# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.002 0.002 0.043 0.040 0.058 0.005 0.057 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.014 0.191 0.060 0.157 0.282 0.001 2 E 0.001 0.002 0.022 0.022 0.083 0.009 0.103 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.204 0.088 0.127 0.225 0.001 3 R 0.001 0.002 0.040 0.033 0.056 0.010 0.127 0.089 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.016 0.220 0.097 0.113 0.160 0.001 4 A 0.002 0.003 0.033 0.039 0.084 0.015 0.153 0.089 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.023 0.168 0.079 0.121 0.153 0.001 5 K 0.003 0.003 0.058 0.062 0.067 0.019 0.142 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.020 0.162 0.045 0.143 0.162 0.001 6 R 0.003 0.004 0.023 0.036 0.147 0.006 0.153 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.034 0.102 0.135 0.135 0.157 0.001 7 Q 0.002 0.002 0.069 0.059 0.037 0.002 0.026 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.039 0.015 0.073 0.037 0.258 0.360 0.001 8 P 0.002 0.003 0.025 0.032 0.111 0.009 0.047 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.037 0.203 0.070 0.121 0.287 0.001 9 H 0.004 0.006 0.064 0.071 0.066 0.018 0.162 0.019 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.044 0.029 0.150 0.071 0.133 0.147 0.001 10 A 0.007 0.011 0.040 0.057 0.122 0.003 0.060 0.013 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.005 0.039 0.044 0.080 0.065 0.231 0.201 0.002 11 A 0.005 0.012 0.085 0.077 0.064 0.003 0.025 0.021 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.111 0.035 0.097 0.037 0.115 0.293 0.002 12 P 0.011 0.024 0.028 0.047 0.234 0.006 0.047 0.040 0.002 0.001 0.006 0.005 0.008 0.008 0.046 0.115 0.097 0.058 0.097 0.118 0.003 13 L 0.029 0.035 0.123 0.118 0.081 0.009 0.065 0.066 0.002 0.001 0.008 0.007 0.016 0.013 0.120 0.039 0.089 0.036 0.072 0.068 0.004 14 V 0.038 0.039 0.060 0.068 0.162 0.006 0.068 0.082 0.003 0.001 0.011 0.010 0.018 0.016 0.055 0.059 0.109 0.043 0.090 0.054 0.007 15 S 0.029 0.035 0.079 0.101 0.086 0.009 0.077 0.060 0.004 0.001 0.006 0.009 0.021 0.023 0.125 0.041 0.091 0.043 0.061 0.096 0.004 16 S 0.014 0.019 0.031 0.057 0.153 0.005 0.076 0.065 0.006 0.001 0.006 0.004 0.009 0.011 0.046 0.050 0.094 0.072 0.121 0.154 0.004 17 L 0.011 0.008 0.055 0.029 0.080 0.003 0.057 0.067 0.006 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.069 0.022 0.350 0.094 0.060 0.073 0.002 18 D 0.007 0.009 0.046 0.030 0.069 0.017 0.214 0.182 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.025 0.019 0.123 0.053 0.083 0.098 0.001 19 N 0.005 0.007 0.022 0.027 0.071 0.013 0.158 0.160 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.037 0.027 0.207 0.112 0.060 0.067 0.001 20 R 0.005 0.006 0.033 0.020 0.037 0.013 0.111 0.319 0.010 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.031 0.013 0.261 0.037 0.039 0.048 0.001 21 G 0.007 0.011 0.028 0.021 0.052 0.025 0.164 0.363 0.007 0.002 0.002 0.002 0.006 0.011 0.023 0.018 0.121 0.050 0.034 0.051 0.001 22 L 0.010 0.012 0.027 0.026 0.072 0.009 0.111 0.305 0.012 0.003 0.003 0.003 0.007 0.014 0.023 0.028 0.186 0.065 0.044 0.039 0.002 23 L 0.012 0.010 0.044 0.022 0.031 0.009 0.088 0.308 0.023 0.005 0.004 0.004 0.007 0.018 0.039 0.018 0.215 0.036 0.060 0.045 0.002 24 D 0.005 0.006 0.021 0.023 0.025 0.070 0.150 0.336 0.018 0.004 0.002 0.002 0.004 0.015 0.019 0.016 0.177 0.027 0.028 0.052 0.001 25 S 0.004 0.006 0.008 0.013 0.032 0.023 0.336 0.148 0.023 0.009 0.001 0.002 0.004 0.011 0.029 0.027 0.174 0.076 0.037 0.035 0.001 26 L 0.004 0.004 0.038 0.031 0.019 0.005 0.081 0.090 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.039 0.023 0.106 0.045 0.179 0.310 0.002 27 D 0.003 0.002 0.026 0.009 0.053 0.007 0.038 0.132 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.013 0.036 0.186 0.132 0.127 0.213 0.001 28 L 0.001 0.001 0.029 0.012 0.014 0.008 0.044 0.164 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.022 0.526 0.033 0.038 0.062 0.001 29 G 0.001 0.002 0.008 0.008 0.012 0.029 0.299 0.392 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.010 0.131 0.022 0.023 0.023 0.001 30 Q 0.001 0.002 0.014 0.017 0.009 0.040 0.126 0.537 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.014 0.128 0.024 0.029 0.028 0.001 31 Y 0.001 0.002 0.004 0.007 0.036 0.012 0.149 0.404 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.040 0.151 0.078 0.036 0.038 0.001 32 L 0.001 0.001 0.025 0.022 0.009 0.005 0.097 0.196 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.018 0.203 0.044 0.060 0.238 0.001 33 D 0.001 0.001 0.003 0.004 0.040 0.004 0.050 0.096 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.027 0.047 0.152 0.540 0.001 34 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.871 0.030 0.014 0.010 0.001 35 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.097 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.004 0.008 0.010 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.004 0.005 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.007 0.005 0.004 0.001 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.002 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.940 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.952 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.952 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.034 0.645 0.113 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.149 0.005 0.004 0.002 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.256 0.539 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.103 0.009 0.009 0.029 0.001 50 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.107 0.582 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.100 0.146 0.011 0.014 0.001 51 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 0.008 0.034 0.660 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.125 0.044 0.026 0.030 0.001 52 I 0.001 0.002 0.012 0.007 0.008 0.012 0.052 0.670 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.005 0.126 0.015 0.026 0.023 0.001 53 R 0.003 0.003 0.008 0.012 0.024 0.014 0.090 0.485 0.034 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.010 0.017 0.186 0.035 0.038 0.019 0.001 54 D 0.003 0.003 0.013 0.028 0.014 0.010 0.109 0.355 0.030 0.012 0.001 0.002 0.004 0.010 0.035 0.012 0.149 0.026 0.104 0.079 0.001 55 K 0.001 0.001 0.005 0.005 0.036 0.009 0.084 0.367 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 0.361 0.036 0.018 0.033 0.001 56 R 0.001 0.002 0.012 0.011 0.020 0.018 0.154 0.536 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.097 0.057 0.021 0.033 0.001 57 F 0.003 0.006 0.016 0.028 0.072 0.012 0.102 0.337 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.022 0.131 0.067 0.072 0.086 0.001 58 R 0.006 0.006 0.061 0.066 0.047 0.016 0.083 0.276 0.013 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.040 0.010 0.180 0.031 0.063 0.089 0.001 59 Q 0.006 0.006 0.017 0.038 0.175 0.013 0.151 0.122 0.013 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 0.027 0.178 0.048 0.073 0.091 0.001 60 H 0.006 0.006 0.054 0.061 0.092 0.005 0.127 0.093 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.061 0.018 0.112 0.065 0.132 0.144 0.002