# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.6763 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.091 0.267 0.182 0.032 0.205 0.015 0.016 0.065 0.037 0.058 0.032 2 E 0.069 0.142 0.057 0.016 0.124 0.020 0.042 0.240 0.186 0.068 0.035 3 R 0.077 0.137 0.056 0.016 0.131 0.018 0.044 0.217 0.143 0.120 0.041 4 A 0.086 0.126 0.040 0.011 0.158 0.017 0.034 0.234 0.146 0.100 0.047 5 K 0.088 0.110 0.043 0.015 0.158 0.020 0.064 0.243 0.101 0.109 0.049 6 R 0.117 0.133 0.096 0.027 0.155 0.029 0.051 0.093 0.053 0.182 0.064 7 Q 0.078 0.297 0.233 0.033 0.180 0.017 0.013 0.047 0.030 0.039 0.033 8 P 0.046 0.260 0.090 0.025 0.107 0.032 0.088 0.181 0.124 0.029 0.019 9 H 0.057 0.072 0.050 0.032 0.074 0.023 0.047 0.085 0.090 0.362 0.109 10 A 0.107 0.286 0.095 0.017 0.217 0.013 0.020 0.057 0.045 0.091 0.054 11 A 0.056 0.241 0.141 0.055 0.147 0.045 0.062 0.113 0.070 0.039 0.029 12 P 0.118 0.185 0.070 0.014 0.231 0.012 0.032 0.141 0.111 0.059 0.027 13 L 0.178 0.104 0.013 0.002 0.321 0.007 0.034 0.147 0.106 0.052 0.035 14 V 0.143 0.139 0.044 0.016 0.268 0.025 0.047 0.122 0.051 0.073 0.074 15 S 0.112 0.240 0.079 0.025 0.231 0.027 0.032 0.097 0.040 0.065 0.052 16 S 0.125 0.138 0.085 0.015 0.216 0.010 0.025 0.153 0.071 0.104 0.057 17 L 0.032 0.074 0.031 0.018 0.060 0.024 0.049 0.433 0.182 0.073 0.024 18 D 0.041 0.129 0.078 0.027 0.089 0.026 0.058 0.346 0.094 0.085 0.027 19 N 0.038 0.029 0.018 0.008 0.038 0.009 0.018 0.452 0.232 0.128 0.031 20 R 0.015 0.079 0.026 0.011 0.036 0.019 0.047 0.531 0.171 0.054 0.012 21 G 0.033 0.056 0.034 0.012 0.042 0.011 0.040 0.493 0.167 0.085 0.028 22 L 0.027 0.021 0.006 0.002 0.024 0.004 0.039 0.567 0.139 0.151 0.021 23 L 0.033 0.092 0.035 0.028 0.063 0.032 0.058 0.487 0.103 0.048 0.020 24 D 0.024 0.029 0.030 0.031 0.029 0.040 0.059 0.514 0.153 0.067 0.024 25 S 0.045 0.044 0.020 0.005 0.054 0.005 0.028 0.463 0.140 0.162 0.033 26 L 0.088 0.210 0.025 0.003 0.231 0.006 0.024 0.301 0.063 0.031 0.017 27 D 0.098 0.077 0.018 0.008 0.129 0.015 0.047 0.395 0.076 0.073 0.065 28 L 0.070 0.058 0.014 0.005 0.065 0.012 0.050 0.445 0.178 0.062 0.040 29 G 0.019 0.037 0.025 0.029 0.035 0.041 0.111 0.469 0.149 0.067 0.019 30 Q 0.041 0.082 0.033 0.007 0.076 0.010 0.044 0.435 0.171 0.084 0.017 31 Y 0.041 0.086 0.034 0.006 0.089 0.010 0.053 0.362 0.173 0.112 0.033 32 L 0.079 0.194 0.047 0.005 0.149 0.011 0.032 0.290 0.058 0.107 0.028 33 D 0.053 0.269 0.190 0.016 0.111 0.010 0.021 0.203 0.054 0.045 0.028 34 K 0.008 0.025 0.011 0.004 0.011 0.006 0.015 0.717 0.174 0.023 0.006 35 D 0.002 0.030 0.010 0.006 0.006 0.007 0.032 0.770 0.106 0.026 0.003 36 A 0.007 0.011 0.006 0.002 0.008 0.003 0.008 0.670 0.146 0.123 0.017 37 Y 0.004 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.892 0.051 0.026 0.003 38 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.910 0.071 0.004 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.040 0.002 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.024 0.007 0.001 41 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.028 0.007 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.003 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.058 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.003 0.001 45 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.016 0.005 0.001 46 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.964 0.023 0.003 0.001 47 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.017 0.004 0.001 48 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.908 0.046 0.015 0.003 49 A 0.002 0.080 0.025 0.039 0.008 0.061 0.155 0.550 0.061 0.017 0.003 50 G 0.012 0.007 0.010 0.023 0.010 0.007 0.011 0.380 0.262 0.235 0.043 51 L 0.012 0.023 0.005 0.001 0.026 0.001 0.032 0.584 0.255 0.053 0.007 52 I 0.040 0.049 0.014 0.003 0.048 0.007 0.112 0.516 0.126 0.065 0.020 53 R 0.048 0.155 0.036 0.016 0.077 0.031 0.071 0.349 0.064 0.123 0.030 54 D 0.164 0.112 0.056 0.011 0.268 0.009 0.012 0.237 0.056 0.049 0.027 55 K 0.012 0.027 0.010 0.002 0.024 0.005 0.017 0.559 0.315 0.021 0.007 56 R 0.024 0.031 0.006 0.002 0.032 0.004 0.052 0.573 0.166 0.096 0.015 57 F 0.056 0.040 0.011 0.003 0.061 0.006 0.036 0.434 0.201 0.125 0.029 58 R 0.040 0.086 0.031 0.011 0.085 0.021 0.070 0.424 0.152 0.058 0.022 59 Q 0.106 0.076 0.041 0.015 0.125 0.019 0.072 0.245 0.089 0.176 0.037 60 H 0.077 0.281 0.134 0.014 0.213 0.011 0.022 0.096 0.048 0.071 0.032