# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.046 0.181 0.004 0.025 0.033 0.049 0.105 0.005 0.001 0.041 0.512 2 T 0.042 0.341 0.004 0.018 0.042 0.066 0.067 0.008 0.001 0.051 0.360 3 A 0.103 0.345 0.004 0.015 0.034 0.044 0.067 0.016 0.001 0.051 0.319 4 R 0.054 0.284 0.009 0.029 0.099 0.130 0.066 0.007 0.002 0.069 0.250 5 E 0.039 0.067 0.016 0.047 0.076 0.158 0.098 0.004 0.004 0.130 0.360 6 L 0.041 0.039 0.011 0.068 0.116 0.199 0.095 0.011 0.004 0.123 0.293 7 Y 0.049 0.022 0.004 0.054 0.071 0.132 0.065 0.007 0.002 0.113 0.481 8 A 0.019 0.010 0.003 0.085 0.173 0.184 0.070 0.002 0.001 0.065 0.388 9 N 0.006 0.006 0.001 0.132 0.087 0.207 0.060 0.002 0.001 0.063 0.434 10 V 0.008 0.003 0.003 0.132 0.216 0.208 0.055 0.002 0.001 0.060 0.313 11 V 0.032 0.005 0.001 0.204 0.161 0.205 0.059 0.003 0.001 0.067 0.262 12 L 0.068 0.006 0.001 0.101 0.065 0.096 0.087 0.003 0.001 0.095 0.477 13 G 0.017 0.008 0.001 0.096 0.030 0.070 0.130 0.003 0.001 0.042 0.603 14 D 0.033 0.012 0.001 0.028 0.019 0.045 0.133 0.003 0.001 0.076 0.649 15 D 0.050 0.011 0.012 0.029 0.044 0.043 0.134 0.006 0.008 0.142 0.521 16 S 0.281 0.011 0.001 0.018 0.015 0.023 0.084 0.007 0.001 0.042 0.517 17 L 0.459 0.007 0.001 0.008 0.005 0.009 0.059 0.004 0.001 0.032 0.415 18 N 0.017 0.007 0.001 0.017 0.007 0.019 0.120 0.001 0.001 0.016 0.796 19 D 0.012 0.017 0.001 0.021 0.020 0.075 0.105 0.002 0.001 0.029 0.718 20 C 0.020 0.015 0.002 0.022 0.230 0.102 0.106 0.002 0.001 0.041 0.459 21 R 0.036 0.030 0.002 0.091 0.104 0.156 0.084 0.003 0.001 0.049 0.445 22 I 0.042 0.028 0.001 0.041 0.114 0.172 0.076 0.003 0.001 0.047 0.475 23 I 0.012 0.031 0.003 0.142 0.170 0.246 0.061 0.002 0.001 0.027 0.306 24 F 0.058 0.095 0.003 0.067 0.105 0.186 0.062 0.005 0.001 0.049 0.368 25 V 0.075 0.091 0.004 0.048 0.123 0.105 0.079 0.009 0.001 0.053 0.411 26 D 0.053 0.125 0.004 0.042 0.113 0.115 0.075 0.009 0.002 0.041 0.420 27 E 0.099 0.133 0.003 0.044 0.068 0.205 0.066 0.010 0.001 0.048 0.322 28 V 0.074 0.063 0.008 0.036 0.098 0.141 0.071 0.010 0.003 0.066 0.430 29 F 0.055 0.021 0.004 0.049 0.126 0.207 0.068 0.008 0.002 0.054 0.407 30 K 0.056 0.005 0.001 0.031 0.089 0.139 0.068 0.002 0.001 0.072 0.535 31 I 0.008 0.003 0.001 0.031 0.076 0.125 0.121 0.001 0.001 0.050 0.582 32 E 0.010 0.004 0.001 0.027 0.030 0.058 0.100 0.002 0.001 0.026 0.743 33 R 0.527 0.008 0.001 0.007 0.022 0.021 0.060 0.007 0.001 0.062 0.285 34 P 0.028 0.005 0.001 0.010 0.010 0.015 0.105 0.002 0.001 0.028 0.797 35 G 0.023 0.008 0.001 0.011 0.009 0.021 0.112 0.001 0.001 0.025 0.790 36 E 0.053 0.024 0.001 0.022 0.059 0.047 0.138 0.005 0.001 0.050 0.599 37 R 0.083 0.043 0.002 0.015 0.021 0.023 0.121 0.006 0.001 0.044 0.641 38 E 0.065 0.067 0.002 0.037 0.050 0.084 0.112 0.006 0.001 0.054 0.523 39 N 0.054 0.048 0.002 0.036 0.040 0.082 0.115 0.004 0.001 0.049 0.569 40 L 0.036 0.032 0.009 0.092 0.104 0.138 0.104 0.005 0.004 0.060 0.416 41 Y 0.111 0.040 0.004 0.066 0.051 0.089 0.099 0.008 0.002 0.054 0.476 42 F 0.226 0.027 0.003 0.042 0.034 0.046 0.087 0.009 0.001 0.046 0.479 43 Q 0.064 0.024 0.002 0.039 0.022 0.036 0.112 0.005 0.001 0.039 0.655 44 G 0.043 0.028 0.001 0.027 0.016 0.043 0.114 0.005 0.001 0.041 0.682 45 M 0.079 0.021 0.002 0.025 0.055 0.050 0.117 0.004 0.001 0.120 0.525 46 W 0.033 0.015 0.004 0.039 0.044 0.050 0.131 0.004 0.002 0.111 0.566 47 D 0.136 0.022 0.001 0.020 0.020 0.030 0.105 0.007 0.001 0.035 0.623 48 E 0.172 0.014 0.006 0.016 0.021 0.027 0.112 0.006 0.003 0.059 0.564 49 T 0.041 0.012 0.001 0.026 0.011 0.028 0.134 0.002 0.001 0.020 0.724 50 E 0.076 0.029 0.001 0.029 0.021 0.070 0.113 0.007 0.001 0.045 0.610 51 L 0.026 0.016 0.002 0.032 0.077 0.046 0.135 0.002 0.001 0.041 0.621 52 G 0.028 0.040 0.001 0.095 0.067 0.190 0.100 0.003 0.001 0.060 0.415 53 L 0.040 0.026 0.001 0.052 0.099 0.130 0.088 0.003 0.001 0.073 0.485 54 Y 0.015 0.032 0.004 0.203 0.148 0.183 0.073 0.002 0.001 0.043 0.296 55 K 0.090 0.085 0.002 0.065 0.058 0.120 0.070 0.007 0.001 0.050 0.452 56 V 0.144 0.074 0.003 0.049 0.044 0.040 0.077 0.010 0.001 0.047 0.508 57 N 0.084 0.143 0.006 0.036 0.031 0.045 0.082 0.014 0.003 0.044 0.513 58 E 0.122 0.150 0.002 0.027 0.010 0.026 0.087 0.006 0.001 0.025 0.544 59 Y 0.145 0.135 0.019 0.019 0.029 0.019 0.071 0.015 0.003 0.089 0.456 60 V 0.181 0.086 0.006 0.020 0.014 0.014 0.099 0.014 0.002 0.060 0.504 61 D 0.216 0.070 0.003 0.011 0.007 0.015 0.069 0.008 0.001 0.208 0.392 62 A 0.032 0.054 0.003 0.017 0.015 0.018 0.122 0.003 0.001 0.195 0.539 63 R 0.047 0.172 0.004 0.020 0.013 0.017 0.092 0.009 0.001 0.050 0.574 64 D 0.125 0.213 0.005 0.016 0.024 0.027 0.090 0.016 0.002 0.070 0.413 65 T 0.049 0.176 0.005 0.037 0.049 0.072 0.096 0.006 0.002 0.066 0.444 66 N 0.054 0.133 0.005 0.037 0.050 0.120 0.097 0.005 0.001 0.073 0.425 67 M 0.025 0.086 0.005 0.042 0.132 0.225 0.088 0.004 0.001 0.059 0.333 68 G 0.018 0.057 0.003 0.048 0.146 0.324 0.083 0.003 0.001 0.044 0.274 69 A 0.004 0.020 0.001 0.030 0.255 0.543 0.023 0.001 0.001 0.020 0.102 70 W 0.009 0.011 0.002 0.028 0.265 0.410 0.036 0.001 0.001 0.048 0.188 71 F 0.003 0.005 0.001 0.028 0.359 0.459 0.019 0.001 0.001 0.022 0.103 72 E 0.003 0.003 0.001 0.030 0.299 0.528 0.016 0.001 0.001 0.022 0.097 73 A 0.002 0.002 0.001 0.023 0.398 0.440 0.013 0.001 0.001 0.020 0.100 74 Q 0.004 0.003 0.001 0.037 0.397 0.458 0.011 0.001 0.001 0.026 0.063 75 V 0.011 0.003 0.001 0.033 0.349 0.362 0.023 0.002 0.001 0.048 0.167 76 V 0.003 0.002 0.001 0.074 0.397 0.379 0.021 0.001 0.001 0.025 0.097 77 R 0.016 0.005 0.001 0.042 0.190 0.313 0.048 0.001 0.001 0.048 0.335 78 V 0.014 0.005 0.002 0.067 0.170 0.173 0.080 0.003 0.001 0.055 0.430 79 T 0.083 0.016 0.003 0.045 0.088 0.104 0.086 0.006 0.002 0.063 0.504 80 R 0.075 0.018 0.002 0.025 0.028 0.059 0.107 0.005 0.001 0.051 0.630