# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.97549 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.264 0.112 0.025 0.223 0.022 0.044 0.069 0.055 0.050 0.042 2 H 0.121 0.165 0.101 0.043 0.183 0.032 0.045 0.075 0.066 0.099 0.069 3 H 0.095 0.173 0.099 0.045 0.176 0.035 0.053 0.093 0.089 0.093 0.049 4 H 0.112 0.119 0.078 0.044 0.153 0.034 0.044 0.103 0.095 0.154 0.066 5 H 0.080 0.148 0.087 0.042 0.163 0.035 0.049 0.119 0.093 0.130 0.055 6 H 0.090 0.137 0.083 0.053 0.159 0.030 0.044 0.118 0.077 0.153 0.058 7 H 0.083 0.160 0.174 0.065 0.125 0.025 0.035 0.128 0.072 0.084 0.049 8 S 0.053 0.094 0.093 0.073 0.086 0.058 0.060 0.222 0.121 0.097 0.042 9 S 0.030 0.226 0.136 0.085 0.072 0.046 0.098 0.138 0.068 0.079 0.022 10 G 0.041 0.051 0.075 0.087 0.037 0.027 0.019 0.055 0.046 0.426 0.136 11 R 0.080 0.316 0.162 0.023 0.208 0.011 0.014 0.072 0.044 0.042 0.029 12 E 0.064 0.125 0.059 0.027 0.103 0.049 0.086 0.243 0.132 0.078 0.034 13 N 0.116 0.158 0.084 0.017 0.196 0.015 0.023 0.113 0.069 0.129 0.079 14 L 0.099 0.151 0.025 0.007 0.209 0.011 0.021 0.231 0.138 0.076 0.033 15 Y 0.096 0.093 0.059 0.017 0.142 0.026 0.044 0.279 0.108 0.093 0.043 16 F 0.110 0.088 0.040 0.022 0.137 0.030 0.051 0.267 0.102 0.110 0.044 17 Q 0.066 0.131 0.069 0.050 0.105 0.057 0.077 0.197 0.098 0.112 0.039 18 G 0.077 0.132 0.085 0.054 0.120 0.032 0.038 0.150 0.084 0.160 0.068 19 M 0.120 0.156 0.047 0.014 0.191 0.015 0.031 0.169 0.096 0.104 0.057 20 W 0.107 0.219 0.070 0.015 0.226 0.017 0.028 0.156 0.066 0.054 0.044 21 D 0.085 0.157 0.068 0.021 0.169 0.033 0.057 0.192 0.092 0.079 0.047 22 E 0.163 0.126 0.052 0.011 0.266 0.012 0.026 0.138 0.082 0.071 0.054 23 T 0.048 0.119 0.051 0.017 0.094 0.025 0.064 0.326 0.171 0.063 0.022 24 E 0.091 0.055 0.032 0.023 0.078 0.043 0.084 0.206 0.108 0.215 0.066 25 L 0.098 0.300 0.065 0.050 0.213 0.030 0.029 0.062 0.045 0.068 0.039 26 G 0.074 0.131 0.161 0.170 0.121 0.055 0.040 0.072 0.045 0.077 0.053 27 L 0.194 0.120 0.042 0.009 0.289 0.011 0.024 0.093 0.059 0.072 0.085 28 Y 0.093 0.361 0.029 0.004 0.422 0.005 0.010 0.033 0.010 0.009 0.023 29 K 0.295 0.179 0.045 0.006 0.304 0.007 0.016 0.045 0.013 0.021 0.069 30 V 0.137 0.204 0.054 0.024 0.271 0.029 0.029 0.126 0.051 0.035 0.040 31 N 0.068 0.035 0.035 0.068 0.063 0.088 0.067 0.297 0.159 0.084 0.037 32 E 0.051 0.114 0.037 0.016 0.133 0.023 0.095 0.292 0.133 0.081 0.023 33 Y 0.245 0.080 0.020 0.008 0.208 0.008 0.026 0.115 0.056 0.155 0.078 34 V 0.068 0.338 0.085 0.019 0.264 0.025 0.032 0.074 0.033 0.019 0.043 35 D 0.237 0.140 0.053 0.009 0.246 0.012 0.023 0.094 0.035 0.053 0.099 36 A 0.089 0.124 0.019 0.006 0.190 0.009 0.021 0.241 0.205 0.071 0.026 37 R 0.045 0.101 0.053 0.023 0.106 0.057 0.120 0.241 0.147 0.084 0.023 38 D 0.252 0.071 0.028 0.008 0.277 0.007 0.015 0.077 0.052 0.108 0.104 39 T 0.044 0.137 0.034 0.013 0.146 0.023 0.048 0.245 0.221 0.065 0.023 40 N 0.147 0.048 0.023 0.019 0.104 0.031 0.066 0.149 0.120 0.220 0.073 41 M 0.109 0.216 0.060 0.047 0.216 0.029 0.038 0.106 0.072 0.066 0.040 42 G 0.101 0.049 0.053 0.103 0.093 0.073 0.053 0.134 0.078 0.180 0.084 43 A 0.128 0.200 0.029 0.011 0.412 0.009 0.019 0.094 0.043 0.029 0.026 44 W 0.346 0.066 0.009 0.005 0.391 0.008 0.020 0.066 0.019 0.024 0.046 45 F 0.125 0.232 0.062 0.011 0.451 0.013 0.013 0.042 0.012 0.006 0.033 46 E 0.356 0.047 0.010 0.012 0.316 0.015 0.024 0.078 0.028 0.040 0.073 47 A 0.200 0.109 0.007 0.003 0.611 0.004 0.008 0.024 0.010 0.006 0.016 48 Q 0.281 0.094 0.010 0.003 0.537 0.004 0.026 0.021 0.005 0.003 0.016 49 V 0.502 0.040 0.009 0.005 0.330 0.003 0.007 0.013 0.006 0.013 0.072 50 V 0.117 0.242 0.027 0.016 0.441 0.032 0.029 0.030 0.019 0.012 0.035 51 R 0.276 0.120 0.042 0.007 0.406 0.007 0.015 0.024 0.014 0.019 0.070 52 V 0.209 0.205 0.043 0.017 0.254 0.019 0.035 0.048 0.042 0.054 0.074 53 T 0.071 0.310 0.155 0.027 0.259 0.025 0.027 0.038 0.028 0.018 0.042 54 R 0.153 0.135 0.040 0.020 0.181 0.021 0.052 0.161 0.103 0.082 0.054 55 R 0.068 0.126 0.120 0.041 0.107 0.045 0.099 0.121 0.077 0.138 0.057 56 T 0.081 0.394 0.170 0.020 0.201 0.008 0.011 0.049 0.024 0.016 0.026 57 A 0.064 0.044 0.017 0.013 0.071 0.019 0.026 0.361 0.302 0.056 0.027 58 R 0.023 0.067 0.035 0.020 0.059 0.036 0.089 0.401 0.209 0.048 0.013 59 E 0.238 0.043 0.014 0.009 0.174 0.010 0.058 0.209 0.059 0.130 0.058 60 L 0.198 0.189 0.016 0.007 0.452 0.009 0.021 0.062 0.015 0.013 0.020 61 Y 0.377 0.054 0.017 0.016 0.318 0.024 0.027 0.057 0.020 0.026 0.063 62 A 0.189 0.144 0.026 0.015 0.474 0.017 0.026 0.049 0.022 0.011 0.027 63 N 0.308 0.074 0.012 0.005 0.474 0.006 0.017 0.030 0.014 0.018 0.043 64 V 0.171 0.192 0.022 0.001 0.546 0.002 0.007 0.011 0.005 0.005 0.039 65 V 0.337 0.098 0.020 0.003 0.392 0.005 0.010 0.011 0.006 0.013 0.107 66 L 0.083 0.124 0.066 0.122 0.115 0.119 0.076 0.053 0.049 0.126 0.066 67 G 0.013 0.055 0.154 0.575 0.024 0.058 0.020 0.019 0.022 0.045 0.015 68 D 0.034 0.091 0.059 0.088 0.067 0.072 0.143 0.178 0.132 0.112 0.023 69 D 0.038 0.069 0.072 0.073 0.059 0.044 0.037 0.083 0.110 0.346 0.069 70 S 0.140 0.130 0.055 0.019 0.227 0.013 0.024 0.097 0.111 0.120 0.064 71 L 0.127 0.075 0.044 0.020 0.132 0.029 0.033 0.219 0.184 0.098 0.039 72 N 0.034 0.058 0.058 0.069 0.045 0.097 0.137 0.293 0.118 0.071 0.021 73 D 0.201 0.045 0.023 0.013 0.150 0.015 0.039 0.102 0.064 0.251 0.097 74 C 0.191 0.222 0.015 0.007 0.457 0.009 0.008 0.030 0.015 0.018 0.028 75 R 0.107 0.195 0.042 0.008 0.530 0.017 0.024 0.032 0.011 0.006 0.027 76 I 0.540 0.029 0.002 0.002 0.361 0.001 0.003 0.009 0.004 0.013 0.036 77 I 0.111 0.231 0.011 0.002 0.597 0.006 0.013 0.011 0.003 0.002 0.012 78 F 0.269 0.156 0.043 0.001 0.407 0.002 0.002 0.009 0.003 0.006 0.102 79 V 0.236 0.137 0.012 0.012 0.288 0.015 0.010 0.103 0.084 0.035 0.067 80 D 0.054 0.065 0.048 0.049 0.107 0.112 0.133 0.242 0.142 0.029 0.019 81 E 0.161 0.071 0.024 0.012 0.273 0.017 0.071 0.147 0.082 0.103 0.039 82 V 0.391 0.070 0.006 0.006 0.387 0.005 0.030 0.044 0.014 0.022 0.026 83 F 0.156 0.174 0.019 0.004 0.586 0.006 0.007 0.011 0.006 0.003 0.027 84 K 0.305 0.117 0.029 0.007 0.350 0.012 0.025 0.037 0.018 0.020 0.081 85 I 0.197 0.182 0.028 0.006 0.450 0.007 0.014 0.026 0.019 0.026 0.046 86 E 0.155 0.234 0.082 0.019 0.261 0.019 0.052 0.043 0.035 0.046 0.055 87 R 0.072 0.268 0.359 0.025 0.176 0.008 0.009 0.013 0.010 0.011 0.048 88 P 0.038 0.214 0.077 0.077 0.074 0.086 0.172 0.104 0.079 0.056 0.024 89 G 0.032 0.061 0.143 0.193 0.036 0.059 0.042 0.053 0.066 0.251 0.065 90 E 0.077 0.192 0.087 0.030 0.158 0.025 0.043 0.125 0.109 0.113 0.041