# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.43204 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.047 0.020 0.003 0.025 0.041 0.066 0.110 0.001 0.001 0.006 0.679 2 T 0.041 0.020 0.002 0.012 0.023 0.056 0.144 0.002 0.001 0.006 0.695 3 A 0.031 0.035 0.005 0.018 0.023 0.042 0.077 0.001 0.001 0.004 0.764 4 R 0.025 0.044 0.002 0.013 0.038 0.048 0.367 0.001 0.001 0.005 0.457 5 E 0.137 0.080 0.003 0.019 0.029 0.044 0.323 0.003 0.001 0.010 0.350 6 L 0.137 0.321 0.002 0.032 0.172 0.144 0.017 0.001 0.001 0.002 0.173 7 Y 0.024 0.299 0.007 0.047 0.204 0.201 0.028 0.003 0.001 0.005 0.180 8 A 0.033 0.214 0.016 0.076 0.286 0.240 0.016 0.002 0.001 0.001 0.114 9 N 0.018 0.112 0.002 0.099 0.284 0.391 0.012 0.002 0.001 0.002 0.077 10 V 0.043 0.063 0.004 0.122 0.300 0.305 0.016 0.005 0.001 0.002 0.141 11 V 0.032 0.046 0.002 0.197 0.217 0.345 0.013 0.003 0.001 0.002 0.144 12 L 0.020 0.034 0.016 0.287 0.179 0.281 0.028 0.003 0.001 0.004 0.149 13 G 0.014 0.012 0.004 0.176 0.137 0.287 0.092 0.006 0.001 0.005 0.266 14 D 0.015 0.004 0.013 0.063 0.025 0.081 0.039 0.001 0.001 0.006 0.753 15 D 0.011 0.002 0.001 0.025 0.018 0.020 0.210 0.001 0.001 0.008 0.704 16 S 0.105 0.002 0.003 0.016 0.010 0.018 0.418 0.001 0.001 0.037 0.392 17 L 0.203 0.039 0.005 0.070 0.036 0.058 0.149 0.001 0.001 0.012 0.426 18 N 0.047 0.047 0.003 0.041 0.069 0.081 0.251 0.002 0.001 0.010 0.448 19 D 0.134 0.022 0.005 0.056 0.019 0.026 0.260 0.003 0.001 0.013 0.462 20 C 0.289 0.055 0.005 0.065 0.081 0.085 0.079 0.003 0.001 0.008 0.332 21 R 0.035 0.025 0.007 0.323 0.191 0.174 0.084 0.002 0.001 0.009 0.150 22 I 0.005 0.015 0.007 0.132 0.069 0.086 0.059 0.001 0.001 0.002 0.624 23 I 0.002 0.005 0.001 0.604 0.098 0.227 0.013 0.001 0.001 0.002 0.048 24 F 0.004 0.018 0.001 0.194 0.063 0.149 0.107 0.001 0.001 0.003 0.459 25 V 0.007 0.011 0.001 0.389 0.092 0.255 0.041 0.001 0.001 0.001 0.203 26 D 0.005 0.024 0.001 0.117 0.112 0.166 0.075 0.001 0.001 0.005 0.495 27 E 0.032 0.031 0.002 0.096 0.075 0.146 0.194 0.002 0.001 0.008 0.414 28 V 0.136 0.058 0.001 0.061 0.093 0.137 0.054 0.001 0.001 0.004 0.455 29 F 0.041 0.092 0.007 0.059 0.307 0.323 0.022 0.002 0.001 0.007 0.142 30 K 0.032 0.123 0.007 0.038 0.202 0.176 0.034 0.004 0.001 0.002 0.381 31 I 0.082 0.059 0.003 0.041 0.287 0.350 0.009 0.001 0.001 0.001 0.168 32 E 0.044 0.107 0.008 0.043 0.156 0.277 0.037 0.013 0.001 0.009 0.307 33 R 0.064 0.039 0.009 0.023 0.136 0.126 0.071 0.004 0.001 0.002 0.526 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.020 0.004 0.001 0.013 0.038 0.109 0.127 0.002 0.001 0.013 0.672 36 E 0.562 0.005 0.019 0.008 0.007 0.012 0.063 0.001 0.001 0.010 0.314 37 R 0.066 0.023 0.005 0.016 0.015 0.031 0.098 0.001 0.001 0.003 0.742 38 E 0.054 0.025 0.003 0.023 0.042 0.071 0.089 0.001 0.001 0.008 0.682 39 N 0.090 0.061 0.002 0.024 0.033 0.046 0.117 0.002 0.001 0.005 0.619 40 L 0.174 0.087 0.008 0.045 0.061 0.076 0.111 0.003 0.001 0.005 0.430 41 Y 0.089 0.162 0.006 0.055 0.066 0.118 0.108 0.005 0.001 0.008 0.383 42 F 0.089 0.174 0.008 0.044 0.055 0.098 0.126 0.008 0.001 0.006 0.394 43 Q 0.103 0.164 0.005 0.032 0.026 0.051 0.064 0.012 0.001 0.007 0.537 44 G 0.192 0.067 0.009 0.020 0.016 0.026 0.060 0.014 0.001 0.011 0.585 45 M 0.154 0.049 0.045 0.026 0.019 0.031 0.103 0.005 0.001 0.008 0.561 46 W 0.016 0.013 0.006 0.023 0.018 0.031 0.033 0.001 0.001 0.002 0.857 47 D 0.039 0.021 0.003 0.035 0.050 0.081 0.073 0.002 0.001 0.005 0.690 48 E 0.082 0.056 0.007 0.040 0.033 0.054 0.094 0.002 0.001 0.005 0.626 49 T 0.102 0.061 0.002 0.040 0.056 0.066 0.170 0.004 0.001 0.008 0.491 50 E 0.255 0.050 0.008 0.033 0.019 0.028 0.126 0.003 0.001 0.011 0.467 51 L 0.054 0.113 0.009 0.045 0.026 0.035 0.124 0.003 0.001 0.006 0.584 52 G 0.121 0.041 0.006 0.045 0.023 0.052 0.197 0.009 0.001 0.015 0.492 53 L 0.200 0.109 0.029 0.039 0.018 0.034 0.090 0.005 0.001 0.011 0.465 54 Y 0.064 0.101 0.012 0.058 0.046 0.050 0.111 0.003 0.001 0.006 0.549 55 K 0.052 0.058 0.008 0.035 0.021 0.032 0.149 0.004 0.001 0.008 0.633 56 V 0.148 0.205 0.013 0.091 0.038 0.087 0.089 0.005 0.001 0.005 0.320 57 N 0.072 0.203 0.006 0.046 0.039 0.057 0.142 0.006 0.001 0.007 0.422 58 E 0.142 0.128 0.016 0.044 0.019 0.030 0.104 0.008 0.001 0.009 0.500 59 Y 0.186 0.192 0.010 0.026 0.028 0.036 0.122 0.008 0.001 0.008 0.384 60 V 0.038 0.144 0.007 0.019 0.012 0.020 0.041 0.003 0.001 0.003 0.713 61 D 0.046 0.118 0.003 0.016 0.020 0.039 0.271 0.014 0.001 0.006 0.468 62 A 0.486 0.110 0.018 0.012 0.005 0.009 0.070 0.006 0.001 0.011 0.274 63 R 0.116 0.271 0.004 0.010 0.008 0.012 0.162 0.016 0.001 0.005 0.397 64 D 0.255 0.079 0.035 0.016 0.016 0.026 0.087 0.012 0.001 0.016 0.458 65 T 0.145 0.174 0.040 0.035 0.029 0.027 0.126 0.004 0.001 0.007 0.414 66 N 0.056 0.076 0.016 0.036 0.036 0.055 0.217 0.005 0.001 0.010 0.493 67 M 0.112 0.137 0.014 0.079 0.057 0.106 0.094 0.004 0.001 0.010 0.389 68 G 0.049 0.212 0.011 0.095 0.085 0.113 0.108 0.004 0.001 0.006 0.317 69 A 0.065 0.145 0.008 0.070 0.050 0.084 0.109 0.006 0.001 0.005 0.458 70 W 0.116 0.169 0.004 0.101 0.093 0.178 0.040 0.004 0.001 0.005 0.290 71 F 0.048 0.211 0.010 0.057 0.135 0.162 0.046 0.005 0.001 0.006 0.320 72 E 0.057 0.114 0.007 0.061 0.107 0.218 0.056 0.007 0.001 0.005 0.368 73 A 0.087 0.098 0.014 0.069 0.183 0.272 0.035 0.004 0.001 0.007 0.230 74 Q 0.043 0.060 0.007 0.063 0.189 0.262 0.073 0.005 0.001 0.006 0.291 75 V 0.066 0.033 0.010 0.060 0.124 0.253 0.043 0.002 0.001 0.004 0.406 76 V 0.022 0.034 0.003 0.103 0.331 0.363 0.019 0.001 0.001 0.002 0.122 77 R 0.015 0.027 0.003 0.070 0.216 0.282 0.032 0.002 0.001 0.003 0.350 78 V 0.035 0.024 0.002 0.102 0.200 0.384 0.023 0.001 0.001 0.001 0.228 79 T 0.013 0.024 0.002 0.066 0.226 0.409 0.049 0.001 0.001 0.005 0.205 80 R 0.034 0.016 0.004 0.038 0.093 0.146 0.051 0.002 0.001 0.007 0.610