# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.6763 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.030 0.026 0.007 0.008 0.012 0.038 0.004 0.875 2 E 0.009 0.015 0.004 0.004 0.007 0.030 0.002 0.930 3 R 0.083 0.074 0.015 0.017 0.034 0.112 0.012 0.654 4 A 0.208 0.210 0.020 0.019 0.028 0.107 0.013 0.394 5 K 0.156 0.249 0.022 0.028 0.033 0.080 0.016 0.416 6 R 0.183 0.226 0.028 0.018 0.033 0.063 0.034 0.415 7 Q 0.271 0.139 0.053 0.030 0.042 0.067 0.019 0.380 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 H 0.030 0.015 0.052 0.026 0.055 0.136 0.009 0.676 10 A 0.369 0.022 0.082 0.016 0.027 0.035 0.021 0.428 11 A 0.151 0.032 0.131 0.067 0.063 0.104 0.007 0.446 12 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 13 L 0.048 0.010 0.140 0.083 0.190 0.103 0.005 0.421 14 V 0.119 0.030 0.157 0.063 0.101 0.065 0.008 0.456 15 S 0.064 0.049 0.128 0.090 0.123 0.066 0.007 0.473 16 S 0.069 0.027 0.075 0.040 0.079 0.075 0.011 0.624 17 L 0.144 0.044 0.118 0.054 0.095 0.103 0.013 0.431 18 D 0.026 0.030 0.045 0.025 0.036 0.336 0.011 0.492 19 N 0.117 0.039 0.043 0.012 0.049 0.116 0.027 0.597 20 R 0.175 0.086 0.030 0.013 0.024 0.293 0.024 0.355 21 G 0.200 0.028 0.025 0.010 0.009 0.322 0.031 0.375 22 L 0.140 0.125 0.058 0.025 0.045 0.185 0.013 0.409 23 L 0.132 0.181 0.104 0.075 0.118 0.112 0.011 0.268 24 D 0.089 0.211 0.022 0.028 0.040 0.093 0.016 0.502 25 S 0.204 0.209 0.070 0.021 0.080 0.040 0.032 0.345 26 L 0.217 0.164 0.061 0.036 0.040 0.192 0.043 0.246 27 D 0.153 0.055 0.056 0.022 0.021 0.370 0.045 0.279 28 L 0.079 0.197 0.109 0.022 0.062 0.116 0.014 0.400 29 G 0.048 0.173 0.050 0.019 0.034 0.358 0.013 0.303 30 Q 0.305 0.082 0.030 0.014 0.016 0.192 0.048 0.312 31 Y 0.224 0.343 0.033 0.022 0.031 0.044 0.019 0.285 32 L 0.186 0.239 0.054 0.044 0.062 0.090 0.014 0.312 33 D 0.049 0.187 0.020 0.017 0.028 0.214 0.015 0.469 34 K 0.073 0.151 0.045 0.012 0.054 0.050 0.011 0.604 35 D 0.006 0.058 0.004 0.002 0.003 0.239 0.004 0.683 36 A 0.113 0.079 0.009 0.002 0.003 0.510 0.024 0.261 37 Y 0.044 0.823 0.003 0.001 0.001 0.047 0.002 0.080 38 K 0.010 0.872 0.002 0.001 0.002 0.034 0.001 0.077 39 E 0.007 0.904 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.066 40 Q 0.020 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.023 41 L 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 42 A 0.005 0.973 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 43 A 0.006 0.953 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.027 44 E 0.008 0.948 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.028 45 Q 0.011 0.957 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.019 46 A 0.009 0.965 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 47 R 0.020 0.932 0.005 0.002 0.003 0.006 0.006 0.028 48 L 0.031 0.924 0.005 0.002 0.004 0.002 0.008 0.024 49 A 0.031 0.898 0.007 0.003 0.005 0.004 0.011 0.042 50 G 0.101 0.604 0.024 0.007 0.007 0.033 0.039 0.184 51 L 0.146 0.511 0.047 0.012 0.012 0.053 0.030 0.189 52 I 0.147 0.558 0.033 0.014 0.018 0.044 0.016 0.170 53 R 0.077 0.470 0.034 0.017 0.022 0.076 0.015 0.289 54 D 0.072 0.481 0.041 0.011 0.032 0.032 0.013 0.318 55 K 0.048 0.394 0.015 0.006 0.015 0.028 0.011 0.484 56 R 0.069 0.228 0.023 0.014 0.014 0.296 0.026 0.329 57 F 0.139 0.375 0.051 0.017 0.021 0.144 0.020 0.233 58 R 0.072 0.566 0.024 0.018 0.025 0.049 0.011 0.234 59 Q 0.101 0.427 0.023 0.012 0.021 0.053 0.024 0.340 60 H 0.175 0.370 0.040 0.016 0.026 0.038 0.039 0.297