# TARGET T0421 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0421.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 905 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.529 0.217 0.125 0.079 0.038 0.012 0.001 2 A 0.518 0.253 0.128 0.069 0.023 0.008 0.001 3 L 0.297 0.168 0.216 0.191 0.096 0.031 0.003 4 D 0.497 0.274 0.133 0.066 0.023 0.007 0.001 5 E 0.483 0.265 0.126 0.079 0.035 0.011 0.001 6 A 0.355 0.232 0.174 0.140 0.072 0.024 0.002 7 P 0.346 0.253 0.198 0.128 0.055 0.018 0.001 8 A 0.383 0.238 0.185 0.120 0.054 0.018 0.002 9 E 0.352 0.246 0.185 0.131 0.062 0.022 0.002 10 A 0.288 0.231 0.192 0.159 0.092 0.035 0.003 11 R 0.305 0.251 0.205 0.146 0.066 0.024 0.002 12 P 0.317 0.267 0.186 0.128 0.070 0.029 0.003 13 G 0.178 0.173 0.186 0.222 0.154 0.078 0.010 14 S 0.259 0.243 0.224 0.161 0.078 0.032 0.004 15 R 0.237 0.290 0.232 0.156 0.059 0.024 0.003 16 A 0.118 0.159 0.192 0.240 0.187 0.092 0.013 17 V 0.063 0.086 0.126 0.245 0.297 0.165 0.018 18 E 0.168 0.318 0.235 0.162 0.080 0.033 0.003 19 L 0.081 0.132 0.207 0.277 0.211 0.085 0.007 20 E 0.146 0.229 0.237 0.218 0.119 0.047 0.004 21 I 0.117 0.131 0.208 0.268 0.198 0.073 0.005 22 D 0.468 0.304 0.137 0.062 0.022 0.007 0.001 23 G 0.442 0.255 0.148 0.099 0.041 0.013 0.001 24 R 0.365 0.231 0.173 0.135 0.070 0.024 0.002 25 S 0.423 0.258 0.160 0.098 0.045 0.014 0.001 26 R 0.399 0.298 0.161 0.091 0.038 0.012 0.001 27 I 0.258 0.233 0.219 0.169 0.089 0.030 0.002 28 F 0.174 0.142 0.198 0.244 0.175 0.063 0.004 29 D 0.468 0.302 0.133 0.059 0.029 0.009 0.001 30 I 0.386 0.249 0.181 0.125 0.046 0.012 0.001 31 D 0.589 0.260 0.090 0.040 0.017 0.004 0.001 32 D 0.370 0.226 0.181 0.145 0.059 0.017 0.001 33 P 0.530 0.250 0.127 0.060 0.026 0.006 0.001 34 D 0.455 0.295 0.143 0.076 0.024 0.006 0.001 35 L 0.283 0.221 0.225 0.165 0.082 0.023 0.001 36 P 0.350 0.212 0.179 0.154 0.081 0.022 0.001 37 K 0.646 0.249 0.071 0.024 0.009 0.002 0.001 38 W 0.438 0.261 0.167 0.098 0.028 0.007 0.001 39 I 0.320 0.239 0.210 0.144 0.067 0.019 0.001 40 D 0.311 0.218 0.203 0.166 0.079 0.022 0.001 41 E 0.552 0.271 0.108 0.046 0.019 0.005 0.001 42 E 0.405 0.249 0.163 0.117 0.052 0.014 0.001 43 A 0.357 0.284 0.198 0.105 0.044 0.011 0.001 44 F 0.291 0.260 0.229 0.149 0.056 0.014 0.001 45 R 0.206 0.213 0.255 0.197 0.101 0.027 0.001 46 S 0.340 0.232 0.230 0.141 0.048 0.009 0.001 47 D 0.712 0.235 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 48 D 0.717 0.227 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 49 Y 0.270 0.204 0.267 0.195 0.058 0.006 0.001 50 P 0.706 0.261 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.181 0.179 0.284 0.273 0.073 0.010 0.001 52 K 0.659 0.251 0.068 0.016 0.005 0.001 0.001 53 K 0.490 0.335 0.113 0.048 0.012 0.001 0.001 54 K 0.383 0.409 0.161 0.036 0.010 0.001 0.001 55 L 0.069 0.106 0.293 0.400 0.117 0.015 0.001 56 D 0.522 0.320 0.117 0.030 0.010 0.001 0.001 57 R 0.580 0.278 0.098 0.036 0.007 0.001 0.001 58 E 0.764 0.223 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.422 0.446 0.096 0.032 0.003 0.001 0.001 60 Y 0.057 0.088 0.345 0.320 0.177 0.014 0.001 61 E 0.450 0.388 0.131 0.026 0.004 0.001 0.001 62 E 0.710 0.268 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 63 T 0.216 0.336 0.267 0.158 0.021 0.002 0.001 64 L 0.052 0.081 0.273 0.379 0.189 0.026 0.001 65 T 0.610 0.340 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 66 K 0.410 0.476 0.091 0.020 0.003 0.001 0.001 67 L 0.023 0.056 0.130 0.296 0.395 0.097 0.004 68 Q 0.025 0.123 0.287 0.353 0.170 0.041 0.001 69 I 0.265 0.399 0.212 0.085 0.032 0.007 0.001 70 E 0.069 0.215 0.328 0.271 0.097 0.018 0.001 71 L 0.007 0.018 0.034 0.085 0.314 0.470 0.071 72 V 0.015 0.073 0.236 0.368 0.224 0.078 0.007 73 K 0.118 0.336 0.287 0.170 0.065 0.021 0.003 74 V 0.009 0.022 0.056 0.161 0.359 0.341 0.053 75 Q 0.015 0.039 0.077 0.180 0.343 0.303 0.043 76 F 0.067 0.242 0.311 0.210 0.117 0.048 0.004 77 W 0.058 0.157 0.271 0.297 0.157 0.055 0.005 78 M 0.046 0.058 0.114 0.212 0.332 0.221 0.017 79 Q 0.209 0.292 0.260 0.156 0.065 0.017 0.001 80 A 0.438 0.317 0.142 0.073 0.024 0.006 0.001 81 T 0.383 0.317 0.167 0.087 0.037 0.008 0.001 82 G 0.230 0.283 0.215 0.169 0.080 0.021 0.002 83 K 0.102 0.226 0.258 0.211 0.150 0.048 0.004 84 R 0.035 0.124 0.218 0.309 0.218 0.088 0.009 85 V 0.003 0.011 0.041 0.112 0.307 0.448 0.078 86 M 0.001 0.002 0.007 0.022 0.089 0.428 0.451 87 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.232 0.738 88 V 0.001 0.001 0.004 0.014 0.042 0.179 0.759 89 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.218 0.751 90 E 0.002 0.006 0.013 0.037 0.094 0.315 0.533 91 G 0.007 0.020 0.031 0.076 0.169 0.358 0.338 92 R 0.025 0.063 0.115 0.182 0.221 0.262 0.132 93 D 0.047 0.082 0.107 0.157 0.206 0.280 0.121 94 A 0.050 0.059 0.071 0.121 0.201 0.295 0.203 95 A 0.076 0.066 0.066 0.120 0.183 0.284 0.204 96 G 0.089 0.115 0.121 0.151 0.187 0.191 0.147 97 K 0.031 0.041 0.049 0.081 0.155 0.312 0.330 98 G 0.046 0.066 0.090 0.137 0.197 0.260 0.204 99 G 0.051 0.079 0.123 0.169 0.189 0.214 0.175 100 A 0.016 0.024 0.038 0.080 0.135 0.316 0.390 101 I 0.011 0.014 0.022 0.058 0.148 0.376 0.372 102 H 0.030 0.097 0.178 0.236 0.225 0.175 0.059 103 A 0.035 0.097 0.157 0.225 0.256 0.177 0.053 104 T 0.015 0.029 0.044 0.130 0.259 0.414 0.110 105 T 0.044 0.110 0.184 0.286 0.240 0.120 0.016 106 A 0.233 0.318 0.230 0.134 0.059 0.024 0.002 107 N 0.151 0.220 0.294 0.234 0.072 0.026 0.003 108 M 0.111 0.084 0.149 0.252 0.273 0.120 0.011 109 N 0.406 0.343 0.140 0.067 0.031 0.012 0.001 110 P 0.343 0.265 0.165 0.127 0.067 0.028 0.004 111 R 0.233 0.256 0.218 0.169 0.085 0.033 0.005 112 S 0.170 0.251 0.224 0.178 0.112 0.053 0.012 113 A 0.043 0.048 0.079 0.164 0.303 0.274 0.089 114 R 0.034 0.104 0.160 0.234 0.225 0.197 0.047 115 V 0.016 0.026 0.046 0.100 0.199 0.411 0.201 116 V 0.022 0.046 0.088 0.158 0.233 0.312 0.140 117 A 0.029 0.057 0.086 0.150 0.239 0.311 0.128 118 L 0.042 0.075 0.129 0.212 0.258 0.226 0.059 119 T 0.165 0.301 0.233 0.160 0.099 0.040 0.003 120 K 0.207 0.299 0.222 0.158 0.082 0.031 0.003 121 P 0.168 0.141 0.196 0.246 0.188 0.058 0.004 122 T 0.474 0.269 0.146 0.075 0.028 0.007 0.001 123 E 0.712 0.215 0.049 0.017 0.006 0.001 0.001 124 T 0.582 0.296 0.081 0.031 0.008 0.002 0.001 125 E 0.278 0.188 0.206 0.193 0.106 0.027 0.002 126 R 0.382 0.269 0.194 0.103 0.040 0.011 0.001 127 G 0.495 0.270 0.130 0.067 0.027 0.010 0.001 128 Q 0.250 0.234 0.218 0.170 0.087 0.036 0.005 129 W 0.159 0.203 0.219 0.209 0.139 0.062 0.009 130 Y 0.059 0.090 0.143 0.211 0.252 0.194 0.051 131 F 0.035 0.051 0.076 0.148 0.231 0.330 0.129 132 Q 0.035 0.073 0.142 0.235 0.259 0.205 0.050 133 R 0.069 0.165 0.220 0.217 0.186 0.116 0.027 134 Y 0.021 0.058 0.110 0.202 0.266 0.264 0.078 135 V 0.020 0.036 0.063 0.151 0.280 0.357 0.092 136 A 0.119 0.268 0.277 0.198 0.098 0.036 0.003 137 T 0.141 0.324 0.258 0.179 0.072 0.024 0.002 138 F 0.029 0.060 0.135 0.284 0.323 0.159 0.011 139 P 0.061 0.106 0.201 0.325 0.237 0.066 0.004 140 T 0.447 0.393 0.108 0.035 0.014 0.003 0.001 141 A 0.303 0.366 0.190 0.106 0.028 0.007 0.001 142 G 0.141 0.211 0.201 0.227 0.162 0.053 0.005 143 E 0.030 0.109 0.210 0.303 0.217 0.117 0.014 144 F 0.016 0.021 0.041 0.087 0.213 0.429 0.193 145 V 0.011 0.017 0.035 0.085 0.157 0.372 0.322 146 L 0.010 0.018 0.037 0.072 0.133 0.297 0.432 147 F 0.007 0.013 0.025 0.049 0.112 0.263 0.531 148 D 0.007 0.015 0.019 0.034 0.095 0.315 0.514 149 R 0.037 0.061 0.086 0.142 0.173 0.241 0.261 150 S 0.069 0.084 0.083 0.152 0.169 0.253 0.189 151 W 0.046 0.056 0.073 0.129 0.211 0.316 0.169 152 Y 0.071 0.080 0.103 0.162 0.194 0.247 0.142 153 N 0.171 0.230 0.184 0.163 0.124 0.089 0.038 154 R 0.160 0.181 0.187 0.194 0.140 0.096 0.042 155 A 0.105 0.091 0.099 0.171 0.212 0.224 0.098 156 G 0.074 0.101 0.130 0.206 0.203 0.205 0.080 157 V 0.060 0.073 0.097 0.183 0.238 0.256 0.092 158 E 0.100 0.176 0.192 0.200 0.195 0.114 0.023 159 P 0.085 0.177 0.217 0.246 0.169 0.088 0.019 160 V 0.048 0.069 0.099 0.192 0.297 0.248 0.046 161 M 0.106 0.175 0.227 0.247 0.164 0.074 0.007 162 G 0.273 0.339 0.208 0.111 0.049 0.018 0.001 163 F 0.115 0.203 0.286 0.256 0.108 0.030 0.002 164 C 0.099 0.099 0.189 0.286 0.251 0.072 0.004 165 T 0.412 0.345 0.152 0.062 0.023 0.005 0.001 166 P 0.584 0.308 0.073 0.026 0.007 0.001 0.001 167 D 0.500 0.350 0.104 0.037 0.008 0.001 0.001 168 Q 0.132 0.282 0.306 0.204 0.063 0.012 0.001 169 Y 0.032 0.060 0.148 0.272 0.359 0.123 0.006 170 E 0.104 0.353 0.317 0.168 0.049 0.009 0.001 171 Q 0.171 0.393 0.233 0.147 0.046 0.009 0.001 172 F 0.013 0.058 0.155 0.312 0.304 0.152 0.007 173 L 0.018 0.048 0.135 0.305 0.350 0.138 0.007 174 K 0.259 0.495 0.168 0.054 0.019 0.004 0.001 175 E 0.084 0.260 0.281 0.257 0.096 0.021 0.002 176 A 0.009 0.023 0.055 0.141 0.371 0.363 0.038 177 P 0.040 0.169 0.299 0.302 0.148 0.039 0.002 178 R 0.125 0.328 0.279 0.161 0.080 0.024 0.003 179 F 0.011 0.022 0.045 0.136 0.331 0.372 0.083 180 E 0.025 0.083 0.150 0.256 0.295 0.170 0.020 181 E 0.075 0.253 0.324 0.222 0.085 0.037 0.004 182 M 0.047 0.118 0.231 0.296 0.217 0.082 0.007 183 I 0.038 0.059 0.115 0.216 0.325 0.225 0.021 184 A 0.108 0.197 0.237 0.239 0.152 0.059 0.007 185 N 0.392 0.322 0.177 0.080 0.022 0.007 0.001 186 E 0.358 0.323 0.186 0.096 0.027 0.008 0.001 187 G 0.187 0.232 0.182 0.190 0.136 0.063 0.010 188 I 0.028 0.060 0.130 0.249 0.302 0.199 0.030 189 H 0.018 0.072 0.154 0.207 0.246 0.238 0.066 190 L 0.007 0.028 0.086 0.150 0.225 0.294 0.211 191 F 0.001 0.003 0.007 0.030 0.117 0.417 0.425 192 K 0.003 0.018 0.069 0.207 0.263 0.304 0.137 193 F 0.001 0.002 0.004 0.016 0.062 0.416 0.499 194 W 0.003 0.012 0.040 0.132 0.186 0.356 0.272 195 I 0.003 0.011 0.023 0.069 0.213 0.490 0.192 196 N 0.031 0.157 0.240 0.229 0.210 0.114 0.020 197 I 0.028 0.054 0.116 0.316 0.270 0.190 0.026 198 G 0.195 0.246 0.192 0.163 0.143 0.056 0.005 199 R 0.383 0.302 0.162 0.095 0.045 0.013 0.001 200 E 0.604 0.305 0.060 0.021 0.009 0.002 0.001 201 M 0.270 0.292 0.192 0.160 0.064 0.020 0.002 202 Q 0.141 0.126 0.202 0.223 0.219 0.082 0.007 203 L 0.196 0.265 0.283 0.168 0.071 0.016 0.001 204 K 0.459 0.383 0.106 0.036 0.013 0.003 0.001 205 R 0.075 0.137 0.222 0.322 0.186 0.056 0.002 206 F 0.076 0.097 0.211 0.273 0.263 0.078 0.002 207 H 0.467 0.384 0.111 0.029 0.008 0.001 0.001 208 D 0.573 0.331 0.069 0.022 0.004 0.001 0.001 209 R 0.183 0.157 0.281 0.270 0.095 0.013 0.001 210 R 0.589 0.269 0.100 0.033 0.009 0.001 0.001 211 H 0.776 0.198 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 212 D 0.518 0.282 0.120 0.060 0.017 0.002 0.001 213 P 0.405 0.286 0.175 0.092 0.034 0.007 0.001 214 L 0.357 0.259 0.218 0.119 0.039 0.008 0.001 215 K 0.433 0.335 0.144 0.061 0.022 0.005 0.001 216 I 0.155 0.213 0.218 0.224 0.134 0.052 0.005 217 W 0.093 0.105 0.167 0.236 0.253 0.133 0.013 218 K 0.161 0.269 0.276 0.179 0.081 0.030 0.003 219 L 0.143 0.144 0.196 0.239 0.191 0.078 0.009 220 S 0.264 0.278 0.188 0.140 0.095 0.034 0.002 221 P 0.364 0.286 0.169 0.111 0.053 0.016 0.001 222 M 0.468 0.303 0.129 0.067 0.026 0.007 0.001 223 D 0.252 0.280 0.228 0.150 0.068 0.022 0.001 224 I 0.131 0.141 0.271 0.277 0.147 0.032 0.001 225 A 0.529 0.352 0.084 0.026 0.008 0.001 0.001 226 A 0.259 0.313 0.217 0.144 0.054 0.013 0.001 227 L 0.059 0.096 0.235 0.342 0.225 0.042 0.001 228 S 0.419 0.442 0.105 0.026 0.007 0.001 0.001 229 K 0.219 0.324 0.239 0.166 0.043 0.008 0.001 230 W 0.060 0.096 0.223 0.344 0.220 0.056 0.002 231 D 0.383 0.343 0.185 0.071 0.015 0.002 0.001 232 D 0.447 0.417 0.101 0.028 0.006 0.001 0.001 233 Y 0.057 0.086 0.122 0.294 0.332 0.103 0.005 234 T 0.062 0.178 0.307 0.282 0.139 0.031 0.001 235 G 0.233 0.367 0.262 0.108 0.024 0.006 0.001 236 K 0.120 0.177 0.256 0.236 0.171 0.038 0.002 237 R 0.104 0.178 0.204 0.274 0.179 0.056 0.004 238 D 0.285 0.331 0.204 0.109 0.052 0.018 0.001 239 R 0.148 0.262 0.289 0.223 0.059 0.018 0.002 240 M 0.050 0.065 0.103 0.177 0.330 0.238 0.037 241 L 0.049 0.074 0.114 0.215 0.281 0.224 0.043 242 K 0.144 0.284 0.270 0.166 0.087 0.042 0.005 243 E 0.072 0.158 0.246 0.272 0.168 0.073 0.010 244 T 0.057 0.073 0.102 0.166 0.282 0.269 0.051 245 H 0.123 0.170 0.226 0.234 0.159 0.075 0.012 246 T 0.234 0.261 0.239 0.163 0.067 0.032 0.005 247 E 0.338 0.292 0.183 0.117 0.050 0.017 0.002 248 H 0.250 0.302 0.197 0.134 0.076 0.035 0.006 249 G 0.034 0.081 0.140 0.251 0.300 0.165 0.030 250 P 0.015 0.062 0.121 0.220 0.290 0.244 0.048 251 W 0.005 0.015 0.030 0.072 0.228 0.484 0.166 252 A 0.004 0.023 0.071 0.153 0.261 0.365 0.124 253 V 0.003 0.006 0.016 0.040 0.108 0.402 0.425 254 I 0.002 0.007 0.017 0.045 0.141 0.434 0.354 255 R 0.043 0.114 0.174 0.236 0.216 0.161 0.057 256 G 0.042 0.088 0.138 0.240 0.241 0.211 0.039 257 N 0.242 0.314 0.184 0.125 0.091 0.040 0.004 258 D 0.190 0.224 0.191 0.182 0.135 0.069 0.009 259 K 0.161 0.194 0.228 0.192 0.149 0.065 0.011 260 R 0.216 0.254 0.210 0.163 0.099 0.051 0.008 261 R 0.151 0.196 0.231 0.216 0.134 0.061 0.011 262 S 0.094 0.137 0.151 0.199 0.242 0.147 0.030 263 R 0.026 0.074 0.127 0.212 0.235 0.256 0.070 264 I 0.017 0.030 0.068 0.154 0.288 0.349 0.094 265 N 0.032 0.132 0.263 0.270 0.198 0.086 0.019 266 V 0.004 0.009 0.024 0.071 0.190 0.431 0.271 267 I 0.002 0.006 0.013 0.039 0.158 0.507 0.274 268 R 0.019 0.111 0.250 0.300 0.189 0.108 0.023 269 H 0.010 0.053 0.152 0.246 0.301 0.185 0.054 270 M 0.001 0.004 0.008 0.028 0.165 0.605 0.189 271 L 0.005 0.032 0.107 0.306 0.325 0.200 0.024 272 T 0.082 0.370 0.270 0.170 0.082 0.025 0.001 273 K 0.028 0.131 0.304 0.348 0.155 0.032 0.001 274 L 0.014 0.026 0.074 0.213 0.463 0.205 0.005 275 D 0.229 0.489 0.196 0.061 0.022 0.003 0.001 276 Y 0.234 0.292 0.279 0.158 0.032 0.005 0.001 277 D 0.494 0.306 0.138 0.050 0.011 0.001 0.001 278 G 0.609 0.240 0.104 0.038 0.007 0.001 0.001 279 K 0.676 0.229 0.067 0.022 0.006 0.001 0.001 280 D 0.658 0.283 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 281 E 0.358 0.296 0.200 0.114 0.029 0.003 0.001 282 A 0.569 0.328 0.078 0.019 0.005 0.001 0.001 283 A 0.229 0.322 0.284 0.132 0.029 0.004 0.001 284 I 0.090 0.089 0.220 0.320 0.241 0.039 0.001 285 G 0.312 0.384 0.202 0.075 0.023 0.004 0.001 286 E 0.527 0.321 0.101 0.039 0.011 0.002 0.001 287 V 0.518 0.305 0.107 0.052 0.015 0.002 0.001 288 D 0.330 0.241 0.218 0.152 0.050 0.009 0.001 289 E 0.539 0.275 0.128 0.043 0.013 0.002 0.001 290 K 0.495 0.350 0.112 0.035 0.007 0.001 0.001 291 I 0.130 0.172 0.236 0.286 0.143 0.031 0.001 292 L 0.131 0.175 0.278 0.265 0.118 0.031 0.001 293 G 0.524 0.291 0.120 0.048 0.015 0.003 0.001 294 S 0.674 0.246 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001 295 G 0.324 0.182 0.191 0.193 0.088 0.020 0.001 296 P 0.597 0.260 0.093 0.034 0.013 0.003 0.001 297 G 0.571 0.275 0.095 0.041 0.013 0.004 0.001 298 F 0.352 0.232 0.192 0.136 0.063 0.022 0.002 299 L 0.326 0.170 0.187 0.177 0.094 0.041 0.005 300 R 0.666 0.205 0.075 0.032 0.015 0.006 0.001