# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.6763 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.117 0.170 0.015 0.025 0.031 0.084 0.062 0.497 2 E 0.119 0.132 0.018 0.025 0.034 0.093 0.053 0.527 3 R 0.173 0.078 0.021 0.024 0.041 0.078 0.068 0.517 4 A 0.161 0.042 0.018 0.019 0.027 0.088 0.053 0.593 5 K 0.036 0.016 0.029 0.019 0.032 0.120 0.036 0.711 6 R 0.042 0.018 0.025 0.012 0.020 0.094 0.023 0.766 7 Q 0.297 0.033 0.021 0.014 0.017 0.082 0.069 0.467 8 P 0.050 0.019 0.021 0.010 0.014 0.125 0.029 0.731 9 H 0.035 0.027 0.030 0.013 0.025 0.127 0.038 0.705 10 A 0.084 0.059 0.037 0.020 0.026 0.135 0.067 0.573 11 A 0.104 0.046 0.056 0.026 0.044 0.145 0.129 0.450 12 P 0.043 0.027 0.058 0.032 0.063 0.116 0.149 0.512 13 L 0.064 0.047 0.082 0.042 0.068 0.137 0.090 0.470 14 V 0.070 0.032 0.086 0.041 0.056 0.137 0.102 0.478 15 S 0.032 0.025 0.085 0.032 0.056 0.125 0.092 0.553 16 S 0.132 0.103 0.044 0.026 0.037 0.107 0.148 0.403 17 L 0.091 0.067 0.048 0.020 0.021 0.149 0.076 0.529 18 D 0.143 0.193 0.026 0.015 0.019 0.097 0.085 0.422 19 N 0.157 0.249 0.013 0.007 0.017 0.077 0.074 0.405 20 R 0.086 0.131 0.041 0.021 0.030 0.130 0.111 0.451 21 G 0.060 0.155 0.066 0.057 0.078 0.109 0.126 0.348 22 L 0.098 0.157 0.047 0.022 0.037 0.087 0.115 0.437 23 L 0.119 0.186 0.056 0.035 0.038 0.107 0.095 0.366 24 D 0.052 0.356 0.031 0.022 0.045 0.082 0.057 0.355 25 S 0.061 0.353 0.042 0.019 0.034 0.077 0.079 0.334 26 L 0.086 0.335 0.055 0.040 0.042 0.089 0.068 0.286 27 D 0.120 0.448 0.031 0.016 0.024 0.051 0.082 0.228 28 L 0.110 0.354 0.022 0.009 0.021 0.070 0.075 0.338 29 G 0.123 0.201 0.046 0.017 0.029 0.093 0.183 0.309 30 Q 0.127 0.240 0.027 0.021 0.032 0.083 0.086 0.383 31 Y 0.069 0.201 0.023 0.013 0.019 0.084 0.073 0.517 32 L 0.025 0.222 0.030 0.010 0.016 0.114 0.072 0.512 33 D 0.068 0.700 0.005 0.002 0.003 0.023 0.057 0.143 34 K 0.093 0.739 0.003 0.001 0.001 0.013 0.050 0.101 35 D 0.018 0.856 0.002 0.001 0.001 0.012 0.020 0.091 36 A 0.010 0.867 0.002 0.001 0.001 0.010 0.041 0.069 37 Y 0.007 0.952 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.016 38 K 0.014 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.017 39 E 0.009 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.027 40 Q 0.006 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.020 41 L 0.012 0.845 0.009 0.001 0.001 0.006 0.099 0.028 42 A 0.016 0.921 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 0.030 43 A 0.019 0.876 0.005 0.001 0.001 0.008 0.032 0.059 44 E 0.008 0.951 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 0.021 45 Q 0.020 0.859 0.008 0.002 0.003 0.011 0.045 0.053 46 A 0.048 0.591 0.056 0.005 0.006 0.030 0.141 0.122 47 R 0.122 0.602 0.026 0.005 0.008 0.031 0.053 0.152 48 L 0.112 0.537 0.019 0.004 0.007 0.029 0.056 0.236 49 A 0.049 0.336 0.021 0.004 0.008 0.090 0.079 0.412 50 G 0.061 0.397 0.025 0.008 0.014 0.071 0.088 0.336 51 L 0.079 0.432 0.030 0.016 0.019 0.058 0.058 0.307 52 I 0.054 0.378 0.036 0.015 0.025 0.075 0.048 0.368 53 R 0.068 0.439 0.020 0.009 0.019 0.060 0.035 0.351 54 D 0.146 0.562 0.011 0.005 0.008 0.029 0.079 0.159 55 K 0.091 0.421 0.024 0.012 0.016 0.070 0.070 0.296 56 R 0.143 0.117 0.065 0.024 0.044 0.078 0.111 0.417 57 F 0.344 0.023 0.029 0.013 0.021 0.072 0.076 0.421 58 R 0.112 0.007 0.022 0.018 0.027 0.113 0.028 0.672 59 Q 0.010 0.002 0.009 0.004 0.012 0.100 0.015 0.848 60 H 0.047 0.007 0.026 0.011 0.016 0.141 0.063 0.690