# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.087 0.116 0.088 0.134 0.125 0.109 0.132 0.080 0.061 0.042 0.027 2 T 0.119 0.130 0.074 0.143 0.126 0.095 0.122 0.079 0.057 0.036 0.020 3 A 0.207 0.108 0.090 0.164 0.122 0.088 0.086 0.055 0.040 0.026 0.014 4 R 0.047 0.077 0.098 0.168 0.142 0.133 0.155 0.083 0.053 0.031 0.012 5 E 0.013 0.033 0.061 0.148 0.167 0.161 0.155 0.108 0.072 0.052 0.030 6 L 0.004 0.004 0.013 0.012 0.021 0.053 0.128 0.156 0.219 0.220 0.169 7 Y 0.014 0.047 0.100 0.214 0.204 0.132 0.128 0.071 0.047 0.029 0.015 8 A 0.002 0.002 0.009 0.008 0.014 0.029 0.103 0.145 0.250 0.261 0.178 9 N 0.066 0.168 0.137 0.331 0.163 0.065 0.034 0.015 0.011 0.006 0.004 10 V 0.008 0.004 0.011 0.011 0.020 0.029 0.085 0.144 0.204 0.212 0.272 11 V 0.038 0.071 0.054 0.178 0.190 0.159 0.126 0.078 0.052 0.031 0.023 12 L 0.006 0.008 0.011 0.014 0.022 0.033 0.097 0.141 0.207 0.204 0.256 13 G 0.172 0.113 0.077 0.178 0.158 0.087 0.083 0.054 0.037 0.023 0.018 14 D 0.343 0.201 0.056 0.126 0.068 0.053 0.068 0.033 0.027 0.017 0.009 15 D 0.215 0.124 0.038 0.150 0.125 0.096 0.093 0.062 0.047 0.030 0.021 16 S 0.383 0.237 0.038 0.110 0.067 0.048 0.050 0.030 0.019 0.011 0.007 17 L 0.071 0.088 0.041 0.113 0.112 0.123 0.137 0.103 0.091 0.070 0.053 18 N 0.175 0.132 0.055 0.121 0.117 0.108 0.126 0.074 0.049 0.028 0.017 19 D 0.273 0.157 0.072 0.204 0.109 0.059 0.055 0.032 0.021 0.012 0.006 20 C 0.017 0.015 0.014 0.028 0.037 0.076 0.152 0.140 0.212 0.197 0.113 21 R 0.067 0.152 0.078 0.282 0.183 0.090 0.065 0.038 0.024 0.013 0.007 22 I 0.018 0.014 0.029 0.041 0.057 0.088 0.152 0.169 0.164 0.160 0.107 23 I 0.031 0.048 0.059 0.130 0.148 0.152 0.164 0.112 0.079 0.049 0.028 24 F 0.031 0.049 0.049 0.078 0.077 0.079 0.160 0.148 0.142 0.117 0.070 25 V 0.041 0.038 0.055 0.116 0.133 0.139 0.173 0.105 0.096 0.061 0.043 26 D 0.360 0.205 0.119 0.142 0.070 0.036 0.034 0.016 0.010 0.005 0.003 27 E 0.043 0.051 0.055 0.140 0.149 0.142 0.187 0.105 0.068 0.039 0.020 28 V 0.073 0.055 0.072 0.101 0.102 0.111 0.156 0.111 0.095 0.081 0.043 29 F 0.031 0.051 0.117 0.146 0.121 0.165 0.166 0.084 0.061 0.043 0.014 30 K 0.028 0.080 0.146 0.185 0.143 0.132 0.120 0.071 0.051 0.031 0.014 31 I 0.023 0.018 0.026 0.044 0.057 0.073 0.175 0.185 0.164 0.148 0.088 32 E 0.100 0.161 0.198 0.220 0.127 0.081 0.056 0.026 0.017 0.011 0.004 33 R 0.177 0.177 0.132 0.171 0.111 0.088 0.073 0.036 0.019 0.011 0.005 34 P 0.350 0.209 0.050 0.108 0.073 0.057 0.062 0.040 0.025 0.017 0.009 35 G 0.464 0.156 0.029 0.066 0.052 0.045 0.069 0.046 0.036 0.023 0.014 36 E 0.367 0.264 0.073 0.147 0.067 0.033 0.022 0.013 0.008 0.005 0.003 37 R 0.187 0.160 0.051 0.139 0.114 0.113 0.101 0.061 0.039 0.024 0.012 38 E 0.271 0.168 0.046 0.147 0.108 0.078 0.076 0.052 0.029 0.016 0.009 39 N 0.091 0.060 0.039 0.105 0.107 0.132 0.165 0.117 0.088 0.063 0.032 40 L 0.054 0.055 0.047 0.120 0.115 0.142 0.157 0.108 0.095 0.069 0.036 41 Y 0.047 0.054 0.038 0.101 0.099 0.115 0.163 0.129 0.119 0.088 0.047 42 F 0.040 0.058 0.041 0.098 0.105 0.125 0.169 0.123 0.108 0.083 0.049 43 Q 0.208 0.164 0.091 0.205 0.133 0.070 0.058 0.034 0.020 0.011 0.006 44 G 0.342 0.117 0.051 0.136 0.101 0.074 0.076 0.048 0.027 0.017 0.011 45 M 0.082 0.072 0.028 0.081 0.087 0.091 0.140 0.122 0.122 0.098 0.076 46 W 0.064 0.070 0.033 0.100 0.121 0.116 0.153 0.121 0.096 0.082 0.046 47 D 0.130 0.132 0.090 0.169 0.125 0.119 0.110 0.055 0.037 0.023 0.010 48 E 0.191 0.268 0.080 0.194 0.108 0.066 0.046 0.023 0.013 0.008 0.005 49 T 0.087 0.051 0.020 0.055 0.069 0.088 0.155 0.144 0.144 0.110 0.076 50 E 0.300 0.213 0.056 0.191 0.107 0.057 0.038 0.019 0.011 0.006 0.003 51 L 0.019 0.012 0.017 0.028 0.038 0.070 0.126 0.145 0.210 0.188 0.147 52 G 0.065 0.185 0.067 0.265 0.194 0.093 0.072 0.032 0.016 0.007 0.005 53 L 0.002 0.001 0.004 0.007 0.015 0.022 0.063 0.116 0.203 0.229 0.336 54 Y 0.043 0.046 0.113 0.188 0.205 0.148 0.119 0.067 0.037 0.023 0.012 55 K 0.016 0.069 0.096 0.223 0.170 0.129 0.145 0.073 0.044 0.024 0.011 56 V 0.003 0.004 0.006 0.010 0.018 0.038 0.097 0.115 0.215 0.242 0.249 57 N 0.250 0.158 0.123 0.200 0.120 0.059 0.050 0.019 0.012 0.006 0.003 58 E 0.170 0.141 0.223 0.228 0.104 0.063 0.041 0.016 0.008 0.004 0.002 59 Y 0.031 0.057 0.036 0.060 0.071 0.126 0.188 0.127 0.130 0.110 0.062 60 V 0.119 0.105 0.038 0.099 0.096 0.115 0.175 0.111 0.077 0.046 0.019 61 D 0.235 0.238 0.246 0.181 0.055 0.023 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 62 A 0.071 0.053 0.075 0.127 0.130 0.157 0.176 0.100 0.057 0.035 0.018 63 R 0.168 0.160 0.074 0.166 0.115 0.092 0.096 0.063 0.036 0.019 0.009 64 D 0.024 0.036 0.048 0.077 0.089 0.130 0.190 0.141 0.118 0.086 0.061 65 T 0.042 0.062 0.123 0.158 0.153 0.120 0.141 0.088 0.057 0.035 0.021 66 N 0.074 0.069 0.098 0.138 0.112 0.104 0.159 0.093 0.080 0.048 0.026 67 M 0.006 0.008 0.016 0.028 0.038 0.063 0.146 0.172 0.210 0.169 0.144 68 G 0.015 0.028 0.034 0.069 0.081 0.086 0.159 0.147 0.165 0.121 0.095 69 A 0.002 0.004 0.014 0.017 0.031 0.032 0.094 0.173 0.202 0.193 0.236 70 W 0.004 0.007 0.020 0.036 0.059 0.060 0.127 0.193 0.191 0.174 0.129 71 F 0.003 0.006 0.016 0.028 0.041 0.048 0.130 0.176 0.221 0.191 0.139 72 E 0.004 0.007 0.022 0.046 0.078 0.082 0.169 0.195 0.171 0.125 0.101 73 A 0.008 0.007 0.028 0.031 0.042 0.058 0.127 0.154 0.204 0.202 0.139 74 Q 0.013 0.033 0.062 0.120 0.149 0.132 0.216 0.125 0.082 0.042 0.026 75 V 0.009 0.011 0.030 0.030 0.044 0.046 0.110 0.129 0.199 0.196 0.197 76 V 0.028 0.025 0.059 0.086 0.109 0.133 0.219 0.126 0.106 0.068 0.040 77 R 0.094 0.255 0.243 0.245 0.090 0.036 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 78 V 0.016 0.009 0.016 0.020 0.038 0.045 0.124 0.155 0.178 0.170 0.230 79 T 0.163 0.295 0.141 0.188 0.096 0.050 0.033 0.015 0.010 0.006 0.003 80 R 0.134 0.155 0.159 0.209 0.135 0.083 0.065 0.030 0.017 0.008 0.005