# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.142 0.328 0.241 0.085 0.091 0.043 0.037 0.007 0.021 0.005 0.001 2 T 0.079 0.365 0.329 0.059 0.062 0.049 0.015 0.001 0.038 0.002 0.001 3 A 0.336 0.216 0.299 0.066 0.023 0.036 0.009 0.002 0.011 0.002 0.001 4 R 0.317 0.342 0.126 0.112 0.049 0.020 0.021 0.002 0.009 0.001 0.001 5 E 0.070 0.710 0.117 0.013 0.052 0.014 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 6 L 0.095 0.601 0.220 0.017 0.019 0.034 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 7 Y 0.093 0.603 0.104 0.062 0.089 0.019 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 8 A 0.022 0.549 0.100 0.016 0.289 0.006 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 9 N 0.082 0.458 0.182 0.058 0.075 0.098 0.024 0.002 0.018 0.001 0.002 10 V 0.011 0.823 0.095 0.005 0.034 0.008 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 11 V 0.070 0.562 0.233 0.009 0.014 0.079 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 12 L 0.073 0.289 0.412 0.095 0.033 0.049 0.017 0.001 0.026 0.002 0.002 13 G 0.085 0.049 0.093 0.048 0.230 0.024 0.051 0.142 0.014 0.261 0.003 14 D 0.249 0.107 0.233 0.182 0.071 0.058 0.033 0.016 0.027 0.017 0.005 15 D 0.332 0.079 0.126 0.300 0.048 0.046 0.031 0.009 0.018 0.007 0.004 16 S 0.578 0.126 0.103 0.088 0.041 0.015 0.015 0.004 0.024 0.005 0.002 17 L 0.420 0.077 0.088 0.362 0.010 0.012 0.016 0.001 0.010 0.001 0.002 18 N 0.173 0.022 0.037 0.424 0.063 0.009 0.170 0.075 0.008 0.018 0.001 19 D 0.052 0.022 0.030 0.137 0.020 0.009 0.628 0.087 0.008 0.006 0.001 20 C 0.048 0.229 0.515 0.080 0.039 0.034 0.037 0.005 0.012 0.002 0.001 21 R 0.125 0.301 0.374 0.079 0.023 0.053 0.027 0.002 0.012 0.002 0.001 22 I 0.034 0.577 0.280 0.017 0.015 0.063 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 23 I 0.130 0.597 0.157 0.021 0.046 0.036 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 24 F 0.046 0.384 0.253 0.022 0.131 0.111 0.011 0.001 0.040 0.001 0.001 25 V 0.321 0.391 0.161 0.033 0.024 0.045 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 26 D 0.436 0.150 0.176 0.067 0.061 0.039 0.039 0.010 0.011 0.008 0.001 27 E 0.509 0.241 0.079 0.071 0.052 0.017 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 28 V 0.607 0.193 0.113 0.051 0.007 0.017 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 29 F 0.460 0.173 0.114 0.171 0.026 0.022 0.019 0.002 0.011 0.001 0.001 30 K 0.284 0.338 0.128 0.065 0.101 0.019 0.033 0.004 0.027 0.001 0.001 31 I 0.184 0.369 0.300 0.048 0.012 0.064 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 32 E 0.235 0.255 0.250 0.179 0.018 0.034 0.010 0.001 0.016 0.001 0.002 33 R 0.014 0.302 0.241 0.005 0.082 0.020 0.005 0.001 0.326 0.004 0.001 34 P 0.137 0.006 0.735 0.021 0.004 0.020 0.003 0.001 0.002 0.004 0.069 35 G 0.099 0.033 0.122 0.063 0.103 0.022 0.049 0.403 0.012 0.093 0.002 36 E 0.228 0.178 0.320 0.171 0.036 0.022 0.014 0.005 0.019 0.005 0.003 37 R 0.143 0.170 0.268 0.174 0.098 0.054 0.030 0.014 0.030 0.016 0.005 38 E 0.361 0.149 0.232 0.119 0.042 0.028 0.033 0.008 0.018 0.006 0.004 39 N 0.285 0.180 0.296 0.078 0.054 0.040 0.023 0.007 0.029 0.006 0.002 40 L 0.501 0.134 0.231 0.072 0.020 0.019 0.006 0.001 0.011 0.001 0.003 41 Y 0.413 0.197 0.181 0.124 0.039 0.015 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 42 F 0.326 0.148 0.140 0.246 0.042 0.036 0.025 0.007 0.024 0.005 0.002 43 Q 0.209 0.120 0.191 0.218 0.054 0.019 0.128 0.016 0.032 0.009 0.003 44 G 0.250 0.039 0.143 0.055 0.103 0.016 0.075 0.177 0.009 0.130 0.004 45 M 0.254 0.188 0.267 0.180 0.039 0.029 0.013 0.003 0.022 0.002 0.002 46 W 0.306 0.217 0.289 0.087 0.037 0.023 0.011 0.002 0.022 0.002 0.003 47 D 0.414 0.129 0.192 0.113 0.036 0.042 0.031 0.011 0.019 0.008 0.004 48 E 0.422 0.173 0.193 0.107 0.030 0.023 0.017 0.003 0.027 0.003 0.002 49 T 0.341 0.062 0.145 0.374 0.020 0.015 0.024 0.004 0.009 0.003 0.003 50 E 0.118 0.095 0.149 0.128 0.060 0.049 0.240 0.076 0.055 0.027 0.002 51 L 0.208 0.102 0.519 0.095 0.017 0.013 0.026 0.002 0.010 0.004 0.003 52 G 0.210 0.085 0.209 0.066 0.129 0.034 0.073 0.112 0.014 0.065 0.003 53 L 0.127 0.319 0.411 0.062 0.022 0.041 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 54 Y 0.223 0.429 0.191 0.039 0.073 0.026 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 55 K 0.068 0.414 0.302 0.018 0.048 0.084 0.005 0.001 0.060 0.001 0.001 56 V 0.516 0.188 0.176 0.057 0.009 0.035 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 57 N 0.524 0.083 0.127 0.110 0.041 0.029 0.039 0.019 0.009 0.016 0.002 58 E 0.677 0.086 0.064 0.112 0.025 0.008 0.014 0.003 0.010 0.001 0.001 59 Y 0.280 0.114 0.322 0.127 0.030 0.050 0.017 0.002 0.056 0.002 0.001 60 V 0.868 0.010 0.070 0.041 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 61 D 0.404 0.048 0.131 0.235 0.027 0.034 0.085 0.015 0.015 0.006 0.001 62 A 0.753 0.035 0.115 0.059 0.015 0.008 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 63 R 0.557 0.054 0.096 0.254 0.005 0.015 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 64 D 0.354 0.100 0.135 0.182 0.048 0.070 0.059 0.015 0.030 0.006 0.001 65 T 0.646 0.056 0.122 0.138 0.012 0.008 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 66 N 0.350 0.099 0.125 0.267 0.039 0.050 0.037 0.011 0.015 0.004 0.001 67 M 0.315 0.205 0.188 0.194 0.029 0.018 0.027 0.001 0.022 0.001 0.001 68 G 0.236 0.153 0.133 0.079 0.188 0.019 0.101 0.053 0.013 0.024 0.001 69 A 0.151 0.465 0.211 0.029 0.103 0.018 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 70 W 0.271 0.402 0.161 0.044 0.053 0.037 0.012 0.001 0.018 0.001 0.001 71 F 0.152 0.577 0.118 0.017 0.104 0.010 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 72 E 0.277 0.553 0.060 0.036 0.021 0.016 0.017 0.001 0.020 0.001 0.001 73 A 0.012 0.525 0.105 0.008 0.327 0.005 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 74 Q 0.045 0.749 0.104 0.003 0.018 0.050 0.011 0.001 0.021 0.001 0.001 75 V 0.026 0.438 0.362 0.004 0.005 0.149 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 76 V 0.131 0.618 0.112 0.050 0.027 0.043 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 77 R 0.068 0.347 0.218 0.039 0.165 0.068 0.050 0.004 0.035 0.004 0.001 78 V 0.056 0.615 0.176 0.019 0.028 0.082 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 79 T 0.120 0.408 0.198 0.141 0.071 0.032 0.008 0.001 0.018 0.002 0.001 80 R 0.044 0.472 0.189 0.042 0.146 0.030 0.016 0.002 0.055 0.003 0.001