# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1464 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.314 0.155 0.151 0.138 0.111 0.053 0.033 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 2 T 0.268 0.158 0.157 0.145 0.116 0.071 0.039 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 A 0.139 0.100 0.120 0.165 0.179 0.113 0.074 0.053 0.030 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 4 R 0.189 0.140 0.124 0.161 0.135 0.099 0.061 0.043 0.020 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 5 E 0.108 0.120 0.111 0.161 0.161 0.106 0.084 0.054 0.047 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 6 L 0.012 0.011 0.025 0.052 0.081 0.127 0.140 0.193 0.134 0.108 0.066 0.027 0.017 0.006 7 Y 0.013 0.020 0.030 0.066 0.107 0.113 0.116 0.181 0.133 0.098 0.049 0.040 0.021 0.013 8 A 0.005 0.002 0.004 0.008 0.014 0.032 0.056 0.095 0.132 0.242 0.162 0.148 0.071 0.027 9 N 0.006 0.013 0.022 0.058 0.104 0.096 0.117 0.148 0.141 0.121 0.084 0.044 0.022 0.023 10 V 0.005 0.003 0.005 0.009 0.013 0.034 0.049 0.052 0.107 0.149 0.219 0.192 0.094 0.071 11 V 0.008 0.010 0.020 0.053 0.082 0.100 0.161 0.198 0.159 0.094 0.055 0.033 0.015 0.012 12 L 0.007 0.008 0.009 0.019 0.032 0.072 0.085 0.164 0.153 0.144 0.167 0.078 0.049 0.013 13 G 0.036 0.052 0.073 0.126 0.152 0.178 0.138 0.100 0.065 0.038 0.022 0.012 0.005 0.003 14 D 0.143 0.149 0.136 0.149 0.159 0.081 0.067 0.040 0.038 0.018 0.013 0.005 0.002 0.001 15 D 0.089 0.119 0.153 0.188 0.156 0.120 0.077 0.046 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 16 S 0.259 0.211 0.158 0.108 0.083 0.075 0.048 0.028 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 17 L 0.135 0.117 0.143 0.152 0.186 0.115 0.067 0.038 0.023 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 18 N 0.436 0.194 0.133 0.087 0.059 0.038 0.024 0.013 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 19 D 0.192 0.133 0.146 0.128 0.156 0.085 0.058 0.037 0.033 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 20 C 0.052 0.032 0.038 0.070 0.095 0.121 0.129 0.202 0.100 0.083 0.043 0.021 0.013 0.002 21 R 0.126 0.114 0.105 0.138 0.134 0.112 0.090 0.063 0.046 0.029 0.023 0.013 0.004 0.003 22 I 0.053 0.035 0.050 0.077 0.109 0.123 0.128 0.110 0.113 0.096 0.062 0.030 0.010 0.005 23 I 0.059 0.048 0.069 0.107 0.132 0.150 0.126 0.103 0.089 0.054 0.033 0.017 0.009 0.004 24 F 0.067 0.071 0.088 0.126 0.150 0.133 0.111 0.094 0.072 0.042 0.026 0.012 0.005 0.003 25 V 0.045 0.036 0.050 0.085 0.133 0.156 0.132 0.111 0.091 0.086 0.044 0.020 0.008 0.003 26 D 0.211 0.175 0.163 0.146 0.107 0.071 0.053 0.029 0.021 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 27 E 0.113 0.096 0.123 0.154 0.168 0.114 0.086 0.052 0.042 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 28 V 0.044 0.040 0.051 0.087 0.138 0.145 0.141 0.157 0.100 0.055 0.027 0.009 0.004 0.001 29 F 0.076 0.072 0.091 0.145 0.139 0.144 0.116 0.089 0.051 0.038 0.024 0.009 0.004 0.002 30 K 0.177 0.115 0.130 0.133 0.142 0.089 0.074 0.055 0.043 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 31 I 0.056 0.038 0.053 0.091 0.135 0.153 0.128 0.141 0.086 0.068 0.031 0.012 0.007 0.001 32 E 0.164 0.152 0.150 0.167 0.138 0.087 0.062 0.039 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 33 R 0.211 0.121 0.145 0.151 0.147 0.093 0.053 0.031 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 34 P 0.254 0.121 0.121 0.153 0.146 0.090 0.048 0.026 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 35 G 0.350 0.186 0.139 0.128 0.082 0.051 0.029 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 36 E 0.401 0.199 0.136 0.102 0.077 0.039 0.022 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 R 0.265 0.160 0.156 0.128 0.114 0.076 0.046 0.027 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 38 E 0.248 0.150 0.135 0.131 0.131 0.084 0.051 0.033 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 39 N 0.124 0.093 0.112 0.138 0.167 0.131 0.094 0.062 0.037 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 40 L 0.097 0.061 0.069 0.124 0.148 0.151 0.115 0.093 0.059 0.043 0.023 0.011 0.005 0.002 41 Y 0.098 0.090 0.096 0.143 0.137 0.128 0.111 0.079 0.055 0.029 0.020 0.010 0.003 0.002 42 F 0.081 0.059 0.076 0.105 0.126 0.161 0.122 0.101 0.075 0.048 0.029 0.011 0.004 0.001 43 Q 0.255 0.174 0.162 0.137 0.111 0.064 0.041 0.023 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 44 G 0.270 0.172 0.169 0.134 0.102 0.061 0.038 0.023 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 45 M 0.135 0.103 0.112 0.160 0.174 0.134 0.081 0.049 0.031 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 46 W 0.177 0.156 0.160 0.178 0.139 0.080 0.051 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 47 D 0.451 0.210 0.119 0.093 0.057 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.300 0.197 0.177 0.121 0.106 0.048 0.024 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 49 T 0.258 0.128 0.128 0.152 0.128 0.093 0.050 0.030 0.014 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 50 E 0.360 0.186 0.166 0.098 0.093 0.044 0.026 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 L 0.052 0.028 0.039 0.101 0.141 0.171 0.125 0.122 0.075 0.090 0.034 0.012 0.008 0.002 52 G 0.124 0.129 0.114 0.163 0.153 0.100 0.086 0.047 0.038 0.017 0.016 0.009 0.002 0.002 53 L 0.017 0.017 0.028 0.054 0.082 0.126 0.135 0.173 0.124 0.123 0.077 0.027 0.012 0.004 54 Y 0.093 0.071 0.076 0.111 0.121 0.126 0.112 0.103 0.082 0.044 0.033 0.018 0.007 0.003 55 K 0.050 0.054 0.084 0.114 0.144 0.118 0.106 0.126 0.081 0.061 0.037 0.016 0.007 0.003 56 V 0.033 0.019 0.026 0.050 0.096 0.141 0.133 0.154 0.144 0.115 0.047 0.027 0.012 0.003 57 N 0.135 0.143 0.179 0.198 0.137 0.084 0.058 0.027 0.018 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 58 E 0.421 0.164 0.123 0.094 0.080 0.045 0.032 0.017 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.132 0.120 0.151 0.171 0.179 0.109 0.067 0.038 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 60 V 0.198 0.127 0.147 0.153 0.146 0.100 0.059 0.041 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 61 D 0.297 0.159 0.155 0.142 0.131 0.057 0.026 0.016 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.250 0.137 0.116 0.163 0.129 0.084 0.050 0.036 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 63 R 0.182 0.175 0.145 0.161 0.132 0.091 0.049 0.031 0.018 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 64 D 0.065 0.076 0.097 0.165 0.168 0.140 0.108 0.086 0.047 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 65 T 0.050 0.049 0.071 0.104 0.116 0.152 0.155 0.121 0.082 0.050 0.029 0.012 0.007 0.003 66 N 0.019 0.024 0.037 0.061 0.111 0.142 0.138 0.146 0.115 0.083 0.068 0.029 0.018 0.009 67 M 0.009 0.006 0.011 0.022 0.034 0.063 0.086 0.089 0.126 0.146 0.164 0.127 0.076 0.040 68 G 0.006 0.006 0.010 0.026 0.041 0.063 0.113 0.122 0.170 0.143 0.115 0.099 0.046 0.040 69 A 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.035 0.088 0.140 0.182 0.234 0.149 0.098 0.038 70 W 0.004 0.004 0.006 0.013 0.025 0.042 0.073 0.148 0.149 0.162 0.142 0.107 0.074 0.051 71 F 0.003 0.003 0.004 0.008 0.014 0.027 0.052 0.076 0.132 0.196 0.202 0.156 0.068 0.059 72 E 0.005 0.007 0.013 0.028 0.060 0.083 0.118 0.176 0.184 0.141 0.079 0.053 0.027 0.024 73 A 0.012 0.010 0.013 0.022 0.032 0.060 0.086 0.139 0.141 0.154 0.145 0.094 0.063 0.028 74 Q 0.021 0.032 0.044 0.094 0.128 0.138 0.160 0.146 0.105 0.068 0.033 0.018 0.007 0.006 75 V 0.022 0.020 0.029 0.051 0.082 0.129 0.151 0.138 0.133 0.108 0.078 0.039 0.014 0.006 76 V 0.081 0.084 0.114 0.139 0.155 0.145 0.111 0.081 0.048 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 77 R 0.154 0.123 0.122 0.144 0.158 0.099 0.071 0.054 0.034 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 78 V 0.126 0.080 0.098 0.134 0.155 0.141 0.105 0.074 0.046 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 79 T 0.197 0.110 0.121 0.133 0.136 0.111 0.080 0.047 0.033 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 80 R 0.340 0.159 0.147 0.120 0.092 0.056 0.038 0.023 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001