# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1703 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.138 0.073 0.013 0.012 0.023 0.027 0.070 0.009 0.006 0.079 0.551 2 R 0.142 0.031 0.004 0.010 0.016 0.021 0.092 0.007 0.003 0.056 0.619 3 F 0.112 0.005 0.006 0.009 0.009 0.010 0.104 0.003 0.005 0.057 0.680 4 R 0.149 0.001 0.002 0.014 0.007 0.010 0.127 0.001 0.001 0.030 0.659 5 Q 0.008 0.001 0.001 0.028 0.002 0.007 0.102 0.001 0.001 0.022 0.830 6 H 0.006 0.001 0.001 0.109 0.009 0.013 0.186 0.001 0.001 0.055 0.621 7 S 0.001 0.001 0.001 0.580 0.012 0.018 0.056 0.001 0.001 0.122 0.210 8 L 0.001 0.001 0.001 0.854 0.011 0.017 0.009 0.001 0.001 0.057 0.052 9 V 0.001 0.001 0.001 0.970 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 10 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 11 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 12 F 0.001 0.001 0.001 0.914 0.009 0.017 0.014 0.001 0.001 0.012 0.032 13 E 0.016 0.007 0.001 0.494 0.018 0.052 0.123 0.003 0.001 0.042 0.243 14 G 0.123 0.023 0.003 0.114 0.012 0.028 0.214 0.013 0.002 0.066 0.403 15 N 0.075 0.023 0.016 0.057 0.014 0.024 0.239 0.016 0.010 0.098 0.427 16 D 0.240 0.041 0.002 0.040 0.008 0.032 0.147 0.012 0.001 0.052 0.424 17 A 0.277 0.057 0.002 0.025 0.016 0.034 0.098 0.008 0.001 0.106 0.376 18 A 0.020 0.078 0.002 0.068 0.018 0.045 0.153 0.002 0.001 0.087 0.526 19 G 0.042 0.404 0.002 0.013 0.008 0.019 0.062 0.003 0.001 0.143 0.303 20 K 0.037 0.750 0.001 0.003 0.009 0.005 0.027 0.006 0.001 0.024 0.138 21 G 0.009 0.775 0.001 0.015 0.003 0.008 0.031 0.002 0.001 0.033 0.123 22 G 0.003 0.906 0.001 0.007 0.005 0.011 0.008 0.001 0.001 0.028 0.031 23 A 0.007 0.921 0.001 0.003 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.038 0.015 24 I 0.007 0.196 0.001 0.004 0.003 0.004 0.015 0.002 0.001 0.750 0.017 25 R 0.006 0.710 0.004 0.006 0.005 0.008 0.016 0.002 0.001 0.210 0.033 26 R 0.057 0.807 0.013 0.003 0.003 0.003 0.011 0.010 0.002 0.034 0.057 27 V 0.129 0.446 0.128 0.007 0.005 0.008 0.031 0.054 0.034 0.051 0.107 28 T 0.345 0.103 0.012 0.006 0.005 0.010 0.062 0.023 0.009 0.074 0.350 29 D 0.135 0.016 0.002 0.008 0.005 0.008 0.059 0.002 0.001 0.028 0.737 30 A 0.008 0.017 0.002 0.020 0.004 0.011 0.127 0.002 0.001 0.032 0.777 31 L 0.042 0.010 0.008 0.011 0.011 0.009 0.149 0.003 0.003 0.037 0.718 32 D 0.672 0.011 0.003 0.004 0.007 0.005 0.050 0.009 0.002 0.040 0.197 33 P 0.073 0.004 0.001 0.013 0.002 0.005 0.081 0.002 0.001 0.022 0.798 34 R 0.048 0.003 0.002 0.044 0.008 0.019 0.141 0.001 0.001 0.029 0.704 35 Q 0.009 0.002 0.001 0.097 0.017 0.033 0.114 0.001 0.001 0.050 0.676 36 Y 0.006 0.001 0.001 0.108 0.030 0.036 0.113 0.001 0.001 0.074 0.630 37 H 0.003 0.002 0.001 0.262 0.135 0.147 0.062 0.001 0.001 0.063 0.324 38 I 0.006 0.002 0.001 0.210 0.066 0.097 0.064 0.001 0.001 0.067 0.485 39 V 0.013 0.002 0.001 0.372 0.105 0.129 0.055 0.003 0.001 0.071 0.249 40 P 0.030 0.002 0.001 0.163 0.048 0.098 0.093 0.002 0.001 0.106 0.457 41 I 0.010 0.001 0.001 0.106 0.049 0.115 0.137 0.002 0.001 0.055 0.524 42 A 0.016 0.001 0.001 0.048 0.032 0.055 0.144 0.001 0.001 0.040 0.661 43 A 0.044 0.003 0.001 0.019 0.020 0.032 0.184 0.002 0.001 0.051 0.642 44 P 0.026 0.008 0.001 0.010 0.009 0.011 0.119 0.002 0.001 0.019 0.796 45 T 0.336 0.061 0.001 0.006 0.009 0.011 0.086 0.009 0.001 0.032 0.448 46 E 0.095 0.074 0.002 0.006 0.014 0.016 0.105 0.007 0.001 0.036 0.644 47 E 0.074 0.103 0.002 0.010 0.024 0.042 0.089 0.005 0.001 0.040 0.611 48 E 0.096 0.052 0.002 0.022 0.076 0.075 0.103 0.003 0.001 0.092 0.479 49 R 0.020 0.090 0.003 0.021 0.049 0.068 0.117 0.003 0.001 0.051 0.578 50 A 0.034 0.249 0.002 0.013 0.028 0.036 0.058 0.007 0.001 0.029 0.542 51 Q 0.053 0.518 0.003 0.010 0.033 0.035 0.049 0.007 0.001 0.040 0.250 52 P 0.039 0.511 0.004 0.019 0.043 0.054 0.057 0.005 0.001 0.047 0.220 53 Y 0.031 0.549 0.006 0.020 0.042 0.066 0.038 0.006 0.001 0.061 0.180 54 L 0.064 0.649 0.004 0.017 0.027 0.040 0.030 0.014 0.001 0.047 0.107 55 W 0.066 0.596 0.008 0.021 0.037 0.040 0.034 0.009 0.003 0.049 0.136 56 R 0.106 0.349 0.063 0.023 0.027 0.035 0.043 0.017 0.021 0.066 0.251 57 F 0.394 0.102 0.024 0.021 0.015 0.027 0.061 0.036 0.010 0.060 0.250 58 W 0.429 0.016 0.003 0.013 0.010 0.017 0.058 0.009 0.001 0.053 0.391 59 R 0.013 0.008 0.001 0.034 0.008 0.020 0.081 0.001 0.001 0.016 0.818 60 H 0.006 0.015 0.001 0.022 0.006 0.014 0.089 0.001 0.001 0.018 0.827 61 I 0.104 0.064 0.006 0.015 0.038 0.013 0.137 0.011 0.001 0.061 0.550 62 P 0.279 0.335 0.002 0.007 0.006 0.004 0.051 0.024 0.001 0.058 0.232 63 A 0.126 0.505 0.002 0.010 0.004 0.011 0.044 0.009 0.001 0.044 0.246 64 R 0.030 0.186 0.004 0.014 0.012 0.028 0.069 0.004 0.001 0.394 0.258 65 R 0.020 0.352 0.005 0.039 0.037 0.062 0.080 0.006 0.001 0.172 0.226 66 Q 0.039 0.344 0.006 0.053 0.067 0.077 0.054 0.010 0.001 0.115 0.234 67 F 0.019 0.211 0.004 0.073 0.061 0.173 0.048 0.005 0.001 0.112 0.295 68 T 0.024 0.177 0.004 0.103 0.112 0.167 0.056 0.004 0.001 0.108 0.246 69 I 0.025 0.053 0.007 0.070 0.095 0.130 0.063 0.003 0.001 0.317 0.236 70 F 0.021 0.091 0.009 0.062 0.086 0.089 0.101 0.006 0.002 0.186 0.345 71 D 0.147 0.211 0.008 0.031 0.053 0.057 0.078 0.022 0.003 0.067 0.321 72 R 0.110 0.124 0.010 0.021 0.024 0.037 0.100 0.010 0.005 0.068 0.491 73 S 0.118 0.108 0.013 0.024 0.025 0.046 0.104 0.009 0.005 0.072 0.474 74 W 0.201 0.080 0.004 0.025 0.026 0.052 0.101 0.010 0.002 0.056 0.443 75 Y 0.062 0.066 0.006 0.022 0.026 0.040 0.124 0.005 0.001 0.049 0.598 76 G 0.027 0.101 0.002 0.039 0.037 0.091 0.105 0.003 0.001 0.036 0.559 77 R 0.024 0.138 0.002 0.034 0.072 0.170 0.087 0.003 0.001 0.050 0.418 78 V 0.017 0.136 0.004 0.039 0.163 0.134 0.075 0.003 0.001 0.049 0.379 79 L 0.035 0.390 0.003 0.044 0.087 0.122 0.041 0.007 0.001 0.046 0.225 80 V 0.055 0.396 0.003 0.030 0.076 0.110 0.038 0.009 0.001 0.056 0.226 81 E 0.030 0.283 0.009 0.051 0.133 0.128 0.042 0.005 0.002 0.088 0.228 82 R 0.113 0.241 0.010 0.032 0.057 0.085 0.057 0.011 0.004 0.090 0.299 83 I 0.170 0.114 0.032 0.031 0.049 0.044 0.070 0.024 0.013 0.098 0.357 84 E 0.298 0.044 0.007 0.018 0.028 0.034 0.064 0.011 0.003 0.041 0.451 85 G 0.091 0.012 0.001 0.013 0.008 0.018 0.076 0.002 0.001 0.030 0.749 86 F 0.016 0.011 0.001 0.021 0.011 0.018 0.120 0.001 0.001 0.018 0.782 87 C 0.028 0.025 0.002 0.018 0.014 0.017 0.119 0.002 0.001 0.019 0.756 88 A 0.102 0.113 0.003 0.013 0.018 0.011 0.106 0.009 0.001 0.029 0.594 89 P 0.167 0.341 0.002 0.016 0.006 0.009 0.059 0.015 0.001 0.023 0.363 90 A 0.124 0.410 0.004 0.020 0.009 0.014 0.062 0.006 0.001 0.027 0.325 91 D 0.055 0.453 0.005 0.024 0.014 0.016 0.053 0.007 0.001 0.039 0.332 92 W 0.088 0.551 0.004 0.028 0.009 0.019 0.043 0.012 0.001 0.032 0.213 93 L 0.089 0.547 0.006 0.033 0.016 0.018 0.048 0.008 0.002 0.048 0.185 94 R 0.062 0.435 0.019 0.021 0.016 0.014 0.050 0.007 0.004 0.069 0.305 95 A 0.148 0.617 0.002 0.010 0.003 0.007 0.026 0.012 0.001 0.023 0.151 96 Y 0.113 0.323 0.003 0.012 0.007 0.011 0.063 0.006 0.001 0.175 0.286 97 G 0.008 0.509 0.004 0.023 0.010 0.014 0.058 0.001 0.001 0.051 0.321 98 E 0.021 0.875 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.001 0.019 0.065 99 I 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.008 0.025 100 N 0.011 0.876 0.002 0.006 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.032 0.054 101 D 0.016 0.872 0.006 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.039 0.049 102 F 0.069 0.838 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.020 0.020 103 E 0.107 0.515 0.012 0.004 0.004 0.006 0.027 0.012 0.002 0.200 0.111 104 E 0.053 0.387 0.010 0.004 0.006 0.008 0.050 0.005 0.002 0.088 0.385 105 Q 0.098 0.241 0.027 0.012 0.006 0.012 0.090 0.025 0.011 0.109 0.369 106 L 0.231 0.023 0.096 0.006 0.009 0.010 0.085 0.017 0.076 0.189 0.257 107 S 0.273 0.007 0.001 0.004 0.003 0.005 0.063 0.003 0.001 0.016 0.625 108 E 0.047 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.059 0.001 0.001 0.009 0.871 109 Y 0.020 0.002 0.001 0.007 0.003 0.005 0.147 0.001 0.001 0.011 0.802 110 G 0.010 0.003 0.001 0.013 0.009 0.022 0.152 0.001 0.001 0.022 0.767 111 I 0.011 0.003 0.001 0.085 0.071 0.075 0.144 0.001 0.001 0.040 0.568 112 I 0.003 0.002 0.001 0.431 0.061 0.149 0.055 0.001 0.001 0.062 0.234 113 V 0.002 0.001 0.001 0.417 0.068 0.110 0.039 0.001 0.001 0.108 0.254 114 V 0.001 0.001 0.001 0.690 0.095 0.109 0.010 0.001 0.001 0.040 0.055 115 K 0.002 0.001 0.001 0.468 0.153 0.185 0.014 0.001 0.001 0.078 0.097 116 F 0.002 0.001 0.001 0.552 0.171 0.155 0.012 0.001 0.001 0.037 0.069 117 W 0.006 0.002 0.001 0.646 0.090 0.109 0.023 0.001 0.001 0.031 0.090 118 L 0.011 0.004 0.001 0.374 0.110 0.111 0.051 0.002 0.001 0.047 0.289 119 A 0.027 0.040 0.002 0.159 0.040 0.083 0.133 0.004 0.001 0.030 0.481 120 I 0.004 0.008 0.001 0.014 0.005 0.005 0.090 0.001 0.001 0.601 0.271 121 D 0.019 0.622 0.003 0.002 0.001 0.001 0.035 0.021 0.002 0.245 0.048 122 K 0.067 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.008 123 Q 0.012 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.043 124 T 0.006 0.892 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 0.059 125 Q 0.012 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.013 0.011 126 M 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.026 127 E 0.015 0.867 0.005 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.020 0.074 128 R 0.091 0.751 0.013 0.004 0.002 0.004 0.019 0.019 0.003 0.037 0.057 129 F 0.293 0.271 0.076 0.007 0.005 0.006 0.049 0.030 0.025 0.081 0.158 130 K 0.311 0.058 0.024 0.006 0.004 0.006 0.057 0.009 0.011 0.028 0.486 131 E 0.140 0.014 0.002 0.006 0.002 0.006 0.066 0.004 0.001 0.016 0.744 132 R 0.084 0.003 0.001 0.010 0.005 0.007 0.096 0.001 0.001 0.028 0.764 133 E 0.004 0.002 0.001 0.010 0.003 0.007 0.101 0.001 0.001 0.009 0.865 134 K 0.004 0.005 0.001 0.006 0.005 0.004 0.069 0.001 0.001 0.003 0.902 135 T 0.401 0.119 0.002 0.012 0.013 0.005 0.067 0.016 0.001 0.032 0.330 136 P 0.201 0.399 0.001 0.013 0.003 0.006 0.055 0.021 0.001 0.023 0.278 137 Y 0.085 0.366 0.004 0.015 0.007 0.015 0.052 0.009 0.001 0.032 0.416 138 K 0.083 0.281 0.006 0.036 0.057 0.064 0.063 0.008 0.001 0.065 0.338 139 R 0.050 0.078 0.004 0.036 0.028 0.078 0.079 0.005 0.001 0.333 0.308 140 Y 0.026 0.073 0.004 0.034 0.064 0.058 0.083 0.003 0.001 0.120 0.534 141 K 0.024 0.095 0.003 0.033 0.053 0.080 0.080 0.003 0.001 0.025 0.602 142 I 0.012 0.151 0.004 0.030 0.036 0.036 0.084 0.003 0.001 0.041 0.601 143 T 0.064 0.741 0.002 0.003 0.006 0.006 0.016 0.023 0.001 0.048 0.090 144 E 0.066 0.831 0.002 0.002 0.003 0.002 0.014 0.010 0.001 0.018 0.052 145 E 0.036 0.377 0.009 0.003 0.005 0.004 0.021 0.003 0.001 0.365 0.175 146 D 0.070 0.680 0.015 0.005 0.004 0.006 0.028 0.015 0.003 0.067 0.108 147 W 0.263 0.515 0.005 0.004 0.003 0.003 0.023 0.018 0.001 0.024 0.140 148 R 0.063 0.443 0.017 0.006 0.008 0.008 0.031 0.005 0.003 0.024 0.391 149 N 0.061 0.513 0.001 0.006 0.002 0.004 0.035 0.006 0.001 0.012 0.359 150 R 0.155 0.491 0.006 0.008 0.007 0.009 0.052 0.014 0.001 0.045 0.213 151 D 0.035 0.541 0.008 0.010 0.013 0.011 0.050 0.004 0.001 0.026 0.301 152 K 0.043 0.748 0.004 0.005 0.003 0.005 0.020 0.004 0.001 0.025 0.142 153 W 0.085 0.767 0.002 0.003 0.004 0.005 0.019 0.012 0.001 0.036 0.067 154 D 0.031 0.766 0.004 0.006 0.007 0.007 0.026 0.002 0.001 0.043 0.107 155 Q 0.015 0.798 0.003 0.007 0.007 0.014 0.020 0.002 0.001 0.037 0.098 156 Y 0.023 0.804 0.002 0.007 0.007 0.017 0.025 0.007 0.001 0.026 0.081 157 V 0.017 0.591 0.003 0.033 0.025 0.051 0.030 0.003 0.001 0.121 0.126 158 D 0.023 0.646 0.008 0.014 0.029 0.029 0.030 0.002 0.001 0.068 0.150 159 A 0.059 0.602 0.009 0.013 0.015 0.013 0.036 0.011 0.001 0.047 0.193 160 V 0.127 0.630 0.009 0.009 0.008 0.012 0.028 0.020 0.002 0.036 0.119 161 G 0.054 0.477 0.005 0.008 0.006 0.012 0.046 0.007 0.001 0.041 0.343 162 D 0.053 0.527 0.011 0.017 0.013 0.018 0.053 0.006 0.001 0.060 0.240 163 M 0.053 0.143 0.011 0.015 0.015 0.021 0.067 0.012 0.001 0.495 0.168 164 V 0.041 0.156 0.011 0.015 0.015 0.018 0.131 0.014 0.004 0.337 0.258 165 D 0.054 0.059 0.004 0.010 0.018 0.024 0.065 0.008 0.001 0.418 0.337 166 R 0.032 0.077 0.009 0.013 0.017 0.025 0.103 0.008 0.003 0.165 0.549 167 T 0.116 0.086 0.012 0.013 0.019 0.024 0.093 0.038 0.007 0.063 0.530 168 S 0.224 0.022 0.007 0.008 0.012 0.018 0.078 0.012 0.006 0.055 0.557 169 T 0.091 0.005 0.002 0.008 0.010 0.017 0.088 0.002 0.001 0.041 0.735 170 E 0.022 0.002 0.001 0.014 0.009 0.019 0.128 0.001 0.001 0.025 0.778 171 I 0.039 0.002 0.002 0.019 0.013 0.017 0.193 0.001 0.001 0.034 0.680 172 A 0.028 0.002 0.002 0.043 0.018 0.029 0.221 0.002 0.001 0.060 0.594 173 P 0.005 0.002 0.001 0.153 0.032 0.110 0.119 0.002 0.001 0.080 0.497 174 W 0.004 0.002 0.001 0.223 0.063 0.157 0.077 0.001 0.001 0.116 0.356 175 T 0.001 0.001 0.001 0.577 0.132 0.179 0.016 0.001 0.001 0.037 0.058 176 L 0.002 0.001 0.001 0.492 0.135 0.156 0.021 0.001 0.001 0.039 0.154 177 V 0.001 0.001 0.001 0.577 0.164 0.151 0.015 0.001 0.001 0.016 0.073 178 E 0.087 0.018 0.001 0.245 0.080 0.180 0.071 0.004 0.001 0.059 0.253 179 A 0.120 0.019 0.002 0.063 0.031 0.047 0.112 0.006 0.001 0.047 0.553 180 N 0.037 0.059 0.001 0.017 0.010 0.017 0.108 0.004 0.001 0.016 0.730 181 D 0.109 0.279 0.002 0.014 0.012 0.029 0.087 0.010 0.001 0.027 0.431 182 K 0.078 0.378 0.006 0.009 0.045 0.023 0.051 0.008 0.001 0.048 0.353 183 R 0.090 0.517 0.003 0.012 0.024 0.046 0.032 0.006 0.001 0.028 0.242 184 F 0.046 0.472 0.004 0.011 0.023 0.036 0.052 0.003 0.001 0.052 0.299 185 A 0.013 0.749 0.005 0.007 0.019 0.017 0.020 0.003 0.001 0.032 0.134 186 R 0.010 0.936 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.011 0.031 187 V 0.006 0.921 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.030 0.026 188 K 0.003 0.571 0.003 0.003 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.378 0.028 189 V 0.003 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.102 0.011 190 L 0.005 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.261 0.011 191 R 0.001 0.820 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.155 0.013 192 T 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.008 193 I 0.006 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.009 0.006 194 N 0.007 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.038 0.022 195 D 0.005 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.034 196 A 0.019 0.937 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.006 0.022 197 I 0.064 0.723 0.081 0.002 0.001 0.001 0.014 0.025 0.017 0.034 0.039 198 E 0.294 0.485 0.009 0.002 0.002 0.001 0.022 0.015 0.005 0.023 0.143 199 A 0.319 0.213 0.012 0.003 0.002 0.002 0.029 0.011 0.003 0.021 0.383 200 A 0.116 0.083 0.026 0.014 0.003 0.006 0.087 0.014 0.009 0.050 0.592 201 Y 0.223 0.011 0.005 0.005 0.003 0.005 0.073 0.005 0.004 0.039 0.628 202 K 0.068 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.060 0.001 0.001 0.009 0.849 203 K 0.017 0.002 0.001 0.009 0.002 0.003 0.067 0.001 0.001 0.008 0.893 204 D 0.053 0.003 0.001 0.007 0.004 0.004 0.116 0.001 0.001 0.015 0.796 205 K 0.033 0.005 0.001 0.010 0.005 0.005 0.120 0.002 0.001 0.021 0.798