# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.141 0.074 0.002 0.015 0.012 0.021 0.096 0.011 0.001 0.029 0.598 2 E 0.105 0.048 0.006 0.022 0.024 0.039 0.102 0.007 0.002 0.047 0.598 3 R 0.091 0.025 0.002 0.030 0.034 0.056 0.101 0.005 0.001 0.053 0.602 4 A 0.083 0.010 0.002 0.026 0.036 0.045 0.107 0.003 0.001 0.063 0.625 5 K 0.013 0.012 0.001 0.044 0.039 0.060 0.109 0.002 0.001 0.030 0.690 6 R 0.031 0.019 0.002 0.025 0.022 0.033 0.079 0.003 0.001 0.028 0.758 7 Q 0.200 0.032 0.003 0.028 0.049 0.040 0.097 0.011 0.001 0.052 0.487 8 P 0.091 0.014 0.002 0.036 0.018 0.027 0.111 0.003 0.001 0.050 0.648 9 H 0.045 0.025 0.003 0.043 0.023 0.042 0.126 0.004 0.001 0.039 0.649 10 A 0.071 0.042 0.002 0.028 0.020 0.026 0.109 0.011 0.001 0.034 0.656 11 A 0.134 0.050 0.005 0.030 0.033 0.030 0.131 0.008 0.001 0.092 0.485 12 P 0.046 0.032 0.003 0.050 0.028 0.050 0.150 0.004 0.001 0.120 0.515 13 L 0.052 0.038 0.002 0.055 0.025 0.055 0.154 0.006 0.001 0.071 0.540 14 V 0.067 0.050 0.004 0.074 0.060 0.086 0.147 0.009 0.002 0.082 0.419 15 S 0.027 0.036 0.002 0.056 0.027 0.053 0.115 0.003 0.001 0.078 0.602 16 S 0.071 0.152 0.004 0.039 0.020 0.038 0.118 0.008 0.001 0.068 0.481 17 L 0.120 0.135 0.005 0.024 0.015 0.014 0.121 0.008 0.001 0.038 0.518 18 D 0.207 0.415 0.006 0.011 0.005 0.008 0.053 0.019 0.002 0.037 0.237 19 N 0.159 0.472 0.001 0.007 0.004 0.008 0.044 0.017 0.001 0.021 0.269 20 R 0.061 0.404 0.006 0.012 0.014 0.013 0.056 0.004 0.001 0.066 0.363 21 G 0.058 0.257 0.006 0.042 0.020 0.035 0.089 0.005 0.001 0.183 0.303 22 L 0.077 0.335 0.006 0.024 0.012 0.016 0.102 0.012 0.002 0.089 0.326 23 L 0.150 0.216 0.029 0.026 0.039 0.025 0.094 0.014 0.006 0.062 0.341 24 D 0.102 0.268 0.003 0.030 0.008 0.025 0.076 0.007 0.001 0.029 0.450 25 S 0.101 0.348 0.005 0.020 0.008 0.017 0.073 0.014 0.001 0.055 0.357 26 L 0.076 0.287 0.010 0.044 0.022 0.024 0.104 0.009 0.002 0.061 0.363 27 D 0.123 0.369 0.006 0.020 0.011 0.017 0.063 0.010 0.001 0.066 0.313 28 L 0.123 0.372 0.004 0.022 0.013 0.014 0.069 0.014 0.001 0.032 0.335 29 G 0.085 0.363 0.008 0.028 0.010 0.019 0.070 0.015 0.003 0.072 0.328 30 Q 0.128 0.271 0.004 0.029 0.018 0.034 0.068 0.007 0.001 0.049 0.392 31 Y 0.067 0.172 0.005 0.032 0.018 0.028 0.102 0.004 0.001 0.049 0.521 32 L 0.021 0.131 0.007 0.053 0.030 0.029 0.143 0.003 0.002 0.041 0.540 33 D 0.071 0.772 0.002 0.004 0.004 0.005 0.017 0.011 0.001 0.011 0.103 34 K 0.075 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.007 0.064 35 D 0.022 0.859 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.013 0.082 36 A 0.017 0.893 0.002 0.003 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.008 0.060 37 Y 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.019 38 K 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 39 E 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.032 40 Q 0.004 0.935 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.024 0.025 41 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 42 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 43 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 44 E 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.012 45 Q 0.011 0.943 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.009 0.020 46 A 0.008 0.774 0.074 0.014 0.006 0.010 0.014 0.005 0.023 0.025 0.048 47 R 0.137 0.744 0.004 0.003 0.003 0.003 0.011 0.007 0.001 0.013 0.073 48 L 0.154 0.688 0.004 0.003 0.002 0.002 0.014 0.013 0.001 0.015 0.104 49 A 0.025 0.622 0.006 0.008 0.003 0.004 0.040 0.005 0.001 0.033 0.252 50 G 0.058 0.558 0.004 0.011 0.003 0.012 0.033 0.006 0.001 0.068 0.248 51 L 0.066 0.358 0.005 0.011 0.026 0.018 0.070 0.005 0.001 0.058 0.382 52 I 0.030 0.272 0.017 0.062 0.030 0.024 0.073 0.005 0.003 0.075 0.408 53 R 0.086 0.650 0.004 0.004 0.005 0.006 0.026 0.022 0.001 0.027 0.169 54 D 0.115 0.732 0.003 0.002 0.002 0.002 0.015 0.030 0.001 0.017 0.082 55 K 0.112 0.461 0.018 0.005 0.009 0.010 0.038 0.012 0.004 0.076 0.255 56 R 0.161 0.169 0.029 0.010 0.010 0.020 0.076 0.015 0.009 0.119 0.382 57 F 0.192 0.030 0.011 0.014 0.012 0.014 0.097 0.012 0.006 0.072 0.540 58 R 0.089 0.012 0.003 0.017 0.012 0.017 0.077 0.002 0.001 0.028 0.743 59 Q 0.016 0.006 0.001 0.009 0.004 0.008 0.070 0.001 0.001 0.011 0.875 60 H 0.047 0.008 0.002 0.013 0.011 0.013 0.142 0.002 0.001 0.026 0.734