# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.410 0.154 0.238 0.076 0.043 0.034 0.017 0.002 0.021 0.003 0.001 2 R 0.555 0.105 0.170 0.092 0.026 0.021 0.012 0.002 0.012 0.002 0.001 3 F 0.474 0.129 0.111 0.186 0.029 0.020 0.024 0.004 0.018 0.003 0.001 4 R 0.270 0.108 0.146 0.264 0.029 0.020 0.129 0.010 0.015 0.007 0.001 5 Q 0.074 0.113 0.129 0.227 0.054 0.028 0.284 0.054 0.022 0.012 0.001 6 H 0.020 0.446 0.358 0.041 0.055 0.014 0.020 0.003 0.041 0.002 0.001 7 S 0.015 0.271 0.594 0.019 0.041 0.041 0.005 0.001 0.007 0.001 0.005 8 L 0.003 0.880 0.055 0.004 0.045 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 V 0.001 0.938 0.031 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.002 0.742 0.150 0.001 0.011 0.089 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 11 V 0.012 0.784 0.107 0.003 0.018 0.047 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 12 F 0.017 0.621 0.177 0.009 0.092 0.031 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 13 E 0.046 0.499 0.231 0.042 0.085 0.024 0.032 0.002 0.034 0.004 0.001 14 G 0.044 0.060 0.119 0.034 0.317 0.030 0.058 0.100 0.010 0.227 0.001 15 N 0.346 0.262 0.156 0.119 0.049 0.024 0.007 0.002 0.026 0.005 0.002 16 D 0.306 0.121 0.171 0.210 0.081 0.039 0.038 0.003 0.021 0.010 0.001 17 A 0.394 0.125 0.068 0.184 0.103 0.019 0.028 0.020 0.031 0.026 0.001 18 A 0.301 0.086 0.199 0.263 0.052 0.013 0.043 0.008 0.016 0.017 0.001 19 G 0.042 0.011 0.072 0.033 0.048 0.010 0.049 0.206 0.007 0.521 0.001 20 K 0.262 0.043 0.451 0.155 0.019 0.025 0.022 0.002 0.010 0.009 0.002 21 G 0.151 0.007 0.111 0.039 0.025 0.014 0.107 0.299 0.001 0.246 0.001 22 G 0.637 0.007 0.041 0.026 0.034 0.009 0.022 0.139 0.001 0.084 0.001 23 A 0.950 0.017 0.013 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.981 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.990 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.976 0.005 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.970 0.009 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 T 0.953 0.004 0.006 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 D 0.799 0.006 0.011 0.160 0.004 0.003 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 30 A 0.341 0.023 0.053 0.523 0.008 0.014 0.030 0.002 0.006 0.001 0.001 31 L 0.226 0.172 0.202 0.283 0.015 0.042 0.034 0.005 0.019 0.002 0.001 32 D 0.026 0.081 0.415 0.023 0.020 0.172 0.103 0.001 0.147 0.010 0.001 33 P 0.866 0.001 0.060 0.047 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 34 R 0.561 0.017 0.029 0.334 0.010 0.012 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 35 Q 0.202 0.116 0.118 0.391 0.032 0.029 0.067 0.012 0.029 0.002 0.001 36 Y 0.106 0.453 0.279 0.079 0.026 0.017 0.020 0.003 0.014 0.001 0.001 37 H 0.061 0.524 0.246 0.037 0.060 0.043 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 38 I 0.073 0.556 0.240 0.037 0.027 0.049 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 39 V 0.020 0.523 0.259 0.004 0.053 0.011 0.002 0.001 0.127 0.001 0.001 40 P 0.068 0.021 0.820 0.008 0.005 0.045 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 41 I 0.152 0.331 0.327 0.065 0.053 0.031 0.012 0.002 0.025 0.001 0.002 42 A 0.160 0.217 0.346 0.134 0.051 0.045 0.017 0.003 0.021 0.003 0.003 43 A 0.015 0.328 0.342 0.006 0.043 0.014 0.006 0.001 0.243 0.002 0.001 44 P 0.065 0.004 0.790 0.011 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 45 T 0.057 0.300 0.430 0.028 0.042 0.047 0.006 0.003 0.084 0.003 0.001 46 E 0.852 0.004 0.111 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 47 E 0.901 0.004 0.020 0.056 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.831 0.018 0.017 0.119 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 49 R 0.836 0.028 0.041 0.067 0.004 0.008 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 50 A 0.610 0.028 0.036 0.285 0.007 0.012 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 51 Q 0.444 0.083 0.201 0.021 0.022 0.017 0.019 0.001 0.189 0.004 0.001 52 P 0.957 0.001 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.931 0.004 0.007 0.048 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.950 0.014 0.014 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 W 0.964 0.016 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.942 0.017 0.008 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 F 0.839 0.054 0.019 0.055 0.013 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 58 W 0.866 0.034 0.036 0.044 0.008 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 59 R 0.780 0.041 0.039 0.108 0.011 0.007 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 60 H 0.365 0.085 0.121 0.344 0.020 0.029 0.021 0.002 0.011 0.001 0.001 61 I 0.039 0.255 0.473 0.012 0.019 0.022 0.008 0.001 0.169 0.003 0.001 62 P 0.131 0.002 0.823 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 63 A 0.875 0.005 0.057 0.045 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 64 R 0.181 0.012 0.074 0.625 0.006 0.010 0.079 0.007 0.004 0.002 0.001 65 R 0.035 0.018 0.049 0.070 0.028 0.008 0.407 0.352 0.005 0.026 0.001 66 Q 0.020 0.372 0.521 0.020 0.025 0.017 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 67 F 0.016 0.567 0.339 0.012 0.021 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 68 T 0.008 0.793 0.121 0.006 0.048 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 I 0.023 0.737 0.139 0.012 0.038 0.034 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 70 F 0.038 0.519 0.147 0.020 0.173 0.037 0.007 0.001 0.056 0.002 0.001 71 D 0.073 0.225 0.375 0.058 0.075 0.120 0.029 0.001 0.039 0.002 0.002 72 R 0.310 0.279 0.154 0.110 0.081 0.027 0.012 0.004 0.019 0.004 0.001 73 S 0.409 0.174 0.173 0.080 0.069 0.043 0.018 0.004 0.023 0.007 0.001 74 W 0.701 0.086 0.074 0.080 0.022 0.015 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 75 Y 0.375 0.068 0.084 0.368 0.027 0.014 0.044 0.004 0.012 0.003 0.001 76 G 0.233 0.042 0.104 0.071 0.079 0.016 0.217 0.165 0.009 0.065 0.001 77 R 0.303 0.202 0.209 0.172 0.047 0.026 0.025 0.003 0.010 0.002 0.001 78 V 0.198 0.481 0.186 0.031 0.056 0.015 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 79 L 0.232 0.265 0.371 0.027 0.027 0.064 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 80 V 0.250 0.516 0.139 0.023 0.029 0.022 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 81 E 0.386 0.281 0.174 0.028 0.076 0.022 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 82 R 0.307 0.342 0.163 0.052 0.067 0.029 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 83 I 0.368 0.293 0.183 0.052 0.039 0.031 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 84 E 0.281 0.172 0.230 0.178 0.061 0.019 0.033 0.002 0.020 0.003 0.001 85 G 0.091 0.021 0.054 0.045 0.106 0.010 0.099 0.391 0.005 0.178 0.001 86 F 0.240 0.185 0.259 0.199 0.053 0.030 0.014 0.003 0.013 0.003 0.001 87 C 0.181 0.223 0.361 0.095 0.044 0.045 0.015 0.005 0.022 0.009 0.001 88 A 0.048 0.110 0.621 0.011 0.037 0.052 0.007 0.001 0.104 0.008 0.001 89 P 0.850 0.001 0.120 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 90 A 0.965 0.001 0.011 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.902 0.006 0.011 0.071 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.947 0.013 0.010 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 L 0.986 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.965 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 Y 0.896 0.004 0.008 0.084 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 97 G 0.914 0.002 0.005 0.022 0.006 0.002 0.030 0.013 0.001 0.006 0.001 98 E 0.765 0.014 0.018 0.189 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 99 I 0.891 0.016 0.030 0.043 0.003 0.008 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 100 N 0.950 0.005 0.010 0.023 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.932 0.003 0.007 0.045 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.956 0.010 0.007 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 E 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.967 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 106 L 0.934 0.010 0.012 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 107 S 0.886 0.026 0.017 0.060 0.004 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 108 E 0.836 0.020 0.023 0.086 0.009 0.006 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 109 Y 0.089 0.010 0.042 0.781 0.005 0.003 0.065 0.002 0.002 0.001 0.001 110 G 0.019 0.009 0.023 0.014 0.025 0.005 0.409 0.460 0.003 0.034 0.001 111 I 0.029 0.522 0.385 0.012 0.027 0.021 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 112 I 0.022 0.743 0.157 0.011 0.029 0.030 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 113 V 0.040 0.784 0.100 0.005 0.038 0.025 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 114 V 0.042 0.759 0.077 0.008 0.078 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 115 K 0.031 0.569 0.206 0.012 0.111 0.052 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 116 F 0.013 0.842 0.055 0.007 0.055 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 117 W 0.039 0.671 0.177 0.009 0.030 0.062 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.075 0.607 0.133 0.031 0.060 0.053 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 119 A 0.063 0.306 0.333 0.042 0.044 0.159 0.020 0.001 0.031 0.001 0.002 120 I 0.073 0.509 0.216 0.077 0.038 0.046 0.007 0.002 0.029 0.002 0.001 121 D 0.024 0.100 0.511 0.014 0.063 0.112 0.023 0.001 0.132 0.019 0.001 122 K 0.956 0.001 0.027 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 123 Q 0.977 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 T 0.945 0.002 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.975 0.006 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 M 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.972 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.963 0.003 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 K 0.978 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.912 0.004 0.007 0.068 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 132 R 0.665 0.026 0.039 0.236 0.005 0.009 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 133 E 0.727 0.034 0.092 0.089 0.006 0.015 0.027 0.001 0.008 0.001 0.001 134 K 0.423 0.092 0.128 0.273 0.011 0.032 0.027 0.003 0.009 0.001 0.001 135 T 0.043 0.135 0.494 0.014 0.025 0.026 0.015 0.001 0.243 0.005 0.001 136 P 0.661 0.001 0.278 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 137 Y 0.667 0.031 0.102 0.154 0.009 0.019 0.009 0.003 0.006 0.001 0.001 138 K 0.573 0.073 0.151 0.135 0.018 0.017 0.019 0.004 0.008 0.002 0.001 139 R 0.322 0.140 0.142 0.286 0.036 0.023 0.031 0.003 0.015 0.001 0.001 140 Y 0.143 0.462 0.201 0.086 0.034 0.024 0.020 0.002 0.028 0.001 0.001 141 K 0.040 0.451 0.347 0.020 0.037 0.065 0.008 0.001 0.028 0.001 0.002 142 I 0.036 0.337 0.457 0.036 0.023 0.091 0.002 0.001 0.012 0.001 0.004 143 T 0.013 0.294 0.426 0.007 0.046 0.054 0.005 0.001 0.150 0.004 0.001 144 E 0.875 0.003 0.085 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 145 E 0.763 0.007 0.028 0.161 0.010 0.012 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 146 D 0.425 0.063 0.081 0.346 0.008 0.042 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 147 W 0.890 0.017 0.060 0.017 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 148 R 0.958 0.004 0.006 0.023 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.658 0.008 0.011 0.305 0.002 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 150 R 0.855 0.018 0.035 0.048 0.003 0.005 0.029 0.001 0.005 0.001 0.001 151 D 0.880 0.014 0.015 0.045 0.003 0.008 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 152 K 0.605 0.025 0.039 0.294 0.007 0.014 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 153 W 0.850 0.020 0.052 0.042 0.005 0.015 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 154 D 0.979 0.002 0.006 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.987 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 162 D 0.959 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 M 0.915 0.007 0.006 0.062 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 164 V 0.923 0.018 0.018 0.027 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 165 D 0.795 0.038 0.034 0.094 0.011 0.013 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 166 R 0.688 0.045 0.058 0.165 0.014 0.011 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 167 T 0.357 0.094 0.100 0.345 0.023 0.023 0.032 0.003 0.021 0.002 0.001 168 S 0.340 0.070 0.182 0.191 0.036 0.055 0.089 0.009 0.018 0.008 0.001 169 T 0.405 0.168 0.207 0.109 0.030 0.029 0.014 0.003 0.030 0.005 0.001 170 E 0.731 0.032 0.133 0.062 0.008 0.018 0.007 0.001 0.005 0.001 0.003 171 I 0.189 0.086 0.113 0.509 0.020 0.025 0.032 0.007 0.017 0.002 0.001 172 A 0.026 0.172 0.387 0.009 0.107 0.009 0.046 0.015 0.173 0.056 0.001 173 P 0.138 0.014 0.747 0.021 0.006 0.022 0.002 0.001 0.003 0.001 0.046 174 W 0.053 0.516 0.226 0.087 0.073 0.026 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 175 T 0.016 0.748 0.135 0.011 0.060 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 176 L 0.014 0.583 0.270 0.007 0.022 0.091 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 177 V 0.021 0.701 0.158 0.009 0.040 0.040 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 178 E 0.033 0.350 0.424 0.018 0.035 0.103 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 179 A 0.325 0.178 0.197 0.094 0.083 0.044 0.032 0.009 0.024 0.012 0.002 180 N 0.237 0.098 0.153 0.275 0.070 0.058 0.061 0.011 0.022 0.017 0.001 181 D 0.270 0.083 0.180 0.224 0.053 0.054 0.068 0.012 0.037 0.017 0.002 182 K 0.819 0.018 0.102 0.032 0.005 0.010 0.008 0.001 0.003 0.003 0.001 183 R 0.906 0.007 0.023 0.047 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 184 F 0.804 0.030 0.026 0.115 0.006 0.008 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 185 A 0.931 0.022 0.024 0.010 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 186 R 0.971 0.013 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.975 0.011 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 K 0.988 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 D 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 A 0.965 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 I 0.983 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 E 0.980 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 A 0.936 0.004 0.007 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 200 A 0.866 0.008 0.020 0.095 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 201 Y 0.636 0.023 0.045 0.231 0.007 0.011 0.036 0.001 0.009 0.001 0.001 202 K 0.520 0.066 0.151 0.165 0.011 0.025 0.048 0.002 0.011 0.001 0.001 203 K 0.307 0.137 0.217 0.233 0.017 0.041 0.026 0.003 0.015 0.002 0.001 204 D 0.065 0.152 0.483 0.039 0.033 0.058 0.026 0.001 0.138 0.005 0.001 205 K 0.599 0.013 0.296 0.046 0.005 0.015 0.003 0.001 0.006 0.002 0.015