This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA A A 3 3 NATAA L A 4 4 NATAA D A 5 5 NATAA E A 6 6 NATAA A A 7 7 NATRO P A 8 8 NATAA A A 9 9 NATAA E A 10 10 NATAA A A 11 11 NATAA R A 12 12 NATRO P A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA S A 15 15 NATAA R A 16 16 NATAA A A 17 17 NATAA V A 18 18 NATAA E A 19 19 NATAA L A 20 20 NATAA E A 21 21 NATAA I A 22 22 NATAA D A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA S A 26 26 NATAA R A 27 27 NATAA I A 28 28 NATAA F A 29 29 NATAA D A 30 30 NATAA I A 31 31 NATAA D A 32 32 NATAA D A 33 33 NATRO P A 34 34 NATAA D A 35 35 NATAA L A 36 36 NATRO P A 37 37 NATAA K A 38 38 NATAA W A 39 39 NATAA I A 40 40 NATAA D A 41 41 NATAA E A 42 42 NATAA E A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA F A 45 45 NATAA R A 46 46 NATAA S A 47 47 NATAA D A 48 48 NATAA D A 49 49 NATAA Y A 50 50 NATRO P A 51 51 NATAA Y A 52 52 NATAA K A 53 53 NATAA K A 54 54 NATAA K A 55 55 NATAA L A 56 56 NATAA D A 57 57 NATAA R A 58 58 NATAA E A 59 59 NATAA E A 60 60 NATAA Y A 61 61 NATAA E A 62 62 NATAA E A 63 63 NATAA T A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA T A 66 66 NATAA K A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA Q A 69 69 NATAA I A 70 70 NATAA E A 71 71 NATAA L A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA V A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA F A 77 77 NATAA W A 78 78 NATAA M A 79 79 NATAA Q A 80 80 NATAA A A 81 81 NATAA T A 82 82 NATAA G A 83 83 NATAA K A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA V A 86 86 NATAA M A 87 87 NATAA A A 88 88 NATAA V A 89 89 NATAA F A 90 90 NATAA E A 91 91 NATAA G A 92 92 NATAA R A 93 93 NATAA D A 94 94 NATAA A A 95 95 NATAA A A 96 96 NATAA G A 97 97 NATAA K A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA A A 101 101 NATAA I A 102 102 NATAA H A 103 103 NATAA A A 104 104 NATAA T A 105 105 NATAA T A 106 106 NATAA A A 107 107 NATAA N A 108 108 NATAA M A 109 109 NATAA N A 110 110 NATRO P A 111 111 NATAA R A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA R A 115 115 NATAA V A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA A A 118 118 NATAA L A 119 119 NATAA T A 120 120 NATAA K A 121 121 NATRO P A 122 122 NATAA T A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA T A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA R A 127 127 NATAA G A 128 128 NATAA Q A 129 129 NATAA W A 130 130 NATAA Y A 131 131 NATAA F A 132 132 NATAA Q A 133 133 NATAA R A 134 134 NATAA Y A 135 135 NATAA V A 136 136 NATAA A A 137 137 NATAA T A 138 138 NATAA F A 139 139 NATRO P A 140 140 NATAA T A 141 141 NATAA A A 142 142 NATAA G A 143 143 NATAA E A 144 144 NATAA F A 145 145 NATAA V A 146 146 NATAA L A 147 147 NATAA F A 148 148 NATAA D A 149 149 NATAA R A 150 150 NATAA S A 151 151 NATAA W A 152 152 NATAA Y A 153 153 NATAA N A 154 154 NATAA R A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA G A 157 157 NATAA V A 158 158 NATAA E A 159 159 NATRO P A 160 160 NATAA V A 161 161 NATAA M A 162 162 NATAA G A 163 163 NATAA F A 164 164 NATRO C A 165 165 NATAA T A 166 166 NATRO P A 167 167 NATAA D A 168 168 NATAA Q A 169 169 NATAA Y A 170 170 NATAA E A 171 171 NATAA Q A 172 172 NATAA F A 173 173 NATAA L A 174 174 NATAA K A 175 175 NATAA E A 176 176 NATAA A A 177 177 NATRO P A 178 178 NATAA R A 179 179 NATAA F A 180 180 NATAA E A 181 181 NATAA E A 182 182 NATAA M A 183 183 NATAA I A 184 184 NATAA A A 185 185 NATAA N A 186 186 NATAA E A 187 187 NATAA G A 188 188 NATAA I A 189 189 NATAA H A 190 190 NATAA L A 191 191 NATAA F A 192 192 NATAA K A 193 193 NATAA F A 194 194 NATAA W A 195 195 NATAA I A 196 196 NATAA N A 197 197 NATAA I A 198 198 NATAA G A 199 199 NATAA R A 200 200 NATAA E A 201 201 NATAA M A 202 202 NATAA Q A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA K A 205 205 NATAA R A 206 206 NATAA F A 207 207 NATAA H A 208 208 NATAA D A 209 209 NATAA R A 210 210 NATAA R A 211 211 NATAA H A 212 212 NATAA D A 213 213 NATRO P A 214 214 NATAA L A 215 215 NATAA K A 216 216 NATAA I A 217 217 NATAA W A 218 218 NATAA K A 219 219 NATAA L A 220 220 NATAA S A 221 221 NATRO P A 222 222 NATAA M A 223 223 NATAA D A 224 224 NATAA I A 225 225 NATAA A A 226 226 NATAA A A 227 227 NATAA L A 228 228 NATAA S A 229 229 NATAA K A 230 230 NATAA W A 231 231 NATAA D A 232 232 NATAA D A 233 233 NATAA Y A 234 234 NATAA T A 235 235 NATAA G A 236 236 NATAA K A 237 237 NATAA R A 238 238 NATAA D A 239 239 NATAA R A 240 240 NATAA M A 241 241 NATAA L A 242 242 NATAA K A 243 243 NATAA E A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA H A 246 246 NATAA T A 247 247 NATAA E A 248 248 NATAA H A 249 249 NATAA G A 250 250 NATRO P A 251 251 NATAA W A 252 252 NATAA A A 253 253 NATAA V A 254 254 NATAA I A 255 255 NATAA R A 256 256 NATAA G A 257 257 NATAA N A 258 258 NATAA D A 259 259 NATAA K A 260 260 NATAA R A 261 261 NATAA R A 262 262 NATAA S A 263 263 NATAA R A 264 264 NATAA I A 265 265 NATAA N A 266 266 NATAA V A 267 267 NATAA I A 268 268 NATAA R A 269 269 NATAA H A 270 270 NATAA M A 271 271 NATAA L A 272 272 NATAA T A 273 273 NATAA K A 274 274 NATAA L A 275 275 NATAA D A 276 276 NATAA Y A 277 277 NATAA D A 278 278 NATAA G A 279 279 NATAA K A 280 280 NATAA D A 281 281 NATAA E A 282 282 NATAA A A 283 283 NATAA A A 284 284 NATAA I A 285 285 NATAA G A 286 286 NATAA E A 287 287 NATAA V A 288 288 NATAA D A 289 289 NATAA E A 290 290 NATAA K A 291 291 NATAA I A 292 292 NATAA L A 293 293 NATAA G A 294 294 NATAA S A 295 295 NATAA G A 296 296 NATRO P A 297 297 NATAA G A 298 298 NATAA F A 299 299 NATAA L A 300 300 NATAA R