# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.727 0.181 0.061 0.025 0.005 0.001 0.001 2 T 0.678 0.179 0.107 0.025 0.009 0.002 0.001 3 A 0.291 0.262 0.210 0.155 0.060 0.021 0.002 4 R 0.164 0.206 0.223 0.221 0.135 0.046 0.003 5 E 0.163 0.256 0.260 0.184 0.095 0.038 0.004 6 L 0.039 0.061 0.091 0.192 0.307 0.268 0.043 7 Y 0.065 0.147 0.208 0.246 0.187 0.116 0.032 8 A 0.040 0.086 0.101 0.215 0.270 0.228 0.060 9 N 0.082 0.195 0.291 0.248 0.116 0.054 0.016 10 V 0.034 0.053 0.069 0.149 0.267 0.349 0.079 11 V 0.072 0.154 0.201 0.237 0.199 0.114 0.023 12 L 0.078 0.091 0.120 0.220 0.257 0.195 0.038 13 G 0.206 0.241 0.225 0.191 0.100 0.033 0.005 14 D 0.442 0.287 0.148 0.080 0.029 0.012 0.002 15 D 0.474 0.250 0.146 0.080 0.036 0.013 0.001 16 S 0.381 0.255 0.176 0.106 0.056 0.022 0.003 17 L 0.215 0.217 0.198 0.213 0.112 0.041 0.004 18 N 0.447 0.281 0.145 0.080 0.032 0.012 0.002 19 D 0.289 0.262 0.195 0.148 0.073 0.029 0.005 20 C 0.111 0.101 0.129 0.215 0.262 0.154 0.026 21 R 0.135 0.196 0.229 0.225 0.132 0.069 0.013 22 I 0.098 0.087 0.114 0.169 0.226 0.250 0.056 23 I 0.140 0.180 0.202 0.221 0.151 0.090 0.018 24 F 0.158 0.179 0.190 0.182 0.165 0.104 0.022 25 V 0.174 0.157 0.178 0.223 0.156 0.091 0.020 26 D 0.525 0.250 0.137 0.055 0.019 0.011 0.003 27 E 0.266 0.284 0.192 0.141 0.077 0.034 0.006 28 V 0.114 0.126 0.192 0.227 0.214 0.114 0.013 29 F 0.099 0.125 0.161 0.232 0.222 0.143 0.019 30 K 0.170 0.227 0.257 0.196 0.104 0.041 0.005 31 I 0.140 0.130 0.164 0.224 0.222 0.109 0.011 32 E 0.290 0.251 0.217 0.152 0.064 0.024 0.003 33 R 0.512 0.250 0.136 0.069 0.024 0.009 0.001 34 P 0.519 0.223 0.147 0.070 0.031 0.009 0.001 35 G 0.482 0.243 0.146 0.088 0.030 0.010 0.001 36 E 0.662 0.204 0.090 0.031 0.010 0.003 0.001 37 R 0.577 0.239 0.102 0.058 0.018 0.005 0.001 38 E 0.492 0.239 0.155 0.075 0.029 0.010 0.001 39 N 0.240 0.208 0.202 0.189 0.117 0.041 0.003 40 L 0.203 0.206 0.228 0.194 0.118 0.047 0.004 41 Y 0.151 0.176 0.212 0.229 0.163 0.063 0.006 42 F 0.233 0.240 0.209 0.181 0.097 0.036 0.004 43 Q 0.404 0.284 0.169 0.095 0.036 0.011 0.001 44 G 0.478 0.303 0.125 0.065 0.021 0.007 0.001 45 M 0.165 0.178 0.206 0.223 0.167 0.057 0.004 46 W 0.168 0.184 0.224 0.248 0.130 0.042 0.003 47 D 0.377 0.271 0.186 0.114 0.041 0.011 0.001 48 E 0.517 0.284 0.131 0.047 0.016 0.006 0.001 49 T 0.162 0.161 0.171 0.210 0.197 0.089 0.011 50 E 0.243 0.309 0.235 0.138 0.045 0.024 0.006 51 L 0.081 0.120 0.156 0.226 0.254 0.142 0.021 52 G 0.086 0.210 0.219 0.250 0.150 0.073 0.012 53 L 0.025 0.029 0.066 0.136 0.327 0.352 0.065 54 Y 0.074 0.146 0.207 0.244 0.190 0.117 0.022 55 K 0.078 0.178 0.253 0.250 0.163 0.067 0.011 56 V 0.061 0.068 0.126 0.272 0.305 0.154 0.014 57 N 0.374 0.290 0.213 0.086 0.025 0.010 0.001 58 E 0.356 0.326 0.184 0.087 0.035 0.011 0.001 59 Y 0.252 0.207 0.213 0.183 0.108 0.035 0.002 60 V 0.306 0.286 0.186 0.149 0.053 0.018 0.001 61 D 0.533 0.285 0.124 0.040 0.013 0.005 0.001 62 A 0.195 0.199 0.191 0.235 0.134 0.042 0.004 63 R 0.278 0.284 0.195 0.145 0.063 0.029 0.005 64 D 0.144 0.150 0.169 0.227 0.189 0.099 0.022 65 T 0.207 0.187 0.181 0.185 0.125 0.084 0.030 66 N 0.113 0.138 0.147 0.178 0.181 0.157 0.086 67 M 0.068 0.069 0.062 0.101 0.164 0.283 0.253 68 G 0.057 0.064 0.061 0.108 0.151 0.251 0.308 69 A 0.034 0.032 0.029 0.055 0.099 0.269 0.482 70 W 0.032 0.036 0.045 0.080 0.135 0.249 0.423 71 F 0.020 0.024 0.023 0.050 0.103 0.255 0.524 72 E 0.032 0.043 0.067 0.113 0.177 0.258 0.310 73 A 0.043 0.049 0.069 0.109 0.185 0.298 0.248 74 Q 0.040 0.078 0.160 0.216 0.236 0.200 0.069 75 V 0.042 0.036 0.064 0.109 0.282 0.384 0.083 76 V 0.077 0.180 0.219 0.281 0.164 0.072 0.007 77 R 0.254 0.403 0.215 0.087 0.029 0.010 0.001 78 V 0.080 0.102 0.192 0.376 0.203 0.046 0.002 79 T 0.576 0.311 0.080 0.027 0.005 0.001 0.001 80 R 0.635 0.276 0.056 0.026 0.006 0.001 0.001