# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.044 0.010 0.027 0.025 0.035 0.108 0.007 0.744 2 T 0.017 0.009 0.010 0.018 0.024 0.076 0.003 0.844 3 A 0.012 0.009 0.011 0.016 0.034 0.039 0.002 0.876 4 R 0.028 0.037 0.020 0.048 0.072 0.311 0.007 0.477 5 E 0.117 0.072 0.024 0.035 0.062 0.319 0.012 0.360 6 L 0.078 0.492 0.030 0.113 0.110 0.042 0.005 0.130 7 Y 0.046 0.237 0.061 0.177 0.238 0.062 0.017 0.162 8 A 0.065 0.112 0.101 0.243 0.302 0.039 0.014 0.124 9 N 0.076 0.056 0.089 0.279 0.352 0.023 0.018 0.106 10 V 0.053 0.023 0.154 0.235 0.321 0.027 0.015 0.172 11 V 0.017 0.022 0.292 0.255 0.252 0.029 0.011 0.121 12 L 0.014 0.012 0.261 0.179 0.250 0.041 0.007 0.236 13 G 0.016 0.010 0.211 0.123 0.234 0.092 0.008 0.306 14 D 0.023 0.006 0.101 0.049 0.096 0.110 0.008 0.608 15 D 0.040 0.005 0.037 0.025 0.037 0.126 0.011 0.719 16 S 0.085 0.004 0.021 0.017 0.036 0.459 0.010 0.367 17 L 0.088 0.014 0.035 0.037 0.051 0.313 0.016 0.446 18 N 0.060 0.022 0.022 0.031 0.043 0.459 0.015 0.350 19 D 0.154 0.026 0.036 0.033 0.043 0.192 0.031 0.485 20 C 0.200 0.023 0.039 0.039 0.072 0.304 0.014 0.310 21 R 0.069 0.018 0.077 0.174 0.222 0.196 0.016 0.229 22 I 0.020 0.015 0.038 0.102 0.185 0.058 0.004 0.577 23 I 0.015 0.011 0.087 0.291 0.412 0.045 0.004 0.134 24 F 0.018 0.010 0.034 0.175 0.246 0.064 0.004 0.449 25 V 0.016 0.011 0.092 0.187 0.402 0.045 0.005 0.243 26 D 0.013 0.019 0.052 0.262 0.259 0.080 0.005 0.310 27 E 0.043 0.013 0.040 0.108 0.243 0.097 0.011 0.445 28 V 0.066 0.020 0.048 0.121 0.258 0.147 0.007 0.333 29 F 0.051 0.027 0.073 0.338 0.273 0.066 0.012 0.160 30 K 0.032 0.025 0.043 0.187 0.198 0.045 0.007 0.461 31 I 0.026 0.019 0.077 0.170 0.367 0.032 0.007 0.302 32 E 0.038 0.020 0.038 0.138 0.287 0.069 0.013 0.396 33 R 0.050 0.012 0.027 0.085 0.141 0.126 0.010 0.548 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 35 G 0.044 0.006 0.015 0.038 0.065 0.135 0.014 0.682 36 E 0.391 0.004 0.019 0.014 0.019 0.088 0.017 0.448 37 R 0.034 0.007 0.017 0.018 0.028 0.057 0.003 0.836 38 E 0.027 0.006 0.017 0.018 0.038 0.068 0.003 0.824 39 N 0.028 0.011 0.020 0.021 0.031 0.073 0.004 0.812 40 L 0.119 0.015 0.028 0.032 0.076 0.101 0.008 0.620 41 Y 0.111 0.037 0.037 0.061 0.113 0.162 0.009 0.472 42 F 0.126 0.054 0.034 0.067 0.161 0.145 0.012 0.402 43 Q 0.094 0.073 0.028 0.070 0.113 0.121 0.013 0.488 44 G 0.114 0.042 0.018 0.036 0.050 0.080 0.022 0.638 45 M 0.244 0.046 0.046 0.048 0.072 0.105 0.015 0.424 46 W 0.061 0.033 0.030 0.041 0.069 0.091 0.010 0.664 47 D 0.062 0.040 0.043 0.066 0.116 0.098 0.016 0.559 48 E 0.083 0.034 0.054 0.032 0.058 0.139 0.015 0.586 49 T 0.056 0.037 0.025 0.025 0.034 0.217 0.017 0.588 50 E 0.154 0.044 0.059 0.034 0.047 0.118 0.035 0.508 51 L 0.080 0.025 0.042 0.029 0.041 0.193 0.008 0.582 52 G 0.072 0.018 0.042 0.074 0.114 0.237 0.017 0.425 53 L 0.128 0.028 0.035 0.051 0.136 0.077 0.004 0.541 54 Y 0.037 0.032 0.101 0.247 0.281 0.085 0.006 0.211 55 K 0.034 0.027 0.024 0.087 0.128 0.092 0.006 0.601 56 V 0.047 0.081 0.154 0.124 0.312 0.046 0.009 0.228 57 N 0.029 0.084 0.042 0.092 0.131 0.149 0.010 0.463 58 E 0.108 0.067 0.042 0.031 0.068 0.139 0.033 0.512 59 Y 0.179 0.072 0.048 0.027 0.046 0.197 0.020 0.412 60 V 0.049 0.054 0.038 0.024 0.028 0.097 0.010 0.699 61 D 0.019 0.107 0.037 0.035 0.057 0.150 0.010 0.585 62 A 0.072 0.068 0.031 0.018 0.053 0.058 0.008 0.691 63 R 0.045 0.060 0.015 0.014 0.025 0.475 0.011 0.357 64 D 0.238 0.094 0.014 0.012 0.021 0.344 0.024 0.253 65 T 0.094 0.682 0.026 0.023 0.020 0.048 0.009 0.099 66 N 0.062 0.325 0.035 0.033 0.063 0.249 0.033 0.201 67 M 0.231 0.228 0.052 0.068 0.087 0.110 0.042 0.182 68 G 0.165 0.238 0.032 0.078 0.092 0.110 0.037 0.247 69 A 0.106 0.124 0.102 0.129 0.201 0.120 0.021 0.197 70 W 0.072 0.111 0.042 0.211 0.333 0.101 0.013 0.117 71 F 0.048 0.073 0.039 0.291 0.401 0.048 0.011 0.088 72 E 0.029 0.049 0.058 0.300 0.443 0.041 0.006 0.075 73 A 0.012 0.059 0.033 0.481 0.350 0.012 0.005 0.047 74 Q 0.022 0.017 0.043 0.300 0.483 0.025 0.011 0.098 75 V 0.015 0.011 0.036 0.295 0.410 0.034 0.004 0.194 76 V 0.011 0.010 0.046 0.348 0.443 0.025 0.003 0.115 77 R 0.007 0.008 0.026 0.211 0.269 0.035 0.003 0.439 78 V 0.020 0.014 0.068 0.195 0.302 0.045 0.005 0.351 79 T 0.017 0.025 0.054 0.192 0.219 0.072 0.005 0.416 80 R 0.023 0.019 0.033 0.083 0.157 0.066 0.007 0.611