# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.006 0.004 0.081 0.069 0.118 0.003 0.038 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 0.023 0.139 0.072 0.156 0.227 0.001 2 T 0.004 0.007 0.045 0.046 0.199 0.001 0.019 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.020 0.046 0.032 0.134 0.409 0.001 3 A 0.008 0.009 0.042 0.038 0.185 0.002 0.048 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.053 0.030 0.337 0.040 0.044 0.096 0.001 4 R 0.026 0.043 0.098 0.121 0.069 0.019 0.168 0.225 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.026 0.006 0.100 0.031 0.017 0.029 0.002 5 E 0.063 0.109 0.028 0.044 0.320 0.007 0.091 0.174 0.003 0.002 0.007 0.005 0.019 0.005 0.008 0.026 0.024 0.030 0.018 0.013 0.005 6 L 0.149 0.263 0.148 0.163 0.076 0.001 0.014 0.046 0.002 0.001 0.006 0.006 0.022 0.009 0.041 0.007 0.017 0.005 0.008 0.010 0.005 7 Y 0.204 0.320 0.026 0.046 0.252 0.001 0.012 0.013 0.002 0.001 0.011 0.009 0.029 0.012 0.014 0.015 0.011 0.004 0.004 0.006 0.010 8 A 0.272 0.390 0.058 0.070 0.045 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.014 0.014 0.039 0.015 0.022 0.004 0.006 0.003 0.002 0.005 0.015 9 N 0.235 0.327 0.021 0.031 0.116 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.037 0.026 0.064 0.042 0.017 0.014 0.004 0.007 0.003 0.002 0.033 10 V 0.262 0.297 0.050 0.045 0.061 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.029 0.032 0.078 0.055 0.022 0.014 0.002 0.002 0.005 0.004 0.032 11 V 0.185 0.233 0.035 0.039 0.064 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.035 0.033 0.094 0.126 0.066 0.023 0.006 0.004 0.005 0.003 0.041 12 L 0.173 0.161 0.048 0.067 0.088 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.026 0.035 0.071 0.120 0.087 0.046 0.011 0.005 0.013 0.017 0.021 13 G 0.056 0.076 0.069 0.090 0.124 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.008 0.012 0.025 0.075 0.187 0.070 0.045 0.016 0.033 0.087 0.009 14 D 0.022 0.029 0.044 0.063 0.209 0.003 0.029 0.008 0.002 0.001 0.004 0.005 0.011 0.019 0.072 0.070 0.113 0.043 0.064 0.184 0.004 15 D 0.012 0.012 0.082 0.076 0.082 0.008 0.067 0.026 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.069 0.024 0.165 0.052 0.117 0.186 0.002 16 S 0.008 0.008 0.045 0.053 0.124 0.011 0.111 0.042 0.006 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.027 0.021 0.227 0.086 0.084 0.129 0.001 17 L 0.012 0.014 0.079 0.085 0.096 0.011 0.157 0.045 0.011 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.026 0.014 0.144 0.065 0.109 0.116 0.001 18 N 0.012 0.014 0.050 0.064 0.137 0.009 0.151 0.030 0.008 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.021 0.015 0.274 0.077 0.042 0.079 0.001 19 D 0.022 0.044 0.045 0.067 0.150 0.009 0.302 0.021 0.006 0.002 0.005 0.003 0.008 0.003 0.022 0.017 0.060 0.093 0.056 0.060 0.005 20 C 0.056 0.082 0.098 0.071 0.248 0.003 0.046 0.017 0.002 0.001 0.010 0.007 0.014 0.009 0.046 0.057 0.036 0.079 0.052 0.060 0.008 21 R 0.098 0.134 0.217 0.157 0.097 0.004 0.009 0.013 0.001 0.001 0.020 0.010 0.039 0.014 0.073 0.012 0.021 0.017 0.024 0.020 0.020 22 I 0.149 0.164 0.040 0.060 0.222 0.002 0.006 0.020 0.002 0.001 0.040 0.034 0.069 0.031 0.022 0.037 0.008 0.009 0.031 0.016 0.036 23 I 0.122 0.169 0.150 0.135 0.076 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.016 0.017 0.043 0.031 0.139 0.024 0.021 0.006 0.012 0.013 0.011 24 F 0.079 0.108 0.037 0.088 0.307 0.002 0.012 0.019 0.003 0.001 0.017 0.016 0.032 0.024 0.033 0.078 0.022 0.014 0.036 0.064 0.008 25 V 0.042 0.062 0.056 0.101 0.147 0.002 0.028 0.032 0.004 0.001 0.005 0.007 0.014 0.018 0.156 0.027 0.181 0.030 0.031 0.051 0.005 26 D 0.041 0.064 0.068 0.072 0.130 0.018 0.115 0.163 0.006 0.003 0.006 0.004 0.013 0.005 0.032 0.023 0.110 0.028 0.028 0.066 0.003 27 E 0.046 0.041 0.079 0.112 0.117 0.039 0.085 0.165 0.011 0.004 0.006 0.004 0.012 0.003 0.023 0.010 0.104 0.055 0.044 0.037 0.004 28 V 0.023 0.052 0.017 0.025 0.366 0.004 0.090 0.183 0.004 0.003 0.004 0.003 0.009 0.004 0.017 0.034 0.070 0.035 0.020 0.033 0.004 29 F 0.052 0.069 0.163 0.189 0.055 0.016 0.102 0.111 0.006 0.002 0.009 0.005 0.012 0.004 0.055 0.009 0.042 0.025 0.031 0.039 0.003 30 K 0.037 0.046 0.039 0.074 0.431 0.016 0.044 0.028 0.012 0.007 0.008 0.004 0.013 0.004 0.014 0.022 0.077 0.049 0.032 0.037 0.005 31 I 0.021 0.027 0.087 0.163 0.140 0.005 0.092 0.019 0.006 0.005 0.006 0.005 0.009 0.005 0.048 0.022 0.060 0.033 0.104 0.140 0.004 32 E 0.009 0.010 0.053 0.055 0.179 0.002 0.049 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.053 0.026 0.151 0.108 0.120 0.167 0.002 33 R 0.002 0.001 0.041 0.042 0.029 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.038 0.017 0.225 0.566 0.001 34 P 0.001 0.001 0.010 0.007 0.135 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.025 0.464 0.040 0.057 0.199 0.001 35 G 0.001 0.002 0.047 0.036 0.030 0.003 0.234 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.018 0.057 0.058 0.182 0.280 0.001 36 E 0.002 0.001 0.029 0.021 0.078 0.001 0.048 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.024 0.271 0.085 0.151 0.238 0.001 37 R 0.003 0.003 0.046 0.046 0.084 0.003 0.111 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.029 0.149 0.039 0.149 0.254 0.001 38 E 0.005 0.006 0.038 0.043 0.094 0.006 0.141 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.044 0.020 0.285 0.074 0.068 0.124 0.001 39 N 0.009 0.012 0.041 0.047 0.101 0.013 0.184 0.126 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.025 0.020 0.124 0.069 0.089 0.124 0.001 40 L 0.010 0.014 0.041 0.043 0.133 0.009 0.123 0.160 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.033 0.025 0.156 0.074 0.067 0.090 0.002 41 Y 0.015 0.021 0.060 0.070 0.121 0.008 0.135 0.144 0.006 0.003 0.003 0.003 0.006 0.004 0.042 0.022 0.118 0.046 0.080 0.091 0.002 42 F 0.012 0.014 0.040 0.059 0.140 0.007 0.134 0.067 0.010 0.004 0.003 0.002 0.005 0.004 0.045 0.021 0.184 0.061 0.080 0.106 0.002 43 Q 0.008 0.012 0.045 0.064 0.096 0.008 0.161 0.046 0.007 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.033 0.022 0.186 0.060 0.082 0.157 0.001 44 G 0.007 0.009 0.032 0.031 0.153 0.010 0.173 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.028 0.168 0.117 0.077 0.118 0.001 45 M 0.007 0.009 0.081 0.081 0.089 0.008 0.065 0.043 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.030 0.017 0.084 0.075 0.182 0.217 0.002 46 W 0.006 0.008 0.039 0.034 0.218 0.004 0.063 0.036 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.040 0.040 0.202 0.062 0.099 0.133 0.002 47 D 0.009 0.011 0.118 0.146 0.081 0.013 0.110 0.029 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.054 0.020 0.086 0.045 0.122 0.136 0.002 48 E 0.006 0.006 0.043 0.080 0.251 0.003 0.057 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.028 0.145 0.063 0.132 0.146 0.001 49 T 0.006 0.006 0.053 0.042 0.147 0.002 0.132 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.022 0.152 0.050 0.074 0.266 0.001 50 E 0.005 0.008 0.058 0.081 0.074 0.002 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.016 0.058 0.111 0.225 0.259 0.001 51 L 0.012 0.012 0.040 0.020 0.324 0.001 0.039 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.035 0.090 0.189 0.032 0.062 0.122 0.002 52 G 0.026 0.036 0.290 0.200 0.037 0.004 0.070 0.021 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.009 0.114 0.011 0.020 0.021 0.053 0.054 0.006 53 L 0.040 0.043 0.008 0.011 0.594 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.010 0.009 0.023 0.014 0.013 0.112 0.019 0.025 0.021 0.012 0.014 54 Y 0.077 0.090 0.368 0.198 0.013 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.011 0.009 0.024 0.011 0.138 0.007 0.005 0.004 0.011 0.010 0.005 55 K 0.054 0.062 0.011 0.033 0.586 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.009 0.025 0.012 0.009 0.092 0.009 0.020 0.027 0.023 0.006 56 V 0.043 0.060 0.103 0.120 0.092 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.013 0.303 0.028 0.048 0.010 0.065 0.063 0.003 57 N 0.015 0.015 0.045 0.084 0.101 0.004 0.065 0.026 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.011 0.096 0.056 0.276 0.025 0.048 0.105 0.002 58 E 0.007 0.009 0.024 0.030 0.142 0.014 0.309 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 0.024 0.141 0.100 0.045 0.091 0.001 59 Y 0.003 0.004 0.036 0.034 0.065 0.005 0.147 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.042 0.063 0.133 0.191 0.179 0.001 60 V 0.004 0.003 0.044 0.036 0.101 0.003 0.044 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.019 0.308 0.077 0.110 0.182 0.001 61 D 0.002 0.004 0.027 0.027 0.094 0.005 0.083 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.049 0.057 0.209 0.340 0.001 62 A 0.001 0.001 0.020 0.017 0.029 0.002 0.031 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.014 0.640 0.032 0.034 0.074 0.001 63 R 0.002 0.003 0.013 0.018 0.053 0.015 0.315 0.219 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.010 0.172 0.051 0.037 0.068 0.001 64 D 0.003 0.005 0.024 0.027 0.065 0.006 0.145 0.259 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.021 0.071 0.098 0.099 0.147 0.001 65 T 0.007 0.010 0.047 0.034 0.058 0.007 0.060 0.220 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.032 0.012 0.345 0.040 0.045 0.066 0.001 66 N 0.013 0.012 0.028 0.045 0.097 0.025 0.187 0.206 0.025 0.006 0.004 0.003 0.007 0.004 0.017 0.015 0.155 0.060 0.044 0.045 0.002 67 M 0.017 0.034 0.041 0.047 0.089 0.005 0.121 0.185 0.007 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.038 0.015 0.210 0.044 0.035 0.095 0.002 68 G 0.026 0.048 0.036 0.033 0.126 0.007 0.057 0.306 0.005 0.002 0.004 0.003 0.006 0.006 0.023 0.019 0.140 0.048 0.028 0.076 0.003 69 A 0.038 0.056 0.048 0.053 0.063 0.020 0.046 0.460 0.009 0.003 0.004 0.004 0.013 0.009 0.015 0.009 0.087 0.017 0.016 0.025 0.005 70 W 0.087 0.145 0.031 0.035 0.138 0.005 0.070 0.296 0.016 0.007 0.010 0.008 0.016 0.008 0.022 0.012 0.053 0.016 0.010 0.007 0.007 71 F 0.182 0.180 0.095 0.110 0.062 0.006 0.033 0.150 0.007 0.003 0.009 0.010 0.020 0.010 0.029 0.009 0.044 0.008 0.009 0.018 0.007 72 E 0.114 0.308 0.023 0.051 0.230 0.004 0.029 0.063 0.007 0.002 0.008 0.009 0.018 0.013 0.016 0.017 0.042 0.017 0.006 0.012 0.011 73 A 0.217 0.292 0.040 0.049 0.122 0.006 0.043 0.069 0.005 0.002 0.011 0.011 0.030 0.011 0.014 0.023 0.015 0.009 0.008 0.014 0.009 74 Q 0.176 0.232 0.144 0.115 0.098 0.003 0.011 0.035 0.004 0.002 0.015 0.011 0.024 0.010 0.045 0.009 0.016 0.016 0.012 0.012 0.011 75 V 0.184 0.159 0.025 0.040 0.271 0.002 0.020 0.034 0.004 0.002 0.022 0.025 0.045 0.016 0.019 0.032 0.026 0.011 0.018 0.013 0.032 76 V 0.151 0.200 0.191 0.133 0.041 0.003 0.023 0.029 0.002 0.001 0.015 0.015 0.028 0.014 0.078 0.008 0.021 0.011 0.010 0.016 0.009 77 R 0.101 0.118 0.032 0.075 0.313 0.007 0.025 0.021 0.005 0.002 0.021 0.016 0.033 0.013 0.017 0.065 0.034 0.035 0.031 0.027 0.012 78 V 0.060 0.075 0.065 0.083 0.287 0.001 0.027 0.021 0.002 0.001 0.009 0.012 0.025 0.017 0.084 0.044 0.046 0.032 0.047 0.054 0.007 79 T 0.037 0.048 0.109 0.111 0.133 0.003 0.073 0.027 0.002 0.001 0.006 0.006 0.018 0.011 0.093 0.045 0.063 0.038 0.065 0.104 0.006 80 R 0.028 0.025 0.065 0.076 0.220 0.007 0.050 0.016 0.004 0.001 0.006 0.005 0.009 0.007 0.057 0.040 0.121 0.080 0.074 0.106 0.004