# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.510 0.116 0.149 0.120 0.037 0.016 0.025 0.006 0.013 0.005 0.002 2 R 0.383 0.162 0.150 0.165 0.043 0.027 0.036 0.007 0.021 0.003 0.002 3 F 0.253 0.253 0.235 0.126 0.042 0.027 0.028 0.005 0.027 0.003 0.002 4 R 0.310 0.196 0.230 0.101 0.052 0.022 0.046 0.011 0.020 0.009 0.003 5 Q 0.153 0.228 0.179 0.242 0.049 0.038 0.071 0.012 0.021 0.004 0.002 6 H 0.032 0.344 0.298 0.158 0.092 0.021 0.026 0.005 0.020 0.003 0.001 7 S 0.038 0.282 0.301 0.063 0.119 0.043 0.103 0.020 0.021 0.008 0.002 8 L 0.003 0.720 0.173 0.010 0.074 0.009 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 9 V 0.002 0.817 0.062 0.001 0.107 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 A 0.001 0.803 0.115 0.001 0.061 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 11 V 0.001 0.896 0.058 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 12 F 0.005 0.879 0.059 0.002 0.027 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 13 E 0.012 0.669 0.178 0.015 0.048 0.033 0.008 0.001 0.036 0.001 0.001 14 G 0.034 0.156 0.218 0.026 0.361 0.033 0.029 0.022 0.032 0.084 0.004 15 N 0.243 0.153 0.312 0.093 0.060 0.044 0.022 0.009 0.026 0.029 0.009 16 D 0.193 0.078 0.168 0.347 0.077 0.026 0.056 0.016 0.017 0.018 0.004 17 A 0.264 0.069 0.115 0.131 0.102 0.019 0.087 0.101 0.025 0.084 0.004 18 A 0.293 0.084 0.200 0.254 0.037 0.014 0.075 0.009 0.017 0.013 0.005 19 G 0.080 0.005 0.051 0.026 0.137 0.008 0.026 0.201 0.004 0.460 0.001 20 K 0.808 0.021 0.073 0.058 0.014 0.007 0.006 0.003 0.005 0.005 0.001 21 G 0.931 0.004 0.021 0.025 0.004 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 22 G 0.983 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.899 0.002 0.001 0.093 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.588 0.005 0.012 0.375 0.002 0.004 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 31 L 0.383 0.053 0.099 0.401 0.008 0.013 0.021 0.002 0.018 0.001 0.001 32 D 0.061 0.073 0.479 0.013 0.016 0.048 0.066 0.001 0.231 0.011 0.001 33 P 0.819 0.001 0.143 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 34 R 0.479 0.045 0.060 0.370 0.010 0.005 0.019 0.005 0.006 0.001 0.001 35 Q 0.114 0.106 0.111 0.244 0.071 0.018 0.292 0.024 0.018 0.001 0.001 36 Y 0.016 0.538 0.309 0.025 0.071 0.016 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 37 H 0.020 0.363 0.469 0.018 0.021 0.084 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 38 I 0.022 0.604 0.240 0.019 0.015 0.077 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 39 V 0.017 0.639 0.210 0.002 0.038 0.029 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 40 P 0.100 0.025 0.745 0.014 0.019 0.056 0.003 0.001 0.005 0.006 0.026 41 I 0.072 0.512 0.204 0.062 0.050 0.032 0.014 0.002 0.052 0.001 0.002 42 A 0.075 0.304 0.399 0.058 0.044 0.054 0.024 0.004 0.029 0.004 0.005 43 A 0.010 0.223 0.494 0.004 0.065 0.030 0.005 0.001 0.159 0.010 0.001 44 P 0.155 0.005 0.723 0.019 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 45 T 0.208 0.129 0.277 0.149 0.078 0.039 0.027 0.047 0.031 0.015 0.002 46 E 0.353 0.102 0.258 0.160 0.030 0.032 0.028 0.010 0.016 0.007 0.004 47 E 0.476 0.105 0.193 0.073 0.048 0.034 0.022 0.016 0.019 0.012 0.002 48 E 0.737 0.078 0.095 0.068 0.004 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 49 R 0.651 0.136 0.125 0.047 0.011 0.010 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 50 A 0.541 0.087 0.108 0.198 0.027 0.015 0.011 0.003 0.008 0.001 0.001 51 Q 0.153 0.190 0.383 0.015 0.075 0.017 0.009 0.001 0.149 0.006 0.001 52 P 0.760 0.003 0.201 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 53 Y 0.529 0.145 0.085 0.176 0.028 0.016 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 54 L 0.699 0.086 0.113 0.059 0.006 0.021 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 55 W 0.769 0.062 0.062 0.070 0.009 0.013 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 56 R 0.826 0.045 0.039 0.049 0.011 0.009 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 57 F 0.732 0.050 0.065 0.104 0.016 0.014 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 58 W 0.737 0.045 0.087 0.096 0.007 0.008 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 59 R 0.802 0.036 0.049 0.076 0.005 0.005 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 60 H 0.378 0.069 0.095 0.329 0.030 0.031 0.049 0.010 0.008 0.002 0.001 61 I 0.094 0.249 0.394 0.010 0.025 0.020 0.005 0.001 0.203 0.002 0.001 62 P 0.185 0.003 0.754 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 63 A 0.876 0.008 0.060 0.044 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 64 R 0.491 0.023 0.047 0.384 0.008 0.005 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 65 R 0.335 0.098 0.136 0.165 0.108 0.021 0.078 0.041 0.011 0.007 0.001 66 Q 0.394 0.294 0.196 0.066 0.013 0.020 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 67 F 0.318 0.387 0.165 0.056 0.039 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 68 T 0.186 0.619 0.093 0.018 0.052 0.019 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 69 I 0.235 0.600 0.086 0.008 0.019 0.034 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 70 F 0.308 0.445 0.118 0.029 0.041 0.027 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 71 D 0.297 0.119 0.212 0.133 0.070 0.081 0.034 0.005 0.037 0.010 0.003 72 R 0.669 0.041 0.057 0.144 0.032 0.015 0.018 0.007 0.009 0.007 0.001 73 S 0.721 0.052 0.062 0.104 0.016 0.008 0.022 0.004 0.006 0.003 0.001 74 W 0.719 0.045 0.038 0.158 0.012 0.009 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 75 Y 0.301 0.071 0.080 0.472 0.014 0.007 0.041 0.001 0.012 0.001 0.001 76 G 0.148 0.016 0.053 0.052 0.078 0.011 0.253 0.305 0.006 0.077 0.001 77 R 0.289 0.210 0.271 0.095 0.033 0.034 0.051 0.005 0.010 0.001 0.001 78 V 0.320 0.270 0.299 0.037 0.019 0.038 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 79 L 0.539 0.174 0.160 0.053 0.011 0.050 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 80 V 0.724 0.170 0.056 0.018 0.006 0.019 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 81 E 0.785 0.106 0.049 0.028 0.011 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 82 R 0.594 0.216 0.076 0.038 0.032 0.019 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 83 I 0.542 0.252 0.100 0.032 0.013 0.030 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 84 E 0.471 0.145 0.214 0.090 0.014 0.022 0.020 0.001 0.019 0.002 0.002 85 G 0.369 0.023 0.068 0.086 0.112 0.013 0.038 0.140 0.009 0.139 0.002 86 F 0.420 0.074 0.129 0.298 0.017 0.015 0.028 0.004 0.010 0.002 0.003 87 C 0.198 0.145 0.210 0.252 0.049 0.030 0.067 0.014 0.029 0.005 0.002 88 A 0.054 0.174 0.556 0.010 0.060 0.026 0.013 0.001 0.091 0.013 0.001 89 P 0.289 0.009 0.608 0.021 0.004 0.029 0.002 0.001 0.002 0.004 0.031 90 A 0.494 0.119 0.197 0.107 0.032 0.019 0.009 0.008 0.011 0.003 0.001 91 D 0.471 0.105 0.167 0.158 0.021 0.039 0.018 0.005 0.014 0.002 0.002 92 W 0.418 0.169 0.160 0.141 0.053 0.022 0.011 0.003 0.020 0.002 0.001 93 L 0.612 0.085 0.169 0.062 0.009 0.032 0.018 0.002 0.007 0.001 0.002 94 R 0.667 0.141 0.104 0.046 0.017 0.010 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 95 A 0.609 0.071 0.196 0.045 0.016 0.039 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 96 Y 0.847 0.009 0.032 0.103 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 97 G 0.893 0.010 0.024 0.025 0.007 0.003 0.019 0.014 0.001 0.004 0.001 98 E 0.736 0.040 0.052 0.124 0.020 0.017 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 99 I 0.974 0.003 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 N 0.973 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.959 0.005 0.005 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.982 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 E 0.990 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.984 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.886 0.003 0.008 0.096 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.836 0.017 0.049 0.062 0.003 0.009 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 107 S 0.909 0.009 0.045 0.022 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.826 0.011 0.010 0.141 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 109 Y 0.060 0.009 0.019 0.784 0.003 0.002 0.116 0.002 0.005 0.001 0.001 110 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.233 0.732 0.001 0.027 0.001 111 I 0.013 0.312 0.600 0.015 0.012 0.032 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 112 I 0.017 0.191 0.701 0.019 0.006 0.061 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 V 0.042 0.708 0.099 0.034 0.073 0.028 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 114 V 0.002 0.811 0.037 0.001 0.138 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 K 0.002 0.794 0.076 0.001 0.102 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 116 F 0.001 0.759 0.150 0.001 0.030 0.026 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 117 W 0.009 0.704 0.145 0.005 0.018 0.096 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 118 L 0.011 0.715 0.139 0.010 0.077 0.033 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 119 A 0.009 0.173 0.468 0.009 0.035 0.248 0.029 0.001 0.022 0.003 0.003 120 I 0.099 0.172 0.490 0.090 0.049 0.072 0.003 0.001 0.016 0.004 0.004 121 D 0.025 0.070 0.483 0.011 0.030 0.136 0.006 0.001 0.228 0.010 0.001 122 K 0.967 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.989 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 T 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 Q 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 R 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.966 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 K 0.975 0.003 0.007 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 131 E 0.875 0.005 0.009 0.101 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 132 R 0.564 0.024 0.038 0.342 0.004 0.004 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 133 E 0.274 0.048 0.104 0.187 0.026 0.018 0.271 0.049 0.010 0.011 0.002 134 K 0.210 0.109 0.195 0.351 0.027 0.028 0.051 0.013 0.009 0.005 0.002 135 T 0.012 0.192 0.506 0.008 0.038 0.024 0.006 0.001 0.212 0.003 0.001 136 P 0.677 0.003 0.271 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 137 Y 0.649 0.113 0.108 0.102 0.006 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 138 K 0.599 0.070 0.059 0.242 0.011 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 139 R 0.295 0.310 0.116 0.154 0.059 0.016 0.030 0.002 0.019 0.001 0.001 140 Y 0.103 0.481 0.256 0.052 0.041 0.039 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 141 K 0.152 0.358 0.325 0.052 0.033 0.050 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 142 I 0.132 0.385 0.273 0.079 0.040 0.060 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 143 T 0.213 0.218 0.370 0.043 0.028 0.071 0.006 0.001 0.048 0.002 0.001 144 E 0.847 0.013 0.099 0.023 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 145 E 0.955 0.009 0.013 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 D 0.853 0.016 0.025 0.087 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 147 W 0.959 0.003 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.970 0.007 0.007 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.757 0.010 0.016 0.191 0.010 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 150 R 0.934 0.007 0.024 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 D 0.922 0.011 0.027 0.023 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 152 K 0.878 0.022 0.023 0.056 0.003 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 153 W 0.975 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 D 0.989 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.962 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 V 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 D 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 A 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 V 0.934 0.002 0.006 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.962 0.002 0.007 0.017 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 162 D 0.817 0.004 0.006 0.161 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 163 M 0.783 0.008 0.031 0.160 0.002 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 164 V 0.921 0.010 0.024 0.036 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 165 D 0.782 0.023 0.040 0.118 0.006 0.007 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 166 R 0.739 0.036 0.039 0.138 0.015 0.007 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 167 T 0.619 0.070 0.096 0.161 0.012 0.014 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 168 S 0.574 0.067 0.127 0.132 0.014 0.032 0.031 0.004 0.015 0.002 0.001 169 T 0.657 0.068 0.101 0.123 0.013 0.011 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 170 E 0.727 0.062 0.104 0.070 0.005 0.013 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 171 I 0.309 0.074 0.097 0.467 0.007 0.017 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 172 A 0.051 0.222 0.370 0.007 0.113 0.011 0.019 0.002 0.195 0.011 0.001 173 P 0.280 0.007 0.622 0.016 0.005 0.018 0.005 0.001 0.002 0.003 0.043 174 W 0.042 0.454 0.239 0.075 0.130 0.020 0.016 0.007 0.017 0.001 0.001 175 T 0.017 0.676 0.219 0.005 0.036 0.029 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 176 L 0.016 0.515 0.301 0.005 0.006 0.140 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 177 V 0.054 0.758 0.088 0.009 0.029 0.046 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 178 E 0.043 0.358 0.333 0.034 0.089 0.093 0.010 0.001 0.035 0.002 0.002 179 A 0.139 0.417 0.153 0.062 0.154 0.028 0.009 0.004 0.027 0.005 0.002 180 N 0.246 0.130 0.162 0.301 0.045 0.040 0.045 0.006 0.017 0.005 0.003 181 D 0.270 0.069 0.101 0.223 0.086 0.035 0.139 0.044 0.017 0.015 0.001 182 K 0.564 0.080 0.203 0.086 0.017 0.024 0.012 0.001 0.010 0.002 0.001 183 R 0.829 0.026 0.054 0.076 0.002 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 184 F 0.929 0.014 0.019 0.030 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 185 A 0.946 0.008 0.013 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 R 0.968 0.006 0.008 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 N 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 D 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 I 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 E 0.986 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 A 0.925 0.004 0.004 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 200 A 0.895 0.003 0.012 0.082 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 201 Y 0.469 0.023 0.060 0.365 0.008 0.017 0.040 0.005 0.012 0.001 0.001 202 K 0.485 0.062 0.195 0.145 0.015 0.019 0.058 0.004 0.011 0.004 0.001 203 K 0.368 0.114 0.279 0.149 0.016 0.026 0.021 0.006 0.017 0.003 0.002 204 D 0.230 0.120 0.298 0.176 0.034 0.057 0.039 0.014 0.021 0.007 0.003 205 K 0.292 0.163 0.271 0.119 0.040 0.030 0.044 0.011 0.021 0.006 0.002