# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.012 0.104 0.018 0.064 0.091 0.090 0.048 0.573 2 T 0.073 0.468 0.010 0.041 0.054 0.051 0.097 0.206 3 A 0.063 0.379 0.017 0.029 0.053 0.062 0.085 0.313 4 R 0.047 0.197 0.027 0.092 0.174 0.060 0.099 0.303 5 E 0.025 0.065 0.060 0.059 0.220 0.063 0.153 0.356 6 L 0.017 0.033 0.108 0.196 0.206 0.068 0.136 0.237 7 Y 0.016 0.024 0.138 0.164 0.187 0.061 0.118 0.291 8 A 0.008 0.020 0.184 0.179 0.293 0.044 0.045 0.227 9 N 0.007 0.011 0.345 0.120 0.193 0.044 0.074 0.207 10 V 0.011 0.006 0.307 0.223 0.189 0.045 0.033 0.185 11 V 0.028 0.006 0.376 0.094 0.148 0.065 0.044 0.238 12 L 0.046 0.006 0.257 0.056 0.084 0.103 0.084 0.364 13 G 0.070 0.021 0.075 0.021 0.043 0.111 0.105 0.555 14 D 0.096 0.012 0.038 0.019 0.023 0.150 0.055 0.606 15 D 0.027 0.010 0.060 0.065 0.053 0.140 0.049 0.596 16 S 0.162 0.014 0.030 0.014 0.036 0.126 0.127 0.490 17 L 0.182 0.006 0.017 0.012 0.017 0.163 0.066 0.538 18 N 0.027 0.011 0.052 0.051 0.080 0.166 0.050 0.563 19 D 0.012 0.012 0.037 0.015 0.062 0.117 0.065 0.680 20 C 0.005 0.014 0.140 0.162 0.195 0.102 0.068 0.314 21 R 0.004 0.017 0.322 0.163 0.218 0.035 0.093 0.147 22 I 0.006 0.012 0.262 0.188 0.216 0.038 0.074 0.206 23 I 0.009 0.012 0.345 0.236 0.203 0.032 0.034 0.128 24 F 0.048 0.044 0.212 0.113 0.196 0.061 0.093 0.234 25 V 0.047 0.036 0.087 0.076 0.139 0.101 0.149 0.364 26 D 0.033 0.037 0.077 0.082 0.124 0.137 0.093 0.417 27 E 0.007 0.021 0.100 0.163 0.399 0.059 0.069 0.182 28 V 0.018 0.021 0.074 0.129 0.269 0.070 0.088 0.330 29 F 0.007 0.010 0.064 0.351 0.424 0.022 0.024 0.099 30 K 0.016 0.009 0.079 0.179 0.265 0.045 0.113 0.294 31 I 0.013 0.002 0.075 0.299 0.292 0.065 0.036 0.218 32 E 0.026 0.004 0.100 0.104 0.167 0.076 0.028 0.496 33 R 0.336 0.015 0.022 0.044 0.046 0.059 0.126 0.353 34 P 0.037 0.009 0.013 0.007 0.011 0.106 0.020 0.797 35 G 0.051 0.018 0.018 0.022 0.028 0.104 0.039 0.719 36 E 0.062 0.051 0.022 0.035 0.055 0.120 0.051 0.605 37 R 0.157 0.103 0.015 0.034 0.034 0.099 0.065 0.492 38 E 0.088 0.166 0.019 0.039 0.070 0.090 0.052 0.476 39 N 0.102 0.138 0.030 0.027 0.050 0.103 0.064 0.486 40 L 0.096 0.056 0.064 0.061 0.079 0.099 0.105 0.440 41 Y 0.181 0.049 0.034 0.038 0.055 0.089 0.051 0.503 42 F 0.187 0.030 0.015 0.015 0.021 0.084 0.057 0.591 43 Q 0.044 0.029 0.012 0.011 0.018 0.118 0.039 0.729 44 G 0.051 0.080 0.016 0.017 0.027 0.110 0.042 0.657 45 M 0.096 0.055 0.034 0.039 0.045 0.121 0.110 0.500 46 W 0.110 0.076 0.040 0.025 0.042 0.094 0.065 0.548 47 D 0.277 0.080 0.015 0.013 0.020 0.070 0.046 0.478 48 E 0.030 0.022 0.033 0.013 0.022 0.130 0.048 0.703 49 T 0.030 0.051 0.015 0.011 0.018 0.113 0.027 0.736 50 E 0.326 0.156 0.007 0.008 0.009 0.045 0.131 0.318 51 L 0.045 0.102 0.013 0.014 0.013 0.132 0.048 0.633 52 G 0.058 0.159 0.022 0.018 0.047 0.085 0.076 0.536 53 L 0.117 0.133 0.041 0.023 0.026 0.101 0.141 0.417 54 Y 0.047 0.114 0.090 0.059 0.082 0.128 0.060 0.421 55 K 0.066 0.127 0.053 0.020 0.049 0.072 0.066 0.546 56 V 0.459 0.114 0.025 0.008 0.009 0.048 0.090 0.247 57 N 0.064 0.092 0.033 0.013 0.017 0.115 0.070 0.596 58 E 0.027 0.064 0.008 0.003 0.006 0.086 0.013 0.793 59 Y 0.289 0.171 0.013 0.008 0.007 0.052 0.176 0.286 60 V 0.096 0.078 0.008 0.005 0.006 0.118 0.052 0.637 61 D 0.193 0.070 0.007 0.005 0.006 0.064 0.119 0.535 62 A 0.074 0.048 0.016 0.005 0.006 0.148 0.154 0.550 63 R 0.060 0.131 0.026 0.007 0.011 0.124 0.057 0.583 64 D 0.154 0.148 0.024 0.010 0.017 0.080 0.079 0.489 65 T 0.112 0.175 0.043 0.021 0.027 0.109 0.050 0.463 66 N 0.068 0.202 0.033 0.016 0.036 0.113 0.088 0.443 67 M 0.056 0.210 0.055 0.018 0.036 0.110 0.104 0.411 68 G 0.043 0.287 0.066 0.041 0.067 0.086 0.084 0.326 69 A 0.040 0.131 0.109 0.055 0.107 0.075 0.140 0.343 70 W 0.063 0.060 0.113 0.079 0.098 0.091 0.111 0.385 71 F 0.079 0.048 0.121 0.107 0.155 0.090 0.090 0.310 72 E 0.049 0.034 0.047 0.041 0.095 0.097 0.106 0.530 73 A 0.026 0.020 0.058 0.075 0.130 0.118 0.053 0.519 74 Q 0.012 0.020 0.093 0.191 0.282 0.071 0.061 0.271 75 V 0.016 0.008 0.080 0.134 0.184 0.079 0.096 0.403 76 V 0.016 0.006 0.130 0.233 0.232 0.059 0.060 0.264 77 R 0.022 0.004 0.102 0.134 0.284 0.061 0.044 0.351 78 V 0.027 0.002 0.069 0.129 0.134 0.080 0.038 0.521 79 T 0.034 0.003 0.090 0.077 0.132 0.101 0.054 0.508 80 R 0.021 0.003 0.055 0.034 0.059 0.111 0.048 0.668