.122 31 N 0.079 0.178 0.205 0.221 0.181 0.110 0.028 32 E 0.063 0.159 0.162 0.220 0.221 0.146 0.029 33 Y 0.039 0.083 0.151 0.237 0.265 0.183 0.042 34 V 0.057 0.070 0.110 0.202 0.282 0.235 0.043 35 D 0.182 0.329 0.233 0.144 0.072 0.033 0.007 36 A 0.078 0.069 0.108 0.214 0.266 0.217 0.048 37 R 0.194 0.251 0.233 0.175 0.098 0.042 0.006 38 D 0.234 0.232 0.190 0.172 0.100 0.060 0.012 39 T 0.172 0.154 0.186 0.209 0.165 0.091 0.023 40 N 0.235 0.258 0.207 0.150 0.082 0.053 0.015 41 M 0.039 0.052 0.088 0.151 0.244 0.305 0.122 42 G 0.061 0.096 0.137 0.179 0.212 0.205 0.110 43 A 0.007 0.011 0.018 0.039 0.112 0.410 0.404 44 W 0.010 0.024 0.061 0.124 0.183 0.284 0.313 45 F 0.003 0.006 0.010 0.026 0.089 0.381 0.486 46 E 0.010 0.041 0.090 0.182 0.235 0.271 0.170 47 A 0.006 0.016 0.032 0.083 0.199 0.453 0.211 48 Q 0.023 0.101 0.174 0.242 0.261 0.162 0.037 49 V 0.018 0.042 0.070 0.164 0.276 0.355 0.075 50 V 0.063 0.141 0.214 0.247 0.237 0.091 0.008 51 R 0.219 0.354 0.233 0.125 0.048 0.018 0.001 52 V 0.093 0.099 0.178 0.288 0.246 0.090 0.007 53 T 0.325 0.279 0.189 0.125 0.064 0.017 0.001 54 R 0.513 0.279 0.121 0.061 0.021 0.005 0.001 55 R 0.630 0.248 0.075 0.033 0.012 0.003 0.001 56 T 0.530 0.267 0.113 0.062 0.021 0.006 0.001 57 A 0.321 0.227 0.217 0.141 0.069 0.022 0.003 58 R 0.251 0.268 0.235 0.156 0.064 0.023 0.003 59 E 0.123 0.172 0.201 0.206 0.179 0.100 0.020 60 L 0.037 0.045 0.074 0.156 0.260 0.317 0.110 61 Y 0.037 0.088 0.166 0.231 0.210 0.194 0.074 62 A 0.025 0.049 0.072 0.126 0.250 0.339 0.139 63 N 0.026 0.083 0.153 0.236 0.249 0.191 0.061 64 V 0.010 0.018 0.029 0.073 0.203 0.500 0.166 65 V 0.025 0.084 0.175 0.289 0.243 0.156 0.028 66 L 0.042 0.078 0.165 0.277 0.265 0.155 0.017 67 G 0.219 0.311 0.213 0.150 0.084 0.022 0.001 68 D 0.599 0.289 0.072 0.029 0.009 0.002 0.001 69 D 0.669 0.248 0.055 0.021 0.006 0.001 0.001 70 S 0.490 0.296 0.136 0.058 0.015 0.004 0.001 71 L 0.189 0.141 0.257 0.264 0.121 0.027 0.002 72 N 0.588 0.310 0.072 0.021 0.007 0.002 0.001 73 D 0.404 0.318 0.154 0.085 0.029 0.009 0.001 74 C 0.153 0.119 0.170 0.238 0.218 0.091 0.011 75 R 0.182 0.300 0.239 0.160 0.080 0.035 0.004 76 I 0.112 0.109 0.170 0.226 0.214 0.143 0.026 77 I 0.137 0.180 0.207 0.219 0.163 0.081 0.013 78 F 0.109 0.128 0.174 0.212 0.198 0.145 0.034 79 V 0.150 0.161 0.182 0.216 0.168 0.101 0.022 80 D 0.472 0.334 0.109 0.049 0.025 0.010 0.002 81 E 0.149 0.215 0.191 0.218 0.140 0.073 0.015 82 V 0.062 0.085 0.132 0.208 0.274 0.202 0.037 83 F 0.056 0.088 0.166 0.270 0.258 0.147 0.016 84 K 0.243 0.366 0.218 0.102 0.053 0.016 0.001 85 I 0.058 0.073 0.140 0.287 0.275 0.155 0.011 86 E 0.238 0.280 0.222 0.147 0.090 0.022 0.001 87 R 0.479 0.326 0.124 0.053 0.014 0.003 0.001 88 P 0.654 0.214 0.083 0.037 0.011 0.002 0.001 89 G 0.772 0.163 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 90 E 0.868 0.113 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001