# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.054 0.176 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.066 0.060 0.572 2 T 0.183 0.565 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.056 0.028 0.135 3 A 0.117 0.359 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.140 0.051 0.299 4 R 0.045 0.297 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.098 0.055 0.248 5 E 0.014 0.111 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.347 0.159 0.078 0.267 6 L 0.010 0.070 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.525 0.071 0.078 0.230 7 Y 0.011 0.085 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.665 0.072 0.035 0.121 8 A 0.006 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.088 0.038 0.185 9 N 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.880 0.043 0.012 0.048 10 V 0.008 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.724 0.038 0.046 0.162 11 V 0.022 0.004 0.003 0.001 0.008 0.013 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.037 0.059 0.184 12 L 0.024 0.009 0.005 0.001 0.013 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.053 0.157 0.418 13 G 0.049 0.017 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.078 0.191 0.558 14 D 0.281 0.011 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.071 0.121 0.473 15 D 0.029 0.008 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 0.156 0.728 16 S 0.057 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.056 0.124 0.669 17 L 0.289 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.073 0.101 0.480 18 N 0.050 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.054 0.029 0.133 0.697 19 D 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.007 0.009 0.007 0.003 0.002 0.324 0.038 0.092 0.478 20 C 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.007 0.002 0.005 0.006 0.005 0.005 0.311 0.087 0.089 0.454 21 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.006 0.006 0.008 0.005 0.795 0.065 0.021 0.069 22 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 0.003 0.522 0.034 0.036 0.376 23 I 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.886 0.019 0.009 0.052 24 F 0.040 0.118 0.007 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.373 0.239 0.039 0.169 25 V 0.048 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.101 0.056 0.204 26 D 0.066 0.116 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 0.093 0.098 0.377 27 E 0.034 0.109 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.066 0.084 0.346 28 V 0.043 0.125 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.074 0.075 0.352 29 F 0.022 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.561 0.071 0.041 0.238 30 K 0.059 0.022 0.004 0.001 0.003 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.383 0.083 0.051 0.364 31 I 0.012 0.009 0.017 0.001 0.042 0.020 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.318 0.067 0.062 0.416 32 E 0.023 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.026 0.082 0.593 33 R 0.356 0.014 0.004 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.077 0.048 0.427 34 P 0.030 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.021 0.130 0.776 35 G 0.066 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.048 0.065 0.739 36 E 0.027 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.039 0.128 0.654 37 R 0.179 0.156 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.054 0.072 0.462 38 E 0.080 0.183 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.007 0.001 0.012 0.007 0.003 0.002 0.060 0.076 0.090 0.457 39 N 0.116 0.148 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.002 0.110 0.086 0.080 0.423 40 L 0.080 0.051 0.026 0.001 0.011 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.008 0.003 0.097 0.169 0.092 0.430 41 Y 0.252 0.032 0.006 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.061 0.074 0.429 42 F 0.134 0.024 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.056 0.088 0.646 43 Q 0.041 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.043 0.097 0.742 44 G 0.067 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.116 0.742 45 M 0.133 0.012 0.004 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.142 0.085 0.548 46 W 0.022 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.081 0.129 0.686 47 D 0.222 0.025 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.052 0.043 0.078 0.556 48 E 0.037 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.047 0.106 0.740 49 T 0.056 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.122 0.701 50 E 0.285 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.084 0.085 0.431 51 L 0.026 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.027 0.135 0.727 52 G 0.068 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.057 0.081 0.496 53 L 0.036 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.079 0.145 0.562 54 Y 0.111 0.120 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.199 0.074 0.105 0.368 55 K 0.041 0.151 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.074 0.103 0.531 56 V 0.297 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.056 0.097 0.388 57 N 0.028 0.069 0.007 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.140 0.115 0.515 58 E 0.015 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.033 0.119 0.698 59 Y 0.292 0.151 0.012 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.173 0.060 0.260 60 V 0.063 0.146 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.129 0.118 0.523 61 D 0.228 0.152 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.160 0.043 0.401 62 A 0.100 0.079 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.200 0.096 0.488 63 R 0.115 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.082 0.079 0.625 64 D 0.178 0.056 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.117 0.085 0.519 65 T 0.078 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.054 0.097 0.660 66 N 0.101 0.132 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.073 0.096 0.074 0.503 67 M 0.079 0.148 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.106 0.058 0.097 0.488 68 G 0.066 0.110 0.006 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.004 0.004 0.005 0.002 0.004 0.004 0.004 0.004 0.228 0.120 0.066 0.357 69 A 0.033 0.078 0.027 0.002 0.014 0.005 0.005 0.005 0.003 0.002 0.005 0.002 0.007 0.006 0.007 0.005 0.247 0.121 0.070 0.359 70 W 0.069 0.040 0.019 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.335 0.067 0.073 0.367 71 F 0.144 0.056 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.281 0.089 0.070 0.336 72 E 0.063 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.215 0.075 0.093 0.489 73 A 0.020 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.045 0.090 0.467 74 Q 0.030 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.541 0.068 0.044 0.208 75 V 0.013 0.017 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.013 0.008 0.009 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.341 0.107 0.067 0.393 76 V 0.007 0.009 0.006 0.001 0.005 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.007 0.004 0.003 0.638 0.064 0.041 0.183 77 R 0.039 0.006 0.005 0.001 0.009 0.006 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.009 0.009 0.006 0.397 0.068 0.055 0.362 78 V 0.028 0.005 0.004 0.001 0.007 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.279 0.046 0.080 0.531 79 T 0.044 0.008 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.031 0.078 0.635 80 R 0.039 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.032 0.094 0.719