# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.318 0.166 0.144 0.125 0.101 0.064 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 T 0.201 0.137 0.118 0.154 0.139 0.105 0.065 0.037 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 3 A 0.099 0.093 0.104 0.155 0.168 0.133 0.101 0.070 0.038 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 4 R 0.121 0.107 0.114 0.137 0.145 0.120 0.086 0.065 0.050 0.028 0.017 0.008 0.003 0.002 5 E 0.044 0.053 0.062 0.098 0.141 0.143 0.126 0.109 0.092 0.062 0.037 0.018 0.009 0.006 6 L 0.009 0.007 0.010 0.017 0.036 0.064 0.107 0.134 0.139 0.153 0.160 0.092 0.055 0.017 7 Y 0.011 0.016 0.023 0.042 0.070 0.095 0.106 0.148 0.152 0.114 0.094 0.062 0.034 0.034 8 A 0.003 0.002 0.003 0.006 0.012 0.024 0.046 0.071 0.141 0.223 0.185 0.174 0.082 0.028 9 N 0.006 0.012 0.017 0.042 0.080 0.102 0.144 0.156 0.136 0.101 0.096 0.046 0.022 0.038 10 V 0.003 0.003 0.005 0.007 0.014 0.028 0.052 0.072 0.151 0.202 0.255 0.121 0.065 0.023 11 V 0.012 0.025 0.032 0.074 0.126 0.136 0.172 0.179 0.092 0.066 0.045 0.018 0.011 0.012 12 L 0.008 0.010 0.014 0.027 0.045 0.076 0.098 0.113 0.193 0.159 0.104 0.094 0.045 0.012 13 G 0.039 0.071 0.086 0.143 0.168 0.157 0.129 0.107 0.054 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 14 D 0.218 0.174 0.163 0.135 0.097 0.082 0.056 0.028 0.022 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 15 D 0.208 0.158 0.133 0.163 0.140 0.087 0.056 0.031 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 16 S 0.267 0.160 0.152 0.133 0.110 0.073 0.051 0.023 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.169 0.135 0.108 0.143 0.149 0.109 0.092 0.044 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 18 N 0.442 0.184 0.134 0.077 0.049 0.040 0.036 0.011 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 19 D 0.190 0.190 0.159 0.151 0.120 0.093 0.041 0.025 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 20 C 0.036 0.034 0.043 0.079 0.107 0.152 0.124 0.129 0.110 0.079 0.044 0.039 0.019 0.004 21 R 0.069 0.072 0.086 0.151 0.182 0.141 0.119 0.093 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 0.002 22 I 0.051 0.025 0.035 0.055 0.083 0.097 0.120 0.125 0.125 0.101 0.085 0.061 0.029 0.008 23 I 0.081 0.062 0.074 0.093 0.131 0.135 0.111 0.106 0.079 0.052 0.041 0.020 0.009 0.005 24 F 0.057 0.047 0.061 0.094 0.138 0.126 0.133 0.112 0.086 0.063 0.042 0.025 0.009 0.006 25 V 0.061 0.061 0.064 0.094 0.142 0.138 0.127 0.109 0.095 0.051 0.035 0.013 0.006 0.004 26 D 0.229 0.139 0.142 0.116 0.104 0.087 0.066 0.041 0.035 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 27 E 0.150 0.125 0.114 0.136 0.135 0.130 0.082 0.056 0.035 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 28 V 0.072 0.057 0.061 0.098 0.145 0.154 0.130 0.109 0.076 0.049 0.024 0.014 0.008 0.003 29 F 0.119 0.091 0.099 0.139 0.148 0.127 0.102 0.080 0.046 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 30 K 0.207 0.136 0.134 0.126 0.118 0.097 0.068 0.046 0.032 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 31 I 0.111 0.082 0.092 0.125 0.155 0.136 0.099 0.081 0.052 0.031 0.019 0.009 0.005 0.002 32 E 0.214 0.136 0.138 0.155 0.127 0.086 0.060 0.038 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 33 R 0.307 0.153 0.128 0.127 0.106 0.071 0.048 0.028 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 34 P 0.319 0.151 0.120 0.110 0.110 0.071 0.055 0.028 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 35 G 0.401 0.154 0.134 0.098 0.075 0.053 0.042 0.018 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 36 E 0.391 0.167 0.127 0.106 0.077 0.051 0.042 0.016 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 37 R 0.251 0.158 0.134 0.139 0.117 0.084 0.055 0.028 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 38 E 0.238 0.156 0.137 0.133 0.122 0.092 0.058 0.029 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 39 N 0.213 0.123 0.113 0.134 0.142 0.107 0.070 0.042 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 40 L 0.166 0.103 0.102 0.147 0.164 0.115 0.080 0.057 0.030 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 41 Y 0.116 0.086 0.099 0.148 0.175 0.122 0.094 0.071 0.044 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 42 F 0.149 0.118 0.119 0.149 0.152 0.109 0.081 0.053 0.037 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 43 Q 0.368 0.194 0.119 0.091 0.070 0.064 0.048 0.019 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 44 G 0.346 0.191 0.127 0.109 0.080 0.073 0.039 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 45 M 0.150 0.118 0.104 0.167 0.162 0.135 0.071 0.047 0.023 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 46 W 0.177 0.134 0.120 0.166 0.159 0.099 0.070 0.039 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 47 D 0.270 0.157 0.170 0.137 0.105 0.066 0.040 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 48 E 0.331 0.195 0.131 0.111 0.084 0.055 0.047 0.016 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 49 T 0.135 0.121 0.126 0.150 0.126 0.134 0.091 0.049 0.029 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 50 E 0.203 0.135 0.161 0.121 0.126 0.088 0.065 0.034 0.037 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 51 L 0.038 0.030 0.036 0.056 0.073 0.117 0.110 0.124 0.135 0.117 0.071 0.055 0.032 0.006 52 G 0.040 0.046 0.066 0.121 0.155 0.144 0.145 0.125 0.066 0.042 0.031 0.012 0.003 0.004 53 L 0.010 0.008 0.014 0.024 0.043 0.059 0.096 0.128 0.165 0.143 0.138 0.097 0.056 0.018 54 Y 0.053 0.047 0.051 0.075 0.092 0.113 0.112 0.128 0.117 0.086 0.069 0.032 0.016 0.009 55 K 0.040 0.053 0.071 0.111 0.152 0.124 0.138 0.116 0.071 0.053 0.039 0.020 0.007 0.007 56 V 0.015 0.019 0.021 0.046 0.095 0.124 0.147 0.155 0.155 0.094 0.074 0.028 0.019 0.008 57 N 0.085 0.123 0.151 0.180 0.154 0.118 0.072 0.054 0.033 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 58 E 0.404 0.186 0.124 0.085 0.064 0.054 0.038 0.017 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.122 0.124 0.122 0.153 0.160 0.140 0.081 0.045 0.031 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 60 V 0.153 0.108 0.112 0.152 0.164 0.127 0.086 0.049 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 61 D 0.340 0.218 0.160 0.099 0.071 0.050 0.030 0.013 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 A 0.173 0.155 0.130 0.165 0.139 0.107 0.058 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 63 R 0.183 0.158 0.134 0.154 0.135 0.100 0.066 0.030 0.021 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 64 D 0.060 0.072 0.083 0.140 0.179 0.163 0.116 0.083 0.048 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 65 T 0.078 0.078 0.089 0.117 0.138 0.132 0.109 0.088 0.074 0.046 0.033 0.011 0.004 0.003 66 N 0.024 0.029 0.040 0.081 0.127 0.124 0.149 0.156 0.098 0.079 0.043 0.029 0.014 0.009 67 M 0.005 0.005 0.007 0.014 0.028 0.058 0.087 0.106 0.172 0.169 0.133 0.131 0.062 0.023 68 G 0.005 0.007 0.012 0.021 0.044 0.070 0.118 0.154 0.167 0.152 0.115 0.071 0.034 0.032 69 A 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.019 0.049 0.069 0.125 0.183 0.233 0.167 0.087 0.047 70 W 0.002 0.004 0.005 0.009 0.017 0.037 0.053 0.086 0.170 0.164 0.169 0.125 0.093 0.067 71 F 0.001 0.002 0.002 0.006 0.013 0.026 0.063 0.095 0.152 0.222 0.175 0.135 0.068 0.040 72 E 0.002 0.005 0.007 0.018 0.039 0.066 0.102 0.146 0.170 0.156 0.115 0.081 0.046 0.046 73 A 0.004 0.005 0.007 0.011 0.022 0.043 0.070 0.088 0.168 0.201 0.151 0.125 0.078 0.026 74 Q 0.008 0.017 0.024 0.057 0.101 0.123 0.175 0.179 0.111 0.092 0.053 0.034 0.012 0.013 75 V 0.006 0.008 0.013 0.019 0.037 0.068 0.096 0.127 0.177 0.141 0.151 0.084 0.053 0.020 76 V 0.035 0.041 0.043 0.079 0.119 0.144 0.152 0.140 0.093 0.072 0.039 0.023 0.012 0.006 77 R 0.084 0.110 0.133 0.147 0.136 0.130 0.092 0.067 0.047 0.024 0.016 0.007 0.002 0.002 78 V 0.051 0.034 0.041 0.072 0.128 0.156 0.147 0.139 0.094 0.061 0.041 0.020 0.012 0.004 79 T 0.142 0.122 0.150 0.160 0.142 0.113 0.073 0.044 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 80 R 0.254 0.127 0.126 0.128 0.124 0.090 0.062 0.041 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001