# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.026 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.099 0.050 0.128 0.565 2 T 0.156 0.264 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.075 0.092 0.059 0.326 3 A 0.189 0.134 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.005 0.003 0.002 0.058 0.094 0.076 0.417 4 R 0.042 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.006 0.004 0.235 0.070 0.102 0.415 5 E 0.022 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.377 0.081 0.096 0.374 6 L 0.021 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.545 0.056 0.069 0.271 7 Y 0.049 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.080 0.080 0.360 8 A 0.012 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.396 0.044 0.089 0.431 9 N 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.613 0.062 0.053 0.240 10 V 0.014 0.006 0.002 0.001 0.009 0.016 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.498 0.063 0.066 0.298 11 V 0.025 0.003 0.002 0.001 0.011 0.006 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.552 0.055 0.068 0.249 12 L 0.119 0.006 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.092 0.091 0.443 13 G 0.052 0.008 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.064 0.158 0.592 14 D 0.021 0.007 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.038 0.140 0.731 15 D 0.146 0.017 0.004 0.001 0.013 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.183 0.143 0.431 16 S 0.195 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.067 0.133 0.537 17 L 0.171 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.056 0.143 0.582 18 N 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.050 0.031 0.162 0.693 19 D 0.068 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.132 0.089 0.123 0.521 20 C 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.037 0.003 0.005 0.002 0.003 0.002 0.071 0.033 0.171 0.611 21 R 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.003 0.008 0.009 0.007 0.004 0.614 0.041 0.050 0.212 22 I 0.016 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.020 0.011 0.017 0.006 0.174 0.044 0.096 0.575 23 I 0.008 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 0.003 0.662 0.022 0.051 0.206 24 F 0.153 0.062 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.194 0.159 0.058 0.355 25 V 0.158 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.074 0.079 0.358 26 D 0.028 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.031 0.092 0.659 27 E 0.033 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.527 0.056 0.062 0.282 28 V 0.038 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.074 0.088 0.526 29 F 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.437 0.049 0.075 0.372 30 K 0.031 0.007 0.002 0.001 0.004 0.030 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.289 0.049 0.070 0.478 31 I 0.008 0.004 0.005 0.001 0.078 0.031 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.169 0.059 0.086 0.520 32 E 0.040 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.033 0.086 0.695 33 R 0.394 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.100 0.055 0.397 34 P 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.099 0.828 35 G 0.026 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.041 0.104 0.769 36 E 0.043 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.050 0.123 0.583 37 R 0.105 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.058 0.111 0.563 38 E 0.074 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 0.004 0.040 0.014 0.012 0.005 0.077 0.053 0.104 0.484 39 N 0.082 0.086 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.021 0.024 0.007 0.106 0.087 0.097 0.462 40 L 0.066 0.042 0.015 0.001 0.018 0.007 0.007 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.003 0.011 0.007 0.168 0.103 0.105 0.431 41 Y 0.090 0.019 0.005 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.171 0.056 0.108 0.530 42 F 0.226 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.064 0.095 0.494 43 Q 0.054 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.032 0.115 0.694 44 G 0.043 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.042 0.123 0.687 45 M 0.035 0.021 0.004 0.001 0.010 0.013 0.008 0.003 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.085 0.142 0.573 46 W 0.068 0.015 0.007 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.099 0.123 0.596 47 D 0.370 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.075 0.082 0.402 48 E 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.026 0.129 0.747 49 T 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.024 0.135 0.756 50 E 0.054 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.097 0.090 0.437 51 L 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.028 0.158 0.643 52 G 0.009 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.004 0.004 0.003 0.742 0.029 0.030 0.138 53 L 0.023 0.036 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.017 0.021 0.007 0.190 0.103 0.078 0.492 54 Y 0.016 0.031 0.004 0.001 0.009 0.007 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.011 0.005 0.577 0.048 0.054 0.214 55 K 0.127 0.061 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.228 0.128 0.066 0.367 56 V 0.348 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.085 0.078 0.291 57 N 0.035 0.037 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.044 0.116 0.635 58 E 0.020 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.037 0.134 0.681 59 Y 0.207 0.135 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.201 0.094 0.308 60 V 0.062 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.081 0.149 0.559 61 D 0.188 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.320 0.078 0.314 62 A 0.085 0.073 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.328 0.145 0.324 63 R 0.059 0.104 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.083 0.185 0.509 64 D 0.098 0.158 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.121 0.110 0.443 65 T 0.057 0.203 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.100 0.162 0.402 66 N 0.057 0.330 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.115 0.117 0.278 67 M 0.024 0.362 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.081 0.117 0.266 68 G 0.018 0.212 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.316 0.178 0.070 0.189 69 A 0.018 0.141 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.507 0.147 0.039 0.128 70 W 0.010 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.701 0.103 0.034 0.093 71 F 0.009 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.760 0.092 0.021 0.089 72 E 0.026 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.710 0.074 0.035 0.135 73 A 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.571 0.036 0.070 0.310 74 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.031 0.027 0.097 75 V 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.052 0.105 0.554 76 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.030 0.067 0.283 77 R 0.025 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.038 0.083 0.616 78 V 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.028 0.100 0.717 79 T 0.079 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.052 0.090 0.680 80 R 0.053 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.032 0.087 0.750