# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.006 0.056 0.050 0.120 0.003 0.069 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.047 0.032 0.134 0.058 0.137 0.252 0.001 2 H 0.004 0.004 0.054 0.053 0.099 0.005 0.077 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.049 0.027 0.151 0.070 0.150 0.228 0.001 3 H 0.003 0.003 0.044 0.050 0.087 0.006 0.088 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.022 0.215 0.062 0.125 0.228 0.001 4 H 0.003 0.003 0.039 0.037 0.095 0.006 0.137 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.021 0.171 0.085 0.135 0.197 0.001 5 H 0.003 0.003 0.051 0.052 0.092 0.008 0.130 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.019 0.182 0.092 0.131 0.165 0.001 6 H 0.003 0.004 0.046 0.046 0.089 0.007 0.129 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.017 0.158 0.088 0.131 0.205 0.001 7 H 0.003 0.004 0.045 0.053 0.094 0.007 0.091 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.014 0.141 0.091 0.154 0.229 0.001 8 S 0.003 0.003 0.042 0.058 0.094 0.009 0.069 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.012 0.244 0.066 0.168 0.164 0.001 9 S 0.002 0.002 0.028 0.037 0.063 0.007 0.183 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.332 0.052 0.065 0.161 0.001 10 G 0.002 0.003 0.016 0.017 0.102 0.006 0.284 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.079 0.180 0.102 0.143 0.001 11 R 0.003 0.003 0.074 0.071 0.049 0.005 0.033 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.152 0.068 0.216 0.232 0.001 12 E 0.004 0.005 0.028 0.026 0.177 0.007 0.073 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.013 0.301 0.036 0.058 0.150 0.001 13 N 0.006 0.009 0.044 0.065 0.084 0.017 0.209 0.157 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.023 0.013 0.060 0.075 0.119 0.102 0.001 14 L 0.006 0.007 0.035 0.040 0.103 0.005 0.048 0.122 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.018 0.342 0.052 0.070 0.108 0.001 15 Y 0.006 0.011 0.034 0.042 0.110 0.013 0.201 0.217 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.020 0.013 0.123 0.046 0.053 0.095 0.001 16 F 0.007 0.009 0.033 0.051 0.115 0.009 0.129 0.158 0.010 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.025 0.017 0.116 0.089 0.100 0.121 0.001 17 Q 0.006 0.009 0.036 0.040 0.088 0.006 0.105 0.115 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 0.015 0.332 0.045 0.056 0.094 0.001 18 G 0.008 0.011 0.032 0.042 0.101 0.026 0.233 0.152 0.007 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.016 0.016 0.105 0.083 0.067 0.085 0.002 19 M 0.010 0.016 0.060 0.063 0.134 0.011 0.067 0.134 0.007 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.029 0.020 0.127 0.074 0.103 0.129 0.002 20 W 0.011 0.017 0.052 0.044 0.173 0.005 0.073 0.119 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.038 0.022 0.217 0.037 0.065 0.106 0.002 21 D 0.014 0.018 0.063 0.091 0.108 0.014 0.132 0.114 0.008 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.037 0.015 0.134 0.049 0.078 0.108 0.002 22 E 0.012 0.017 0.060 0.085 0.231 0.004 0.066 0.027 0.013 0.008 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 0.019 0.151 0.052 0.082 0.135 0.001 23 T 0.012 0.013 0.063 0.062 0.128 0.006 0.118 0.030 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 0.015 0.255 0.033 0.056 0.164 0.001 24 E 0.013 0.024 0.040 0.085 0.125 0.007 0.247 0.011 0.007 0.005 0.002 0.002 0.005 0.003 0.024 0.015 0.138 0.120 0.065 0.060 0.004 25 L 0.044 0.049 0.052 0.027 0.249 0.002 0.126 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.006 0.028 0.120 0.043 0.044 0.064 0.113 0.005 26 G 0.054 0.086 0.349 0.153 0.046 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.008 0.006 0.016 0.016 0.114 0.013 0.012 0.025 0.034 0.039 0.012 27 L 0.111 0.102 0.009 0.010 0.403 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.025 0.026 0.052 0.035 0.017 0.108 0.012 0.007 0.014 0.007 0.045 28 Y 0.156 0.170 0.299 0.136 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 0.014 0.038 0.022 0.119 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 29 K 0.118 0.151 0.008 0.020 0.404 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.019 0.060 0.036 0.007 0.115 0.003 0.004 0.006 0.006 0.013 30 V 0.099 0.147 0.051 0.089 0.054 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.014 0.022 0.041 0.061 0.332 0.023 0.022 0.004 0.009 0.010 0.007 31 N 0.095 0.099 0.039 0.082 0.123 0.005 0.047 0.035 0.004 0.001 0.022 0.018 0.052 0.057 0.107 0.082 0.068 0.014 0.017 0.027 0.007 32 E 0.078 0.088 0.092 0.102 0.107 0.025 0.094 0.042 0.007 0.002 0.012 0.009 0.028 0.019 0.060 0.023 0.096 0.046 0.020 0.043 0.007 33 Y 0.030 0.042 0.023 0.029 0.146 0.010 0.173 0.076 0.006 0.003 0.011 0.010 0.025 0.030 0.045 0.085 0.083 0.089 0.042 0.032 0.010 34 V 0.050 0.039 0.126 0.106 0.085 0.003 0.040 0.035 0.003 0.001 0.006 0.007 0.022 0.014 0.094 0.027 0.073 0.052 0.082 0.129 0.005 35 D 0.015 0.025 0.037 0.030 0.193 0.002 0.014 0.031 0.004 0.001 0.003 0.004 0.005 0.011 0.025 0.054 0.045 0.028 0.118 0.355 0.002 36 A 0.008 0.008 0.029 0.025 0.049 0.003 0.028 0.043 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.131 0.025 0.543 0.017 0.021 0.048 0.002 37 R 0.007 0.010 0.024 0.037 0.056 0.015 0.333 0.192 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 0.008 0.023 0.012 0.144 0.041 0.028 0.052 0.002 38 D 0.007 0.009 0.038 0.041 0.077 0.007 0.137 0.133 0.008 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 0.022 0.073 0.097 0.133 0.184 0.001 39 T 0.007 0.010 0.045 0.039 0.077 0.006 0.062 0.084 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 0.016 0.386 0.058 0.065 0.100 0.001 40 N 0.011 0.010 0.031 0.048 0.102 0.021 0.264 0.055 0.027 0.008 0.003 0.002 0.004 0.002 0.018 0.014 0.195 0.085 0.048 0.050 0.001 41 M 0.016 0.028 0.056 0.058 0.084 0.005 0.191 0.057 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.027 0.014 0.174 0.066 0.052 0.156 0.002 42 G 0.032 0.063 0.054 0.040 0.225 0.006 0.071 0.083 0.003 0.002 0.005 0.003 0.007 0.005 0.026 0.025 0.108 0.113 0.047 0.077 0.004 43 A 0.079 0.091 0.161 0.143 0.088 0.015 0.030 0.112 0.008 0.003 0.010 0.008 0.025 0.011 0.033 0.017 0.060 0.019 0.038 0.039 0.010 44 W 0.154 0.253 0.049 0.048 0.216 0.002 0.030 0.047 0.005 0.002 0.014 0.011 0.025 0.011 0.033 0.017 0.037 0.012 0.010 0.007 0.016 45 F 0.247 0.244 0.096 0.121 0.074 0.002 0.014 0.026 0.002 0.001 0.016 0.017 0.031 0.013 0.030 0.016 0.013 0.006 0.008 0.015 0.009 46 E 0.158 0.406 0.036 0.060 0.173 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.009 0.011 0.024 0.016 0.021 0.015 0.016 0.008 0.004 0.008 0.013 47 A 0.271 0.315 0.029 0.044 0.113 0.003 0.014 0.030 0.002 0.001 0.021 0.018 0.056 0.014 0.012 0.023 0.006 0.004 0.006 0.006 0.013 48 Q 0.226 0.286 0.129 0.104 0.073 0.001 0.005 0.016 0.002 0.001 0.016 0.014 0.031 0.011 0.045 0.008 0.007 0.006 0.005 0.005 0.010 49 V 0.232 0.207 0.019 0.033 0.266 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.023 0.025 0.044 0.012 0.018 0.034 0.012 0.006 0.008 0.006 0.023 50 V 0.191 0.254 0.157 0.132 0.040 0.002 0.011 0.026 0.001 0.001 0.014 0.014 0.032 0.013 0.066 0.005 0.013 0.007 0.004 0.010 0.007 51 R 0.128 0.195 0.023 0.065 0.278 0.009 0.023 0.043 0.004 0.002 0.021 0.015 0.037 0.009 0.010 0.045 0.025 0.022 0.018 0.016 0.013 52 V 0.094 0.094 0.074 0.115 0.232 0.003 0.025 0.033 0.005 0.003 0.013 0.014 0.028 0.011 0.088 0.028 0.050 0.028 0.031 0.027 0.006 53 T 0.039 0.051 0.099 0.150 0.154 0.003 0.060 0.042 0.004 0.002 0.005 0.005 0.014 0.005 0.043 0.029 0.056 0.027 0.066 0.143 0.004 54 R 0.018 0.021 0.045 0.055 0.270 0.005 0.085 0.018 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.030 0.027 0.192 0.089 0.045 0.082 0.002 55 R 0.009 0.007 0.090 0.117 0.076 0.008 0.095 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.011 0.094 0.071 0.126 0.229 0.001 56 T 0.002 0.003 0.018 0.019 0.247 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.040 0.041 0.128 0.457 0.001 57 A 0.003 0.003 0.038 0.029 0.079 0.002 0.048 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.011 0.491 0.033 0.051 0.114 0.001 58 R 0.011 0.016 0.048 0.063 0.050 0.022 0.232 0.274 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.003 0.174 0.036 0.015 0.033 0.001 59 E 0.032 0.056 0.028 0.042 0.187 0.016 0.211 0.263 0.006 0.004 0.004 0.002 0.009 0.002 0.006 0.011 0.043 0.041 0.020 0.015 0.003 60 L 0.110 0.236 0.119 0.142 0.117 0.002 0.034 0.084 0.004 0.002 0.005 0.005 0.017 0.007 0.027 0.008 0.036 0.011 0.013 0.015 0.005 61 Y 0.190 0.327 0.033 0.048 0.240 0.001 0.017 0.019 0.002 0.001 0.010 0.007 0.025 0.008 0.015 0.014 0.015 0.006 0.004 0.008 0.009 62 A 0.256 0.421 0.054 0.071 0.044 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.013 0.013 0.037 0.014 0.019 0.004 0.005 0.002 0.002 0.005 0.017 63 N 0.246 0.326 0.020 0.026 0.123 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.041 0.028 0.062 0.041 0.016 0.014 0.004 0.004 0.003 0.002 0.030 64 V 0.250 0.285 0.064 0.059 0.042 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.032 0.032 0.087 0.058 0.026 0.008 0.002 0.002 0.004 0.003 0.036 65 V 0.178 0.210 0.021 0.033 0.102 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.043 0.044 0.095 0.125 0.041 0.034 0.006 0.005 0.007 0.004 0.042 66 L 0.134 0.119 0.072 0.090 0.069 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.019 0.031 0.062 0.117 0.147 0.042 0.016 0.007 0.019 0.027 0.014 67 G 0.033 0.042 0.047 0.069 0.146 0.001 0.013 0.004 0.003 0.001 0.005 0.008 0.014 0.051 0.126 0.073 0.072 0.024 0.070 0.192 0.006 68 D 0.008 0.011 0.029 0.036 0.125 0.002 0.046 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.092 0.056 0.330 0.044 0.045 0.143 0.002 69 D 0.007 0.009 0.060 0.050 0.060 0.013 0.248 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.041 0.020 0.130 0.082 0.086 0.147 0.002 70 S 0.006 0.007 0.047 0.048 0.129 0.008 0.071 0.026 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.019 0.028 0.082 0.136 0.177 0.202 0.001 71 L 0.011 0.013 0.095 0.083 0.120 0.003 0.043 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.053 0.019 0.218 0.045 0.139 0.123 0.001 72 N 0.014 0.016 0.067 0.097 0.111 0.012 0.102 0.031 0.007 0.004 0.003 0.001 0.005 0.002 0.024 0.015 0.292 0.036 0.041 0.119 0.001 73 D 0.015 0.036 0.023 0.049 0.137 0.010 0.377 0.020 0.005 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.017 0.019 0.093 0.090 0.040 0.049 0.004 74 C 0.039 0.066 0.049 0.036 0.280 0.002 0.091 0.024 0.001 0.001 0.009 0.006 0.013 0.011 0.033 0.116 0.024 0.079 0.057 0.057 0.006 75 R 0.082 0.091 0.328 0.162 0.054 0.002 0.008 0.011 0.001 0.001 0.013 0.007 0.030 0.011 0.101 0.009 0.019 0.017 0.021 0.016 0.014 76 I 0.160 0.168 0.022 0.028 0.287 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.037 0.034 0.062 0.024 0.013 0.044 0.006 0.008 0.021 0.011 0.038 77 I 0.140 0.156 0.190 0.154 0.034 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.017 0.018 0.049 0.028 0.148 0.011 0.013 0.005 0.008 0.008 0.007 78 F 0.061 0.102 0.014 0.039 0.467 0.001 0.006 0.018 0.002 0.001 0.013 0.012 0.023 0.018 0.015 0.122 0.012 0.009 0.022 0.038 0.005 79 V 0.040 0.063 0.044 0.089 0.064 0.001 0.017 0.034 0.003 0.001 0.004 0.006 0.011 0.022 0.324 0.019 0.206 0.017 0.014 0.019 0.003 80 D 0.058 0.108 0.053 0.064 0.093 0.024 0.113 0.241 0.010 0.004 0.007 0.004 0.019 0.009 0.021 0.014 0.102 0.017 0.010 0.027 0.002 81 E 0.100 0.083 0.073 0.106 0.085 0.062 0.080 0.178 0.015 0.006 0.009 0.006 0.022 0.005 0.019 0.008 0.065 0.033 0.022 0.019 0.005 82 V 0.040 0.137 0.009 0.017 0.433 0.001 0.041 0.120 0.003 0.003 0.004 0.006 0.014 0.015 0.014 0.055 0.034 0.018 0.009 0.020 0.007 83 F 0.185 0.214 0.119 0.103 0.050 0.007 0.058 0.059 0.003 0.001 0.016 0.011 0.028 0.014 0.060 0.015 0.017 0.008 0.009 0.014 0.009 84 K 0.168 0.207 0.064 0.078 0.228 0.007 0.012 0.022 0.006 0.002 0.021 0.013 0.036 0.026 0.020 0.015 0.015 0.016 0.009 0.014 0.021 85 I 0.121 0.147 0.048 0.074 0.226 0.002 0.026 0.025 0.003 0.002 0.022 0.027 0.048 0.036 0.038 0.032 0.022 0.011 0.031 0.032 0.030 86 E 0.063 0.067 0.162 0.143 0.078 0.001 0.022 0.006 0.002 0.001 0.010 0.009 0.021 0.023 0.179 0.020 0.055 0.035 0.052 0.039 0.010 87 R 0.014 0.013 0.040 0.076 0.121 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.006 0.016 0.051 0.046 0.017 0.180 0.388 0.002 88 P 0.003 0.003 0.016 0.016 0.150 0.001 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 0.040 0.420 0.037 0.043 0.154 0.001 89 G 0.002 0.002 0.039 0.037 0.034 0.003 0.291 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.021 0.061 0.076 0.132 0.261 0.001 90 E 0.002 0.002 0.035 0.023 0.083 0.002 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.204 0.116 0.185 0.255 0.001