# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.022 0.073 0.016 0.054 0.058 0.093 0.036 0.647 2 T 0.087 0.440 0.011 0.030 0.044 0.050 0.120 0.219 3 A 0.092 0.419 0.025 0.038 0.044 0.050 0.100 0.230 4 R 0.050 0.234 0.028 0.079 0.126 0.059 0.119 0.304 5 E 0.024 0.053 0.068 0.054 0.093 0.089 0.266 0.352 6 L 0.024 0.066 0.067 0.134 0.174 0.112 0.157 0.267 7 Y 0.025 0.034 0.093 0.069 0.134 0.100 0.104 0.442 8 A 0.009 0.016 0.129 0.120 0.176 0.117 0.097 0.336 9 N 0.007 0.006 0.291 0.119 0.208 0.069 0.135 0.165 10 V 0.020 0.006 0.243 0.136 0.181 0.090 0.107 0.218 11 V 0.023 0.005 0.390 0.103 0.164 0.075 0.076 0.163 12 L 0.039 0.009 0.157 0.076 0.144 0.149 0.084 0.343 13 G 0.037 0.012 0.104 0.039 0.078 0.178 0.084 0.468 14 D 0.062 0.017 0.038 0.021 0.041 0.217 0.090 0.514 15 D 0.054 0.021 0.060 0.021 0.030 0.217 0.141 0.455 16 S 0.240 0.043 0.020 0.010 0.017 0.148 0.050 0.471 17 L 0.401 0.046 0.014 0.008 0.013 0.098 0.060 0.360 18 N 0.046 0.060 0.013 0.014 0.042 0.129 0.027 0.668 19 D 0.035 0.075 0.019 0.022 0.094 0.093 0.051 0.612 20 C 0.028 0.068 0.039 0.177 0.151 0.092 0.063 0.381 21 R 0.051 0.097 0.048 0.186 0.221 0.071 0.055 0.272 22 I 0.043 0.073 0.047 0.107 0.174 0.069 0.067 0.420 23 I 0.019 0.070 0.070 0.181 0.249 0.080 0.050 0.281 24 F 0.045 0.144 0.038 0.108 0.183 0.053 0.098 0.331 25 V 0.076 0.204 0.031 0.093 0.107 0.067 0.119 0.302 26 D 0.107 0.223 0.032 0.093 0.108 0.054 0.083 0.299 27 E 0.090 0.110 0.017 0.056 0.108 0.077 0.065 0.475 28 V 0.041 0.044 0.039 0.077 0.157 0.104 0.084 0.453 29 F 0.032 0.025 0.032 0.134 0.209 0.090 0.053 0.424 30 K 0.064 0.015 0.024 0.106 0.117 0.106 0.057 0.509 31 I 0.013 0.006 0.040 0.086 0.115 0.128 0.058 0.555 32 E 0.090 0.006 0.023 0.033 0.063 0.106 0.024 0.656 33 R 0.525 0.009 0.015 0.036 0.033 0.063 0.046 0.272 34 P 0.019 0.006 0.009 0.012 0.025 0.109 0.010 0.810 35 G 0.012 0.006 0.015 0.018 0.057 0.096 0.018 0.778 36 E 0.046 0.020 0.013 0.051 0.042 0.133 0.037 0.656 37 R 0.161 0.076 0.022 0.047 0.038 0.112 0.066 0.476 38 E 0.095 0.099 0.018 0.031 0.050 0.090 0.045 0.571 39 N 0.060 0.088 0.044 0.039 0.086 0.090 0.081 0.512 40 L 0.041 0.064 0.064 0.093 0.118 0.102 0.089 0.430 41 Y 0.110 0.075 0.050 0.082 0.109 0.110 0.080 0.384 42 F 0.177 0.063 0.026 0.034 0.046 0.098 0.059 0.497 43 Q 0.057 0.045 0.026 0.026 0.053 0.118 0.053 0.622 44 G 0.069 0.040 0.024 0.022 0.046 0.107 0.053 0.640 45 M 0.070 0.022 0.034 0.055 0.069 0.132 0.133 0.486 46 W 0.046 0.018 0.038 0.049 0.067 0.121 0.119 0.542 47 D 0.120 0.035 0.019 0.027 0.045 0.108 0.048 0.599 48 E 0.032 0.015 0.022 0.025 0.031 0.117 0.029 0.730 49 T 0.069 0.069 0.020 0.018 0.030 0.108 0.024 0.662 50 E 0.187 0.142 0.027 0.026 0.046 0.106 0.044 0.422 51 L 0.049 0.076 0.035 0.040 0.050 0.100 0.031 0.619 52 G 0.082 0.306 0.032 0.060 0.099 0.062 0.071 0.288 53 L 0.029 0.085 0.051 0.041 0.074 0.082 0.147 0.491 54 Y 0.049 0.158 0.075 0.203 0.142 0.062 0.110 0.201 55 K 0.089 0.133 0.051 0.061 0.101 0.058 0.089 0.418 56 V 0.163 0.124 0.035 0.032 0.054 0.087 0.068 0.438 57 N 0.079 0.078 0.053 0.079 0.070 0.070 0.115 0.456 58 E 0.048 0.071 0.012 0.012 0.015 0.079 0.022 0.741 59 Y 0.138 0.087 0.036 0.028 0.030 0.093 0.075 0.512 60 V 0.070 0.038 0.016 0.016 0.014 0.120 0.047 0.680 61 D 0.147 0.050 0.011 0.007 0.011 0.070 0.180 0.523 62 A 0.052 0.053 0.013 0.010 0.010 0.110 0.114 0.639 63 R 0.085 0.126 0.017 0.014 0.026 0.110 0.110 0.512 64 D 0.071 0.135 0.019 0.016 0.029 0.097 0.076 0.558 65 T 0.043 0.130 0.036 0.033 0.066 0.143 0.075 0.474 66 N 0.065 0.255 0.041 0.034 0.064 0.093 0.108 0.340 67 M 0.041 0.297 0.034 0.054 0.091 0.099 0.073 0.312 68 G 0.019 0.229 0.091 0.075 0.175 0.073 0.107 0.230 69 A 0.019 0.196 0.064 0.133 0.307 0.042 0.122 0.116 70 W 0.012 0.083 0.155 0.161 0.272 0.036 0.181 0.100 71 F 0.012 0.095 0.084 0.303 0.302 0.028 0.077 0.100 72 E 0.027 0.074 0.088 0.152 0.345 0.041 0.077 0.197 73 A 0.015 0.030 0.080 0.252 0.340 0.047 0.073 0.163 74 Q 0.023 0.019 0.072 0.219 0.389 0.041 0.065 0.173 75 V 0.016 0.007 0.042 0.199 0.286 0.051 0.122 0.276 76 V 0.009 0.006 0.055 0.226 0.281 0.064 0.077 0.281 77 R 0.033 0.006 0.036 0.152 0.236 0.074 0.051 0.411 78 V 0.035 0.005 0.026 0.085 0.089 0.092 0.047 0.622 79 T 0.064 0.014 0.031 0.060 0.089 0.101 0.065 0.577 80 R 0.058 0.012 0.019 0.044 0.071 0.098 0.042 0.656