# TARGET T0421 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0421.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1166 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.649 0.183 0.104 0.042 0.015 0.006 0.001 2 A 0.544 0.247 0.131 0.052 0.019 0.006 0.001 3 L 0.318 0.202 0.172 0.180 0.093 0.033 0.002 4 D 0.531 0.228 0.142 0.065 0.025 0.008 0.001 5 E 0.512 0.267 0.119 0.069 0.024 0.008 0.001 6 A 0.375 0.220 0.171 0.127 0.077 0.028 0.003 7 P 0.322 0.228 0.180 0.160 0.076 0.031 0.004 8 A 0.378 0.244 0.173 0.120 0.058 0.024 0.003 9 E 0.306 0.238 0.187 0.140 0.084 0.039 0.006 10 A 0.201 0.165 0.179 0.213 0.159 0.073 0.010 11 R 0.341 0.268 0.176 0.128 0.058 0.026 0.004 12 P 0.296 0.248 0.187 0.139 0.085 0.039 0.007 13 G 0.167 0.156 0.165 0.195 0.184 0.113 0.020 14 S 0.260 0.270 0.205 0.168 0.067 0.025 0.004 15 R 0.176 0.274 0.231 0.189 0.094 0.032 0.004 16 A 0.096 0.100 0.156 0.226 0.249 0.158 0.014 17 V 0.101 0.149 0.202 0.246 0.212 0.082 0.009 18 E 0.232 0.399 0.206 0.121 0.031 0.010 0.001 19 L 0.099 0.142 0.186 0.293 0.211 0.065 0.003 20 E 0.241 0.283 0.223 0.151 0.070 0.030 0.002 21 I 0.227 0.242 0.209 0.212 0.090 0.020 0.001 22 D 0.550 0.297 0.104 0.037 0.010 0.002 0.001 23 G 0.245 0.232 0.217 0.186 0.092 0.027 0.001 24 R 0.401 0.254 0.200 0.099 0.035 0.011 0.001 25 S 0.480 0.292 0.135 0.072 0.017 0.004 0.001 26 R 0.382 0.316 0.182 0.082 0.031 0.008 0.001 27 I 0.123 0.149 0.207 0.254 0.197 0.068 0.003 28 F 0.136 0.156 0.206 0.274 0.175 0.051 0.003 29 D 0.349 0.379 0.178 0.068 0.020 0.005 0.001 30 I 0.246 0.230 0.207 0.199 0.095 0.022 0.001 31 D 0.419 0.270 0.175 0.097 0.031 0.008 0.001 32 D 0.571 0.268 0.099 0.046 0.013 0.003 0.001 33 P 0.532 0.221 0.150 0.070 0.023 0.004 0.001 34 D 0.605 0.269 0.092 0.027 0.006 0.002 0.001 35 L 0.168 0.211 0.225 0.231 0.132 0.031 0.001 36 P 0.214 0.252 0.216 0.202 0.088 0.026 0.001 37 K 0.230 0.323 0.237 0.134 0.058 0.018 0.001 38 W 0.110 0.144 0.235 0.290 0.178 0.042 0.001 39 I 0.179 0.215 0.246 0.262 0.082 0.016 0.001 40 D 0.668 0.203 0.099 0.023 0.006 0.001 0.001 41 E 0.747 0.179 0.058 0.013 0.002 0.001 0.001 42 E 0.754 0.179 0.056 0.009 0.002 0.001 0.001 43 A 0.394 0.400 0.140 0.053 0.011 0.002 0.001 44 F 0.125 0.146 0.214 0.309 0.176 0.030 0.001 45 R 0.247 0.346 0.243 0.120 0.037 0.006 0.001 46 S 0.227 0.231 0.227 0.219 0.086 0.010 0.001 47 D 0.589 0.296 0.085 0.025 0.005 0.001 0.001 48 D 0.543 0.323 0.098 0.029 0.007 0.001 0.001 49 Y 0.183 0.197 0.262 0.265 0.084 0.009 0.001 50 P 0.562 0.333 0.082 0.020 0.003 0.001 0.001 51 Y 0.186 0.260 0.245 0.214 0.088 0.007 0.001 52 K 0.544 0.343 0.087 0.023 0.003 0.001 0.001 53 K 0.466 0.356 0.113 0.051 0.013 0.001 0.001 54 K 0.421 0.411 0.111 0.046 0.010 0.001 0.001 55 L 0.067 0.113 0.259 0.406 0.143 0.011 0.001 56 D 0.589 0.294 0.102 0.012 0.002 0.001 0.001 57 R 0.514 0.359 0.095 0.028 0.005 0.001 0.001 58 E 0.676 0.249 0.056 0.017 0.002 0.001 0.001 59 E 0.517 0.378 0.084 0.019 0.003 0.001 0.001 60 Y 0.094 0.187 0.358 0.267 0.090 0.004 0.001 61 E 0.416 0.437 0.102 0.040 0.004 0.001 0.001 62 E 0.596 0.309 0.061 0.029 0.005 0.001 0.001 63 T 0.560 0.249 0.150 0.031 0.009 0.001 0.001 64 L 0.083 0.157 0.303 0.319 0.125 0.013 0.001 65 T 0.514 0.323 0.124 0.034 0.004 0.001 0.001 66 K 0.375 0.386 0.182 0.041 0.014 0.003 0.001 67 L 0.028 0.064 0.148 0.326 0.316 0.114 0.003 68 Q 0.041 0.127 0.258 0.304 0.192 0.074 0.004 69 I 0.166 0.318 0.280 0.152 0.065 0.018 0.001 70 E 0.053 0.197 0.317 0.258 0.137 0.034 0.004 71 L 0.006 0.013 0.026 0.093 0.302 0.485 0.074 72 V 0.029 0.126 0.250 0.314 0.193 0.076 0.011 73 K 0.053 0.220 0.348 0.243 0.090 0.037 0.009 74 V 0.009 0.024 0.040 0.117 0.288 0.423 0.099 75 Q 0.013 0.037 0.074 0.190 0.302 0.298 0.087 76 F 0.062 0.206 0.228 0.219 0.161 0.103 0.021 77 W 0.047 0.122 0.224 0.312 0.198 0.086 0.011 78 M 0.041 0.073 0.109 0.203 0.309 0.237 0.028 79 Q 0.152 0.242 0.267 0.201 0.099 0.037 0.003 80 A 0.324 0.272 0.206 0.125 0.056 0.015 0.001 81 T 0.342 0.333 0.185 0.097 0.032 0.010 0.001 82 G 0.320 0.329 0.203 0.096 0.038 0.012 0.002 83 K 0.094 0.255 0.255 0.243 0.110 0.038 0.005 84 R 0.020 0.094 0.209 0.310 0.259 0.099 0.008 85 V 0.001 0.008 0.034 0.130 0.380 0.378 0.068 86 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.502 0.438 87 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.218 0.766 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.108 0.884 89 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.150 0.831 90 E 0.001 0.005 0.015 0.056 0.123 0.269 0.531 91 G 0.003 0.007 0.014 0.038 0.127 0.404 0.408 92 R 0.018 0.050 0.096 0.180 0.227 0.284 0.145 93 D 0.070 0.145 0.173 0.197 0.176 0.165 0.074 94 A 0.062 0.085 0.138 0.185 0.217 0.242 0.073 95 A 0.056 0.068 0.094 0.155 0.236 0.278 0.113 96 G 0.075 0.146 0.166 0.167 0.166 0.175 0.105 97 K 0.026 0.047 0.082 0.142 0.206 0.315 0.183 98 G 0.031 0.083 0.154 0.234 0.228 0.192 0.079 99 G 0.016 0.050 0.123 0.196 0.270 0.242 0.103 100 A 0.004 0.007 0.013 0.033 0.130 0.473 0.339 101 I 0.005 0.015 0.051 0.129 0.292 0.368 0.140 102 H 0.028 0.197 0.282 0.272 0.127 0.072 0.022 103 A 0.015 0.074 0.216 0.334 0.239 0.108 0.015 104 T 0.009 0.016 0.028 0.090 0.338 0.444 0.074 105 T 0.038 0.142 0.265 0.318 0.183 0.050 0.005 106 A 0.363 0.418 0.147 0.055 0.013 0.004 0.001 107 N 0.146 0.260 0.278 0.201 0.089 0.025 0.002 108 M 0.077 0.086 0.136 0.275 0.288 0.127 0.011 109 N 0.288 0.361 0.200 0.105 0.034 0.011 0.001 110 P 0.329 0.286 0.198 0.110 0.056 0.019 0.002 111 R 0.108 0.187 0.200 0.248 0.170 0.077 0.010 112 S 0.141 0.228 0.232 0.192 0.113 0.074 0.021 113 A 0.048 0.088 0.116 0.205 0.262 0.226 0.054 114 R 0.040 0.109 0.205 0.278 0.202 0.124 0.044 115 V 0.014 0.022 0.046 0.086 0.223 0.415 0.194 116 V 0.029 0.064 0.116 0.182 0.224 0.269 0.116 117 A 0.028 0.055 0.097 0.167 0.269 0.294 0.092 118 L 0.023 0.037 0.087 0.185 0.336 0.290 0.042 119 T 0.101 0.255 0.280 0.212 0.102 0.044 0.005 120 K 0.228 0.324 0.219 0.151 0.055 0.021 0.002 121 P 0.231 0.204 0.228 0.187 0.122 0.026 0.001 122 T 0.480 0.324 0.112 0.070 0.012 0.003 0.001 123 E 0.747 0.165 0.067 0.015 0.005 0.001 0.001 124 T 0.470 0.335 0.128 0.051 0.013 0.003 0.001 125 E 0.130 0.164 0.230 0.244 0.184 0.047 0.002 126 R 0.198 0.286 0.238 0.178 0.073 0.024 0.003 127 G 0.186 0.246 0.201 0.197 0.113 0.049 0.007 128 Q 0.081 0.144 0.207 0.242 0.203 0.105 0.018 129 W 0.047 0.091 0.150 0.224 0.251 0.191 0.046 130 Y 0.031 0.057 0.100 0.159 0.225 0.299 0.130 131 F 0.022 0.034 0.047 0.097 0.195 0.410 0.195 132 Q 0.045 0.092 0.146 0.229 0.232 0.184 0.072 133 R 0.081 0.166 0.222 0.215 0.161 0.116 0.040 134 Y 0.048 0.083 0.140 0.225 0.258 0.198 0.049 135 V 0.050 0.071 0.113 0.209 0.296 0.226 0.035 136 A 0.220 0.333 0.238 0.141 0.046 0.019 0.002 137 T 0.191 0.273 0.260 0.167 0.080 0.026 0.003 138 F 0.087 0.090 0.142 0.259 0.271 0.140 0.012 139 P 0.148 0.222 0.240 0.230 0.114 0.041 0.005 140 T 0.487 0.305 0.140 0.047 0.015 0.006 0.001 141 A 0.169 0.264 0.254 0.178 0.090 0.038 0.008 142 G 0.040 0.109 0.162 0.239 0.257 0.165 0.027 143 E 0.017 0.047 0.090 0.190 0.297 0.273 0.087 144 F 0.005 0.008 0.017 0.038 0.116 0.447 0.368 145 V 0.005 0.011 0.020 0.046 0.108 0.375 0.435 146 L 0.007 0.012 0.021 0.055 0.115 0.292 0.498 147 F 0.004 0.005 0.009 0.023 0.073 0.290 0.594 148 D 0.012 0.024 0.038 0.089 0.172 0.326 0.339 149 R 0.031 0.070 0.115 0.196 0.208 0.238 0.142 150 S 0.055 0.106 0.152 0.183 0.208 0.211 0.083 151 W 0.061 0.091 0.128 0.190 0.223 0.228 0.078 152 Y 0.075 0.089 0.121 0.192 0.254 0.203 0.065 153 N 0.192 0.232 0.202 0.167 0.104 0.075 0.027 154 R 0.133 0.162 0.200 0.205 0.154 0.109 0.038 155 A 0.069 0.081 0.101 0.153 0.222 0.273 0.101 156 G 0.071 0.138 0.180 0.212 0.185 0.149 0.066 157 V 0.035 0.041 0.059 0.110 0.216 0.371 0.167 158 E 0.060 0.115 0.172 0.236 0.206 0.155 0.056 159 P 0.063 0.137 0.216 0.226 0.184 0.129 0.046 160 V 0.035 0.048 0.072 0.151 0.281 0.330 0.083 161 M 0.053 0.099 0.158 0.248 0.249 0.159 0.035 162 G 0.196 0.341 0.242 0.134 0.054 0.029 0.005 163 F 0.117 0.170 0.225 0.258 0.161 0.063 0.006 164 C 0.093 0.108 0.145 0.249 0.244 0.145 0.017 165 T 0.295 0.302 0.214 0.115 0.049 0.021 0.002 166 P 0.398 0.285 0.181 0.092 0.033 0.009 0.001 167 D 0.308 0.317 0.183 0.125 0.048 0.017 0.002 168 Q 0.183 0.247 0.236 0.173 0.109 0.046 0.006 169 Y 0.047 0.066 0.103 0.238 0.309 0.217 0.021 170 E 0.103 0.264 0.322 0.215 0.073 0.021 0.003 171 Q 0.067 0.237 0.256 0.241 0.138 0.055 0.006 172 F 0.018 0.041 0.093 0.207 0.389 0.230 0.021 173 L 0.013 0.034 0.107 0.264 0.352 0.207 0.023 174 K 0.187 0.379 0.301 0.095 0.029 0.009 0.001 175 E 0.048 0.230 0.335 0.238 0.119 0.027 0.003 176 A 0.005 0.013 0.037 0.162 0.367 0.389 0.026 177 P 0.110 0.333 0.347 0.150 0.049 0.011 0.001 178 R 0.064 0.365 0.294 0.203 0.060 0.013 0.001 179 F 0.006 0.014 0.033 0.133 0.398 0.386 0.031 180 E 0.015 0.079 0.186 0.384 0.236 0.091 0.008 181 E 0.115 0.399 0.303 0.124 0.043 0.014 0.001 182 M 0.032 0.119 0.218 0.355 0.207 0.063 0.005 183 I 0.030 0.047 0.074 0.183 0.361 0.270 0.036 184 A 0.149 0.214 0.265 0.232 0.112 0.026 0.003 185 N 0.634 0.220 0.100 0.034 0.009 0.003 0.001 186 E 0.553 0.244 0.143 0.035 0.016 0.008 0.002 187 G 0.196 0.237 0.204 0.157 0.113 0.072 0.022 188 I 0.071 0.136 0.160 0.213 0.224 0.158 0.038 189 H 0.038 0.084 0.115 0.198 0.252 0.235 0.078 190 L 0.012 0.018 0.044 0.085 0.193 0.362 0.286 191 F 0.003 0.005 0.010 0.024 0.091 0.408 0.460 192 K 0.008 0.015 0.038 0.083 0.156 0.259 0.442 193 F 0.002 0.003 0.006 0.013 0.048 0.316 0.611 194 W 0.008 0.015 0.029 0.079 0.178 0.361 0.330 195 I 0.009 0.019 0.033 0.088 0.193 0.455 0.204 196 N 0.057 0.151 0.259 0.223 0.169 0.115 0.025 197 I 0.034 0.052 0.136 0.308 0.249 0.198 0.022 198 G 0.178 0.271 0.223 0.165 0.113 0.046 0.004 199 R 0.472 0.265 0.166 0.070 0.020 0.006 0.001 200 E 0.729 0.198 0.056 0.014 0.003 0.001 0.001 201 M 0.179 0.305 0.254 0.179 0.066 0.017 0.001 202 Q 0.075 0.083 0.132 0.238 0.315 0.152 0.005 203 L 0.132 0.228 0.332 0.229 0.065 0.013 0.001 204 K 0.354 0.417 0.174 0.042 0.010 0.003 0.001 205 R 0.034 0.084 0.239 0.349 0.246 0.047 0.001 206 F 0.038 0.046 0.105 0.297 0.371 0.140 0.004 207 H 0.525 0.261 0.181 0.027 0.004 0.001 0.001 208 D 0.596 0.325 0.067 0.010 0.002 0.001 0.001 209 R 0.143 0.216 0.275 0.274 0.079 0.012 0.001 210 R 0.597 0.251 0.119 0.028 0.004 0.001 0.001 211 H 0.776 0.191 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 212 D 0.579 0.271 0.100 0.041 0.009 0.001 0.001 213 P 0.489 0.272 0.171 0.047 0.017 0.003 0.001 214 L 0.302 0.306 0.220 0.143 0.027 0.003 0.001 215 K 0.408 0.382 0.148 0.048 0.011 0.002 0.001 216 I 0.046 0.131 0.260 0.312 0.208 0.043 0.001 217 W 0.023 0.035 0.084 0.263 0.411 0.176 0.008 218 K 0.172 0.364 0.303 0.111 0.039 0.010 0.001 219 L 0.108 0.160 0.211 0.304 0.160 0.054 0.004 220 S 0.219 0.245 0.232 0.177 0.089 0.035 0.002 221 P 0.474 0.270 0.160 0.068 0.021 0.007 0.001 222 M 0.400 0.286 0.169 0.098 0.037 0.009 0.001 223 D 0.283 0.286 0.224 0.122 0.063 0.020 0.001 224 I 0.211 0.182 0.217 0.255 0.109 0.025 0.001 225 A 0.656 0.226 0.087 0.025 0.005 0.001 0.001 226 A 0.480 0.339 0.119 0.043 0.015 0.003 0.001 227 L 0.124 0.141 0.216 0.315 0.170 0.033 0.001 228 S 0.530 0.318 0.106 0.037 0.006 0.002 0.001 229 K 0.230 0.301 0.226 0.157 0.074 0.012 0.001 230 W 0.109 0.121 0.200 0.304 0.204 0.059 0.002 231 D 0.364 0.294 0.217 0.095 0.024 0.006 0.001 232 D 0.460 0.346 0.134 0.044 0.013 0.003 0.001 233 Y 0.094 0.116 0.172 0.255 0.250 0.106 0.006 234 T 0.166 0.243 0.250 0.212 0.093 0.034 0.003 235 G 0.262 0.363 0.196 0.118 0.045 0.015 0.001 236 K 0.100 0.149 0.207 0.241 0.206 0.088 0.008 237 R 0.062 0.128 0.169 0.263 0.209 0.146 0.023 238 D 0.158 0.261 0.299 0.181 0.074 0.023 0.004 239 R 0.114 0.298 0.250 0.208 0.094 0.031 0.004 240 M 0.020 0.050 0.112 0.208 0.360 0.219 0.031 241 L 0.009 0.018 0.050 0.145 0.340 0.378 0.060 242 K 0.058 0.259 0.354 0.220 0.079 0.026 0.003 243 E 0.044 0.178 0.251 0.296 0.168 0.056 0.008 244 T 0.021 0.033 0.056 0.146 0.327 0.355 0.061 245 H 0.071 0.158 0.218 0.258 0.199 0.080 0.015 246 T 0.273 0.356 0.178 0.129 0.046 0.015 0.003 247 E 0.269 0.316 0.228 0.105 0.051 0.026 0.006 248 H 0.041 0.106 0.161 0.217 0.251 0.181 0.043 249 G 0.014 0.044 0.085 0.181 0.287 0.287 0.103 250 P 0.011 0.036 0.069 0.140 0.231 0.349 0.164 251 W 0.007 0.015 0.047 0.081 0.199 0.391 0.260 252 A 0.003 0.008 0.016 0.046 0.131 0.367 0.429 253 V 0.003 0.004 0.012 0.024 0.077 0.380 0.499 254 I 0.004 0.010 0.020 0.074 0.223 0.424 0.246 255 R 0.019 0.104 0.246 0.283 0.183 0.123 0.042 256 G 0.015 0.034 0.077 0.205 0.339 0.284 0.044 257 N 0.111 0.274 0.222 0.212 0.110 0.062 0.009 258 D 0.158 0.215 0.188 0.226 0.148 0.059 0.006 259 K 0.316 0.257 0.213 0.128 0.061 0.023 0.003 260 R 0.213 0.275 0.213 0.173 0.080 0.042 0.005 261 R 0.156 0.195 0.241 0.210 0.133 0.058 0.007 262 S 0.114 0.185 0.220 0.219 0.158 0.088 0.015 263 R 0.058 0.112 0.163 0.227 0.204 0.192 0.046 264 I 0.036 0.070 0.125 0.221 0.298 0.213 0.037 265 N 0.054 0.188 0.292 0.265 0.128 0.058 0.015 266 V 0.009 0.018 0.027 0.065 0.186 0.462 0.234 267 I 0.004 0.015 0.035 0.112 0.246 0.431 0.157 268 R 0.024 0.149 0.292 0.283 0.145 0.082 0.025 269 H 0.008 0.050 0.169 0.299 0.286 0.156 0.032 270 M 0.002 0.007 0.012 0.039 0.203 0.575 0.162 271 L 0.006 0.027 0.115 0.291 0.364 0.171 0.026 272 T 0.097 0.398 0.328 0.127 0.036 0.012 0.002 273 K 0.027 0.171 0.303 0.311 0.146 0.040 0.002 274 L 0.009 0.017 0.036 0.180 0.504 0.241 0.013 275 D 0.134 0.445 0.278 0.111 0.026 0.005 0.001 276 Y 0.164 0.278 0.215 0.245 0.087 0.011 0.001 277 D 0.347 0.344 0.203 0.083 0.019 0.004 0.001 278 G 0.516 0.280 0.130 0.058 0.014 0.002 0.001 279 K 0.601 0.246 0.107 0.037 0.007 0.001 0.001 280 D 0.700 0.221 0.063 0.013 0.003 0.001 0.001 281 E 0.402 0.268 0.194 0.106 0.027 0.003 0.001 282 A 0.709 0.209 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 283 A 0.459 0.334 0.146 0.045 0.014 0.002 0.001 284 I 0.117 0.130 0.220 0.342 0.165 0.026 0.001 285 G 0.446 0.351 0.147 0.045 0.010 0.002 0.001 286 E 0.554 0.294 0.093 0.047 0.011 0.001 0.001 287 V 0.568 0.265 0.110 0.042 0.013 0.002 0.001 288 D 0.426 0.290 0.163 0.095 0.023 0.004 0.001 289 E 0.592 0.234 0.125 0.039 0.009 0.001 0.001 290 K 0.515 0.339 0.103 0.035 0.007 0.001 0.001 291 I 0.153 0.198 0.252 0.237 0.137 0.023 0.001 292 L 0.221 0.228 0.239 0.208 0.087 0.018 0.001 293 G 0.531 0.245 0.138 0.067 0.016 0.003 0.001 294 S 0.661 0.231 0.083 0.019 0.005 0.001 0.001 295 G 0.283 0.222 0.208 0.170 0.093 0.024 0.001 296 P 0.531 0.262 0.133 0.057 0.014 0.003 0.001 297 G 0.541 0.308 0.091 0.045 0.013 0.002 0.001 298 F 0.406 0.232 0.179 0.121 0.052 0.010 0.001 299 L 0.353 0.247 0.203 0.138 0.050 0.009 0.001 300 R 0.770 0.181 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001