# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.6763 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.003 0.002 0.022 0.036 0.036 0.007 0.048 0.122 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.212 0.070 0.160 0.244 0.001 2 E 0.002 0.002 0.010 0.011 0.042 0.015 0.063 0.220 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.440 0.048 0.049 0.068 0.001 3 R 0.002 0.002 0.017 0.015 0.020 0.024 0.207 0.314 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.007 0.168 0.062 0.079 0.050 0.001 4 A 0.003 0.002 0.022 0.012 0.036 0.026 0.144 0.228 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.009 0.184 0.099 0.113 0.085 0.001 5 K 0.001 0.001 0.027 0.019 0.022 0.016 0.193 0.103 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.014 0.317 0.056 0.091 0.101 0.001 6 R 0.001 0.002 0.027 0.011 0.044 0.012 0.218 0.039 0.007 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.033 0.035 0.241 0.102 0.095 0.123 0.001 7 Q 0.001 0.001 0.017 0.020 0.011 0.002 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 0.099 0.036 0.346 0.371 0.001 8 P 0.001 0.001 0.011 0.009 0.048 0.006 0.034 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.045 0.350 0.086 0.097 0.244 0.001 9 H 0.001 0.002 0.023 0.020 0.022 0.018 0.257 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.041 0.120 0.099 0.160 0.136 0.001 10 A 0.001 0.002 0.023 0.017 0.053 0.006 0.120 0.024 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.012 0.057 0.078 0.232 0.072 0.137 0.149 0.001 11 A 0.002 0.003 0.078 0.047 0.028 0.004 0.066 0.027 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.070 0.062 0.157 0.034 0.121 0.281 0.002 12 P 0.005 0.006 0.021 0.026 0.143 0.008 0.089 0.049 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.038 0.101 0.184 0.070 0.092 0.140 0.002 13 L 0.008 0.014 0.056 0.059 0.058 0.012 0.093 0.086 0.003 0.001 0.006 0.005 0.013 0.020 0.117 0.053 0.134 0.069 0.098 0.091 0.003 14 V 0.014 0.015 0.058 0.054 0.109 0.008 0.089 0.061 0.005 0.002 0.008 0.006 0.013 0.021 0.065 0.078 0.121 0.056 0.128 0.088 0.003 15 S 0.015 0.015 0.068 0.066 0.088 0.010 0.093 0.056 0.005 0.001 0.006 0.006 0.013 0.021 0.082 0.051 0.158 0.044 0.071 0.127 0.003 16 S 0.011 0.011 0.031 0.045 0.100 0.008 0.095 0.065 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.010 0.040 0.054 0.141 0.104 0.112 0.154 0.002 17 L 0.007 0.009 0.041 0.039 0.060 0.006 0.049 0.069 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.006 0.057 0.036 0.310 0.058 0.109 0.130 0.001 18 D 0.006 0.007 0.037 0.035 0.054 0.008 0.114 0.130 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.038 0.034 0.175 0.055 0.111 0.177 0.001 19 N 0.004 0.005 0.022 0.026 0.050 0.008 0.136 0.109 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.026 0.017 0.412 0.053 0.050 0.062 0.001 20 R 0.006 0.006 0.025 0.022 0.030 0.013 0.251 0.263 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.022 0.012 0.199 0.040 0.034 0.059 0.001 21 G 0.013 0.011 0.021 0.016 0.047 0.026 0.140 0.402 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.022 0.009 0.099 0.082 0.048 0.046 0.001 22 L 0.008 0.011 0.025 0.026 0.043 0.013 0.085 0.367 0.015 0.002 0.004 0.003 0.010 0.010 0.024 0.021 0.198 0.037 0.052 0.045 0.001 23 L 0.011 0.012 0.031 0.021 0.038 0.012 0.114 0.372 0.012 0.003 0.003 0.002 0.007 0.007 0.041 0.009 0.193 0.022 0.047 0.042 0.001 24 D 0.010 0.010 0.017 0.023 0.029 0.021 0.121 0.434 0.015 0.003 0.003 0.002 0.005 0.006 0.015 0.008 0.136 0.036 0.046 0.058 0.001 25 S 0.006 0.006 0.009 0.012 0.049 0.020 0.171 0.371 0.012 0.003 0.003 0.002 0.005 0.006 0.013 0.012 0.190 0.042 0.037 0.031 0.001 26 L 0.004 0.005 0.025 0.025 0.015 0.015 0.086 0.417 0.008 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.025 0.016 0.160 0.040 0.074 0.069 0.001 27 D 0.006 0.006 0.013 0.011 0.054 0.018 0.087 0.450 0.010 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.016 0.021 0.095 0.049 0.072 0.075 0.001 28 L 0.002 0.004 0.021 0.024 0.014 0.012 0.075 0.323 0.034 0.004 0.003 0.002 0.006 0.009 0.029 0.013 0.314 0.022 0.036 0.054 0.001 29 G 0.003 0.004 0.007 0.005 0.025 0.013 0.291 0.424 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.009 0.102 0.025 0.030 0.028 0.001 30 Q 0.004 0.004 0.026 0.019 0.012 0.035 0.129 0.480 0.013 0.003 0.002 0.001 0.004 0.006 0.026 0.006 0.097 0.053 0.038 0.040 0.001 31 Y 0.001 0.002 0.006 0.008 0.040 0.017 0.142 0.380 0.014 0.003 0.002 0.001 0.003 0.005 0.008 0.026 0.194 0.046 0.061 0.040 0.001 32 L 0.001 0.002 0.036 0.017 0.008 0.013 0.106 0.318 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.050 0.007 0.163 0.050 0.071 0.132 0.001 33 D 0.001 0.001 0.005 0.006 0.034 0.006 0.051 0.273 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.087 0.050 0.142 0.313 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 0.189 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.750 0.008 0.009 0.018 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.085 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.007 0.005 0.006 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.009 0.006 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.003 0.003 0.003 0.001 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.003 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.003 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.005 0.003 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.920 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.002 0.005 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.816 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.003 0.004 0.004 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.007 0.003 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.004 0.002 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.940 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.003 0.002 0.001 48 L 0.001 0.001 0.007 0.014 0.005 0.010 0.083 0.397 0.309 0.051 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.092 0.006 0.007 0.007 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.433 0.342 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.069 0.016 0.017 0.055 0.001 50 G 0.001 0.001 0.004 0.007 0.005 0.014 0.091 0.262 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.077 0.380 0.079 0.061 0.001 51 L 0.002 0.003 0.009 0.007 0.040 0.017 0.060 0.318 0.021 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.038 0.197 0.067 0.104 0.101 0.001 52 I 0.001 0.001 0.030 0.012 0.009 0.009 0.064 0.374 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.007 0.248 0.022 0.088 0.078 0.001 53 R 0.002 0.003 0.020 0.020 0.057 0.013 0.112 0.366 0.016 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.013 0.019 0.208 0.041 0.037 0.058 0.001 54 D 0.005 0.004 0.011 0.018 0.026 0.011 0.065 0.457 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.010 0.104 0.044 0.119 0.088 0.001 55 K 0.001 0.002 0.008 0.009 0.015 0.010 0.038 0.443 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.008 0.375 0.020 0.018 0.028 0.001 56 R 0.003 0.004 0.011 0.014 0.019 0.028 0.227 0.466 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.014 0.094 0.035 0.037 0.020 0.001 57 F 0.006 0.006 0.022 0.016 0.035 0.017 0.115 0.362 0.010 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.027 0.011 0.157 0.060 0.081 0.057 0.001 58 R 0.004 0.004 0.040 0.031 0.035 0.016 0.146 0.247 0.011 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.010 0.246 0.040 0.053 0.083 0.001 59 Q 0.003 0.005 0.020 0.021 0.052 0.015 0.288 0.081 0.010 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.018 0.017 0.270 0.062 0.057 0.067 0.001 60 H 0.005 0.005 0.040 0.043 0.041 0.008 0.160 0.061 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.030 0.024 0.121 0.082 0.157 0.202 0.001