# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.6763 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.153 0.181 0.361 0.050 0.066 0.045 0.036 0.004 0.089 0.015 0.001 2 E 0.671 0.021 0.225 0.045 0.007 0.013 0.004 0.001 0.005 0.002 0.007 3 R 0.590 0.054 0.138 0.143 0.020 0.023 0.014 0.005 0.009 0.003 0.001 4 A 0.542 0.090 0.175 0.117 0.021 0.020 0.015 0.003 0.015 0.002 0.001 5 K 0.541 0.094 0.142 0.156 0.014 0.018 0.020 0.001 0.011 0.001 0.001 6 R 0.313 0.113 0.178 0.260 0.029 0.033 0.045 0.007 0.015 0.003 0.002 7 Q 0.031 0.255 0.374 0.008 0.026 0.012 0.010 0.001 0.280 0.003 0.001 8 P 0.221 0.004 0.679 0.016 0.002 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 9 H 0.223 0.198 0.238 0.193 0.052 0.035 0.021 0.018 0.016 0.003 0.001 10 A 0.191 0.177 0.318 0.177 0.061 0.033 0.015 0.006 0.015 0.004 0.002 11 A 0.055 0.291 0.389 0.013 0.069 0.013 0.008 0.001 0.155 0.006 0.001 12 P 0.223 0.014 0.676 0.015 0.005 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 13 L 0.217 0.199 0.383 0.089 0.030 0.056 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 14 V 0.165 0.434 0.237 0.057 0.049 0.020 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 15 S 0.136 0.284 0.308 0.072 0.091 0.065 0.012 0.001 0.028 0.002 0.001 16 S 0.161 0.315 0.239 0.089 0.073 0.063 0.011 0.002 0.043 0.003 0.001 17 L 0.580 0.125 0.134 0.083 0.027 0.023 0.007 0.001 0.015 0.003 0.002 18 D 0.386 0.046 0.100 0.300 0.039 0.044 0.058 0.005 0.013 0.008 0.001 19 N 0.474 0.058 0.091 0.229 0.026 0.035 0.040 0.010 0.028 0.008 0.001 20 R 0.672 0.031 0.127 0.122 0.006 0.007 0.026 0.002 0.004 0.002 0.001 21 G 0.543 0.017 0.042 0.063 0.031 0.013 0.085 0.140 0.003 0.063 0.001 22 L 0.643 0.062 0.079 0.178 0.011 0.013 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 23 L 0.641 0.096 0.121 0.088 0.012 0.009 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 24 D 0.623 0.032 0.069 0.091 0.028 0.026 0.106 0.007 0.008 0.010 0.001 25 S 0.474 0.058 0.058 0.341 0.024 0.015 0.014 0.003 0.013 0.001 0.001 26 L 0.624 0.122 0.136 0.071 0.014 0.010 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 27 D 0.499 0.081 0.177 0.077 0.026 0.081 0.038 0.002 0.017 0.002 0.001 28 L 0.667 0.093 0.071 0.133 0.012 0.010 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 29 G 0.680 0.057 0.080 0.076 0.052 0.013 0.018 0.008 0.010 0.007 0.001 30 Q 0.740 0.052 0.060 0.089 0.020 0.012 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 31 Y 0.565 0.070 0.088 0.201 0.020 0.018 0.020 0.002 0.014 0.001 0.001 32 L 0.336 0.148 0.226 0.171 0.030 0.033 0.021 0.002 0.029 0.003 0.001 33 D 0.084 0.093 0.517 0.060 0.031 0.120 0.026 0.001 0.062 0.005 0.002 34 K 0.894 0.004 0.065 0.020 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 D 0.934 0.002 0.010 0.041 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.799 0.007 0.012 0.166 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.874 0.021 0.023 0.059 0.002 0.011 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 38 K 0.981 0.003 0.005 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.982 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.986 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.945 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.974 0.005 0.004 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 47 R 0.910 0.025 0.010 0.043 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.930 0.011 0.021 0.021 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 49 A 0.829 0.004 0.025 0.135 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.381 0.001 0.009 0.020 0.012 0.003 0.146 0.370 0.001 0.057 0.001 51 L 0.636 0.040 0.059 0.238 0.005 0.012 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 52 I 0.642 0.084 0.100 0.100 0.012 0.019 0.025 0.001 0.016 0.001 0.001 53 R 0.549 0.102 0.102 0.155 0.026 0.030 0.020 0.001 0.012 0.002 0.001 54 D 0.312 0.083 0.287 0.088 0.041 0.066 0.031 0.002 0.082 0.007 0.001 55 K 0.950 0.002 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.877 0.006 0.010 0.090 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.620 0.036 0.036 0.274 0.006 0.008 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 58 R 0.565 0.162 0.132 0.067 0.011 0.014 0.027 0.001 0.020 0.001 0.001 59 Q 0.393 0.127 0.228 0.135 0.024 0.044 0.029 0.001 0.016 0.002 0.002 60 H 0.230 0.149 0.221 0.187 0.061 0.039 0.038 0.012 0.050 0.012 0.001