# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1703 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.042 0.022 0.023 0.023 0.048 0.080 0.005 0.757 2 R 0.040 0.036 0.014 0.024 0.046 0.129 0.007 0.704 3 F 0.112 0.067 0.016 0.025 0.054 0.090 0.011 0.625 4 R 0.156 0.090 0.016 0.037 0.047 0.143 0.024 0.488 5 Q 0.223 0.047 0.024 0.029 0.036 0.103 0.044 0.494 6 H 0.233 0.033 0.076 0.066 0.070 0.114 0.035 0.374 7 S 0.059 0.005 0.131 0.137 0.093 0.094 0.023 0.458 8 L 0.027 0.001 0.465 0.102 0.139 0.060 0.007 0.199 9 V 0.002 0.001 0.831 0.073 0.077 0.007 0.001 0.009 10 A 0.001 0.001 0.924 0.043 0.030 0.001 0.001 0.002 11 V 0.001 0.001 0.965 0.013 0.020 0.001 0.001 0.003 12 F 0.001 0.001 0.986 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.932 0.015 0.028 0.004 0.001 0.020 14 G 0.001 0.001 0.858 0.021 0.072 0.010 0.001 0.039 15 N 0.001 0.001 0.136 0.014 0.048 0.074 0.001 0.728 16 D 0.007 0.001 0.059 0.023 0.069 0.147 0.004 0.690 17 A 0.130 0.002 0.021 0.011 0.017 0.170 0.012 0.636 18 A 0.261 0.010 0.045 0.024 0.025 0.315 0.026 0.294 19 G 0.247 0.021 0.022 0.023 0.020 0.131 0.032 0.504 20 K 0.133 0.061 0.119 0.027 0.047 0.151 0.009 0.454 21 G 0.003 0.027 0.012 0.007 0.013 0.052 0.002 0.884 22 G 0.058 0.101 0.011 0.016 0.035 0.169 0.007 0.602 23 A 0.071 0.399 0.020 0.020 0.029 0.120 0.008 0.332 24 I 0.038 0.602 0.016 0.016 0.046 0.049 0.006 0.226 25 R 0.010 0.882 0.005 0.008 0.012 0.012 0.002 0.069 26 R 0.014 0.896 0.003 0.004 0.006 0.006 0.004 0.067 27 V 0.020 0.898 0.004 0.004 0.009 0.005 0.006 0.054 28 T 0.012 0.926 0.003 0.004 0.008 0.004 0.003 0.041 29 D 0.020 0.882 0.003 0.004 0.005 0.006 0.011 0.069 30 A 0.233 0.588 0.009 0.005 0.004 0.010 0.059 0.092 31 L 0.276 0.494 0.032 0.010 0.009 0.011 0.071 0.096 32 D 0.084 0.261 0.086 0.046 0.051 0.066 0.033 0.374 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 34 R 0.031 0.015 0.025 0.028 0.037 0.485 0.018 0.360 35 Q 0.588 0.006 0.017 0.005 0.005 0.131 0.042 0.205 36 Y 0.176 0.037 0.304 0.056 0.038 0.070 0.007 0.312 37 H 0.021 0.008 0.292 0.192 0.198 0.071 0.006 0.214 38 I 0.013 0.003 0.094 0.036 0.100 0.023 0.004 0.725 39 V 0.007 0.001 0.497 0.219 0.176 0.014 0.002 0.083 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 41 I 0.003 0.001 0.208 0.081 0.377 0.035 0.002 0.295 42 A 0.038 0.002 0.070 0.048 0.081 0.082 0.005 0.675 43 A 0.061 0.002 0.050 0.068 0.086 0.080 0.005 0.648 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 45 T 0.015 0.002 0.011 0.023 0.060 0.248 0.003 0.638 46 E 0.074 0.002 0.005 0.005 0.010 0.043 0.004 0.857 47 E 0.054 0.014 0.006 0.012 0.021 0.209 0.005 0.680 48 E 0.193 0.024 0.008 0.010 0.020 0.248 0.007 0.490 49 R 0.107 0.130 0.013 0.019 0.026 0.090 0.008 0.606 50 A 0.057 0.120 0.017 0.022 0.044 0.083 0.018 0.638 51 Q 0.120 0.097 0.021 0.033 0.040 0.055 0.014 0.620 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 53 Y 0.033 0.050 0.011 0.029 0.067 0.134 0.004 0.673 54 L 0.178 0.204 0.025 0.035 0.063 0.082 0.010 0.404 55 W 0.056 0.430 0.029 0.045 0.075 0.051 0.006 0.308 56 R 0.052 0.577 0.017 0.026 0.035 0.049 0.006 0.240 57 F 0.066 0.701 0.010 0.011 0.022 0.027 0.008 0.155 58 W 0.045 0.806 0.007 0.007 0.017 0.016 0.009 0.093 59 R 0.067 0.775 0.006 0.007 0.008 0.013 0.025 0.099 60 H 0.243 0.452 0.014 0.006 0.006 0.014 0.110 0.155 61 I 0.338 0.349 0.025 0.018 0.018 0.018 0.031 0.203 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 A 0.005 0.025 0.006 0.009 0.021 0.066 0.003 0.865 64 R 0.331 0.065 0.014 0.006 0.008 0.074 0.020 0.483 65 R 0.317 0.180 0.019 0.019 0.014 0.110 0.018 0.321 66 Q 0.253 0.281 0.090 0.037 0.042 0.105 0.013 0.180 67 F 0.068 0.448 0.081 0.084 0.096 0.050 0.007 0.166 68 T 0.043 0.386 0.086 0.142 0.190 0.037 0.010 0.107 69 I 0.029 0.435 0.084 0.138 0.163 0.021 0.008 0.122 70 F 0.029 0.396 0.105 0.122 0.188 0.030 0.012 0.118 71 D 0.025 0.433 0.045 0.126 0.169 0.025 0.013 0.164 72 R 0.046 0.271 0.049 0.046 0.124 0.055 0.026 0.383 73 S 0.103 0.174 0.017 0.029 0.038 0.265 0.050 0.324 74 W 0.364 0.162 0.013 0.015 0.015 0.078 0.069 0.282 75 Y 0.170 0.278 0.044 0.028 0.038 0.120 0.026 0.296 76 G 0.096 0.164 0.038 0.063 0.058 0.100 0.048 0.433 77 R 0.143 0.090 0.043 0.032 0.048 0.070 0.015 0.558 78 V 0.049 0.076 0.037 0.091 0.098 0.078 0.008 0.563 79 L 0.025 0.054 0.046 0.107 0.150 0.072 0.004 0.541 80 V 0.016 0.069 0.042 0.136 0.277 0.046 0.004 0.410 81 E 0.013 0.161 0.065 0.161 0.208 0.039 0.004 0.349 82 R 0.028 0.227 0.027 0.085 0.151 0.051 0.008 0.423 83 I 0.056 0.447 0.043 0.059 0.139 0.034 0.012 0.210 84 E 0.042 0.530 0.022 0.030 0.068 0.032 0.011 0.266 85 G 0.099 0.369 0.011 0.014 0.021 0.028 0.038 0.421 86 F 0.507 0.129 0.011 0.006 0.007 0.029 0.082 0.229 87 C 0.436 0.142 0.033 0.011 0.010 0.028 0.111 0.228 88 A 0.103 0.085 0.138 0.044 0.046 0.082 0.023 0.479 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 90 A 0.008 0.009 0.018 0.009 0.022 0.055 0.002 0.876 91 D 0.100 0.040 0.036 0.011 0.011 0.095 0.007 0.699 92 W 0.140 0.122 0.048 0.017 0.034 0.102 0.007 0.529 93 L 0.175 0.233 0.042 0.019 0.040 0.093 0.006 0.392 94 R 0.098 0.366 0.031 0.016 0.020 0.103 0.010 0.355 95 A 0.117 0.485 0.016 0.008 0.016 0.123 0.015 0.219 96 Y 0.116 0.687 0.016 0.007 0.015 0.015 0.011 0.135 97 G 0.080 0.529 0.017 0.010 0.015 0.070 0.019 0.259 98 E 0.130 0.414 0.015 0.005 0.008 0.082 0.024 0.322 99 I 0.087 0.704 0.015 0.004 0.012 0.017 0.009 0.152 100 N 0.018 0.600 0.014 0.004 0.008 0.060 0.007 0.290 101 D 0.043 0.619 0.004 0.002 0.004 0.042 0.008 0.279 102 F 0.049 0.812 0.005 0.001 0.004 0.010 0.006 0.113 103 E 0.014 0.895 0.004 0.002 0.005 0.016 0.005 0.060 104 E 0.022 0.896 0.003 0.002 0.002 0.010 0.008 0.057 105 Q 0.103 0.816 0.006 0.003 0.002 0.004 0.017 0.048 106 L 0.083 0.808 0.017 0.006 0.008 0.005 0.015 0.058 107 S 0.042 0.654 0.037 0.013 0.029 0.023 0.021 0.182 108 E 0.075 0.455 0.024 0.010 0.015 0.040 0.039 0.342 109 Y 0.311 0.217 0.014 0.010 0.006 0.060 0.160 0.223 110 G 0.628 0.028 0.019 0.010 0.002 0.012 0.210 0.091 111 I 0.106 0.007 0.539 0.041 0.039 0.118 0.016 0.134 112 I 0.004 0.001 0.062 0.126 0.120 0.071 0.002 0.614 113 V 0.009 0.001 0.151 0.262 0.481 0.041 0.001 0.053 114 V 0.006 0.001 0.345 0.261 0.325 0.019 0.001 0.043 115 K 0.001 0.001 0.577 0.235 0.167 0.003 0.001 0.016 116 F 0.001 0.001 0.499 0.228 0.246 0.004 0.001 0.022 117 W 0.001 0.001 0.503 0.129 0.323 0.007 0.001 0.036 118 L 0.001 0.001 0.461 0.159 0.313 0.021 0.001 0.043 119 A 0.007 0.002 0.221 0.089 0.182 0.084 0.005 0.410 120 I 0.032 0.003 0.173 0.035 0.063 0.166 0.006 0.522 121 D 0.017 0.006 0.027 0.011 0.024 0.495 0.004 0.415 122 K 0.014 0.008 0.005 0.002 0.011 0.029 0.002 0.931 123 Q 0.008 0.015 0.002 0.001 0.001 0.334 0.001 0.638 124 T 0.009 0.038 0.001 0.001 0.001 0.864 0.001 0.088 125 Q 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 126 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 128 R 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 130 K 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 131 E 0.019 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.023 132 R 0.041 0.902 0.005 0.001 0.001 0.002 0.017 0.031 133 E 0.105 0.601 0.009 0.005 0.004 0.016 0.066 0.195 134 K 0.200 0.301 0.058 0.013 0.012 0.038 0.117 0.261 135 T 0.216 0.121 0.031 0.023 0.022 0.094 0.017 0.475 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 137 Y 0.011 0.007 0.014 0.015 0.045 0.277 0.003 0.626 138 K 0.363 0.024 0.018 0.009 0.009 0.145 0.013 0.419 139 R 0.200 0.146 0.035 0.021 0.031 0.066 0.004 0.497 140 Y 0.195 0.175 0.073 0.051 0.090 0.086 0.008 0.322 141 K 0.112 0.168 0.101 0.071 0.062 0.067 0.018 0.402 142 I 0.077 0.143 0.095 0.033 0.056 0.083 0.011 0.502 143 T 0.089 0.133 0.037 0.021 0.068 0.293 0.014 0.345 144 E 0.022 0.048 0.008 0.003 0.015 0.027 0.004 0.872 145 E 0.016 0.032 0.004 0.001 0.003 0.300 0.003 0.642 146 D 0.018 0.031 0.001 0.001 0.001 0.880 0.002 0.067 147 W 0.026 0.917 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 148 R 0.007 0.827 0.001 0.001 0.002 0.042 0.002 0.119 149 N 0.029 0.896 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.047 150 R 0.050 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 151 D 0.031 0.880 0.005 0.003 0.004 0.008 0.010 0.059 152 K 0.084 0.705 0.009 0.003 0.004 0.021 0.022 0.152 153 W 0.115 0.730 0.011 0.003 0.006 0.013 0.012 0.110 154 D 0.042 0.606 0.012 0.005 0.007 0.046 0.014 0.268 155 Q 0.077 0.535 0.015 0.003 0.003 0.064 0.017 0.285 156 Y 0.126 0.646 0.016 0.005 0.007 0.042 0.017 0.142 157 V 0.031 0.700 0.023 0.009 0.012 0.022 0.007 0.197 158 D 0.008 0.560 0.014 0.009 0.011 0.022 0.004 0.371 159 A 0.023 0.768 0.013 0.010 0.016 0.024 0.007 0.140 160 V 0.026 0.833 0.011 0.006 0.014 0.011 0.006 0.093 161 G 0.029 0.671 0.013 0.006 0.012 0.027 0.011 0.232 162 D 0.068 0.619 0.007 0.004 0.003 0.032 0.014 0.254 163 M 0.056 0.766 0.005 0.002 0.004 0.015 0.010 0.141 164 V 0.024 0.817 0.009 0.004 0.009 0.019 0.008 0.110 165 D 0.022 0.843 0.007 0.005 0.007 0.015 0.007 0.093 166 R 0.080 0.773 0.010 0.005 0.005 0.011 0.018 0.097 167 T 0.058 0.832 0.012 0.007 0.006 0.011 0.017 0.057 168 S 0.097 0.579 0.043 0.017 0.020 0.026 0.030 0.188 169 T 0.120 0.311 0.042 0.027 0.029 0.088 0.035 0.349 170 E 0.165 0.115 0.030 0.016 0.025 0.129 0.050 0.469 171 I 0.109 0.216 0.050 0.020 0.029 0.097 0.051 0.427 172 A 0.081 0.053 0.089 0.107 0.073 0.143 0.021 0.434 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 174 W 0.029 0.002 0.167 0.108 0.195 0.090 0.005 0.403 175 T 0.034 0.002 0.654 0.185 0.089 0.009 0.003 0.025 176 L 0.006 0.001 0.326 0.082 0.176 0.011 0.001 0.397 177 V 0.001 0.001 0.860 0.055 0.073 0.002 0.001 0.009 178 E 0.002 0.003 0.236 0.084 0.130 0.083 0.001 0.461 179 A 0.013 0.003 0.489 0.040 0.175 0.061 0.004 0.215 180 N 0.015 0.003 0.035 0.012 0.023 0.485 0.005 0.421 181 D 0.213 0.006 0.021 0.009 0.015 0.115 0.024 0.597 182 K 0.050 0.019 0.025 0.005 0.009 0.285 0.007 0.601 183 R 0.047 0.036 0.006 0.005 0.011 0.402 0.012 0.481 184 F 0.094 0.366 0.014 0.009 0.015 0.167 0.007 0.328 185 A 0.024 0.751 0.007 0.009 0.011 0.057 0.004 0.138 186 R 0.033 0.748 0.009 0.008 0.010 0.034 0.007 0.153 187 V 0.017 0.914 0.005 0.006 0.008 0.007 0.002 0.041 188 K 0.006 0.914 0.002 0.007 0.008 0.009 0.002 0.052 189 V 0.006 0.940 0.002 0.004 0.005 0.006 0.002 0.034 190 L 0.003 0.977 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 191 R 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 192 T 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 193 I 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 194 N 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 195 D 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 196 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 197 I 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 198 E 0.005 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.025 199 A 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 200 A 0.025 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 201 Y 0.096 0.843 0.004 0.001 0.001 0.002 0.024 0.028 202 K 0.176 0.613 0.048 0.007 0.005 0.015 0.047 0.088 203 K 0.158 0.400 0.055 0.011 0.011 0.041 0.047 0.277 204 D 0.099 0.195 0.044 0.009 0.013 0.037 0.027 0.576 205 K 0.063 0.088 0.057 0.013 0.016 0.095 0.018 0.650