# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.089 0.183 0.118 0.034 0.176 0.030 0.034 0.087 0.066 0.134 0.048 2 T 0.112 0.320 0.130 0.013 0.269 0.010 0.015 0.064 0.022 0.021 0.024 3 A 0.155 0.112 0.025 0.011 0.157 0.017 0.027 0.235 0.154 0.047 0.059 4 R 0.047 0.125 0.047 0.014 0.121 0.038 0.085 0.359 0.111 0.036 0.018 5 E 0.286 0.076 0.014 0.005 0.320 0.008 0.018 0.147 0.046 0.040 0.041 6 L 0.163 0.151 0.027 0.009 0.314 0.023 0.028 0.164 0.046 0.033 0.043 7 Y 0.310 0.058 0.017 0.012 0.247 0.024 0.054 0.132 0.038 0.037 0.072 8 A 0.148 0.206 0.046 0.011 0.376 0.021 0.029 0.080 0.034 0.022 0.028 9 N 0.208 0.106 0.011 0.006 0.506 0.011 0.044 0.036 0.015 0.021 0.034 10 V 0.305 0.078 0.011 0.002 0.549 0.003 0.004 0.011 0.007 0.006 0.024 11 V 0.248 0.116 0.027 0.012 0.408 0.029 0.051 0.029 0.008 0.013 0.059 12 L 0.195 0.167 0.072 0.063 0.191 0.035 0.061 0.034 0.020 0.056 0.106 13 G 0.027 0.075 0.110 0.406 0.040 0.089 0.036 0.033 0.030 0.118 0.037 14 D 0.051 0.157 0.138 0.115 0.135 0.030 0.028 0.069 0.080 0.151 0.046 15 D 0.077 0.097 0.060 0.021 0.130 0.032 0.045 0.143 0.147 0.194 0.053 16 S 0.086 0.145 0.113 0.017 0.114 0.017 0.056 0.227 0.108 0.084 0.035 17 L 0.058 0.065 0.050 0.075 0.065 0.072 0.089 0.199 0.168 0.109 0.049 18 N 0.017 0.142 0.156 0.266 0.036 0.110 0.087 0.070 0.049 0.054 0.013 19 D 0.057 0.019 0.021 0.049 0.028 0.014 0.019 0.045 0.036 0.474 0.237 20 C 0.076 0.439 0.127 0.009 0.259 0.006 0.007 0.019 0.015 0.026 0.018 21 R 0.137 0.254 0.036 0.012 0.370 0.032 0.038 0.043 0.020 0.021 0.037 22 I 0.457 0.062 0.009 0.006 0.358 0.004 0.005 0.015 0.010 0.010 0.065 23 I 0.104 0.232 0.082 0.017 0.348 0.059 0.040 0.052 0.018 0.019 0.030 24 F 0.359 0.099 0.027 0.005 0.409 0.003 0.005 0.022 0.008 0.019 0.045 25 V 0.209 0.138 0.022 0.021 0.289 0.021 0.015 0.095 0.073 0.044 0.073 26 D 0.080 0.109 0.070 0.067 0.149 0.115 0.119 0.158 0.062 0.045 0.026 27 E 0.138 0.102 0.039 0.017 0.268 0.013 0.041 0.173 0.083 0.092 0.034 28 V 0.285 0.084 0.014 0.009 0.295 0.010 0.015 0.128 0.064 0.036 0.060 29 F 0.099 0.224 0.068 0.016 0.283 0.036 0.056 0.112 0.052 0.026 0.029 30 K 0.214 0.148 0.042 0.009 0.381 0.011 0.023 0.044 0.024 0.038 0.065 31 I 0.188 0.210 0.045 0.013 0.293 0.014 0.028 0.061 0.036 0.051 0.062 32 E 0.109 0.133 0.108 0.050 0.159 0.073 0.099 0.064 0.036 0.106 0.064 33 R 0.088 0.225 0.318 0.051 0.201 0.020 0.018 0.026 0.017 0.017 0.018 34 P 0.038 0.101 0.049 0.123 0.049 0.096 0.144 0.138 0.132 0.094 0.036 35 G 0.043 0.075 0.136 0.199 0.065 0.045 0.041 0.052 0.048 0.237 0.060 36 E 0.091 0.156 0.089 0.049 0.158 0.025 0.036 0.101 0.072 0.143 0.081 37 R 0.120 0.179 0.120 0.055 0.181 0.034 0.026 0.068 0.057 0.096 0.064 38 E 0.079 0.186 0.109 0.064 0.148 0.057 0.044 0.112 0.082 0.074 0.045 39 N 0.150 0.144 0.060 0.021 0.237 0.015 0.028 0.101 0.075 0.104 0.066 40 L 0.132 0.158 0.059 0.013 0.243 0.025 0.034 0.142 0.087 0.062 0.045 41 Y 0.146 0.162 0.075 0.017 0.205 0.022 0.060 0.152 0.058 0.058 0.044 42 F 0.115 0.089 0.061 0.053 0.134 0.047 0.067 0.152 0.087 0.120 0.075 43 Q 0.032 0.191 0.147 0.208 0.071 0.089 0.076 0.076 0.044 0.047 0.018 44 G 0.055 0.061 0.073 0.113 0.062 0.033 0.035 0.072 0.068 0.328 0.099 45 M 0.093 0.220 0.109 0.025 0.212 0.011 0.020 0.086 0.075 0.101 0.048 46 W 0.100 0.218 0.069 0.017 0.227 0.024 0.031 0.124 0.088 0.059 0.043 47 D 0.076 0.201 0.106 0.025 0.143 0.028 0.058 0.155 0.101 0.064 0.042 48 E 0.097 0.098 0.077 0.032 0.125 0.040 0.066 0.174 0.110 0.121 0.058 49 T 0.040 0.249 0.178 0.047 0.088 0.043 0.075 0.108 0.067 0.082 0.022 50 E 0.099 0.101 0.122 0.058 0.099 0.026 0.033 0.090 0.053 0.185 0.135 51 L 0.026 0.387 0.198 0.038 0.100 0.024 0.036 0.072 0.055 0.048 0.016 52 G 0.088 0.207 0.086 0.052 0.131 0.028 0.039 0.098 0.053 0.121 0.097 53 L 0.289 0.092 0.016 0.010 0.273 0.006 0.009 0.102 0.066 0.053 0.084 54 Y 0.057 0.129 0.048 0.011 0.191 0.051 0.056 0.327 0.084 0.026 0.019 55 K 0.257 0.076 0.034 0.008 0.281 0.009 0.020 0.179 0.049 0.047 0.041 56 V 0.082 0.189 0.057 0.041 0.158 0.038 0.042 0.207 0.076 0.066 0.043 57 N 0.090 0.083 0.064 0.053 0.130 0.035 0.043 0.276 0.086 0.097 0.043 58 E 0.026 0.057 0.031 0.008 0.058 0.009 0.028 0.482 0.201 0.081 0.019 59 Y 0.101 0.108 0.047 0.011 0.171 0.015 0.031 0.356 0.075 0.058 0.028 60 V 0.054 0.271 0.055 0.019 0.137 0.033 0.056 0.239 0.065 0.044 0.027 61 D 0.117 0.102 0.098 0.029 0.156 0.019 0.027 0.193 0.051 0.110 0.098 62 A 0.034 0.078 0.031 0.007 0.073 0.011 0.029 0.495 0.184 0.045 0.014 63 R 0.049 0.133 0.047 0.020 0.081 0.036 0.062 0.355 0.089 0.094 0.033 64 D 0.138 0.087 0.038 0.019 0.216 0.018 0.023 0.247 0.079 0.091 0.045 65 T 0.046 0.054 0.024 0.012 0.066 0.030 0.050 0.483 0.165 0.048 0.020 66 N 0.126 0.056 0.038 0.025 0.113 0.036 0.061 0.235 0.092 0.162 0.057 67 M 0.115 0.188 0.075 0.037 0.218 0.035 0.050 0.115 0.058 0.077 0.031 68 G 0.179 0.092 0.036 0.048 0.153 0.043 0.046 0.132 0.073 0.102 0.097 69 A 0.180 0.147 0.026 0.009 0.447 0.014 0.033 0.067 0.026 0.024 0.028 70 W 0.339 0.066 0.005 0.003 0.499 0.007 0.014 0.023 0.011 0.007 0.027 71 F 0.257 0.080 0.010 0.004 0.572 0.011 0.013 0.015 0.006 0.006 0.026 72 E 0.379 0.057 0.006 0.005 0.440 0.009 0.020 0.011 0.005 0.008 0.059 73 A 0.232 0.172 0.026 0.004 0.512 0.004 0.004 0.003 0.002 0.005 0.035 74 Q 0.214 0.103 0.009 0.004 0.611 0.005 0.012 0.006 0.003 0.005 0.029 75 V 0.498 0.073 0.008 0.004 0.315 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.080 76 V 0.106 0.222 0.046 0.024 0.365 0.081 0.065 0.025 0.014 0.013 0.040 77 R 0.287 0.138 0.038 0.007 0.441 0.004 0.009 0.009 0.007 0.015 0.046 78 V 0.189 0.192 0.054 0.023 0.270 0.024 0.027 0.035 0.035 0.063 0.088 79 T 0.122 0.295 0.168 0.025 0.295 0.017 0.016 0.016 0.010 0.012 0.024 80 R 0.114 0.205 0.098 0.036 0.179 0.042 0.055 0.112 0.086 0.034 0.038