# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.92123 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.337 0.143 0.142 0.134 0.108 0.061 0.034 0.019 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 2 H 0.451 0.179 0.122 0.103 0.073 0.034 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 H 0.401 0.173 0.129 0.123 0.088 0.041 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 H 0.442 0.172 0.130 0.109 0.075 0.037 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 H 0.479 0.164 0.122 0.101 0.072 0.033 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 H 0.398 0.160 0.131 0.132 0.097 0.043 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 H 0.418 0.171 0.123 0.128 0.083 0.042 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.607 0.179 0.093 0.062 0.033 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.553 0.188 0.112 0.077 0.039 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 G 0.573 0.190 0.107 0.060 0.038 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.353 0.171 0.158 0.132 0.103 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.517 0.178 0.109 0.082 0.055 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.336 0.172 0.156 0.123 0.111 0.051 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.131 0.068 0.084 0.152 0.186 0.140 0.098 0.080 0.030 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 15 Y 0.196 0.135 0.132 0.159 0.145 0.098 0.056 0.038 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 16 F 0.224 0.108 0.114 0.141 0.138 0.103 0.062 0.046 0.032 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 17 Q 0.249 0.145 0.137 0.155 0.130 0.078 0.043 0.026 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 18 G 0.316 0.173 0.158 0.132 0.093 0.059 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 19 M 0.182 0.117 0.127 0.162 0.165 0.110 0.062 0.039 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 20 W 0.158 0.115 0.135 0.181 0.168 0.106 0.062 0.040 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 21 D 0.431 0.219 0.128 0.105 0.058 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.431 0.212 0.149 0.092 0.058 0.029 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 T 0.303 0.158 0.132 0.131 0.103 0.076 0.043 0.026 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 24 E 0.337 0.216 0.155 0.095 0.080 0.051 0.030 0.016 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 25 L 0.052 0.039 0.053 0.101 0.151 0.150 0.133 0.112 0.083 0.064 0.034 0.017 0.008 0.003 26 G 0.052 0.042 0.050 0.086 0.115 0.132 0.141 0.134 0.098 0.062 0.048 0.026 0.010 0.006 27 L 0.024 0.020 0.026 0.046 0.077 0.103 0.101 0.126 0.128 0.131 0.102 0.068 0.033 0.016 28 Y 0.038 0.022 0.029 0.051 0.059 0.087 0.111 0.105 0.135 0.125 0.101 0.082 0.037 0.017 29 K 0.032 0.033 0.053 0.085 0.110 0.122 0.132 0.117 0.113 0.079 0.063 0.035 0.014 0.010 30 V 0.023 0.017 0.025 0.041 0.068 0.112 0.116 0.134 0.136 0.129 0.108 0.056 0.025 0.011 31 N 0.058 0.071 0.089 0.120 0.132 0.123 0.119 0.108 0.076 0.047 0.027 0.017 0.008 0.004 32 E 0.068 0.066 0.085 0.119 0.148 0.113 0.110 0.093 0.077 0.063 0.031 0.016 0.006 0.005 33 Y 0.032 0.037 0.051 0.082 0.134 0.142 0.141 0.146 0.106 0.066 0.036 0.016 0.008 0.004 34 V 0.058 0.039 0.058 0.090 0.100 0.136 0.148 0.116 0.090 0.068 0.046 0.027 0.017 0.008 35 D 0.067 0.063 0.094 0.138 0.179 0.132 0.119 0.085 0.060 0.032 0.015 0.010 0.004 0.003 36 A 0.066 0.026 0.032 0.050 0.080 0.117 0.106 0.138 0.122 0.109 0.076 0.044 0.027 0.005 37 R 0.118 0.115 0.120 0.199 0.150 0.114 0.085 0.041 0.026 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 38 D 0.165 0.111 0.111 0.136 0.142 0.106 0.076 0.052 0.049 0.025 0.016 0.008 0.002 0.001 39 T 0.094 0.073 0.095 0.128 0.139 0.144 0.115 0.095 0.056 0.031 0.016 0.007 0.004 0.001 40 N 0.163 0.132 0.107 0.112 0.122 0.108 0.093 0.070 0.043 0.022 0.016 0.006 0.003 0.002 41 M 0.053 0.034 0.055 0.087 0.137 0.159 0.138 0.086 0.087 0.073 0.048 0.026 0.011 0.006 42 G 0.075 0.050 0.062 0.102 0.129 0.133 0.137 0.097 0.091 0.047 0.036 0.023 0.010 0.007 43 A 0.052 0.026 0.032 0.048 0.063 0.087 0.104 0.124 0.137 0.127 0.096 0.056 0.035 0.013 44 W 0.040 0.035 0.037 0.072 0.095 0.109 0.130 0.167 0.124 0.081 0.054 0.031 0.017 0.008 45 F 0.034 0.020 0.032 0.050 0.066 0.104 0.119 0.097 0.121 0.129 0.109 0.070 0.031 0.018 46 E 0.039 0.039 0.057 0.101 0.158 0.136 0.140 0.109 0.093 0.062 0.031 0.019 0.008 0.008 47 A 0.042 0.026 0.035 0.052 0.064 0.100 0.120 0.127 0.132 0.112 0.089 0.054 0.034 0.014 48 Q 0.034 0.039 0.059 0.128 0.157 0.150 0.154 0.126 0.074 0.042 0.018 0.011 0.005 0.004 49 V 0.021 0.014 0.019 0.034 0.062 0.096 0.133 0.155 0.153 0.122 0.097 0.060 0.027 0.008 50 V 0.053 0.049 0.075 0.119 0.133 0.168 0.150 0.107 0.066 0.040 0.021 0.011 0.006 0.003 51 R 0.130 0.101 0.113 0.139 0.174 0.108 0.085 0.054 0.038 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 52 V 0.061 0.036 0.053 0.097 0.140 0.170 0.151 0.118 0.079 0.052 0.024 0.011 0.005 0.002 53 T 0.095 0.078 0.096 0.164 0.178 0.152 0.115 0.056 0.038 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 54 R 0.239 0.141 0.145 0.162 0.132 0.075 0.050 0.026 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 55 R 0.312 0.173 0.166 0.136 0.102 0.050 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 T 0.360 0.199 0.170 0.108 0.074 0.045 0.022 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 57 A 0.167 0.122 0.138 0.170 0.197 0.093 0.047 0.034 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.160 0.124 0.116 0.176 0.157 0.110 0.067 0.045 0.022 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 59 E 0.080 0.096 0.098 0.160 0.186 0.126 0.096 0.059 0.051 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 60 L 0.011 0.009 0.020 0.042 0.068 0.120 0.139 0.187 0.143 0.118 0.080 0.034 0.022 0.008 61 Y 0.011 0.014 0.023 0.060 0.102 0.122 0.131 0.137 0.128 0.096 0.067 0.061 0.027 0.020 62 A 0.004 0.002 0.003 0.006 0.010 0.024 0.052 0.094 0.146 0.208 0.196 0.157 0.073 0.025 63 N 0.007 0.012 0.021 0.046 0.084 0.089 0.115 0.197 0.155 0.113 0.076 0.042 0.024 0.018 64 V 0.007 0.006 0.009 0.016 0.025 0.052 0.058 0.088 0.120 0.176 0.183 0.136 0.075 0.049 65 V 0.012 0.015 0.026 0.074 0.119 0.120 0.173 0.168 0.139 0.083 0.033 0.023 0.007 0.007 66 L 0.014 0.019 0.027 0.059 0.080 0.145 0.143 0.153 0.141 0.091 0.081 0.029 0.014 0.004 67 G 0.098 0.130 0.135 0.173 0.151 0.141 0.080 0.041 0.031 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 68 D 0.208 0.215 0.175 0.143 0.126 0.055 0.034 0.018 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 69 D 0.264 0.253 0.191 0.133 0.079 0.039 0.020 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 70 S 0.376 0.223 0.167 0.082 0.061 0.047 0.023 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 71 L 0.093 0.073 0.090 0.150 0.245 0.146 0.091 0.052 0.031 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 72 N 0.391 0.201 0.135 0.103 0.060 0.042 0.033 0.017 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 73 D 0.210 0.132 0.144 0.109 0.145 0.092 0.062 0.039 0.032 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 74 C 0.064 0.026 0.036 0.059 0.088 0.122 0.130 0.155 0.101 0.091 0.060 0.040 0.023 0.005 75 R 0.085 0.073 0.088 0.147 0.173 0.131 0.110 0.067 0.050 0.032 0.020 0.014 0.004 0.004 76 I 0.046 0.025 0.032 0.059 0.084 0.120 0.121 0.117 0.139 0.118 0.074 0.042 0.016 0.007 77 I 0.069 0.058 0.079 0.129 0.153 0.144 0.117 0.096 0.078 0.036 0.020 0.012 0.005 0.002 78 F 0.053 0.056 0.066 0.120 0.143 0.149 0.122 0.113 0.082 0.048 0.029 0.012 0.005 0.003 79 V 0.048 0.050 0.067 0.122 0.180 0.188 0.127 0.073 0.070 0.041 0.021 0.009 0.003 0.002 80 D 0.222 0.189 0.179 0.140 0.101 0.062 0.047 0.027 0.017 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 81 E 0.160 0.137 0.162 0.160 0.150 0.096 0.059 0.032 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 82 V 0.057 0.042 0.048 0.093 0.169 0.153 0.125 0.116 0.110 0.051 0.023 0.008 0.004 0.002 83 F 0.075 0.052 0.073 0.140 0.138 0.140 0.140 0.085 0.058 0.045 0.029 0.014 0.008 0.003 84 K 0.308 0.151 0.142 0.106 0.095 0.067 0.053 0.031 0.024 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 85 I 0.062 0.030 0.045 0.074 0.119 0.138 0.122 0.115 0.095 0.090 0.059 0.029 0.018 0.004 86 E 0.144 0.116 0.116 0.168 0.146 0.112 0.095 0.050 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 87 R 0.175 0.105 0.118 0.145 0.161 0.112 0.065 0.042 0.037 0.024 0.011 0.005 0.001 0.001 88 P 0.222 0.093 0.103 0.133 0.135 0.119 0.080 0.050 0.035 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 89 G 0.301 0.179 0.145 0.132 0.102 0.060 0.035 0.021 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 90 E 0.367 0.181 0.156 0.110 0.080 0.046 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001